|
|
Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Haelewaters, Danny (oponent) ; Janko, Karel (oponent)
Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...
|
|
|
Molekulární a genomické metody využívané pro studium hybridizace u rodu Aspergillus a dalších hub
Jirkovský, Pavel ; Sklenář, František (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Mezidruhová hybridizace je zájmem studia již od první poloviny 20. století, kdy byla popsána na základě fenotypových projevů pro rostlinný model. Studium tohoto procesu je historicky předmětem botanických studií, zatímco jeho význam v říši hub je popisován až v současné době. Zpětným křížením rodičů s hybridy může dojít k procesu introgrese, horizontálnímu přenosu genetické informace mezi původními druhy. Z několika doposud prozkoumaných případů je prokázáno, že hybridizace sehrála roli například v evoluci MAT genů rodu Neurospora, dále stojí za přenosem adaptivních genů mezi zástupci rodu Ophiostoma (invazní původce onemocnění jilmů). V rámci rodu Aspergillus dochází k hybridizaci na vnitrodruhové i mezidruhové úrovni. Podrobnější studium hybridizace a zdokonalení metod jejího studia může například v klinické aplikaci pomoci odhalit šíření adaptivních genů zodpovědných například za rezistenci vůči antimykotikům, vyšší virulenci a jiné vlastnosti.
|
|
|
Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová...
|
|
|
Vegetativní inkompatibilita u vláknitých askomycetů
Glässnerová, Kateřina ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Sklenář, František (oponent)
Vegetativní inkompatibilita je proces vyskytující se během vegetativního růstu u vláknitých hub, který může zabránit fúzi hyf mezi jedinci. Při splynutí hyf dvou jedinců s geneticky nekompatibilní kombinací alel genů vegetativní inkompatibility (např. genů het nebo vic) dojde k destrukci vzniklé heterokaryotické buňky programovanou buněčnou smrtí, která může být zprostředkována různými způsoby. Funkcí tohoto mechanismu může být zachování genetické individuality jedince či zabránění přenosu škodlivých cytoplazmatických elementů (např. mykovirů). Zkoumání genů spojených s vegetativní inkompatibilitou hraje významnou roli např. při indukci pohlavního stadia in vitro nebo při studiu mechanismů speciace u hub. Na molekulárně genetické úrovni byla vegetativní inkompatibilita detailně popsána zatím jen u tří druhů askomycetů. Cílem této práce je shrnout doposud známé poznatky o významu vegetativní inkompatibility a genetických mechanismech, kterými je tento proces zajištěn. Klíčová slova: vegetativní inkompatibilita, het geny, vic geny, mat lokus, programovaná buněčná smrt, Neurospora crassa, Podospora anserina, Cryphonectria parasitica
|
|
|
Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová...
|
|
|
Mechanismy adaptace vláknitých hub na vodní stres
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Nováková, Alena (oponent)
Některé druhy vláknitých hub dokáží růst na substrátech s nízkou vodní aktivitu, které buď obsahují málo vody, nebo mají vysoký obsah osmoticky aktivních látek. Tyto houby jsou nejčastěji označovány jako osmotolerantní nebo xerotolerantní. Vyskytují se zejména v půdě v aridních oblastech a v hypersalinních prostředích. Ekonomicky významné jsou druhy znehodnocující skladované potraviny, osivo a krmivo. Předkládaná práce přináší přehled fyziologických a morfologických adaptací houbových organismů na vodní stres a zabývá se i jejich molekulárně genetickým podkladem. Je také uveden přehled taxonomického zařazení houbových organismů přizpůsobených růstu při nízké vodní aktivitě. Samostatné kapitoly jsou věnovány vlivu odlišných osmoticky aktivních látek na fenotyp hub a možnostem využití médií s osmoticky aktivními látkami pro taxonomické účely.
|
host ::
RSS.