Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 24 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Targeted modifications of the protein-protein interactions: Ternary complex of interferon-γ as a model system
Zahradník, Jiří ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Klíčovým požadavkem pro detailní porozumění biologických procesů, až na molekulární úroveň, je znalost struktury interagujících molekul a jejich komplexů. Jako modelový systém, pro naši studii, jsme si zvolili IFN-γ. Ačkoliv je tato molekula jedním ze zásadních modulátorů imunitní odpovědi, a je studována již více než 60 let, tak struktura přídavného receptoru (IFN-γR2) a porozumění celému komplexu je nedostačující. V této práci jsme se nejprve zabývali binárním systémem IFN-γ s jeho receptorem, který vykazuje vysokou afinitu k IFN-γ a prostorová struktura obou dvou molekul je známa. Zaměřili jsme se tedy na modulaci afinity mezi IFN-γ a tímto receptorem. Náš přístup spočíval v inovativní metodě založené na modulaci stability protein-proteinových interakcí pomocí mutagenizace aminokyselinových zbytků umístěných uvnitř struktury proteinu. Podařilo se nám zvýšit afinitu testované interakce sedmkrát. Druhá část projektu byla zaměřena na krystalizaci, vyřešení a popis struktury druhého - přídavného receptoru pro IFN-γ. Naše analýza variabilních aminokyselinových zbytků na povrchu tohoto proteinu a strukturně příbuzných receptorů z rodiny typu II odhalila možné vazebné místo pro IFN-γ. Ve třetí části naší práce jsme se zaměřili na krystalizaci IFN-γ z platýze druhu Paralichthys olivaceus a tuto...
Automated determination of earthquake source parameters
Vackář, Jiří ; Zahradník, Jiří (vedoucí práce) ; Evangelidis, Christos (oponent) ; Fischer, Tomáš (oponent)
Název práce: Automatizace určování zdrojových parametrů zemětřesení Autor: Jiří Vackář Katedra: Katedra geofyziky Vedoucí disertační práce: prof. RNDr. Jiří Zahradník, DrSc., Katedra geofyziky Abstrakt: Tato práce se zabývá metodami pro automatické určení parametrů seis- mického zdroje. Studovali jsme vliv použitého rychlostního modelu a ukazujeme příklad, jak tento model může být vylepšen pomocí naměřených dat. Vyvinuli jsme nový, zcela automatický nástroj pro určení momentového tenzoru v baye- sovské formulaci. Tento nástroj zahrnuje automatické stahování dat z ArcLink serveru nebo načtení lokálně uložených dat. Jsou detekovány instrumentální po- ruchy a zasažené komponenty jsou automaticky vyloučeny z dalšího zpracování. Principem této detekce je modelování poruchy dle instrumentální odezvy pří- stroje a porovnání této modelované poruchy s naměřeným záznamem. Frekvenční rozsahy pro filtraci záznamů a časová okna pro inverzi jsou určována automa- ticky dle epicentrální vzdálenosti. Jádrem metody je inverze celých vlnových obrazů v prostoro-časové síti okolo zadaného hypocentra. V inverzi používáme kovarianční matici dat určenou z analýzy seismického šumu zaznamenaného před zemětřesením. Tato matice funguje jako vážení stanic dle úrovně jejich šumu a také jako automatický frekvenční filtr potlačující...
Analýza rychlosti šíření trhliny pro vybraná zemětřesení z regionálních záznamů povrchových vln
Čejka, František ; Gallovič, František (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
Supershear zemětřesení jsou zajímavým fenoménem, pro který neexistuje robustní aparát na jeho určení. V roce 2012 publikovali Vallée a Dunham (2012) metodu, která se zabývá studiem vlnového pole v daleké zóně při supershear zemětřeseních. Odvodili, že vlnové pole jednostranných supershear zemětřesení má až na násobek velmi podobný průběh povrchových vln ve směrech Machova kuželu jako jev menší, který měl podobný mechanismus a proběhl v blízkosti hlavního jevu. V této práci přebíráme zmíněnou metodu a vytváříme vlastní skript v programovacím jazyku Python za využití knihovny ObsPy. Program stahuje a zpracovává volně dostupná data z celosvětových databází. Program jsme nejdříve otestovali na zemětřesení v čínském Kokoxili z roku 2001, které bylo studováno v původním článku. Naše výsledky se shodovaly s publikovanými výsledky. Dále jsme metodu aplikovali i na další potenciální supershear zemětřesení: Denali 2002, Yushu 2010 a Egejské moře 2014 a testovali tak její robustnost na jiných jevech. Zjistili jsme, že metoda je relativně stabilní pro velké jevy v případě, že je velký rozdíl mezi hlavním a menším jevem. Pro menší supershear trhliny můžeme mít problém s přesným nastavením frekvencí, na kterých je metoda založena, a seismickým šumem.
The source process of Greek earthquakes
Křížová, Dana ; Zahradník, Jiří (vedoucí práce) ; Málek, Jiří (oponent) ; Šílený, Jan (oponent)
Název: Ohniskový proces eckých zem t esení Autor: Dana K ížová Katedra: Katedra geofyziky Vedoucí diserta ní práce: Prof. RNDr. Ji í Zahradník DrSc., Katedra geofyziky Abstrakt: Výzkum momentových tenzor (MT) a jejich neur itostí pat í k úlohám moderní seismologie. Dizertace se zabývá p edevším izotropní složkou t í m lkých zem t esení: Jevu A v Krétském mo i (Mw 5.3) a dvou nejsiln jších jev roje u ostrova Santorini, B (Mw 4.9) a C (Mw 4.7). MT je po ítán inverzí kompletních vlnových obraz za p edpokladu 1D rychlostních model . Obrácená úloha je nelineární v centroidální hloubce a asu a lineární v šesti parametrech MT, z nichž jedním je stopa MT. Neur itost izotropní složky je studována novým postupem (K ížová et al., 2013). Stopa MT se systematicky m ní a zbývající parametry jsou optimalizovány. Metoda poskytuje obraz o vazbách mezi izotropní složkou, hloubkou a ohniskovým mechanizmem. Izotropní složka závisí na p edpokládaném rychlostním modelu; ze dvou existujících model preferujeme model s nižším kondi ním íslem. V n m je (kladná) izotropní složka nejsiln ji indikována u jevu B. K rychlému odhadu existence významné izotropní složky p edkládáme novou empirickou metodu (K ížová et al., 2016). Je založena na porovnání hloubkové závislosti korelace (mezi reálnými a syntetickými seismogramy) pro plný a...
Radarový výškoměr pro ultralehký letoun
Zahradník, Jiří ; Zemčík, Pavel (oponent) ; Maršík, Lukáš (vedoucí práce)
V této bakalářské práci se autor zabývá návrhem a částečnou implementací radarového výškoměru. V této práci je kladen důraz na modulární architekturu a proto je tento výškoměr navržen jako soubor samostatných modulů komunikujících pomocí BSD schránek. Implementace programového vybavení je v C++ a pro generování zvuku je použita knihovna PulseAudio. Dále je zde řešena bezpečnost mezivláknové fronty a zásobníku pomocí třídy implementované jako šablona pro zachování jednoduchosti a obecnosti pro další využití.
Bakteriální metabolismus morfinových alkaloidů
Zahradník, Jiří ; Kyslík, Pavel (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Alkaloidy morfinové řady a jejich deriváty jsou nenahraditelné farmaceuticky významné látky. Díky jejich obrovské produkci a spotřebě se z nich stávají významné polutanty, které jsou detekovány v povrchových vodách. Cílem této práce bylo charakterizovat vliv alkaloidů morfinové řady na fyziologii tří modelových organizmů: Agrobacterium sp. R89-1, Escherichia coli XL-1 (Blue), a Raoultella sp. kDF8, a objasnění mechanismů vedoucích k toxicitě meziproduktů jejich metabolizmu. Nejprve byl charakterizován biotransformační potenciál a utilizační schopnosti studovaných mikroorganizmů. Bylo prokázáno, že mikroorganizmus Agrobacterium sp. R89- 1 je schopný rychlé biotransformace kodeinu na jeho 14-OH deriváty, ale zároveň jsou u něj projevy toxických účinků nejvyšší. Mikroorganizmus Raoultella sp. KDF8 je oproti tomu charakteristický kompletní utilizací kodeinu jako zdroje uhlíku a energie a k akumulaci 14- OH derivátů u něj nedochází. Escherichia coli XL-1 (Blue) kodein netransformuje ani neutilizuje. Jako nejtoxičtější meziprodukty metabolizmu kodeinu byly nalezeny α,β- nenasycené ketony (morfinon, kodeinon, 14-OH-morfinon a 14-OH-kodeinon). Růst bakteriálních buněk kmenů R89-1 a KDF8 v přítomnosti kodeinu je provázen vyvoláním buněčné odpovědi na oxidační stres. Jak bylo zjištěno, tento stres je vyvolán...
Polarizační analýza silných pohybů zaznamenaných v průběhu dotřesové sekvence zemětřesení L'Aquila z r. 2009
Čejka, František ; Gallovič, František (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
Při širokopásmovém modelování vybraných jevů z dotřesové sekvence l'Aquilského zemětřesení s použitím 1-D modelu prostředí se pozoruje zajímavá neshoda mezi modelovou a reálnou polarizací pohybu částice na vysokých frekvencích. Rozlišujeme dva základní typy těchto poruch polarizace. Polarizace částice může zachovat svůj lineární tvar, ale změní svůj směr, anebo se lineární polarizace nezachová a změní se na kruhovou. Nabízí se vysvětlení, že k těmto poruchám polarizace dochází vlivem 3D heterogenit v kůře. V práci analyzujeme polarizaci publikovaných syntetických seismogramů namodelovaných s uvážením náhodných 3D strukturálních nehomogenit. Ukázalo se, že k největším poruchám dochází ve směrech, ve kterých míří pohyb částice směrem ke zdroji, a že lze nalézt případy, které kvalitativně vysvětlují pozorované poruchy polarizace.
Teleseismic Tomography of the Upper Mantle beneath the Bohemian Massif
Karousová, Hana ; Plomerová, Jaroslava (vedoucí práce) ; Růžek, Bohuslav (oponent) ; Zahradník, Jiří (oponent)
Na území Českého masívu (ČM) se uskutečnilo několik pasivních seismických experimentů, např. MOSAIC, BOHEMA I-III, EgerRift nebo PASSEQ, na základě jejichž dat můžeme podrobněji studovat stavbu svrchního pláště. Předmětem této práce jsou nové tomografické modely svrchního pláště zaměřené na severo-východní a jižní části ČM, které byly získány z dat experimentů BOHEMA II a BOHEMA III (2004-2006). Přestože oblasti s nejvyšším rozlišením se v obou modelech liší, rychlostní odchylky v překrývajících se částech modelů jsou podobné. Ukazuje se, že ve svrchním plášti pod ČM převládají nízké rychlosti vůči radiálně symetrickému modelu Země. Malá vysokorychlostní heterogenita táhnoucí se v SV-JZ směru pod moldanubickou jednotkou může být odrazem ztluštění litosféry v důsledku variské kolize ČM a brunovistulické jednotky. V nejjižnější části tomografického modelu založeného na datech z experimentu BOHEMA III se vymezuje výrazná vysokorychlostní heterogenita, kterou lze interpretovat jako litosféru subdukovanou v oblasti východních Alp. Tomografické testy ukázaly, že vliv nekorigovaných rychlostních heterogenit v kůře se může projevit až do hloubek kolem 100 km a vést k chybné interpretaci rychlostních odchylek ve svrchním plášti. Pro korekci časů šíření teleseismických vln na vliv kůry jsme vytvořili trojrozměrný...
Y1 a Y2 transponázy, mechanizmus transpozice, biologická funkce.
Zahradník, Jiří ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Transponázy jsou enzymy katalyzující štěpení, přenos a opětovné vložení mobilního genetického elementu do DNA. Tyrozinové transponázy zaujímají mezi těmito enzymy zcela unikátní postavení. Jejich výjimečnost je dána strukturou a odlišným mechanizmem transpoziční reakce, v kterém vždy figuruje kovalentní fosfotyrozinový intermediát. Nezbytná přítomnost katalytického tyrozinu dala těmto enzymům jméno a zároveň je umožňuje dále členit na skupinu nesoucí pouze jeden katalytický tyrozin - Y1 transponázy a na skupinu se dvěma - Y2 transponázy. Tato práce shrnuje současné poznatky o skupině tyrozinových transponáz. Zabývá se jejich výskytem, strukturou, reakčním mechanizmem a biologickou funkcí. Detailně je popsán reakční mechanizmus nejvíce prostudované Y1 transponázy asociované s IS608 elementem. Dále se práce zaměřuje na ostatní členy rodiny tyrozinových transponáz nesoucí charakteristický HUH motiv: Transponázy asociované s inzerčními sekvencemi rodiny IS200/IS605 (Y1), transponázy asociované s REP elementy (tzv. RAYT proteiny), transponázy asociované s IS91 (Y2), transponázy se společným regionem (ISCRs, Y1) a neobvyklé eukaryotní transponázy rodiny Helitron (Y2). Mezi tyrozinové transponázy patří dva jedinečné příklady domestikace těchto enzymů u prokaryot (RAYT, IStrony). Charakterizace mechanizmu...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 24 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
3 Zahradník, Jan
1 Zahradník, Jaroslav
1 Zahradník, Jindřich
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.