|
Diagnostika významných virů jabloní
Winkowska, Lucie ; Ryšánek, Pavel (vedoucí práce) ; Petr, Petr (oponent)
Virus mozaiky jabloně (Apple mosaic virus, ApMV), virus žlábkovitosti kmene jabloně (Apple stem grooving virus, ASGV), virus vrásčitosti kmene (Apple stem pitting virus, ASPV) a virus chlorotické skvrnitosti listů jabloně (Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV) jsou ekonomicky významné viry jádrovin, které jsou celosvětově rozšířeny a mohou způsobit značné snížení výnosu. Hlavní kontrolní strategie (konkrétně detekce patogena, certifikace, karanténa atd.) jsou závislé na přesných a citlivých detekčních metodách a na perfektní znalosti patogena.
V rámci disertační práce byla optimalizována detekční metoda kvantitativního RT-PCR (qRT-PCR) pro detekci a kvantifikaci čtyř studovaných virů. Získané výsledky naznačily, že qRT-PCR je nejspolehlivější technika ve srovnání s konvenčními metodami DAS/I-ELISA a RT-PCR.
V naší studii při kvantifikaci virů pomocí qRT-PCR se ukázalo, že koncentrace ASGV, ASPV a ACLSV je stabilní v průběhu vegetace a v různých rostlinných tkáních. Výjimku představuje ApMV, u kterého se během vegetace měnil obsah v listech a lýku. Tyto výsledky naznačují, že změny v koncentraci virů pozorované metodami DAS/I-ELISA a RT-PCR v rostlinných tkáních jsou důsledkem jiných vlivů (inhibitory, stárnutí rostlinných tkání, nižší citlivost atd.) než změnami v samotné koncentraci virů v rostlinách.
V průběhu monitoringu (celkem bylo otestováno 351 stromů) se ukázalo, že studované viry jsou více rozšířeny v jabloňových sadech a v zahradách než v planých volně rostoucích jabloních.
Vybrané virové izoláty planých a kulturních jabloní byly osekvenovány a byla studována jejich molekulární variabilita i v porovnání s již publikovanými izoláty studovaných virů. Nebyly však objeveny žádné výrazné rozdíly mezi jednotlivými izoláty a ani nalezen žádný vztah s jejich geografickým původem nebo typem výsadby, ze které pocházely.
|