|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Microsatellite region in the murine oncogene src - its primary structure and variability during evolution
Fučík, Vladimír ; Šindelka, Radek ; Beran, Jaroslav ; Ferjentsik, Zoltán ; Jonák, Jiří
In the fifth intron of the Mus musculus oncogene src a complex microsatellite was discovered that consists of a CA run and 31 bp apart followed by track of TG dinucleotides interrupted by extra Gs in specific intervals. As the 31 bp interlink can assume a hairpin structure, the whole region can be viewed as an imperfect inverted repeat. The microsatellite was sequenced in imbred lines of M. m. musculus and M. m. domesticus, as well as in mice of both subspecies trapped near the hybrid zone. Differences in the length of repeat regions, insertion/deletions and simple base changes characterize the strains. Hybrids between the two species could be identified by sequencing of cloned PCR products. The structure of the microsatellite in more distant species was found to be conspicuously different. Instead of frequent (CA)18-25, we can see only (CA)8 in M. spretus, CATGCGCCCCCCA in Mus pahari and CACCCCCC in Mus caroli. No similar structure is present in the corresponding human src intron.
|
|
|
Metody experimentálního určení fází (MIR, MAD,SAD) v krystalografické analýze biologických makromolekul
Brynda, Jiří
Důležitost metod poskytujících nepředpojaté řešení fázového problému se stává vstupem molekulární biologie a biochemie do tzv. post-genomické éry stále významnější. V článku jsou popsány klasické metody experimentálního určení fází:1) Metoda isomorfních derivátů s těžkými atomy 2) Metoda Anomálního rozptylu při různých vlnových délkách 3) Metoda Anomálního rozptylu při jedné vlnové délce Čím lepší jsou vaše první, experimentální mapy, tím více modelu můžete spolehlivě vystavět do nepředpojaté (modelem nezatížené) mapy před sečtením fází (původní + model). MAD fáze pocházejí z perfektně izomorfních dat a tak netrpí disordrem jako je to běžné u MIR map na malém rozlišení. MIR fáze zase na druhou stranu poskytují výtečnou fázovací sílu na nízkém rozlišení a výsledkem je lepší propojení mapy v prostoru. Není proto překvapivé, že nejlepší mapy jsou buď MAD mapy nebo kombinované MIR-MAD mapy.
|
|
| |
|
|
Zpracování difrakčních dat krystalů biologických makromolekul získaných oscilační metodou
Brynda, Jiří
Příspěvek popisuje jednotlivé komponenty monochromatického difraktometru vhodného pro měření krystalů biologických makromolekul a také základní principy rotační metody. Optimální strategie pro měření difrakčních dat na krystalech makromolekul je diskutována. Geometrické faktory ovlivňující kompletnost dat jsou symetrie reciproké mřížky a geometrické uspořádání jednotlivých komponent monochromatického difraktometru, které ovlivňují kvantitativně kompletnost měřených dat.
|
|
|
A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, M. ; Hradílek, M. ; Lepšík, M. ; Konvalinka, J.
The x-ray structure of a complex of HIV-1 protease (PR) with a phenylnorstatine inhibitor Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH2 has been determined at 1.03 A, the highest resolution so far reported for any HIV PR complex. The inhibiot shows subnanomolar Ki values for both the wild-type PR and the variant representing one of the most common mutations linked to resistance developoment. The structure displays a unique pattern of hydrogen bonding to the two catalytic aspartate residues. The high resolution permits to assess the donor/acceptor realtions of this hydrogen bonding and to indicate a proton shared by the two catalytic residues. Structural mechanism for the unimpaired ihnibition of the protease Val82Ala mutant is also suggested, based on energy calculations and analyses.
|
|
|
Phytoremediation and biodegradation of PCB in soil
Ryšlavá, E. ; Krejčík, Zdeněk ; Macek, Tomáš ; Macková, M.
This is a part of the research work focused on study of possible mutual relationships of microorganisms and plants in PCBs metabolism. Polluted soil was obtained from a site which has been contaminated by PCBs for a long time. This soil was used for isolation of bacteria whixh potentially participate in biolodegradation of PCBs. The same contaminated soil was used for experiments under real conditions. Within six months three plant species were cultivated-tobaco (Nicotiana tabacum), black nighshade (Solanum nigrum) and alfalfa (Medicago sativa) - and decrease of PCBs was measured.
|
|
| |
host ::
RSS.