|
|
Interpolation with restrictions -- role of the boundary conditions and individual restrictions
Valášek, Jan ; Sváček, P.
The contribution deals with the remeshing procedure between two computational finite element meshes. The remeshing represented by the interpolation of an approximate solution onto a new mesh is needed in many applications like e.g. in aeroacoustics, here we are particularly interested in the numerical flow simulation of a gradual channel collapse connected with a~severe deterioration of the computational mesh quality. Since the classical Lagrangian projection from one mesh to another is a dissipative method not respecting conservation laws, a conservative interpolation method introducing constraints is described. The constraints have form of Lagrange multipliers enforcing conservation of desired flow quantities, like e.g. total fluid mass, flow kinetic energy or flow potential energy. Then the interpolation problem turns into an error minimization problem, such that the resulting quantities of proposed interpolation satisfy these physical properties while staying as close as possible to the results of Lagrangian interpolation in the L2 norm. The proposed interpolation scheme does not impose any restrictions on mesh generation process and it has a relatively low computational cost. The implementation details are discussed and test cases are shown.
|
|
|
The Influence of Different Geometries of Human Vocal Tract Model on Resonant Frequencies
Valášek, Jan ; Sváček, Petr ; Horáček, Jaromír
This paper presents the transfer function approach in order to determine the acoustic resonant frequencies of a human vocal tract model. The transfer function is introduced here as an acoustic pressure ratio between input amplitude at glottis position and output amplitude at mouth opening given by the solution of Helmholtz equation. This equation is numerically approximated by finite element method. The influence of different boundary conditions are studied and also different locations of excitation and microphone. Four different vocal tract geometries motivated by vocal tract geometry for vowel [u:] are investigated. Its acoustic resonance frequencies in range 100 - 2500 Hz are computed and compared with published results. Further, the transient acoustic computation with different acoustic analogies are performed. The frequency spectra of Lighthill analogy, acoustic wave equation and perturbed convective wave equation are compared, where the vocal tract model with best frequency agreement with published results was chosen. The dominant frequencies correspond with predicted frequencies of transfer function approach.\n
|
|
|
Možná úloha proteinu DAXX v zástavě buněčného cyklu a buněčné senescenci
Valášek, Ján ; Hanzlíková, Hana (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Death domain-associated protein 6 (DAXX) je multifunkčním proteinem, který se účastní rozličných buněčných procesů. Funguje jako regulátor transkripce, histonový chaperon nebo regulátor apoptózy, ve které je jeho úloha dosti kontroverzní. Účastní se také regulace odpovědi buňky na poškození DNA (DDR). Vytváří a stabilizuje komplex s Mdm2, který negativně reguluje stabilitu významného nádorového supresoru p53. Ten je součástí signalizačního uzlu v DDR. Pokud není poškození DNA pro buňku letální a současně neumožňuje pokračovat v proliferaci, dochází ke stavu nevratné zástavy buněčného cyklu, tzv. buněčné senescenci. Za fyziologických podmínek může navození senescence zabraňovat rozvoji tumorigeneze. Proto má popis mechanizmů, které se podílejí na navození senescence, potenciální klinický význam. Cílem mé diplomové práce bylo stanovit změnu množství proteinu DAXX v senescentních buňkách a charakterizovat způsob jeho regulace. V nádorových buňkách MCF-7 a primárních BJ fibroblastech jsem pozoroval snížení hladiny proteinu DAXX a regulaci jeho množství na proteinové úrovni. Otestoval jsem hypotézy, podle kterých navýšení jeho množství před poškozením DNA zabrání vstupu buňky do senescence, nebo zvýšení jeho exprese v senescenci způsobí obnovu buněčné proliferace. Obě hypotézy byly zamítnuty. Bylo by...
|
|
|
Umělé lipidické membrány a vlastnosti membránových proteinů
Valášek, Ján ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Buněčná membrána a membránové proteiny hrají v životě buňky fundamentální úlohu. Pomocí transportérů a iontových kanálů komunikují s okolím a udržují buněčnou homeostázu. Proto je jejich poznání a charakterizace významnou oblastí základního i aplikovaného výzkumu. Velké rozměry buňky a nerozpustnost membránových proteinů ztěžují jejich studium a vyžaduje sofistikovanější přístupy, např. pro výzkum jednotlivých kanálů a transportérů. Tato práce se snaží vytvořit jednoduchý přehled nejvíce využívaných metod pro tvorbu umělých lipidických membrán. Jsou jimi LB film, DIB, BLM a SLB. Jejich aplikováním je možné zkoumat lipidové dvouvrstvy a jednotlivé proteiny. Práce dále nastiňuje postup příprav, výhody a využití jednotlivých přístupů a stručně popisuje membránové proteiny, biologické membrány a konvenční metody pro jejich studium.
|
|
| |
host ::
RSS.