|
|
Algebra duálních kvaternionů v analýze obrazu
Hrubý, Jan ; Návrat, Aleš (oponent) ; Hrdina, Jaroslav (vedoucí práce)
Práce má dva cíle - zaprvé seznámit čtenáre s klasickým využitím kvaternionu a duálních kvaternionu v geometrii, zadruhé zobecněním Fourierovy transformace do množiny duálních kvaternionu. Nejprve se věnuje algebraickým vlastnostem a struktuře kvaternionu a zpusobům jejich zápisu. Poté jsou zavedena duální čísla a pomocí nich následně duální kvaterniony. Dále se práce zabývá vyjádřením rotací a translací pomocí kvaternionu a duálních kvaternionu, které umožňují jejich snadný popis. Nakonec je definována diskrétní duální kvaternionová Fourierova transformace a je odvozen algoritmus pro její efektivní výpočet, který je poté realizován jako kód v programovém prostrední MATLAB.
|
|
|
Webová aplikace pro podporu výuky bioinformatiky - genetický kód
Kilián, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
V této práci jsou stručně popsány základní poznatky z molekulární biologie. Práce sa zabýva převodem informace z DNA přes RNA do proteinu, taktéž jsou stručně popsány metody a algoritmy zabývající se detekcí genů. Větší část práce se zabýva rozpoznáváním startovacích signálů a určovaním kódujících sekvencí a jejich následnou transkripcí a translací, čehož demonstrační program bylo potřeba vytvořit. Výsledkem je webová aplikace jako výukový systém.
|
|
|
Vyhledávání genů - webová aplikace
Stiborová, Lucie ; Koutný, Jiří (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je vytvořit uživatelské rozhraní a naimplementovat samotnou webovou aplikaci se zaměřením na vyhledávání genů. Jedná se o výukovou aplikaci, kdy každý uživatel má možnost zadání vlastní sekvence nukleotidů, popřípadě vybrání předdefinovaného řetězce. Tato aplikace musí být schopna načíst, zpracovat a rozhodnout o existenci potencionální genu. Na základě jednoduché statistické metody předá výsledek zpět uživateli.
|
|
|
3D scene reconstruction using Clifford algebras
Hrubý, Jan ; Návrat, Aleš (oponent) ; Hrdina, Jaroslav (vedoucí práce)
This master thesis has as its goal to introduce to reader still quite new and unknown part of mathematics, the geometric algebra. First the basic definitions are presented and then the properties of general geometric algebra are studied. Large part of the text is dedicated to the Conformal geometric algebra which is currently one of the most frequently studied and applied geometric algebra. Its algebraic and geometric properties are described, particularly its ability do represent certain geometric object as vectors. We are also allowed to compute their intersections and conformal transformations. Next part of the text is devoted to applications of Conformal geometric algebra. First in description of a kinematics of a robotic arm and then in binocular vision.
|
|
|
Východiska evropského přístupu k environmentální spravedlnosti
Valachová, Emilie ; Tesař, Jakub (vedoucí práce) ; Dostál, Jan (oponent)
Tato diplomová práce se věnuje procesu šíření myšlenky environmentální spravedlnosti do Evropy. Na příkladech Velké Británie a Slovenska sleduje, jakými cestami se environmentální spravedlnost do těchto zemí dostala a jak se v průběhu proměnila. Práce se zaměřuje na odbornou diskuzi jako jeden ze segmentů diskurzu o environmentální spravedlnosti. Na základě teorie translace zkoumá oblasti, kde se experti setkávali s myšlenkou environmentální spravedlnosti. Dále se zajímá o teoretická východiska i obsah environmentální spravedlnosti v místním diskurzu, zejména z hlediska modifikací za účelem přiblížením konceptu lokálnímu kontextu. Pomocí interpretativní kvalitativní analýzy odborných publikací vydaných autory působícími na britských nebo slovenských institucích bylo zjištěno, že proces translace do Evropy stále není ukončen a neprobíhá uniformní metodou. Zatímco ve Velké Británii větší roli sehrály americké publikace o environmentální spravedlnosti a významným mechanismem se stalo propojení environmentální spravedlnosti s udržitelným rozvojem, na slovenskou odbornou diskuzi měly dopad spíše osobní kontakty s mezinárodním prostředím. Translace na Slovensko však prozatím probíhá v omezené míře, neboť diskuzi o environmentální spravedlnosti tvoří pouze Richard Filčák a zaměřuje ji na otázku romské...
|
|
|
Kde se transkripce setkává s translací
Hegrová, Karolína ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Transkripce a translace patří ke stěžejním krokům genové exprese. V procesu transkripce má hlavní roli enzym RNA polymeráza (RNAP), zatímco translace probíhá na ribozomu. U bakterií tyto dva děje nejsou odděleny, RNAP a ribozom na sebe vzájemně působí, a dochází k tzv. transkripčně- translačnímu spojení. V této práci se věnuji mechanismu transkripce a translace, s hlavním zaměřením na transkripčně-translační vazby. Tyto vazby rozděluji na nepřímé, které jsou způsobeny regulačními molekulami, a přímé, kdy se ribozom přímo váže s RNAP. Při fyzickém spojení dochází buď k těsnému propojení mezi těmito molekulami, nebo vzniku mostu, který je tvořen transkripčními faktory. Dále popisuji regulační funkci tohoto spojení a vysvětluji výjimky, kdy se transkripce a translace nespojují. V poslední části práce se soustředím na elongační faktor Tu (EF-Tu), jeho významnou roli v metabolismu, interakce s proteinem MreB a také na to, jak tento faktor využívají některé bakteriofágy. Konečně, zmiňuji jeho možnou roli v transkripčně-translačních vazbách. Klíčová slova: transkripce, translace, transkripčně-translační spojení, RNA polymeráza, ribozom, transkripční faktory, elongační faktor Tu
|
|
|
Buněčné faktory ovlivňující antibiotickou rezistenci udílenou ABC-F proteiny
Kýr, Jan ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Dolejšová, Tereza (oponent)
Antibiotická rezistence je jedním ze závažných problémů, kterým musí moderní medicína čelit. Pro její kontrolu je důležité nejprve pochopit detailně mechanismy, kterými obcházejí rezistentní patogeny účinek antibiotik. Jednou z významných rodin proteinů udílející rezistenci k 50S vazebným antibiotikům je ARE ABC-F rodina. Členem této rodiny proteinů je protein MsrA, který udílí rezistenci k 14- a 15-členným makrolidům. Bylo zjištěno, že mutace v chaperonovém neesenciálním proteinu ClpX, vedoucí ke ztrátě jeho funkce, významně podporují působení proteinu MsrA. To vede k významnému nárustu rezistence udílené tímto proteinem. Přesný mechanismus, kterým ClpX působí na funkci MsrA, je dosud neznámý. V této diplomové práci bylo dokázáno, že chaperonový protein ClpX ovlivňuje rezistenci k erythromycinu udílenou proteinem MsrA, díky interakci s neznámým esenciálním proteinem, která je zprostředkována pomocí funkční N-koncové-zinek-vazebné domény chaperonu. Dále bylo v rámci této práce prokázáno, že vyřazení GluTR z funkce má za následek ztrátu schopnosti MsrA udílet rezistenci. Výsledky této práce budou základem pro další výzkum, který povede k detailnějšímu pochopení mechanismu rezistence udílené těmito proteiny a možná i k navržení postupů, jak zabránit šíření této rezistence. Klíčová slova Antibotická...
|
|
|
The role of ribosomal proteins in the plant development
Jirásková, Veronika ; Raabe, Karel (vedoucí práce) ; Smýkal, Petr (oponent)
Translace je jedním ze základních procesů probíhajícím v buňce, během translace dochází k syntéze proteinů podle informace zapsané v mRNA. Nejvíce prozkoumaným elementem v translaci je ribozom, molekulární komplex složený z rRNA a ribozomálních proteinů. V rostlinách je většina ribozomálních proteinů kodována více než jedním genem, což může vést k subfukcionalizaci a neofunkcionalizaci paralogů ribozomálních proteinů ve vývoji rostlin nebo k reakci na podmínky prostředí. Sestavení ribozomálních podjednotek ze zcela odlišných paralogů ribozomálních proteinů může vést k tvorbě funkčně odlišných populací ribozomů se specializovanou funkcí v translaci a její regulaci v rostlinách. Cílem této práce bude přehledně shrnout dosavadní data o funkcích jednotlivých ribozomálních proteinů během růstu a vývoje. Klíčová slova translace, regulace translace, ribozom, ribozomální proteiny
|
|
| |
|
|
Molekulárně-dynamické simulace biomolekul - komplexů sestávajících z proteinů a nukleových kyselin
Melcr, Josef ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Bok, Jiří (oponent)
Byla provedena rešerše literatury týkající se elongačního faktoru Tu (EF-Tu), který se podílí na procesu translace genetické informace. Dále byly studovány výpočetní metody molekulární dynamika (MD) a Monte Carlo (MC). Byly vytvořeny vlastní počítačové programy pro MD a MC simulace Lennard-Jonesovského plynu. Metoda molekulární dynamiky byla aplikována na komplex EF-Tu s~GTP. MD simulace byly provedeny prostřednictvím softwarových balíků NAMD a ACEMD. K výpočtům byly využity jednak mnohaprocesorové PC klastry a jednak programovatelné grafické procesory NVIDIA. MD simulace EF-Tu umožnily identifikovat vazebnou pozici pro jednomocné ionty v oblasti aktivního místa. Detailně byly vyhodnoceny dopady této vazby na celou řadu evolučně konzervovaných residuí EF-Tu (His85, Val20, Ile61, Asp21, Tyr47, Asp87 atd.)
|
host ::
RSS.