|
|
The source of endogenous DNA damage in neurodegenerative disease
Havelková, Jarmila ; Hanzlíková, Hana (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Jednovláknové zlomy DNA (single-strand breaks, SSBs) patří mezi nejčastější DNA poškození vznikající v buňkách a mohou ohrozit genetickou integritu a přežití buněk, jak ukazuje zvýšená genetická delece, embryonální letalita a neurologické onemocnění vzniklé z důvodu narušení opravné dráhy těchto jednovláknových zlomů (single-strand break repair, SSBR). Jedním z proteinů důležitých pro rychlou opravu jednovláknových zlomů v DNA je XRCC1, molekulární scaffold protein, který v rámci oprav poškozené DNA interaguje s několika enzymy (např. PARP1, PNKP, POLβ, APTX, LIG3), a tak podporuje jejich stabilitu a/nebo funkci. Narušení opravných drah jednovláknových zlomů DNA bylo již v minulosti spojeno s dědičnou neurodegenerací u lidí, cerebelárními ataxiemi a záchvaty. V této práci se zaměřuji na geneticky podmíněné onemocnění autozomálně recesivní spinocerebelární ataxii (spinocerebellar ataxia autosomal recessive-26; SCAR26), u níž bylo prokázáno, že je spojena s mutacemi v. XRCC1 genu Zkoumám množství proteinu XRCC1 v XRCC1-defektivních buňkách, což odhaluje, že buňky pacientů s mutacemi v XRCC1 vykazují velmi nízké hladiny XRCC1 proteinu. Popisuji také, že snížené hladiny proteinu XRCC1 v buňkách korelují s rostoucím počtem endogenních jednovláknových zlomů DNA, měřitelným pomocí kvantifikace ADP-ribózy...
|
|
|
Protinádorová aktivita polymerních konjugátů nesoucích deriváty proteasových inhibitorů a konvenčních cytostatik pro léčbu nádorů hlavy a krku
Běhalová, Kateřina ; Kovář, Marek (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Nádory hlavy a krku představují celosvětově zhruba 4,6 % všech maligních onemocnění a jejich incidence neustále roste. Navzdory tomu vývoj chemoterapeutik v této oblasti spíše stagnuje. Jako jedna z nadějných možností se jeví využití léčiv originálně vyvinutých jako inhibitory HIV virové proteasy, u nichž byla popsána i protinádorová aktivita. Esterifikace OH skupiny těchto léčiv 5-methyl-4-oxohexanovou kyselinou umožňuje jejich připojení pH-senzitivní hydrazonovou vazbou na hydrofilní biokompatibilní HPMA kopolymerní nosič. Tato vazba zajistí zlepšení farmakokinetiky navázaného léčiva, prodlouží jeho dobu cirkulace v krevním oběhu, sníží nežádoucí účinky a zároveň umožní pasivní akumulaci léčiva v nádoru díky EPR efektu. Celkem bylo takto derivatizováno šest proteasových inhibitorů (ritonavir, lopinavir, saquinavir, indinavir, nelfinavir a atazanavir). Ritonavir a jeho derivát byly testovány v rámci předchozího projektu a byly zde využity jako referenční látky. Po úvodním stanovení in vitro cytostatické a cytotoxické aktivity v buněčných liniích FaDu (lidský karcinom hlavy a krku), SCC7 (myší skvamózní karcinom), 4T1 (myší prsní karcinom) a CT26 (myší karcinom kolon) byl na základě získaných dat zvolen derivát lopinaviru jako derivát s nejvyšší in vitro protinádorovou aktivitou. Aktivita tohoto derivátu...
|
|
| |
|
|
Genetic variability in sporadic colorectal cancer: Searching for novel risk, prognostic and predictive biomarkers.
Jirásková, Kateřina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Machoň, Ondřej (oponent) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
SOUHRN Rakovina tlustého střeva a konečníku (kolorektální karcinom, KRK) představuje celosvětově závažný zdravotní problém. I přes pokroky v diagnostice a v léčebných metodách zůstává prognóza onemocnění špatná. Pro zlepšení celkové míry přežívání je důležité umět rozpoznat jedince s vyšším rizikem vzniku KRK a odhalit onemocnění v rané potenciálně léčitelné fázi. Současně identifikace pacientů, kteří budou reagovat negativně na konkrétní léčbu, by přispěla ke snížení nadbytečné chemoterapie a k minimalizaci toxicity související s léčbou. Cílem této práce bylo hledání nových diagnostických, prognostických a prediktivních DNA-biomarkerů pro sporadickou formu KRK. Každý člověk je geneticky jedinečný a nalezení těchto biomarkerů by lékařům usnadnilo diagnózu a výběr optimální terapie pro každého pacienta s KRK na základě jejich molekulárního profilu. Pro dosažení tohoto cíle jsme zkoumali několik kandidátních genů u zdravých jedinců i u nově diagnostikovaných pacientů se sporadickou formou KRK. Výsledky této PhD práce byly shrnuty v sedmi impaktovaných publikacích. Hlavními závěry jsou: 1) Genetické varianty v cílových oblastech pro vazbu microRNA (miRSNPs) v genech opravy dvouřetězcových zlomů, genech důležitých pro etiologii KRK a mucinových genech souvisí buď s rizikem KRK nebo s odpovědí na léčbu, 2)...
|
|
|
Mutagenní a antimutagenní účinky látek zevního prostředí
Langová, Martina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Sedmíková, Markéta (oponent) ; Novotná, Božena (oponent)
Cílem práce je testování antimutagenních účinků chemicky definovaných přírodních látek: diallylsulfid (DAS), kyselina ellagová (EA), resveratrol (RES) a fenetyl isothiokyanát (PEITC) na experimentálních modelech, které byly ovlivněny vybranými mutageny: aflatoxin B1 (AFB1), 2-amino-3-methylimidazo/4,5,-f/chinolin (IQ) a N-nitroso-N metylurea (MNU). AFB1 a IQ jsou nepřímé mutageny a vyžadují metabolickou aktivaci k tomu, aby se projevil jejich genotoxický efekt. Oproti tomu třetí použitý karcinogen MNU metabolickou aktivaci nevyžaduje. Testováni protektivních látek přírodního původu bylo provedeno na prokaryotním modelu (Amesův test, kmeny Salmonella typhimurium TA98, TA100) a eukaryotním modelu (mikronukleus test a kometový test na myším modelu).
|
|
|
Chromozomální poškození a kapacita opravy DNA v periferních lymfocytech jako ukazatelé karcinogeneze.
Kroupa, Michal ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Štětina, Rudolf (oponent)
V současné době je známo, že působení faktorů vnějšího i vnitřního prostředí buňky společně s genovými variantami modulují riziko rozvoje sporadických forem nádorů. Strukturní chromozomální aberace v periferních lymfocytech představují biomarker působení genotoxických karcinogenů a jsou považovány za indikátor zvýšeného rizika rozvoje nádorového bujení. Hlavní příčinou vzniku chromozomálních aberací jsou neopravené či chybně opravené dvouvláknové zlomy v molekule DNA; cytogenetickým měřením těchto alterací lze získat představu o tzv. "interindividuální variabilitě" v odpovědi na mutagen. Předpokládané deficience v kapacitě opravy DNA byly v této práci zkoumány u incidentních onkologických pacientů s nádory prsu, tlustého střeva a konečníku a u pacientů s nádory urogenitálního systému. Stanovení chromozomálního poškození bylo doplněno o analýzu vybraných genových variant genů účastnících se opravy poškozené DNA (XRCC3, rs861539; RAD54L, rs1048771). V této studii byla využita konvenční cytogenetická analýza a cytogenetická analýza založená na indukci chromozomálních aberací bleomycinem (tzv. "Challenge assay"), diskriminační analýza TaqMan pro stanovení alelických variant a statistická analýza. Výše uvedenými metodami nebyl prokázán statisticky významný rozdíl v průměrné hladině chromatidových zlomů...
|
|
|
Fanconiho anémie a karcinom pakreatu
Hucl, Tomáš ; Špičák, Julius (vedoucí práce) ; Nečas, Emanuel (oponent) ; Vodička, Pavel (oponent)
K inaktivaci genů signální dráhy Fanconiho anémie (FA) dochází v řadě lidských nádorů včetně karcinomu pankreatu a způsobuje jejich citlivost k látkám tvořícím meziřetězcové můstky (interstrand-cross- linking agents, ICL). Snaha specificky léčit pankreatické a jiné nádory s FA mutacemi vzbudila v poslední době velký zájem, nicméně preklinické studie byly doposud limitovány nedostatkem vhodných lidských dobře kontrolovatelných buněčných modelů. Endogenně jsme přerušili geny FANCC a FANCG v buněčné adenokarcinomové linii a pozorovali fenotyp typický pro deficit FA signální dráhy (ztráta FANCD2 monoubiquitinace, chromosomální nestabilita, zástava buněčného cyklu v G2M a snížená proliferaci při expozici ICL, spontánní zlomeniny chromosomů). Homozygotní přerušení bylo možné pro FANCC a FANCG, ale ne pro FANCD2 a BRCA2 v buněčné linii RKO, což může svědčit pro zhoubný fenotyp při jejich deficitu. Tato skutečnost podporuje paradoxní předpoklad, že jejich inaktivace může být nádorovými buňkami nepreferována. Za pomoci vysokokapacitního skríningu jsme posuzovali růst našich isogenních FANCC a FANCG buněk po expozici 880 léčivům a 40 000 různorodým chemickým látkám. Látka vykazující největší efekt, nazvaná 80136342, měla odlišný mechanismus účinku než ICL. Když byla podána společně s ICL, měla přinejmenším aditivní...
|
|
|
Posttranslační modifikace adaptorového proteinu DAXX v buněčné odpovědi na genotoxický stres
Bražina, Jan ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Vodička, Pavel (oponent)
Zachování kontinuity chromozomů a úplné genetické informace v lidských buňkách je rozhodující pro přežití buňky resp. celého organismu a zabraňuje konverzi normálních diploidních buněk v buňky s nestabilním genomem. Buněčná DNA je však vystavována endogennímu i exogennímu stresu, který může vést k poškození její struktury. Během evoluce se ve vyšších eukaryotech vyvinulo několik molekulárních mechanismů, které tato poškození detekují a opravují, a zajišťují tak v buňkách chromosomovou stabilitu. Tato odpověď se nazývá buněčná odpověď na poškození DNA (DDR). Jedním z nejzávažnějších druhů poškození DNA jsou tzv. dvojřetězcové zlomy (DSB), kdy dojde v těsné blízkosti k přerušení kovalentní vazby mezi cukrem a fosfátem. DSB spouští vlnu posttranslačních modifikací, které regulují proteinové interakce, jadernou lokalizaci a katalytickou aktivitu desítek až stovek proteinů. Tyto modifikace zahrnují acetylace, metylace, SUMOylace, ubikvitinylace a zejména pak fosforylace. Mezi nejvýznamnější kinázy účastnící se DDR jsou kinázy ATM, ATR a DNA-PK, jež jsou aktivovány bezprostředně po detekci poškozeného místa. DAXX (death-associated protein 6) je adaptorový, převážně jaderný protein, který se se v buňkách účastní sbalování histonové varianty H3.3, remodelace chromatinu, modulace genové exprese či...
|
|
|
Methylation profile in malignancy
Stojčeva, Nina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrejs, Vladimír (oponent)
Epigenetické změny reprezentují chemické modifikace DNA molekuly a histonových proteinů, které mohou ovlivňovat genovou expresi. Mezi ně patří i DNA metylace představující známý mechanismus umlčení tumor supresorových a DNA reparačních genů při karcinogenezi. Byl proveden velký počet studií za účelem identifikace metylačních profilů těchto genů v různých lidských nádorech. V naši studii, zahrnující 45 pacientů se sporadickým kolorektálním nádorem a 12 pacientů s nádorem hlavy a krku, jsme vyšetřili metylační profil promotorových oblastí osmi "mismatch" reparačních genů (MLH1, MSH2, MSH3, MLH3, PMS1, PMS2, MSH6 a EXO1). Metylace promotorů byla detekována v genech MLH1 a MLH3. Výsledky obou skupin pacientů byly shodné. Na závěr můžeme shrnout, že metylační profily promotorových oblastí genů MLH1 a MLH3 mohou být považovány za potenciální kandidáty epigenetických biomarkerů kolorektálního nádoru, případně i nádoru hlavy a krku. Domníváme se, že by měl být proveden další výzkum, který by potvrdil tuto představu.
|
|
|
Validita a interinstrumentální reliabilita akcelerometru ActiGraph model GT1M
Souček, Filip ; Psotta, Rudolf (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent) ; Buzek, Mario (oponent)
Název práce: Validita a interistrumentálnf reliabilita akcelerometru Actigraph, model GT1M. Cíle práce: Ověřit validitu a interinstrumentálnf reliabilitu nového typu akcelerometru Actigraph, model GT1M v krátkodobé pohybové činnosti. Metoda: Práce se zaměřením na zkoumání : Validity Actigraphu GT1M: Pro odhad energetického výdeje - na základě analýzy vztahů sumy zrychlení (tzv. counts) na straně jedné a srdeční frekvence na straně druhé. Interinstrumentálnf spolehlivosti Actigraphu GT1M. Spolehlivost měření mezi 2 přístroji. Testovaným souborem je 12 hráčů kopané ve věku 7 a 1llet. Výsledky: Platnost odhadu energetického výdeje kritériem srdeční frekvence. Pro toto kritérium byl zjištěn korelační koeficient r = -0,751 až 0,883. Interinstrumentální spolehlivost 2 přístojů kritériem sumy zrychlení a kritériem sumy kroků. Korelační koeficient spolehlivosti sum zrychlení 2 přístrojů se pohyboval v rozmezí 0,984 až 0,997. Pro kritérium kroků byl zjištěn korelační koeficient 0,981 až 0,997. Klíčová slova: Akcelerometr - suma zrychlení - kroky - validita - reliabilita - srdeční frekvence - terénní podmínky
|
host ::
RSS.