|
|
Návrh dokovací stanice pro mobilní robot
Obšil, Tomáš ; Houfek, Martin (oponent) ; Krejsa, Jiří (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce je návrh dokovací stanice pro autonomní mobilní robot Breach. Dokovací stanice má za úkol připojení robota ke zdroji napájení bez asistence lidské obsluhy za účelem nabití jeho baterií. Teoretická část práce obsahuje rešeršní studii autonomního nabíjení robotických zařízení. Následně je posouzena vhodnost použití různých typů dokovacích stanic a výběr nejvhodnějšího řešení. Praktická část práce se zabývá návrhem dokovacího mechanismu, který zohledňuje nepřesnou navigaci robota s odchylkami v řádu několika centimetrů. Součástí návrhu je konektorový systém, který je schopen dlouhodobě přenášet proud o velikosti minimálně 20 A. Na závěr je vytvořen 3D model kompletní dokovací stanice včetně napájecích konektorů v programu SolidWorks.
|
|
|
Návrh koncepce zařízení šplhajícího po sloupech
Obšil, Tomáš ; Mašek, Petr (oponent) ; Krejsa, Jiří (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá zařízeními šplhajícími po sloupech. Teoretická část práce se věnuje základnímu rozdělení robotů a popisem různých typů zařízení šplhajících po sloupech. Praktická část práce se zabývá koncepčním návrhem zařízení šplhajícího po sloupech. Zařízení je dimenzováno tak, aby zvládlo unést užitečné zatížení v řádu kilogramů. Napájení šplhajícího zařízení je řešeno externím zdrojem. Koncepční návrh je zpracován v programu SolidWorks.
|
|
|
Structural studies of selected protein complexes involved in signal transduction
Honzejková, Karolína ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Bouřa, Evžen (oponent) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Protein-proteinové interakce jsou klíčové pro většinu fyziologických i patofyziologických dějů. Detailní charakterizace těchto interakcí je proto nezbytná nejen k porozumění podstaty těchto dějů, ale i pro návrh strategií, jak tyto interakce cíleně ovlivňovat. Tato práce se zaměřuje na studium struktury a interakcí několika proteinů a jejich komplexů. ASK1 (z anglického "apoptosis signal-regulating kinase 1") je mitogeny aktivovaná proteinkinasa kinasa kinasa (MAP3K), která aktivuje dráhy proteinkinas p38/JNK, čímž směruje buňky k zánětlivé reakci nebo apoptóze. ASK1 interaguje s thioredoxinem (TRX), malou dithioloxidoreduktasou, která inhibuje ASK1, nicméně mechanismus této inhibice je nejasný. CaMKK1 a CaMKK2 jsou Ca2+ /kalmodulin (CaM)- dependentní proteinkinasy, které regulují např. energetickou rovnováhu buňky, paměť či zánět. Obě jsou inhibovány proteiny 14-3-3, ale navzdory svým doménovým a sekvenčním podobnostem je rozsah inhibice zprostředkovaný proteiny 14-3-3 odlišný. Estrogenový receptor alfa (ERα) je jaderný receptor, který se podílí na vzniku rakoviny prsu. Pro léčbu tohoto onemocnění se používá tamoxifen, antagonista ERα, který však často způsobuje vznik rezistence. Proteiny 14-3-3 interagují s ERα a inhibují jeho transkripční aktivitu, povaha této interakce je však stále nejasná....
|
|
|
Mechanismus regulace cyklin-dependentní kinasy 16 prostřednictvím komplexu cyklin Y/14-3-3
Janáčková, Zuzana ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
CDK16 je cyklin-dependentní kinasa podílející se na regulaci buněčného cyklu. Podílí se především na procesech růstu neuritů, regulaci axonálního transportu a vývoji spermií. Hraje také roli v progresi XLID (z angl. X-linked intellectual dis- ability) a spolu se svým aktivačním partnerem cyklinem Y ve vývoji a progresi různých typů rakoviny. CDK16 a cyklin Y by proto mohly představovat potenciální nové terapeutické cíle. CDK16 i cyklin Y jsou strukturně atypické mezi podobnými proteiny a mecha- nismus aktivace CDK16 cyklinem Y zatím není známý. Z předchozích studií však vyplývá, že interakce mezi CDK16 a cyklinem Y vyžaduje předchozí interakci cyk- linu Y s 14-3-3 proteiny. Pro interakci cyklinu Y s 14-3-3 proteiny je nutná fosforylace jeho 14-3-3 vazebných míst, S100 a S326. S cílem zjistit přesný mechanismus aktivace CDK16 jsme se rozhodli blíže charakterizovat interakci mezi CDK16, cyklinem Y a 14-3-3 proteiny. Pro charakterizaci interakcí mezi CDK16, cyklinem Y a 14-3-3 proteiny byla využita řada biofyzikálních metod, včetně fluorescenční anisotropie, nativní gelové elektroforézy, gelové permeační chromatografie a proteinové krystalografie. Pomocí nativní elektroforézy a gelové permeační chromatografie byla potvrzena tvorba binár- ních pCCNY-14-3-3 a ternárních CDK16-pCCNY-14-3-3 proteinových...
|
|
|
Characterization of protein-protein interactions between Forkhead box O (FOXO) and p53 transcription factors
Mandal, Raju ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Transkripční faktor p53 hraje klíčovou roli v regulaci buněčného cyklu, opravě DNA, apoptóze, obraně před nádorovými onemocněními a udržování buněčné homeostázy. Při buněčném stresu p53 přímo interaguje s transkripčním faktorem Forkhead box O (FOXO) 4, čímž zvyšuje expresi proteinu p21, což vede k indukci buněčné senescence. Molekulární mechanismus interakce těchto dvou klíčových transkripčních faktorů však zůstává nejasný kvůli absenci strukturních dat. Hlavním cílem této dizertační práce byla strukturní charakterizace interakce mezi FOXO4 a p53 prostřednictvím několika biofyzikálních technik včetně metody sedimentační rychlosti analytické ultracentrifugace (SV AUC), nukleární magnetické rezonance (NMR), chemického zesítění spojeného s hmotnostní spektrometrií. Dále byla studována DNA vazebná afinita obou proteinů k jejich příslušným konsenzuálním DNA sekvencím v přítomnosti nebo nepřítomnosti jejich vazebných partnerů a byl porovnán p53-vazebný povrch Forkhead domény tří různých FOXO proteinů. Připravené proteiny byly také použity pro optimalizaci nízkomolekulárních sloučenin umožňujících inhibici interakce mezi FOXO3 a DNA. Získané výsledky ukázaly, že p53 interaguje s FOXO4 prostřednictvím komplexních přechodných interakcí zahrnujících strukturované i neuspořádané oblasti obou proteinů. NMR...
|
|
|
Structural characterization of influenza A polymerase PA subunit domains in complex with novel inhibitors
Radilová, Kateřina ; Kožíšek, Milan (vedoucí práce) ; Rumlová, Michaela (oponent) ; Obšil, Tomáš (oponent)
RNA-dependentní RNA polymerasa viru chřipky je heterotrimerický komplex, který má zásadní roli v životním cyklu viru. Je zodpovědná za virovou replikaci a transkripci. Jedna z jejích podjednotek, PA podjednotka, interaguje s PB1 podjednotkou prostřednictvím důležité protein-proteinové interakce na své C-koncové doméně. Tato interakce, která je zprostředkovaná 310 helixem, je nutná k utvoření celého heterotrimerického komplexu. N-koncová doména navíc obsahuje místo s endonukleasovou aktivitou se dvěma manganatými ionty. Obě tyto domény jsou považovány za slibné terapeutické cíle. V současnosti jsou přístupy v léčbě a prevenci chřipkového onemocnění limitované na sezónní očkování a existuje pouze několik léků, které ve velké většině cílí na jiné proteiny viru chřipky. U řady z nich však dochází k rychlému vývoji rezistentních mutací, nebo mají závažné vedlejší účinky. Tato práce nabízí strukturní náhledy na dvě domény PA podjednotky. První část se věnuje charakterizaci a optimalizaci minimálního peptidu odvozeného z PB1 podjednotky, který interaguje s C-koncovou doménou PA podjednotky a brání jejich dimerisaci. Výsledky z této části mohou být považovány za počáteční bod pro racionální vývoj prvních inhibitorů PA-PB1 protein-proteinové interakce proti viru chřipky. V druhé polovině jsme zkoumali...
|
|
|
Is there a direct link between global value chain participation and economic growth? Analysis of EU member countries
Obšil, Tomáš ; Semerák, Vilém (vedoucí práce) ; Kábrt, Martin (oponent)
Tato práce analyzuje sílu korelace mezi účastí na globálních hodnotových řetězcích a ekonomickým růstem v České republice, Slovensku, Slovinsku, Estonsku, Pol- sku, Rakousku, Německu a Maďarsku v období 1995-2018. Tento vztah je vysvětlen pomocí tradičních metod na panelová data, kde přední a zadní účast jsou nezávislé proměnné a HDP na obyvatele je závislá proměnná. Na základě jednoduchých modelů a grafů, jsme předpokládali, že korelace mezi proměn- nými existuje, ale to naše analýza nepotvrdila. Dále jsme použili celkovou přidanou hodnotu potravinářského, textilního a elektronického průmyslu jako proxy proměnné pro sektorový růst. Ve většině případů jsme našli silnou a významnou korelaci mezi růstem těchto sektorů a BP a FP. Klasifikace JEL B22, C33, E23, F41, F63, L60, O47, O52 Klíčová slova globální hodnotové řetězce, ekonomický růst, země střední a východní Evropy, přední účast, zadní účast Název práce Existuje přímé spojení mezi účastí na hod- notových řetězcích a ekonomickým růstem? Analýza členských zemí EU.
|
|
|
Charakterizace vazebného rozhraní komplexu transkripčních faktorů FOXO4 a p53
Brzezina, Adam ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Tato práce se zabývá studiem lidských transkripčních faktorů FOXO4 a p53. FOXO4 je členem podrodiny "O" FOX transkripčních faktorů. Geny kódující FOXO proteiny jsou evolučně konzervované mezi druhy. FOXO transkripční faktory regulují expresi genů, které se podílí na řízení metabolismu, buněčného cyklu a buněčné proliferace, přežití buněk a odolnosti vůči stresu. Pro svou schopnost zastavit buněčný cyklus a vyvolat apoptózu jsou považovány za tumorové supresory. Jejich funkce v rámci tumorigeneze se však ukazuje být složitější, protože nedávné studie poukazují na horší prognózu vývoje nádorů, u kterých je vyšší hladina exprese FOXO4. Protein p53 je důkladně studovaným přirozeně se vyskytujícím tumorovým supresorem. Buněčná odpověď po jeho aktivaci je do jisté míry podobná jako v případě FOXO4, rovněž umí blokovat progresi buněčného cyklu nebo vyvolat apoptózu v závislosti na buněčném typu a závažnosti/typu buněčného stresu. FOXO4 i p53 se ukazují být klíčové molekuly ovlivňující stárnutí. Za stresových podmínek spolu p53 a FOXO4 interagují, a společně tak zvyšují expresi proteinu p21, čímž indukují přechod buněk do senescentního stavu. Akumulace senescentních buněk je považována za jednu z hlavních příčin stárnutí a rozvoje s věkem spojených patologií. Tato bakalářská práce vznikla jako součást...
|
|
|
Klonování, exprese a charakterizace virových proteinů
Pekárek, Matěj ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Za posledních dvacet let se v lidské populaci objevily tři nové druhy koronavirů, které jsou původci nebezpečných infekcí respiračních cest. Momentálně neexistuje žádné schválené léčivo, které by dokázalo zmírnit průběh infekcí způsobených těmito viry. Jedním z možných cílů těchto léčiv jsou proteiny zodpovědné za replikaci virového genomu. Nsp13 je primárně helikasa rozplétající dvouřetězcové nukleové kyseliny ve směru 5'-3', ale také zvyšuje aktivitu replikačního a transkripčního komplexu, podílí se na syntéze 5' čepičky na virové RNA a pravděpodobně zprostředkovává posun replikačního a transkripčního komplexu do opačného směru transkripce (backtracking) během procesu opravy RNA. Navíc nsp13 je velmi konzervován napříč všemi koronaviry, a proto je možným cílem nejen pro léčbu COVID-19, ale i infekcím způsobeným potenciálními koronaviry v budoucnosti. V teoretické části této práce je stručně popsán životní cyklus SARS-CoV-2, funkce jednotlivých proteinů tohoto viru podílejících se na replikaci a transkripci RNA a jsou shrnuty dosavadní vědomosti ohledně funkce nsp13 a jeho potenciálních inhibitorů. V experimentální části byl připraven expresní vektor pro nsp13, který byl následně použit k transformaci bakterií a produkci rekombinantní nsp13. Nsp13 byl následně izolován a purifikován. Klíčová...
|
|
|
Modulace DNA vazebné afinity transkripčních faktorů FOXO a p53 prostřednictvím protein-proteinových interakcí
Hofmanová, Adéla ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
4 Abstrakt Podtřída "O" transkripčních faktorů forkhead box (FOXO) představuje skupinu proteinů, které hrají zásadní roli v celé řadě buněčných procesů souvisejících se stresem, glukoneogenezí, kontrolou buněčného cyklu, apoptózou, senescencí a opravami poškozené DNA. Obecně jsou považovány za supresory nádorů. Ukázalo se však, že mohou naopak podporovat tumorigenezi a vyvolávat rezistenci na použitá chemoterapeutika. Navzdory mnoholetému výzkumu biologické role FOXO proteinů zůstává stále celá řada otázek, které je třeba zodpovědět. Je například otázkou, zda se nepatrné strukturní rozdíly pozorované v jinak vysoce homologních DNA-vazebných doménách jednotlivých zástupců FOXO promítají do jejich schopnosti vázat DNA. Není zcela jasné ani to, jak vazbu na DNA ovlivňují protein-proteinové interakce s vazebnými partnery. Nedávno byla popsána interakce FOXO transkripčních faktorů s proteinem p53, který bývá nazýván strážcem genomu kvůli zprostředkovávání reakce na akutní poškození DNA. Zdá se, že by vzájemná interakce proteinů FOXO a p53 mohla mít zásadní vliv na DNA vazebnou afinitu obou těchto proteinů. Na základě toho byly v rámci této práce exprimovány a purifikovány DNA-vazebné domény lidských transkripčních faktorů FOXO1, FOXO3 a FOXO4 (FOXO1(144-270), FOXO3(142-267) a FOXO4(86-211)) a transaktivační...
|
host ::
RSS.