|
|
CRISPR/Cas9 editing of leukemic B-cells: searching for microRNA-155 targets involved in the process of leukemogenesis
Sypecká, Markéta ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Zadražil, Zdeněk (oponent)
Editace leukemických B-buněk pomocí CRISPR/Cas9: hledání cílů miR-155 účastnících se procesu leukemogeneze Úvod: Chronická lymfocytární leukémie (chronická lymfoidní leukémie, CLL) je monoklonální porucha charakterizovaná postupnou akumulací funkčně nekompetentních B- lymfocytů. CLL je nejběžnější formou leukémie u dospělých v západních zemích. Průběh onemocnění se může lišit: někteří pacienti umírají rychle, během 2-3 let od diagnózy, převážně kvůli komplikacím z CLL, ale většina pacientů žije 5-10 let. S progresi nemoci stoupá exprese miR-155, která je označována jako oncomiR. MikroRNA (miRNA) představují negativní regulátory genové exprese. MiR-155 ovlivňuje geny, které se účastní leukemogeneze a buněčného cyklu. A je známo, že miR-155 (podobně jako i jiné miRNA) potlačuje své cíle. Předpokládali jsme, že úpravou genů v CLL bunkách odblokujeme cíle miR-155 a zjistíme korelaci mezi těmito cíli (známými a neznámými) s leukemogenezí CLL. Metody: Metodu, kterou jsme použili pro editaci genů, je CRISPR/Cas9, která umožňuje odstranit sekvenci maturované miR-155 v genomu leukemických B-buněk. K přenosu plasmidu CRISPR/Cas9 byla využita metoda nukleofekce. K identifikaci buněčných klonů s úspěšnou transfekcí plasmidu CRISPR/Cas9 došlo pomocí FACS a míra exprese jednotlivých genů byla měřena pomocí...
|
|
|
CRISPR/Cas9 editing of leukemic B-cells: searching for microRNA-155 targets involved in the process of leukemogenesis
Sypecká, Markéta ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Zadražil, Zdeněk (oponent)
Editace leukemických B-buněk pomocí CRISPR/Cas9: hledání cílů miR-155 účastnících se procesu leukemogeneze Úvod: Chronická lymfocytární leukémie (chronická lymfoidní leukémie, CLL) je monoklonální porucha charakterizovaná postupnou akumulací funkčně nekompetentních B- lymfocytů. CLL je nejběžnější formou leukémie u dospělých v západních zemích. Průběh onemocnění se může lišit: někteří pacienti umírají rychle, během 2-3 let od diagnózy, převážně kvůli komplikacím z CLL, ale většina pacientů žije 5-10 let. S progresi nemoci stoupá exprese miR-155, která je označována jako oncomiR. MikroRNA (miRNA) představují negativní regulátory genové exprese. MiR-155 ovlivňuje geny, které se účastní leukemogeneze a buněčného cyklu. A je známo, že miR-155 (podobne jako i jiné miRNA) potlačuje své cíle. Předpokládali jsme, že úpravou genů v CLL bunkách odblokujeme cíle miR-155 a zjistíme korelaci mezi těmito cíli (známými a neznámými) s leukemogenezí CLL. Metody: Metodu, kterou jsme použili pro editaci genů, je CRISPR / Cas9, která umožňuje odstranit sekvenci maturované miR-155 v genomu leukemických B-buněk.K přenosu plasmidu CRISPR/Cas9 byla využita metoda nukleofekce. K identifikaci buněčných klonů s úspěšnou transfekcí plasmidu CRISPR/Cas9 došlo pomocí FACS a míra exprese jednotlivých genů byla měřena pomocí...
|
|
|
Význam somatických mutací u chronické lymfatické leukémie
Tauchmanová, Petra ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Javorková, Eliška (oponent)
Chronická lymfatická leukémie (CLL) je považována za nejčastěji se vyskytující leukemické onemocnění v Evropě a USA, postihující převážně osoby vyššího věku (median, 70 let). Jedná se o lymfoproliferativní onemocnění charakteristické akumulací maturovaných B-lymfocytů v krvi, kostní dřeni a lymfatických uzlinách. CLL buňky mají delší dobu přežití než zdravé B-lymfocyty v důsledku porušené regulace buněčného cyklu a apoptotické dráhy. Při onemocnění CLL je možné v leukemických buňkách detekovat velké množství chromozomálních aberací a genetických abnormalit. Díky rozšíření metod sekvenování nové generace (next generation sequencing, NGS) bylo objeveno mnoho somatických mutací vyskytujících se v buňkách CLL. Analýza somatických mutací u CLL napomáhá k detailnějšímu pochopení molekulární podstaty onemocnění a otevírá nové možnosti pro případnou personalizovanou léčbu. Hlavním předmětem této práce je krátká charakteristika onemocnění a shrnutí poznatků z recentních sekvenačních studií u B-lymfocytární chronické lymfatické leukémie.
|
|
|
Molekulární mechanismy mutageneze a rezistence u buněčných linií CML
Karasová, Dominika ; Čuřík, Nikola (vedoucí práce) ; Savvulidi Vargová, Karina (oponent)
Chronická myeloidní leukemie je klonální onemocnění krvetvorby, pro které je charakteristický fúzní gen BCR ABL1. Ačkoli léčba tyrosinkinázovými inhibitory (TKI) dosáhla zásadního zlepšení přežívání pacientů, u % dochází k rozvoji Jednou z hlavních příčin selhání léčby jsou mutace v kinázové doméně ABL1. Cílem této práce bylo objasnit molekulární mechanismy vzniku využitím Hlavní část této práce byla věnována identifikaci genů reagujících na poškození zodpovědných za které by mohly hrát roli ze skupiny vybraných genů odpovídajících na poškození DNA a jejich oprav jejichž genová exprese se signifikantně a specificky snižovala v průběhu Produkty těchto genů se účastní oprav dvouřetězcových zlomů cestou nehomologního spojování konců (NHEJ). Při studiu jsme dále zjistili, že klony, které mutac na začátku k zvýšenou oproti klonům, které Klíčová slova myeloidní leukemie, mutace, TKI rezistence, genová exprese, XRCC6,
|
|
|
The Role of oncogenic microRNA - 155 and proto - oncogen MYB in chronic lymphocytic leukemia
Vargová, Karina
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B- CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR- 155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B-CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
|
|
CRISPR/Cas9 editing of leukemic B-cells: searching for microRNA-155 targets involved in the process of leukemogenesis
Sypecká, Markéta ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Mráz, Marek (oponent)
Markéta Sypecká Editace leukemických B-buněk pomocí CRISPR/Cas9: hledání cílů miR-155 účastnících se procesu leukemogeneze Úvod: Chronická lymfocytární leukémie (chronická lymfoidní leukémie, CLL) je monoklonální porucha charakterizovaná postupnou akumulací funkčně nekompetentních lymfocytů. CLL je nejběžnější formou leukémie u dospělých v západních zemích. Průběh onemocnění se může lišit: někteří pacienti umírají rychle, během 2-3 let od diagnózy, kvůli komplikacím z CLL, ale většina pacientů žije 5-10 let. Každá fáze tohoto onemocnění má však významně vyšší hladinu miR-155, která je známá jako oncomiR. Mikro RNA představují negativní regulátory genové exprese. MiR-155 ovlivňuje geny, které se účastní leukemogeneze a buněčného cyklu. A je známo, že miR-155 potlačuje své cíle. Předpokládali jsme, že úpravou genů CLL B - buněk odblokujeme cíle miR-155 a zjistíme korelaci mezi těmito cíli (známými a neznámými) s leukemogenezí CLL. Metoda, kterou používáme pro editaci genů, je CRISPR / Cas9, která umožňuje odstranit sekvenci zralého miR-155 v genomu leukemických B-buněk. Metody: CRISPR/Cas9, nukleofekce, qRT-PCR, FACS Výsledky: Podařilo se nám izolovat klon, který nese jednu alelickou deleci (miR-155 - / +) v sekvenci pro zralou miRNA-155; určete změny exprese v sadě validovaných cílů miRNA-155 v...
|
|
|
Molekulární mechanismy mutageneze a rezistence u buněčných linií CML
Karasová, Dominika ; Čuřík, Nikola (vedoucí práce) ; Savvulidi Vargová, Karina (oponent)
Chronická myeloidní leukemie je klonální onemocnění krvetvorby, pro které je charakteristický fúzní gen BCR ABL1. Ačkoli léčba tyrosinkinázovými inhibitory (TKI) dosáhla zásadního zlepšení přežívání pacientů, u % dochází k rozvoji Jednou z hlavních příčin selhání léčby jsou mutace v kinázové doméně ABL1. Cílem této práce bylo objasnit molekulární mechanismy vzniku využitím Hlavní část této práce byla věnována identifikaci genů reagujících na poškození zodpovědných za které by mohly hrát roli ze skupiny vybraných genů odpovídajících na poškození DNA a jejich oprav jejichž genová exprese se signifikantně a specificky snižovala v průběhu Produkty těchto genů se účastní oprav dvouřetězcových zlomů cestou nehomologního spojování konců (NHEJ). Při studiu jsme dále zjistili, že klony, které mutac na začátku k zvýšenou oproti klonům, které Klíčová slova myeloidní leukemie, mutace, TKI rezistence, genová exprese, XRCC6,
|
|
|
Význam somatických mutací u chronické lymfatické leukémie
Tauchmanová, Petra ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Javorková, Eliška (oponent)
Chronická lymfatická leukémie (CLL) je považována za nejčastěji se vyskytující leukemické onemocnění v Evropě a USA, postihující převážně osoby vyššího věku (median, 70 let). Jedná se o lymfoproliferativní onemocnění charakteristické akumulací maturovaných B-lymfocytů v krvi, kostní dřeni a lymfatických uzlinách. CLL buňky mají delší dobu přežití než zdravé B-lymfocyty v důsledku porušené regulace buněčného cyklu a apoptotické dráhy. Při onemocnění CLL je možné v leukemických buňkách detekovat velké množství chromozomálních aberací a genetických abnormalit. Díky rozšíření metod sekvenování nové generace (next generation sequencing, NGS) bylo objeveno mnoho somatických mutací vyskytujících se v buňkách CLL. Analýza somatických mutací u CLL napomáhá k detailnějšímu pochopení molekulární podstaty onemocnění a otevírá nové možnosti pro případnou personalizovanou léčbu. Hlavním předmětem této práce je krátká charakteristika onemocnění a shrnutí poznatků z recentních sekvenačních studií u B-lymfocytární chronické lymfatické leukémie.
|
|
|
The Role of oncogenic microRNA - 155 and proto - oncogen MYB in chronic lymphocytic leukemia
Vargová, Karina
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B- CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR- 155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B-CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
|
|
Role onkogenní mikroRNA-155 a proto-onkogenu MYB u chronické lymfatické leukémie
Vargová, Karina ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Móciková, Heidi (oponent) ; Trka, Jan (oponent)
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B-CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR-155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B- CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
host ::
RSS.