|
|
Ecological characteristics of nivicolous slime molds with respect to climate change
Leshchenko, Yuliia ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Man, Matěj (oponent)
Tato diplomová práce se zaměřuje na nivicolne hlenek, skupinu amoeboidních prvoků široce rozšířených v terestrických ekosystémech, zejména v alpinských, subalpinských a arktických oblastech. Hlavním cílem je rozlišit, zda podskupiny nivicolných hlenek mají odlišné prostorové požadavky, a identifikovat klíčové environmentální faktory ovlivňující jejich rozšíření. K predikci vhodnosti prostředí těchto podskupin ja používá modelování rozšíření druhů (SDM) pomocí tří metod (MaxEnt, BIOCLIM a Fandom Forest). Tři odborníci na taxony hlenek ověřili predikce modelů. Tato diplomová práce také zkoumá potenciální dopad změny klimatu na jejich rozšíření pomocí scénářů budoucího klimatu. Výsledky naznačují, že SDM možná plně nezachycují složitost požadavků na prostředí nivicolných hlenek v evropské části palearktické oblasti. Byly však rozpoznány klíčové bioklimatické proměnné pro studijní skupinu: sezónnost teploty, srážky nejteplejšího čtvrtletí a maximální teplota nejteplejšího měsíce. Hodnocení odborníky odhaluje některá omezení týkající se výzkumného designu, jako je potřeba přesné kategorizace druhů a zohlednění jemnoškálových environmentálních variací v oblasti studia. Klíčová slova: nivikolní hlenky, Lamproderma, environmentální nika, modelování distribuce druhů, suchozemské ekosystémy.
|
|
|
Vývoj vnitrodruhové diverzity invazního patogenu olší Phytophthora ×alni
Pecka, Štěpán ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Sedlářová, Michaela (oponent)
Phytophthora alni s. l. (plíseň olšová, Peronosporomycetes: Stramenopila) je invazní patogen způsobující fytoftorovou hnilobu kořenů a krčků olší. Z Evropy je znám od 90. let, z ČR od roku 2001. V rámci druhového komplexu P. alni s. l. jsou známy tři druhy. V Evropě v současnosti nejrozšířenější triploidní Phytophthora ×alni (Phytophthora alni subsp. alni) vznikl hybridizací mezi druhými dvěma taxony. Analýzou mikrosatelitů byly v předchozích pracích objeveny desítky genotypů, kterým však dominoval genotyp jediný (Pxa-1) a většina ostatních genotypů z něj byla odvozená. Tyto práce se však rozcházely v tom, jestli zastoupení tohoto genotypu v čase narůstá, či klesá ve prospěch jiných genotypů. Tato diplomová práce porovnává změny populace P. ×alni v povodí Vltavy za posledních čtrnáct let, během kterých došlo na mnohých lokalitách k výraznému úbytku dostupných hostitelů tohoto patogenu. Pro určení multilokusových genotypů bylo využito 10 mikrosatelitů. Mezi 94 izoláty P. ×alni spolehlivě určenými na úroveň genotypu bylo 23 různých genotypů. Žádný z těchto genotypů, kromě dominantního, však nebyl nalezen na stejných lokalitách opakovaně. Byl patrný nárůst zastoupení dominantního genotypu (z 63 % na 86 %). Většina ostatních genotypů byla jen mírně odlišná od Pxa-1 (nejčastěji ztrátou heterozygozity)....
|
|
|
Infection pathway of Hymenoscyphus fraxineus and its interactions with ash mycobiota
Haňáčková, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Adamčíková, Katarína (oponent) ; Botella Sánchez, Leticia (oponent)
Nekróza jasanu je choroba, která na začátku 21. století zasáhla populace původních druhů jasanů v celé Evropě. Způsobuje nekrotické skvrny na listech, nekrózy výhonů a větví a především u mladých jedinců celkové odumření stromu. Nekrózou jasanu je napadán obzvláště F. excelsior. Původcem onemocnění je nepůvodní vřeckovýtrusná houba z Asie - Hymenoscyphus fraxineus. Cíle této dizertační práce byly následující: 1) studovat populační strukturu H. fraxineus na různých škálách - na regionální škále (české populace) a na úrovni jednotlivých řapíků, toto měřítko mělo sloužit k potvrzení infekční cesty patogenu; 2) objasnit efekt H. fraxineus na saprotrofy v opadu (jmenovitě H. albidus) a 3) porovnat endofytickou mykobiotu tolerantních a citlivých stromů a testovat antagonistické interakce těchto hub proti patogenu. Analýza českých populací zjistila nižší průměrnou genovou diverzitu v porovnání s dalšími evropskými populacemi. Jedna česká populace se od zbytku signifikantně lišila kvůli nejnižší hodnotě allelic richness a velmi nízké průměrné genové diverzitě. Výsledky naznačují, že i přes minimální rozdíly mezi evropskými populacemi můžou lokální ekologické nebo epidemiologické faktory ovlivňovat strukturu populací H. fraxineus. V navazující studii byly izolovány a genotypovány kmeny H. fraxineus z řapíků...
|
|
|
Arthroderma v srsti volně žijících hlodavců
Moulíková, Štěpánka ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Koukol, Ondřej (oponent)
Arthroderma je největší rod dermatofytů, hub způsobujících kožní infekce. Tento rod však bývá nejčastěji izolován z půdy obohacené o keratin. Ve své práci jsem izolovala zástupce rodu Arthroderma ze srsti volně žijících hlodavců v České republice. Získané izoláty (n = 29) jsem za použití polyfázického přístupu charakterizovala geneticky (ITS rDNA, tubb a tef1α), morfologicky, fyziologicky a pomocí křížicích experimentů. Druhá část práce spočívala ve využití data miningu ITS sekvenčních dat z databází GenBank a GlobalFungi, jehož cílem bylo objasnit biogeografii a ekologii druhů rodu Arthroderma. Celkem jsem izolovala osm druhů, z nichž čtyři jsou nově popsány. Tyto druhy se vyskytují i mimo Českou republiku a hlodavce, jsou známy sekvence i izoláty z jiných druhů zvířat a půdy v Evropě, Severní Americe a Asii. Data získaná pomocí data miningu potvrzují, že ekologická valence rodu Arthroderma je široká - některé druhy se zdají být vázány na zvířata (zde popsaný druh A. rodenticum), jiné se vyskytují typicky v půdě. Nízké počty sekvencí rodu Arthroderma v půdě však nasvědčují tomu, že se nejedná o půdní generalisty, ale o druhy závislé na přísunu keratinu. Toto je první práce využívající data mining pro studium rozšíření, ekologie a druhové diverzity dermatofytů. Klíčová slova: Arthroderma, data...
|
|
|
Sekundární metabolity a antimikrobiální účinky neotropických zástupců rodu Hermatomyces
Ježková, Tereza ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Žabka, Martin (oponent)
Druhy rodu Hermatomyces (Pleosporales) se vyskytují jako saprotrofové na dřevě a v opadu v tropických oblastech. Jelikož sekundární metabolity tohoto rodu nebyly doposud zkoumány, zaměřuje se tato práce na jejich výzkum. V této diplomové práci byly ověřeny antifungální vlastnosti rodu Hermatomyces, a to pomocí párovacích pokusů na agarových plotnách a testováním minimálních inhibičních koncentrací extraktů získaných z houbové biomasy. Extrakt jednoho vybraného kmene H. reticulatus CCF 5893 byl separován preparativní metodou HPLC. Vybrané biologicky aktivní frakce byly purifikovány a analýzou nukleární magnetické rezonance a rentgenovou krystalografií byla stanovena chemická struktura separovaných látek. U tohoto druhu byly objeveny dvě sloučeniny: palmarumyciny C2 a C12, které mají antifungální vlastnosti. Dále bylo porovnáno celkem 25 kmenů Hermatomyces na základě produkce sekundárních metabolitů (testováním jejich minimálních inhibičních koncentrací a porovnáním HRMS dat). Unikátní látky produkoval H. megasporus, který také vykazoval nejvyšší antimikrobiální aktivitu ze všech druhů, a je tedy nejvhodnějším druhem pro další studium antimikrobiálních sloučenin tohoto rodu.
|
|
|
Využití molekulárních markerů pro studium vlivu globálních změn na společenstva hub
Faltysová, Julie ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Koukol, Ondřej (oponent)
Houby jsou nezbytnou součástí života na Zemi. Mimo svou hlavní roli v rozkladu organické hmoty patří také mezi významné symbiotické organismy a podílí se na poskytování celé řady ekosystémových služeb důležitých pro člověka jako je například primární produkce rostlin a s tím spojená dostupnost potravin, či regulace půdní vody. Pro studium distribuce hub se často využívá metody tzv. DNA metabarcodingu, která kombinuje využití specifických molekulárních markerů, nejčastěji univerzálního houbového ITS, a masivně paralelního sekvenování. Význam této metody v současné době měnícího se prostředí roste, a pomáhá nám sledovat změny v houbových společenstvech vlivem globálních změn. Ukazuje se, že především klimatické faktory jako je oteplování, změny ve srážkovém režimu a depozice dusíku, významně ovlivňují složení společenstev a zastoupení jednotlivých funkčních skupin hub. Tyto změny pak mohou mít následně vliv na fungování celých ekosystémů, a může být tak ohrožena jejich rovnováha. Klíčová slova: molekulární markery, DNA metabarcoding, společenstva hub, oteplování, změna klimatu, depozice dusíku
|
|
| |
|
| |
|
|
Charakteristika společenstva hub na opadu smrku ztepilého kultivací a analýzou T-RFLP
Kolářová, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Houby mají důležitou funkci při dekompozici jehličnatého opadu a ovlivňují koloběhy živin v lesních ekosystémech. Proto je kladen velký důraz na prozkoumání diverzity těchto organismů. Cílem této práce bylo popsat diverzitu hub smrkového opadu a vývoj tohoto společenstva v čase na lokalitách regenerujích po kůrovcovém poškození. Dalším cílem bylo porovnat lokality lišící se různou délkou tohoto poškození. Lokality byly vybrány v NP Šumava, kde byly instalovány opadové sáčky s jehličím, které se odebíraly v průběhu třech let. Diverzita hub a změny ve společenstvu byly zjišťovány dvěma metodami: kultivací jehlic na 2ř sladinovém agaru a fingerprintovou metodou T-RFLP. Kultivací jehlic na agarovém médiu bylo v průběhu tříleté sukcese získáno dohromady 71 druhů hub z obou lokalit. Pomocí T-RFLP bylo celkově zaznamenáno 122 různých fragmentů. Dominantními druhy byly Scleroconidioma sphagnicola, Thysanophora penicillioides, Hormonema dematiodes, Ceuthospora pinastri, druhy rodu Chalara, Trichoderma polysporum, Mycena galopus a blíže neurčený druh Helotiales sp. 1. Primární saprotrofové se ve společenstvu vyskytovaly hlavně prvních 8 měsíců, poté je začaly nahrazovat bazidiomycety. Vliv různé délky kůrovcového poškození na druhové složení hub se prokázal jako signifikantní. Tyto rozdíly byly mnohem více patrné pro...
|
|
|
Diversita, fylogeneze a ekologie zástupců čeledi Geastraceae
Zehnálek, Petr ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Kříž, Martin (oponent)
Čeleď Geastraceae je kosmopolitně rozšířenou skupinou hub se saprotrofním způsobem výživy. Její zástupci nesou základní rysy již neexistující třídy Gasteromycetes. Plodnice s angiokarpní morfologií se vyznačují dobře vyvinutými obaly plodnic s velmi odlišnými funkcemi. Častý a pro čeleď typický je i hvězdovitý tvar plodnice. Tato bakalářská práce se zabývá čeledí Geastraceae a klade si za cíl podat základní přehled o současné úrovni poznání této skupiny hub. Jedná se o skupinu se zaznamenanou ze všech kontinentů kromě Antarktidy. Zástupci čeledi Geastraceae jsou nalézáni na různých lesních i nelesních stanovištích a jedná se o saprotrofní druhy. Zástupci této čeledi jsou charakterističtí svou morfologií, k níž se váže řada speciálních termínů, a proto bude podrobně rozebrána. Cílem je také zrekapitulovat historický vývoj postavení čeledi Geastraceae v rámci systému stopkovýtrusných hub. Nedávné molekulárně fylogenetické studie přinesli překvapující poznatky o vnitřní taxonomii čeledi Geastraceae a příslušnost několika rodů do čeledi Geastraceae byla zpochybněna.
|
host ::
RSS.