Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 62 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Nástroj pro správu databáze sekvenčních typů patogenních bakterií
Františová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce je návrh a vytvoření nástroje pro správu databáze dosud známých sekvenčních typů patogenních bakterií. Základem práce je návrh převodního klíče nové techniky pro typizaci patogenních bakterií vytvořené ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genové terapie Interní hematologické a onkologické kliniky Fakultní nemocnice Brno. Metoda je založena na překladu sekvenčních typů na příslušející melt typ. V prvních dvou kapitolách jsou diskutovány výhody a nevýhody nejpoužívanějších molekulárně-biologických metod a z nich vycházejících metod pro bakteriální typizaci. Další tři kapitoly pak představují návrh převodního klíče pro novou metodu, jeho implementaci do prostředí MATLAB a výsledný nástroj složený ze dvou programů. Výpočet převodního klíče je součástí prvního z programů, druhý program umožňuje zpětně vyhledat konkrétní melt a příslušný sekvenční typ, a tak snadno srovnat sekvenační a PCR data.
Klasifikace bakterií z numerických reprezentací genomu
Oweis, Kamil ; Jugas, Robin (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Moderní metody zpracování genomických dat přinášejí kvalitní výsledky, avšak velmi často jsou vykoupeny časovou náročností. A právě proto se tato práce zabývá numerickými metodami zpracování bakteriálního genomu, které by mohly být vhodnou alternativou pro současné metody, a to jak po stránce kvality, tak po stránce výpočetní náročnosti. V práci jsou postupně představeny současné metody pro zpracování genomů in silico a navrženy vhodné numerické reprezentace pro celogenomovou analýzu. Některé z těchto metod jsou naprogramovány a jsou využity v diplomové práci, kde jsou testovány různé matematické a statistické metody, které by mohly vést k úspěšnému druhovému rozlišení bakterií podle numerických reprezentací jejich genomů.
Detection of car accident and collapse by Android smartphone
Repčík, Tomáš ; Ronzhina, Marina (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bachelor thesis “Detection of car accident and collapse by Android smartphone” describes theoretical basics of a collapse and a car accident. With help of 23 volunteers, data has been collected from daily tasks, simulating collapses and driving. Based on that a model with capability to classify a car accident was created. The detection of collapse uses neural network with accuracy of 86 %. The detection of car accident uses accelerometer and GPS. To indicate the car accident a high acceleration created by the accident and absence of moving car is required. Next, the application was tested by all available data and by the volunteers in daily life, who used the application for 520 h.
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem
Karmazinová, Inna ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá hledáním překryvů mezi signály ze sekvenace nanopórem z přístroje MinION verze R9. Teoretická část se věnuje metodám sestavování genomu – hladovým algoritmům, dále grafovým overlap-layout-consensus (OLC) a de Bruijnovým grafům. Novým přístupem je sekvenování nanopórem a sestavování genomu z těchto dat. Oxford Nanopore Technologies představili přístroj MinION, který zjednodušuje sekvenování s využitím změny proudu při průchodu DNA nanopórem. Chybovost přístroje je stále vysoká, problém nastává při překladu signálu do nukleotidů. S využitím rozdílového signálu, případně i dynamického borcení časové osy, je možné nalézt překryvy mezi jednotlivými signály. Sestavování genomu s využitím původního signálu z MinION, by mohlo zlepšit přesnost metody.
Preference synonymních kodonů v mitochondriálním genomu
Urbanová, Hedvika ; Cicková, Pavlína (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá preferencí synonymních kodonů v mitochondriálním genomu. Jsou zde teoreticky rozebrány základní pojmy z oblastí bioinformatiky a genetiky. Kodonová preference je představena spolu s parametry, které ji charakterizují. Praktická část bakalářské práce se zabývá návrhem funkcí pro výpočet parametrů kodonové preference. Mezi naprogramovanými parametry je relativní četnost synonymních kodonů, relativní adaptační index, kodonový adaptační index a homozygotnost kodonů. Dále je provedena analýza kodonové preference u mitochondriálního genomu Homo sapiens.
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí pozitivní a negativní selekce v mitochondriálním genomu bezobratlých a obratlovců. Součástí práce je zpracovaná teorie evoluce a evolučních modelů. Hlavním bodem práce je vytvoření souboru algoritmů pro detekci pozitivní a negativní selekce v programovém prostředí RStudio. Následně jsou výsledky porovnány s hodnotami získanými nástrojem PAML.
Vyhodnocení numerických reprezentací pro detekci překryvů
Pleskačová, Barbora ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Jugas, Robin (vedoucí práce)
Bakalářská práce je zaměřena na vyhodnocení numerických reprezentaci pro detekci překryvů. Úvodní část se věnuje popisu struktury deoxyribonukleové kyseliny. Dále jsou popsány sekvenační metody a techniky pro sestavení genomu. Další část se zabývá numerickými reprezentacemi, které převádějí sekvence DNA do numerické podoby. Na základě metrik podobnosti je otestováno použití těchto reprezentací pro detekci překryvů mezi čteními DNA. V praktické části práce je navržen a zrealizován algoritmus pro detekci překryvů za využití numerických reprezentací. Algoritmus je následně otestován na datech.
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
Analýza genetické variability v sekvenačních datech treponemálních kmenů
Bartoň, Vojtěch ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá metodami určení genetické variability v sekvenačních datech. Sekvenovaným organismem je několik kmenů bakterie Treponema pallidum. Bakterie byly osekvenovány na platformě Illumina. Navrhujeme postup určení variabilních míst v resekvenovaných genomech a jejich následné zkoumání v rámci jednoho genomu, tak i porovnání napříč všemi zpracovávanými genomy.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 62 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.