|
|
Rozdílná jaderná lokalizace aberantních a normálních homologů chromosomu 8 v intaktních nebo NaBt diferencovaných buňkách HT-29
Harničarová, Andrea ; Bártová, Eva ; Kozubek, Stanislav
Lidská adenokarcinomová linie HT-29 je charakteristická početnými strukturálními aberacemi chromozómů. Buňky HT-29 mají za normálních podmínek nediferencovaný fenotyp, v přítomnosti různých induktorů diferenciace, např. butyrát sodný (NaBt), dochází k jejich přeměně na entorycyty, která je provázena řadou biochemických a morfologických změn. V těchto buňkách jsme prostřednictvím metody FISH v rámci homologického páru chromozomů 8 rozlišili aberantní a normální chromozóm. Analýzy jaderných parametrů ukázaly rozdíl v radiálním umístění mezi chromozómy. V porovnání s normálním chromozómem 8, byl aberantní chromozóm umístěn blíže k periferii jádra. Přítomnost induktoru NaBt neměla vliv na radiální distribuci normálního a aberantního chromozómu.
|
|
|
Cytologická studie modelů DNA metylace a metylace histonů u lidských buněčných linií
Skalníková, M. ; Bártová, Eva ; Kozubek, Stanislav ; Kozubek, Michal
Epigenetické procesy jsou definovány jako dědičné změny ve funkcích genomu, které nastávají bez změny v primární sekvenci DNA. Genová exprese, chromozomová segregace, DNA replikace, reparace a další rekombinantní děje neprobíhají pouze na samotné molekule DNA, ale také na chromatinovém templátu. DNA metylace společně s metylací histonů na lysinových zbytcích představují rámcový vztah pro dlouhodobé epigenetické udržovací mechanismy regulace genové exprese.Objevy, že enzymy mohou reorganizovat chromatin do tzv. „otevřené“ a „neotevřené“ konfigurace odhalují více epigenetické mechanismy, které podstatně rozšiřují informaci potencionálního histonového kódu. U živočichů je heterochromatin charakterizován metylací CpG ostrůvků na molekule DNA a metylací lysinu 9 na histonu H3 (H3-K9), zatímco euchromatin je spojován s metylací lysinu 4 na histonu H3 (H3-K4).
|
|
|
Analýza genové exprese kolorektálního karcinomu detekované cDNA mikročipy pomocí kombinace různých vyhodnocovacích přístupů
Jansová, E. ; Krontorád, P. ; Svoboda, Z. ; Koutná, I. ; Pavlík, T. ; Kozubek, Michal ; Jarošová, M. ; Žaloudík, J. ; Kozubek, Stanislav
Tato práce je zaměřená na porovnání genové exprese kolorektálního karcinomu a zdravé epiteliální tkáně tlustého střeva pomocí Human 1.7K cDNA mikročipů a identifikace genů se změněnou expresí v nádorové tkáni. Tato studie byla provedena na 12 pacientech s nádorem tlustého střeva. Pro zajištění důvěryhodnosti dat byla analýza cDNA microarray provedena kombinací několika programů pro analýzu obrazu a statistických metod. Výsledkem této analýzy byla identifikace 22 genů se změněnou expresí v nádorové tkáni oproti zdravému epitelu. Pomocí hierarchického klastrování byla provedena klasifikace pacientů s kolorektálním karcinomem podle výskytu metastáz v lymfatických uzlinách a bylo detekováno 6 genů, které by mohly sloužit jako potenciální metastatické markery.
|
|
|
Vztah HP1 proteinů k centrometrickému heterochromatinu charakterizovaný přítomností H3(K9) a absencí H3(K4) dimetylace
Bártová, Eva ; Harničarová, Andrea ; Pacherník, J. ; Galiová-Šustáčková, Gabriela ; Kozubek, Stanislav
V našich experimentech jsme studovali jaderné uspořádání HP1 proteinů (alfa, beta, gama) a vybraných typů modifikací histonů ve vztahu k centromerickému heterochormatinu lidských a myších chromosomů. Uspořádání HP1 proteinů do specifických ohnisek bylo charakteristické tím, že menší ohniska byla lokalizována na periferii interfázních jader, zatímco rozsáhlejší HP1 oblasti byly asociovány s jadérky lidských buněk. Heterochormatin vybraných centromer (9cen, 14/22cen a Ycen) těsně přiléhal k velkým ohniskům HP1 beta proteinu. Immuno-FISH analýzy odhalili, že studované centromery byly H3(K9) dimethylovány, zatímco H3(K4) dimethylace nebyla v těchto oblastech nepřítomna.
|
|
|
Kolokalizace PML tělísek a PML/RARa mikroohnisek s utlumenými a aktivovanými genetickými lokusy a změny struktury chromatinu u APL leukemických buněk
Falk, Martin ; Lukášová, Emilie ; Faretta, M. ; Dellino, I. ; Kozubek, Stanislav ; Pellici, G. I. ; Kozubek, Michal ; Rochi, M.
Akutní promyelocytární leukémie (APL) je asociována s reciprokou translokací mezi geny PML a RARa; mechanismus patogeneze této choroby není nicméně doposud objasněn. V tomto článku ukazujeme, že fúzní protein PML/RARa kolokalizuje v jádře s lokusy obsahujícími klastry genů, umlčenými tímto proteinem, přičemž vazba PML/RARa k těmto lokusům je následně doprovázena lokální kontrakcí chromatinu. Léčba leukemických buněk pomocí all-trans kyseliny retinové (ATRA) vede naopak k rekonstituci PML tělísek a dekondenzaci chromatinu na původní hodnoty pozorované u zdravých buněk. Na základě těchto výsledků navrhujeme a diskutujeme mechanistický model utlumení genové exprese u APL, spočívající v silné vazbě histonových deacethylas (HDAC) k umlčovaným lokusům prostřednictvím represivního komplexu stabilizovaného fúzní chimérou PML/RARa.
|
|
| |
|
|
Methylace histonu H3K9 v lidských krevních buňkách a v granulocytech pacientů s myeloidní leukemií
Lukášová, Emilie ; Falk, Martin ; Kořistek, Z. ; Kozubek, Stanislav ; Grigoryev, S. ; Kozubek, Michal ; Ondřej, Vladan ; Kroupová, I.
v Antigenní markery heterochromatinických proteinů, které jsou běžně přítomny v jádrech lidských progenitorových buněk CD34+, diferencovaných lymfocytů a monocytů, nejsou přítomny v jádrech neutrofilních a ve značném rozsahu rovněž eosinofilních granulocytů. V granulocytech pacientů s akutní CML a AML byly detekovány všechny isoformy HP1 a silná metylace histonu H3K9. V chronických formách CML nebyla nalezená žádná silná korelace mezi hladinou metylace histonu H3, progresí choroby a způsobem léčby. Naprogramování leukemických buněk HL-60 na terminální diferenciaci pomocí retinové kyseliny nemělo za následek eliminaci metylace histonu H3 a absenci isoforem HP1 proteinu v diferencovaných granulocytech. Naše výsledky jsou první, které ukazují, že metylace histonu H3K9 může být dramaticky změněna v průběhu normální buněčné diferenciace.
|
host ::
RSS.