|
|
Biological sequence classification utilizing lossless data compression algorithms
Kruml, Ondřej ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This master thesis is developing the idea of using lossless compression algorithms as a mean of classification of biological sequences. At first an overview of lossless data compression algorithms is presented, based on which the dictionary algorithm created by A. Lempel and J. Ziv in 1976 (LZ77) has been selected. This algorithm, that commonly serves for data compression, has been modified in order to enable the classification of biological sequences. Further modifications have been introduced to enhance the classification capabilities of the algorithm. Several datasets of biological sequences have been collected enabling a correct assessment of the LZ algorithm capability. The algorithm was compared to the classical alignment based methods: Jukes-Cantor, Tamura and Kimura. It has been proven that the algorithm has comparable results in the field of classification of biological sequences and even surpasses the alignment methods in 20% of the datasets. Best results are especially achieved with distant sequences.
|
|
| |
|
|
Analýza citlivosti lidského sluchu
Tinka, Dominik ; Sekora, Jiří (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je vyhodnocení změny citlivosti lidského sluchu pomocí navržené mobilní aplikace. Na základě získaných teoretických poznatků je realizována mobilní aplikace schopná provádět audiometrické měření. V souvislosti s tím je popsáno nastavení zvukového výstupu telefonu, který je nastaven pomocí realizované kalibrační jednotky. V další části je popsána metodika měření a zpracování naměřených dat. Dále je provedeno statistické vyhodnocení naměřených výsledků pro měření na skupině probandů a pro měření na jednom vyšetřovaném v průběhu několika dní. Poslední část práce se zabývá diskuzí získaných výsledků, které vyvrací hypotézu o změně v citlivosti sluchu.
|
|
|
Klasifikace srdečních cyklů
Lorenc, Patrik ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá klasifikací srdečních cyklů, která využívá metodu dynamického borcení času a shlukové analýzy. Metoda dynamického borcení času sice patří mezi starší, avšak pro svou jednoduchost oproti ostatním je stále hodně využívána a také dosahuje dobrých výsledků v praxi. Shluková analýza se využívá v mnoha oborech jako například marketingu nebo právě na biologických signálech. Cílem práce je obecné seznámení se signálem EKG a metodou a realizací algoritmu dynamického borcení času. Následně pak shlukovou analýzou a na závěr vytvořením uživatelského prostředí pro algoritmy.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Vzájemná podobnost sekvencí aminokyselin různých organismů
Vysoudil, Ladislav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této práce je pokusit se prostudovat a popsat práci se sekvencemi proteinů různých organismů a to především přiřazení sekvencí a vyhodnocení podobnosti sekvencí. Na začátku práce se zabýváme biochemií proteinů, jejich složením a strukturou. Dále text pokračuje teorií pro práci se sekvenčními daty, globálním, lokálním a mnohočetným přiřazením. V poslední části zkoumáme možnostmi programu Matlab pro výše zmíněné přiřazení.
|
|
|
Signaling Pathway for Butanol Production in Solventogenic Clostridium Bacteria
Musilová, Jana ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The diploma thesis is dedicated to studying signaling pathway for butanol production in Clostridium bacteria. The first part addresses the signaling pathways modeling by means of systems biology. The thesis follows the description of the data acquisition for signaling pathways modeling and modifying with the main focus on techniques for the detection of gene expression, products and phenotype. The third section is to obtain a basic model of a signaling pathway involved in butanol production in solventogenic clostridia. The final point and main goal is to create a dynamic model of butanol production signaling pathway in the Clostridium beijerinckii NRRL B-598 strain, its evaluation by static and dynamic analysis and comparison with biological data.
|
|
|
Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu
Jurečková, Kateřina ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů.
|
|
|
Klasifikace vzorků 1D gelové elektroforézy
Krupka, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá klasifikací vzorků 1D gelové elektroforézy. Popisuje teoretické informace týkající se gelové elektroforézy, různým druhům rušení, zpracování obrazu a jeho klasifikace pomocí shlukové analýzy. Jeden z hlavních úkolů je vytvoření databáze obrazů s ohledem na jejich co nejvyšší obrazovou kvalitu. Je realizována metoda předzpracování a detekce hranic jednotlivých vzorků v prostředí MATLAB. A konečně, je realizována klasifikace na základě shlukové analýzy vzorků, které je posléze statisticky ohodnocena.
|
|
|
Využití molekulárně-genetických metod při výzkumu kolorektálního karcinomu
Janáková, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je analýza mutací v genech KRAS, BRAF a PIK3CA. Úvodní část je věnována kolorektálnímu karcinomu obecně. Následující části se zabývají úvodem do genetiky zhoubného bujení, popisem genů, které hrají u kolorektálního karcinomu důležitou roli (KRAS, BRAF a PIK3CA), molekulárně-genetickými metodami, které jsou v genetice hojně využívány (PCR), a metodami detekce mutací. Následně byl navržen způsob detekce mutací, jenž spočíval především ve využití PCR a komerčních kitů. Navazující kapitola "Výsledky analýzy mutací" obsahuje podrobné grafické znázornění výskytu mutací. Frekvence mutací byly porovnány s publikovanými údaji a s údaji laboratoře v Plzni a v Praze. V závěru práce jsou shrnuty výsledky analýzy mutací a možný přínos do budoucna.
|
host ::
RSS.