|
|
Characterization of the Caenorhabditis elegans pop-1 gene
Jakšová, Soňa ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Macůrková, Marie (oponent)
Transkripční faktory TCF/LEF regulují cílové geny signální dráhy Wnt - klíčového mechanismu ve vývoji mnohobuněčných organismů. Geny TCF/LEF produkují mnoho různých proteinových izoforem, čímž rozšiřují pole působnosti TCF/LEF proteinů. Diplomová práce využívá modelový organismus Caenorhabditis elegans, u kterého studuje gen pop-1, ortolog TCF/LEF. Žádná alternatívní izoforma proteinu POP-1 nebyla doposud identifikovaná. Hybridizační metodou Northern blot jsme se pokusili ověřit přítomnost alternativní pop-1 mRNA. Pomocí kvantitativního RT-PCR jsme analyzovali hladinu pop-1 mRNA v sedmi vývojových stádiích C. elegans. Kromě toho jsme stanovili expresní profil dvou významných interačních partnerů proteinu POP-1 - genů bar-1 a sys-1, jejichž proteinové produkty mají ve Wnt signalizaci úlohu transkripčních koaktivátorů. Klíčová slova: kanonická Wnt signální dráha, transkripční faktory TCF/LEF, Caenorhabditis elegans, pop-1
|
|
|
Epigenetics in gene regulation and chromatin structure.
Lađinović, Dijana ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Fafílek, Bohumil (oponent) ; Stixová, Lenka (oponent)
1. Souhrn Metylace histonů hraje důležitou roli téměř ve všech buněčných procesech a udržování její správné hladiny zajišťují histon metyltransferázy a histon demetylázy. Nesprávná regulace hladiny metylace histonů je spojena s narušením regulace genové exprese a následně také s různými vývojovými defekty a nemocemi. V této práci jsme se zaměřili na lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B a na jejich KDM2A-SF a KDM2B-SF izoformy postrádající demetylační aktivitu. Lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B byly studovány převážně pro svojí demetylační funkci, kterou vykonávají na promotorech obsahujících CpG ostrovy. Jejich alternativní izoformy KDM2A-SF a KDM2B-SF však nebyly doposud detailněji studovány. Hlavním úkolem této práce bylo proto podrobně charakterizovat KDM2A-SF a zaměřit se také na roli, kterou by KDM2A-SF a KDM2B-SF mohli potenciálně hrát v kanonické Wnt signalizaci. Zjistili jsme, že KDM2A-SF mRNA vzniká působením alternativního intronového promotoru a není tak produktem alternativního sestřihu. Ukázali jsme, že KDM2A-SF startovní kodón leží v exonu, který odpovídá KDM2A exonu 14 a určili jsme tak přesnou aminokyselinovou sekvenci KDM2A-SF proteinu. Pomocí knockdown experimentů specifických pro jednotlivé KDM2A izoformy jsme dale ukázali, že KDM2A-SF narozdíl od KDM2A-LF vytváří v jádře distiktní struktury na...
|
|
|
Epigenetics in gene regulation and chromatin structure.
Lađinović, Dijana ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Fafílek, Bohumil (oponent) ; Stixová, Lenka (oponent)
1. Souhrn Metylace histonů hraje důležitou roli téměř ve všech buněčných procesech a udržování její správné hladiny zajišťují histon metyltransferázy a histon demetylázy. Nesprávná regulace hladiny metylace histonů je spojena s narušením regulace genové exprese a následně také s různými vývojovými defekty a nemocemi. V této práci jsme se zaměřili na lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B a na jejich KDM2A-SF a KDM2B-SF izoformy postrádající demetylační aktivitu. Lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B byly studovány převážně pro svojí demetylační funkci, kterou vykonávají na promotorech obsahujících CpG ostrovy. Jejich alternativní izoformy KDM2A-SF a KDM2B-SF však nebyly doposud detailněji studovány. Hlavním úkolem této práce bylo proto podrobně charakterizovat KDM2A-SF a zaměřit se také na roli, kterou by KDM2A-SF a KDM2B-SF mohli potenciálně hrát v kanonické Wnt signalizaci. Zjistili jsme, že KDM2A-SF mRNA vzniká působením alternativního intronového promotoru a není tak produktem alternativního sestřihu. Ukázali jsme, že KDM2A-SF startovní kodón leží v exonu, který odpovídá KDM2A exonu 14 a určili jsme tak přesnou aminokyselinovou sekvenci KDM2A-SF proteinu. Pomocí knockdown experimentů specifických pro jednotlivé KDM2A izoformy jsme dale ukázali, že KDM2A-SF narozdíl od KDM2A-LF vytváří v jádře distiktní struktury na...
|
|
|
Characterization of the Caenorhabditis elegans pop-1 gene
Jakšová, Soňa ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Macůrková, Marie (oponent)
Transkripční faktory TCF/LEF regulují cílové geny signální dráhy Wnt - klíčového mechanismu ve vývoji mnohobuněčných organismů. Geny TCF/LEF produkují mnoho různých proteinových izoforem, čímž rozšiřují pole působnosti TCF/LEF proteinů. Diplomová práce využívá modelový organismus Caenorhabditis elegans, u kterého studuje gen pop-1, ortolog TCF/LEF. Žádná alternatívní izoforma proteinu POP-1 nebyla doposud identifikovaná. Hybridizační metodou Northern blot jsme se pokusili ověřit přítomnost alternativní pop-1 mRNA. Pomocí kvantitativního RT-PCR jsme analyzovali hladinu pop-1 mRNA v sedmi vývojových stádiích C. elegans. Kromě toho jsme stanovili expresní profil dvou významných interačních partnerů proteinu POP-1 - genů bar-1 a sys-1, jejichž proteinové produkty mají ve Wnt signalizaci úlohu transkripčních koaktivátorů. Klíčová slova: kanonická Wnt signální dráha, transkripční faktory TCF/LEF, Caenorhabditis elegans, pop-1
|
|
|
Characterization of the Caenorhabditis elegans pop-1 gene
Jakšová, Soňa ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Cmarko, Dušan (oponent)
Rozmanitosť ľudského proteómu vychádza zo schopnosti jedného génového lokusu kódovať viacero proteínových izoforiem. Gény TCF/LEF produkujú široké spektrum variant, čím rozširujú pole pôsobnosti TCF/LEF proteínov. Transkripčné faktory TCF/LEF regulujú cieľové gény Wnt signálnej dráhy. Diplomová práca využíva modelový organizmus Caenorhabditis elegans, u ktorého študuje gén pop-1, ortológ TCF/LEF. Hybridizačnou metódou Northern blot sme sa pokúsili overiť prítomnosť pop-1 alternatívnej mRNA. Pomocou kvantitatívnej RT-PCR sme analyzovali hladinu pop-1 mRNA. Kľúčové slová: kanonická Wnt signálna dráha, transkripčné faktory TCF/LEF, Caenorhabditis elegans, pop-1
|
|
|
Multifunctional protein CTCF and its role in regulation of gene expression
Pokorná, Linda ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
CTCF je všudypřítomně exprimovaný jaderný protein, který se váže na DNA skrze svojí centrální doménu zinkových prstů. Tisíce CTCF vazebných míst bylo identifikováno v genomu na promotorech genů, v mezigénových oblastech a v nekódujících sekvencích. CTCF může fungovat jako pozitivní tak i jako negativní regulátor genové exprese a také se podílí na vytváření a udržovaní chromozómových interakcí na velkou vzdálenost. U různých vývojově důležitých genů se ukázalo, že jsou regulované CTCF proteinem a poruchy funkce CTCF jsou asociovány s vývojovými vadami nebo nemocemi. CTCF je různě posttranslačně modifikován například fosforylací nebo SUMOylací, což ovlivňuje jeho funkci v regulaci genové exprese. Klíčová slova: CTCF, trojdimenzionální genom, kohesin, regulace genové exprese, HOX geny
|
host ::
RSS.