|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
Evolutionary history of hedgehogs from genus>Erinaceus
Černá Bolfíková, Barbora ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent) ; Kryštufek, Boris (oponent)
Ježci rodu Erinaceus jsou velmi zajímavý model pro studium dopadu pleistocénních klimatických změn na procesy spojené se vznikem nových druhů. Erinaceus europaeus a E. roumanicus prošli divergencí v jižních refugiích a vytvořili sekundární kontaktní zónu ve střední Evropě. Nejširší část této zóny je v České republice. Naše práce těží z této výhodné pozice a studuje procesy jako je reinforcement, posun znaků a hybridizace. Dále jsme se zabývali biologickými invazemi a tématy spojenými s procesy v peripatrii. Za využití kombinace jaderné a mitochondriální DNA jsme detekovali odlišnosti v populační struktuře obou druhů i rozdíly mezi pohlavími. E. roumanicus se vyskytuje především v nížinách. Areály obou druhů expandují a hybridizace může hrát určitou roli během vzniku reprodukčních bariér. S použitím 3D geometrické morfometriky jsme nezaznamenali ekologický posun znaků. Populace v sympatrii jsou si podobnější než v allopatrii. Další studie se zabývá odlišnostmi společenstev parazitů u sympatrických populací a diskutuje roli vztahů parazit - hostitel při speciaci. Studie provedená u novozélandských populací byla založena na srovnání historických a genetických dat s použitím Bayesiánského modelování (ABC), metody mimořádně vhodné k řešení složitých populačních historií. Podle genetické struktury byl...
|
|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Genetická struktura invazních populací savců na ostrovech
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Biologickou invazi chápeme jako zavlečení (introduction), ustálení se (establishment) a rozšíření (spread) organismu do nové, pro druh nepůvodní oblasti. Jedná se o přirozený proces, který je výrazně znásoben činností člověka a je jedním z faktorů ohrožujících biologickou diverzitu a stabilitu přirozených ekosystémů. Porozumět vývoji i současnému stavu invazních populací je důležité zejména při plánování projektů na vyhubení invazních druhů z určité oblasti, aby se zabránilo jejich negativnímu vlivu na prostředí. Jednou z možností výzkumu současného stavu invazních populací i jejich historie je analýza genetického materiálu. Tato bakalářské práce shrnuje dosavadní poznatky o invazních populacích malých savců na ostrovech, se zaměřením právě na genetické studie. Konkrétně se jedná o studie potkanů obecných (Rattus norvegicus) na ostrově Moturemu a pěti souostroví u pobřeží Bretaně; krys obecných (Rattus rattus) na ostrově Guadeloupe, Congo Cay, Madagaskar, na souostroví Sainte Anne a Kanárských ostrovech; krys ostrovních (Rattus exulans) na ostrově Tatiaroa; myší domácích (Mus musculus) na ostrově Marion; myší západoevropských (Mus musculus domesticus) na Kerguelenových ostrovech; veverek obecných (Sciurus vulgaris) na ostrově Jersey; ježků západních (Erinaceus europaeus) na Novém Zélandu; rejsků malých...
|
|
|
Vyvozování demografické historie populací z genomových dat
Simandlová, Sára ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, které se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně představuji průběh experimentu při vyvozování demografické historie populací, kde rozvádím jednotlivé kroky a uvádím přístupy a metody, které se v dnešní době využívají. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Dále čtenáře seznamuji s nejpoužívanějšími softwarovými balíčky pro vyvozování demografické historie populací a poskytuji jejich srovnání.
|
|
|
Vyvozování demografické historie populací z genomových dat
Simandlová, Sára ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová data
|
|
|
Evoluce domestikace psa a genetická diverzita recentních plemen.
Ungrová, Lenka ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Vinkler, Michal (oponent)
Místo, datování a průběh prvních fází domestikace jsou nejčastěji zkoumanými tématy při studiu evoluce domestikace psů. Ačkoliv existuje mnoho studií, kolem domestikace a divergence psa od vlka je stále mnoho otazníků. Pozdější fáze domestikace jsou neméně zajímavé. Je známo, že prototypy psích plemen se formovaly mnohem dříve, než vznikaly první chovatelské kluby. Dá se říci, že první selekční tlak byl, kromě krotkosti, také na druh práce, kterou měl pes vykonávat. Druhá fáze selekce již byla na konkrétní fenotypové znaky a často zahrnovala cílené hybridizace mezi vznikajícími plemeny. Za posledních 200 let se tak podařilo vyšlechtit přes 400 psích plemen s jedinečnou kombinací znaků. Tato práce si klade za cíl shrnout poznatky o evoluci psa domácího a zmapovat vznik moderních plemen z genetického hlediska. Práce také shrne, jaké geny a znaky evoluce psa a jeho domestikace ovlivnily a jaký měly vliv na genetickou diverzitu psích plemen.
|
|
|
Význam hybridizace v evoluci živočichů
Šárová, Markéta ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současnosti se objevuje stále více studií, které ukazují, že mezidruhová hybridizace a s ní spojená genová introgrese mají zcela zásadní vliv na evoluci živočichů. Tyto studie zdůrazňují, že hybridizace a s ní spojená genová introgrese jsou důležitým zdrojem genetické variability. V rámci procesu adaptivní genové introgrese se mezi druhy mohou šířit i adaptivní vlastnosti, které mohou druhům pomoci rozšířit se do nových prostředí. Mezidruhová hybridizace může přispívat ke vzniku zcela nových fenotypů a unikátních evolučních novinek a vést tak k adaptivním radiacím. Hybridizace také může být příčinou paralelní evoluce u mnohých organismů. Další způsob, jak hybridizace ovlivňuje evoluci, se týká speciace. Hybridní speciace může být jednou z příčin vzniku nových druhů, čímž může přispět ke zvýšení biodiverzity. V mnoha případech má však hybridizace zcela opačné dopady a představuje nebezpečí zániku druhů. Cílem této bakalářské práce je shrnutí a vysvětlení výše popsaných procesů a mechanismů jejich fungování, uvést vybrané příklady živočichů, kterých se tyto procesy týkají, a celkově zhodnotit roli mezidruhové hybridizace v evoluci živočichů. Klíčová slova: mezidruhová hybridizace, adaptivní genová introgrese, adaptivní radiace, paralelní evoluce, hybridní speciace
|
|
| |
|
|
Evoluční aspekty domestikace psa a jeho hybridizace s vlkem
Ptáčníková, Aneta ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
Pes domácí (Canis lupus familiaris) je jedním z nejrozšířenějších domestikovaných druhů živočichů na světě. Objasněním procesu domestikace psa se zabývá spousta vědeckých studií, nicméně jejich výsledky se mezi sebou mnohdy velmi liší. Vynesení konečného závěru o jeho původu komplikují těžce identifikovatelné archeologické nálezy a také dávné křížení s jeho předkem, vlkem obecným (Canis lupus). V průběhu domestikačního procesu došlo u psů k vytvoření nejrůznějších adaptací, kterými se přizpůsobili na život po boku člověka. Adaptace se týkají jak chování, tak i způsobu zpracování potravy. Aktuálním problémem je křížení psů a vlků ve volné přírodě. Tento jev by mohl ohrozit genetickou integritu u nyní rozšiřující se evropské vlčí populace.
|
host ::
RSS.