Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 41 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Evoluce systému RAYT/REP u bakterií rodu Stenotrophomonas
Staněk, Tadeáš ; Nunvář, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
REP (repetitivní extragenové palindromy) jsou krátké DNA elementy nacházející se v mezigenových oblastech řady bakterií, běžně ve stovkách kopií na genom. Neschopny vlastní mobilizace jsou REP šířeny pomocí RAYT (REP asociovaná tyrosinová transpozáza). Stenotrophomonas jsou gamaproteobakterie s širokou ekologickou nikou. RAYT/REP systémy jsou u těchto bakterií rozšířené, u 102 kmenů bylo celkem nalezeno přes 132 tisíc elementů. V genomech koexistuje několik sekvenčních tříd REP, pro vysokou početnost daného REP je zásadní přítomnost asociovaného RAYT. REP jsou lokalizovány v "REP lokusech", řadě intergenových oblastí s vysokou evoluční dynamikou - v daném lokusu se mění počty, sekvence i orientace REP. Kromě genomových ostrovů chybí REP v oblasti terminace replikace, v regionu vykazujícím nestandardní evoluční dynamiku (proměnlivý počet a pořadí genů), pravděpodobně související se segregací chromozomu. Stenotrophomonas jsou bohaté na inserční sekvence (IS). Bylo identifikováno 35 unikátních IS a ověřen cíl jejich inzerce. Zástupci deseti IS specificky insertují do REP, další čtyři IS cílí do YPAL (Yersinia palindromické elementy) - intergenových DNA motivů doposud známých jen u rodu Yersinia. Celkem 14 z 35 IS u Stenotrophomonas cílí na intergenové motivy, počtem kopií přitom tvoří 75% všech IS....
Rychlé interferenční vlny a 1D seismické modely kůry
Vackář, Jiří ; Zahradník, Jiří (vedoucí práce) ; Prokop Brokešová, Johana (oponent)
Při nedávném mělkém zemětřesení v Korintském zálivu v Řecku (Mw 5,3) byly po- zorovány neobvyklé dlouhoperiodické vlny (periody 5 sekund a více). Zaznamenány byly na několika regionálních stanicích mezi příchodem P- a S-vlny. Pětisekundová perioda je mnohem delší než trvání zdroje a ukazuje na efekt struktury. Pozorované seismogramy byly zkoumány metodami frekvenčně-časové analýzy. Určené disperzní křivky rychlé dlou- hoperiodické vlny měly grupové rychlosti od 3 do 5,5 km/s pro periody v rozsahu 4-10 s, s velkými rozdíly mezi stanicemi. Zobecněná disperzní křivka se rozděluje do dvou hlav- ních pásů, pravděpodobně spojených s laterálními variacemi zemské kůry. Řešením přímé úlohy pro více existujících modelů kůry a jejich modifikací jsme provedli analýzu citli- vosti, která ukázala, že zkoumaná vlna je ovlivněna zejména nízkorychlostními vrstvami v nejsvrchnějších cca 4 kilometrech kůry. Závěrem jsme získali model mělké kůry inverzí seismogramů pomocí algoritmu nejbližší soused. Inverze potvrdila, že zkoumanou vlnu je možné vysvětlit 1-D modelem kůry, ale ne na více stanicích najednou. Modely závislé na dráze šíření představují částečné vysvětlení pro pásy tvořené pozorovanými disperzními křivkami. Jinou alternativou je příspěvek několika tzv. prosakujícíh módů.
Y1 a Y2 transponázy, mechanizmus transpozice, biologická funkce.
Zahradník, Jiří ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Transponázy jsou enzymy katalyzující štěpení, přenos a opětovné vložení mobilního genetického elementu do DNA. Tyrozinové transponázy zaujímají mezi těmito enzymy zcela unikátní postavení. Jejich výjimečnost je dána strukturou a odlišným mechanizmem transpoziční reakce, v kterém vždy figuruje kovalentní fosfotyrozinový intermediát. Nezbytná přítomnost katalytického tyrozinu dala těmto enzymům jméno a zároveň je umožňuje dále členit na skupinu nesoucí pouze jeden katalytický tyrozin - Y1 transponázy a na skupinu se dvěma - Y2 transponázy. Tato práce shrnuje současné poznatky o skupině tyrozinových transponáz. Zabývá se jejich výskytem, strukturou, reakčním mechanizmem a biologickou funkcí. Detailně je popsán reakční mechanizmus nejvíce prostudované Y1 transponázy asociované s IS608 elementem. Dále se práce zaměřuje na ostatní členy rodiny tyrozinových transponáz nesoucí charakteristický HUH motiv: Transponázy asociované s inzerčními sekvencemi rodiny IS200/IS605 (Y1), transponázy asociované s REP elementy (tzv. RAYT proteiny), transponázy asociované s IS91 (Y2), transponázy se společným regionem (ISCRs, Y1) a neobvyklé eukaryotní transponázy rodiny Helitron (Y2). Mezi tyrozinové transponázy patří dva jedinečné příklady domestikace těchto enzymů u prokaryot (RAYT, IStrony). Charakterizace mechanizmu...
Studium zdrojového procesu řeckých zemětřesení
Červinková, Dana ; Zahradník, Jiří (vedoucí práce) ; Opršal, Ivo (oponent)
Nazev pracc: Studium zdrojoveho procesu feckych zemetfeseni Autor: Dana Cervinkova Katedra (ustav): Katedra geofy/iky Vedouci bakalarskc pracc: Prof. RNDr. Jin' /ahradnik, DrSc. e-mail vcdoucnio:jz(a)karel.lroja.mff.cuni.cz Abstrakt: V teto praci je sludovana dlouhopcriodicka porucha vyskytujici se v seismogramcch blizkych zemetfeseni na horizontalnich slozkach, projevujfci sc jako jednostranny puls. Porucha je numericky modelovana jako rcakcc sirokopasmoveho seismometru na skokovou /menu /rychleni. Modclova porucha je potom ze zaznamu odcctcna. Modclova porucha je charaklerizovana dvema parametry, casein nasa/cni a amplitudou skoku /rychleni. Postup zpracovani je uka/an na scdmi /emetfesenich zoblasti Korinlskcho /alivu, za/namcnanych na stanicich v Sergoule a Mamousii, spolecne provozovanych UK-MFI-" a univer/ilou v Patrasu. Z vysledku vyplyva, ze parametry poruchy jsou obecne ruzne pro dve hori/ontalm' slozky zaznamu tehoz zemetreseni na dane stanici. Ve zkoumanych pfipadcch mela vzdy porucha na slozce F,W vfil§i amplitudu ncz na slozce NS. V budoucnosti by bylo vhodne mctodu modelovani a odstraneni poruchy, popsanou v teto praci, automatizovat. Odstraneni poruch je ne/.bytnou podminkou pro pouzitelnost zaznamu pro dalsi fyzikalni vyzkum. Klieova slova: zemelrescnf, dlouhoperiodicka porucha,...
Targeted modifications of the protein-protein interactions: Ternary complex of interferon-γ as a model system
Zahradník, Jiří ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Klíčovým požadavkem pro detailní porozumění biologických procesů, až na molekulární úroveň, je znalost struktury interagujících molekul a jejich komplexů. Jako modelový systém, pro naši studii, jsme si zvolili IFN-γ. Ačkoliv je tato molekula jedním ze zásadních modulátorů imunitní odpovědi, a je studována již více než 60 let, tak struktura přídavného receptoru (IFN-γR2) a porozumění celému komplexu je nedostačující. V této práci jsme se nejprve zabývali binárním systémem IFN-γ s jeho receptorem, který vykazuje vysokou afinitu k IFN-γ a prostorová struktura obou dvou molekul je známa. Zaměřili jsme se tedy na modulaci afinity mezi IFN-γ a tímto receptorem. Náš přístup spočíval v inovativní metodě založené na modulaci stability protein-proteinových interakcí pomocí mutagenizace aminokyselinových zbytků umístěných uvnitř struktury proteinu. Podařilo se nám zvýšit afinitu testované interakce sedmkrát. Druhá část projektu byla zaměřena na krystalizaci, vyřešení a popis struktury druhého - přídavného receptoru pro IFN-γ. Naše analýza variabilních aminokyselinových zbytků na povrchu tohoto proteinu a strukturně příbuzných receptorů z rodiny typu II odhalila možné vazebné místo pro IFN-γ. Ve třetí části naší práce jsme se zaměřili na krystalizaci IFN-γ z platýze druhu Paralichthys olivaceus a tuto...
Contribution to the tectonic interpretation of the seismicity pattern of Banda Arc, SE Asia
Matějková, Radka ; Špičák, Aleš (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
ii Abstrakt Příspěvek k tektonické interpretaci rozložení seismické aktivity v ostrovním oblouku Banda, jihovýchodní Asie Tektonická stavba ostrovního oblouku Banda v jihovýchodní Asii je považována za mimořádně komplikovanou, protože oblouk se nachází v oblasti styku čtyř litosférických desek: Eurasijské, Indo-Australské, Pacifické a Filipínské. Současný tektonický režim oblasti je kolize ostrovního oblouku s kontinentem. Rozložení seismické aktivity v ostrovním oblouku Banda bylo studováno pomocí globálních seismologických dat. Byla použita relokovaná EHB hypocentrální určení za období 1964 - 2004 a ohniskové parametry harvardských CMT určení za období 1976 - 2004. Analýza prostorového rozložení zemětřesných ohnisek a ohniskových mechanismů umožnila oddělit ohniska náležející do Wadati-Benioffovy zóny subdukující desky od ohnisek náležejících do desky nadložní. Analýza vymezila dvě protiklonné subdukční zóny - jižní subdukci Banda a severní subdukci Seram. Ve Wadati-Benioffově zóně subdukující desky byla učiněna následující specifická pozorování: (i) neobvykle podélně zakřivená Wadati-Benioffova zóna jižní subdukce Banda, (ii) středně hluboká (100 - 220 km), svisle orientovaná doména s mimořádně vysokou seismickou aktivitou ve Wadati-Benioffově zóně jižní subdukce Banda, (iii) svisle orientovaný mělký...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 41 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
4 Zahradník, Jan
1 Zahradník, Jaroslav
1 Zahradník, Jindřich
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.