Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 52 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Cancer Immunotherapy exploiting engineered antibody fragments against prostate-specific membrane antigen
Das, Gargi ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent) ; Ormsby, Tereza (oponent)
(Czech) Rakovina prostaty (PCa) představuje jednu z hlavních příčin mortality související s rakovinou v populaci mužů. Tento stav vyžaduje vývoj nových terapeutických přístupů přesahujících současnou konvenční léčbu s omezenou účinností. Prostatický specifický membránový antigen (PSMA) je jedním z nejpokročilejších biomarkerů pro zobrazování i terapii PCa díky své expresi specificky výrazně zvýšené neoplastických tkáních PCa a v metastatickém kastračně rezistentním karcinomu prostaty. Imunoterapeutické postupy zaměřené na PSMA skýtají v současné době velký potenciál jakožto nová platforma pro účinnou léčbu onemocnění. Předkládaná doktorská práce je zaměřena na inženýrství protilátkových fragmentů a fúzních proteinů odvozených z vysoce afinní monoklonální protilátky 5D3 specificky rozpoznávající PSMA. Cílem vývoje těchto molekul bylo dosažení specifického spojení imunitních buněk s biomarkerem PSMA vyvolávajícího eliminaci buněk prezentujících tento antigen. Za tímto účelem jsme zkonstruovali jednořetězcové variabilní fragmenty (scFv) protilátky 5D3, které byly následně fúzovány se sekvencemi anti-CD3 scFv a CP33, čímž jsme vytvořili fúzní proteiny specificky spojující imunitní buňky s T lymfocyty (BiTE) nebo s monocyty (5D3-CP33). Fúzní molekuly byly produkovány pomocí hmyzího expresního systému,...
Capturing chromatin-associated proteins in nucleosomal context
Koutná, Eliška ; Veverka, Václav (vedoucí práce) ; Hlouchová, Klára (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
| 11 ABSTRAKT Eukaryotická DNA je v buněčném jádře ovinutá okolo histonových oktamerů, a tímto způsobem uložena ve formě nukleosomů. Tyto základní jednotky chromatinu poskytují vazebné rozhraní skrze DNA a N-koncové části histonů, které podléhají kovalentním posttranslačním modifikacím, jež v kombinaci s modifikacemi DNA definují epigenetický kód. Eukaryotická transkripce závisí na těchto specifických histonových modifikacích - jejich rozpoznávání chromatinovými reader proteiny spouští složité procesy, které spoléhají na koordinovanou asociaci transkripčních regulačních faktorů. Ačkoli různé typy modifikací konkrétního histonového residua často vedou k rozdílným funkčním důsledkům, není zcela jasné, jak jsou rozlišovány na molekulární úrovni. Kromě toho, význam vnitřně neuspořádaných oblastí mimo specializované reader domény pro vazbu na nukleosomy je dosud prozkoumán jen málo. Hlavní pozornost v této práci je věnována transkripčnímu koaktivátoru LEDGF/p75, který je schopen číst histonovou značku H3K36me2/3, a iniciačnímu transkripčnímu faktoru Sox2. Pomocí strukturně biologických a biofyzikálních technik je zkoumána interakce LEDGF a Sox2 s nukleosomy, přičemž jsou popsána specifika jejich vnitřně neuspořádaných motivů interagujících s DNA. Dvě cryo- EM struktury LEDGF vázaného na nukleosom...
Structural studies of metal-dependent hydrolases: Histone Deacetylase 6 and Glutamate Carboxypeptidase II
Shukla, Shivam ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Stříšovský, Kvido (oponent) ; Kolenko, Petr (oponent)
Hydrolasy závislé na zinku patří do třídy metaloenzymů, které obsahují zinečnaté kationty katalyzující hydrolytické reakce. Strukturní studie těchto enzymů jsou prováděny za účelem získání detailních informací o povaze jejich trojrozměrné struktury, organizaci domén a štěpení jejich přirozených substrátů. Tato práce popisuje strukturní charakteristiku dvou různých metalohydrolas 1) lidské histondeacetylasy 6 (HDAC6) a 2) glutamátkarboxypeptidasy II (GCPII) s využitím odlišné sady biofyzikálních technik. HDAC6 je strukturně unikátní vícedoménový enzym složený z nestrukturovaných a globulárních domén. Reguluje množství buněčných procesů odštěpováním acetylové skupiny z postranních řetězců lysinů vyskytujících se v cílových proteinech. Je známo, že HDAC6 deacetyluje substráty odlišné od histonů jako je tubulin, Hsp90, cortactin a peroxiredoxiny. Vzhledem k jeho strukturní komplexnosti jsou dostupné strukturní informace o HDAC6 omezeny pouze na jeho globulární domény. V této studii byl použit komplexní metodický přístup založený na integraci experimentálních dat získaných několika ortogonálními biofyzikálními technikami, který umožnil tvorbu strukturního modelu HDAC6 v roztoku. Získaný model ukazuje, že díky svým nestrukturovaným oblastem HDAC6 může zaujímat více konformací a v roztoku se pravděpodobně...
Neuronální buněčné kultury in vitro
Kohoutová, Šárka ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Neuronální buněčné kultury jsou in vitro kultury disociovaných neuronů, které se již v minulém století staly neodmyslitelnou součástí mnoha neurobiologických experimentů. Kultivované neurony umožňují nejen odpovědět na otázky ohledně jejich fyziologie v komplexních in vivo podmínkách, ale rovněž mohou sloužit jako modely neurodegenerativních onemocnění. Neuronální buňky lze izolovat buďto přímo z nervové tkáně živočichů v prenatálním či dospělém stádiu vývoje, nebo jsou získávány skrze cílené manipulace kmenových buněk a sekundárních buněčných linií, které vedou k jejich neuronální diferenciaci. Primární neurony jsou považovány za zlatý standard neurobiologického výzkumu nejen z důvodu, že jejich kultivace má dlouholetou tradici, ale také proto, že odráží typické vlastnosti neuronů v in vivo podmínkách. S primárními neurony je spojena řada nevýhod, včetně skutečnosti, že plně diferencované neurony neproliferují a jsou poměrně náročné na kultivační podmínky. Z tohoto důvodu jejich roli často nahrazují mitoticky aktivní sekundární buněčné linie či kmenové buňky. Tato bakalářská práce shrnuje poznatky o buněčných kulturách využívaných ke studiu funkcí nervových buněk a poukazuje na výhody a nevýhody jejich využití. Klíčová slova Primární neurony, primární hipokampální neurony, neurální kmenové buňky,...
Heat-shock protein 90 (HSP90) in cell physiology.
Karmazin, Alina ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Heat-shock protein 90 (HSP90) je molekulární chaperon, který představuje jeden z nejdůležitějších proteinů pro buněčnou homeostázu ve všech doménách života. Chaperony plní funkci molekul, které pomáhají ostatním proteinům ve správném sbalování a uspořádání jejich trojrozměrné struktury. HSP90 byl poprvé objeven jako protein tepelného šoku, později byla prokázána jeho důležitá role uzlu propojujícího mnoho buněčných funkcí zahrnující transcripci, translaci, opravu DNA, imunitní odpověd', buněčnou signalizaci atd. Není tedy překvapením, že HSP90 hraje roli také v patogenezi lidských onemocnění, např. u různých druhů rakoviny a u neurodegenerativních a respiračních chorob. Z tohoto důvodu se HSP90 stal cílem lékařského výzkumu. HSP90 je homodimer skládající se ze dvou protomerů, z nichž každý se skládá ze tří domén: N-terminální domény, střední domény a C-terminální domény. Pro splnění svých funkcí prochází HSP90 ATP- dependentním konformačním cyklem, kde je striktně regulován velkou skupinou pomocných proteinů - ko-chaperonů, stejně jako několika posttranslačními modifikacemi typu fosforylace a acetylace. O acetylaci je známo, že ovlivňuje vazbu HSP90 na nukleotidy, klienty a ko-chaperony, a proto je považována za kontrolní mechanismus funkce HSP90. Potenciálně lze acetylaci HSP90 využít při léčbě hormonálně...
Molekulární podstata interakcí mezi Dishevelled 3 (DVL3) a proteinovým regulátorem cytokineze 1 (PRC1)
Kropáčková, Veronika ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Macůrková, Marie (oponent)
Scaffolding protein Dishevelled (Dvl) je klíčovou součástí Wnt signalizačních kaskád. Podílí se na řadě biologických procesů, kterými jsou například proliferace, diferenciace a migrace buněk, určování buněčné polarity a také obnova kmenových buněk. Je nepostradatelný pro správný vývoj embrya i tkáňovou homeostázu v dospělosti. Proteinový regulátor cytokineze (PRC1) patří mezi proteiny asociované s mikrotubuly. Podílí se na tvorbě centrálního svazku antiparalelních mikrotubulů (tzv. spindle midzone) v průběhu buněčného dělení, který předchází vzniku kontraktilního prstence a je nezbytný pro správný průběh cytokineze. V naší laboratoři byl PRC1 identifikován jako potenciální interakční partner DVL3. Tato diplomová práce je zaměřena na vymezení interakčního rozhraní mezi DVL3 a PRC1 s využitím TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence) mikroskopie. K tomuto účelu byly navrženy, exprimovány a purifikovány přirozeně se vyskytující formy DVL a PRC1 a jejich zkrácené varianty. Bylo zjištěno, že PRC1 interaguje se všemi izoformami DVL a pro interakci mezi PRC1 a DVL3 je nezbytná N-terminální část PRC1 a že na interakci se zřejmě podílí DEP doména DVL3. Klíčová slova: Dishevelled 3, DVL3, Proteinový regulátor cytokineze 1, PRC1, interakční rozhraní, TIRF mikroskopie
Polyglutamylation as a Posttranslational Tubulin Modification
Bašta, Miroslav ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Dráber, Pavel (oponent)
α-tubulin je nezbytným proteinem pro přežití každé eukaryotické buňky. Společně s β-tubulinem polymerizuje do mikrotubulů, které se následně podílejí na formování a udržování tvaru buňky a ustavení jejích částí. Mikrotubuly vytvářejí komplexní síť, která prochází celým tělem buňky a poskytuje mnoho vazebných míst pro širokou paletu proteinů. Neuspořádané C-konce α- a β-tubulinu představují nejvíce různorodou část mezi izotypy obou molekul. Vždy se nacházejí na povrchu mikrotubulů, kde se účastní vazby proteinů. Post-translační modifikace dotváří variabilitu C-konců. Nemodifikovaný, tj. tyrozinovaný, C-konec α-tubulinu může být zkrácen o jednu aminokyselinu (detyrozinovaná varianta), o dvě (Δ2 varianta) nebo o tři aminokyseliny (Δ3 varianta), nebo může být modifikovaný přidáním polyglutamátového nebo polyglycinového postranního řetězce. Rodina tubulin tyrozin ligáz-podobných proteinů (tubulin tyrosine ligase-like, TTLL) má 14 členů, kteří se podílejí na glutamylaci, glycylaci a tyrozinaci tubulinu. Glutamylázy vykazují dvě odlišné aktivity, iniciaci a elongaci polyglutamátových řetězců. Iniciázy váží první molekulu glutamové kyseliny na γ-karboxylovou skupinu některého z glutamátů, který je součástí neuspořádaného C-konce tubulinu, čímž C-konec rozvětvují. Elongázy rozpoznávají toto rozvětvení a...
In vitro selekce aptamerů pro methioninsulfoxid
Jureček, Matěj ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Oxidace methioninu na methioninsulfoxid je jednou z důležitých redoxních posttranslačních modifikací proteinů. Tato modifikace může aktivovat i inhibovat funkci celé řady proteinů a je součástí regulačních mechanizmů různých (pato)fyziologických procesů. Pro výzkum dopadů a funkcí oxidace methioninu by bylo užitečné nalezení bioindikátoru pro methioninsulfoxid. Zatím však nebyla pro methioninsulfoxid v rámci proteinů nalezena žádná protilátka, ani žádný její ekvivalent. Tato práce se zabývala hledáním aptameru na bázi ssDNA, specifického svou vazbou na methioninsulfoxid pomocí metody in vitro selekce (SELEX). V rámci diplomové práce byla otestována řada různých podmínek pro in vitro selekci vůči methioninsulfoxidu. Žádné podmínky nevedly k obohacení počáteční knihovny a selektivní aptamer pro methioninsulfoxid se najít nepodařilo. Nelze vyloučit, že aptamer vůči methioninsulfoxidu lze nalézt, nicméně konvenční podmínky in vitro selekce jsou zřejmě nedostatečné pro tento úkol. V rámci kontrolního in vitro selekce byla získána výrazně obohacená ssDNA knihovna vůči sulforodaminu B jako ligandu. Sekvenace klonů z této obohacené knihovny ukázala přítomnost G-bohatých sekvencí, které jsou typické pro aptamery vůči sulforodaminu B, které byly již publikovány.
Regulace aktivity aspartátových a serinových proteas pomocí selektivních přirozených inhibitorů
Srp, Jaroslav ; Mareš, Michael (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Proteasy se účastní řady významných fyziologických procesů a jejich nedostatečná kontrola je spojena s řadou patologií. Přirozené inhibitory představují účinný nástroj pro regulaci jejich aktivity. Disertační práce se zaměřuje na živočišné a rostlinné inhibitory aspartátových a serinových proteas a přináší identifikaci, biochemickou charakterizaci a strukturní popis jejich mechanismu inhibice. Rostlinné inhibitory z Kunitzovy rodiny jsou produkované jako obranné proteiny s unikátní schopností blokovat široké spektrum proteas. V této práci byl s využitím metod funkční proteomiky popsán trávicí proteolytický systém mandelinky bramborové, herbivorního škůdce lilkovitých rostlin. Byl podán přímý důkaz, že trávicí aspartátové a serinové proteasy tohoto herbivora jsou efektivně blokovány pomocí dvou Kunitzových inhibitorů (nazývaných PCDI a PSPI), které jsou produkované v lilku brambor. Pomocí strukturní analýzy byly na molekulách PCDI a PSPI identifikovány nové typy reaktivních center pro inhibici aspartátových proteas typu katepsinu D a serinových proteas typu trypsinu a chymotrypsinu. Popis reaktivního centra na PCDI inhibitoru společně s krystalovou strukturou trávicí proteasy typu katepsinu D mandelinky bramborové umožnilo vysvětlit mechanismus jejich vzájemné interakce. Pro lidský katepsin D byly...
Deriváty protilátek využitelné k detekci lidské glutamátkarboxypeptidasy II
Bělousová, Nikola ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Rakovina prostaty je jedním z nejzávažnějších rakovinných onemocnění na světě, a proto je velmi důležitý vývoj vhodných diagnostických a terapeutických postupů. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII) je v současné době posuzována jako jeden z nejzajímavějších markerů rakoviny prostaty díky své tkáňově specifické expresi. Zatímco ve zdravé tkáni prostaty se vyskytuje mizivé množství tohoto proteinu, spolu se vznikem nádoru se výrazně zvyšuje produkce GCPII v transformovaných buňkách. Množství GCPII v rakovinné tkáni dále stoupá spolu se vzrůstající invazivitou nádoru, proto je GCPII vhodný marker pro časná i pokročilá metastazující stadia rakoviny prostaty. Současný výzkum se zaobírá vývojem látek dostatečně citlivých a specifických pro detekci malého množství GCPII, například v počátečních stadiích rakoviny. Deriváty protilátek se ukazují jako molekuly vhodné pro tento účel, neboť vykazují vysokou afinitu a specificitu a minimální nežádoucí vedlejší účinky. Proteinové inženýrství umožňuje přípravu celé řady protilátkových molekul lišících se svou velikostí, vazebnými vlastnostmi, stabilitou a rozpustností a způsobem produkce. Odlišné deriváty jsou vyvíjeny pro účely diagnostické a terapeutické a pro zobrazovací techniky, pro které jsou vhodné molekuly o střední až malé velikosti. Jedním typem těchto...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 52 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.