|
|
Genetic diversity within pennate diatoms: implications for taxonomy and ecology.
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Trobajo, Rosa (oponent) ; Poulíčková, Aloisie (oponent)
V posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...
|
|
|
Molekulární variabilita a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides (Bacillariophyceae)
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Bešta, Tomáš (oponent)
Použití molekulárních metod k přezkoumání taxonomicky problematických druhů rozsivek upozornilo na nedostatečnost morfologického druhového konceptu. Vymezení druhů pouze na základě křemičité schránky často vedlo k příliš širokému pojetí druhů a nutně i k chybným závěrům ohledně jejich ekologie a biogeografie. To, že bylo mnoho druhů rozsivek v minulosti považováno za kosmopolitní generalisty, vedlo k vytvoření teorie, že jejich šíření není limitováno geografickou vzdáleností. Zejména v poslední době však roste počet studií, které ukazují, že šíření rozsivek podléhá podobným pravidlům jako šíření makroorganizmů. Předkládaná diplomová práce se věnuje problematice diverzity a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides sensu lato v Evropě a na Novém Zélandě. Výsledky práce ukázali, že: (1) objevená molekulární variabilita v tomto komplexu nese jasný ekologický a biogeografický signál, ale nekoreluje s morfologií. Toto zjištění je dalším důkazem, že je nezbytně nutné přehodnotit tradiční druhový koncept. (2) Značně nevyrovnaný poměr celkové diverzity druhů rodu Frustulia nalezených na ekologicky podobných lokalitách v Evropě a na Novém Zélandě potvrzuje, že i šíření rozsivek je omezené a že je tedy nutné se zabývat i jejich biogeografií.
|
|
| |
|
|
Reprodukční izolace kryptických druhů protist
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Systematická a evoluční biologie se už od počátku své existence snaží definovat druhovou kategorii či taxon. Určité taxony jsou shledávány druhy na základě nejrůznějších kritérii, tedy na základě různých druhových konceptů. Nejvíce takovýchto konceptů vzniklo v minulém století. Biologický druhový koncept byl desetiletí považován za nejzásadnější. Byl založen na přítomnosti reprodukční isolace dvou druhů. Jeho aplikovatelnost byla ovšem zpochybněna zjištěním, že existuje velké množství i starobylých asexuálních linií a také linií sexuálních s vysokou mírou hybridizace mezi uznávanými druhy. Tato práce se pokouší popsat biologický druhový koncept a jeho změny v průběhu času. A taktéž se pokouší vyřešit otázku jeho současné požitelnosti pro protista.
|
|
|
Genetic diversity within pennate diatoms: implications for taxonomy and ecology.
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Trobajo, Rosa (oponent) ; Poulíčková, Aloisie (oponent)
V posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...
|
|
| |
|
|
Mechanismy šíření protistních organismů
Křivská, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Protistní organismy jsou všudypřítomné, jsou základem potravních řetězců, ovšem způsobují i nemalé ekonomické škody v oblasti zdravotnictví, zemědělství a potravním průmyslu. Jejich rozšíření je dlouhou dobu v debatách mnoha vědců a přes poměrně pokročilé metody, které dnešní věda nabízí, stále není přiřčena pravdivost pouze jedné teorii ze dvou primárně nabízených, i když v dnešní době pomalu začíná převládat podpora moderátní endemické teorie rozšíření mikroorganismů. Tato rešerše shrnuje dosavadní poznatky z oblasti šíření protistních organismů na celé planetě, ve vodním i terestrickém prostředí. Mechanismy šíření pokrývají mnoho oblastí studia a je to velice komplexní a složité téma. Pro přenos jsou důležitá dormantní stádia organismů donedávna považovaná pouze za adaptace pro nepříznivé podmínky bez primární možnosti šíření. Šíření je ovlivněno klimatickými podmínkami na daném území a tudíž není snadné jej předpovědět. Je zde shrnut i nemalý vliv člověka na biogeografii mikroorganismů a možnosti disperze těchto organismů včetně zahrnutí historického hlediska. Tomuto tématu začíná být v posledních letech právem věnována zvýšená pozornost. Zmíněné jsou také adaptace a odolnosti organismů pro přenos různými druhy vektorů. Klíčová slova: faktory prostředí, šíření, distribuce, endemické druhy
|
|
|
Využití křemičitých struktur rozsivek a chrysomonád v nanotechnologiích
Burýšková, Barbora ; Němcová, Yvonne (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Rozsivky a chrysomonády (chrysofyta) jsou jednobuněčné organismy se schopností biomineralizace dovedené k dokonalosti. Zabudováváním křemíku do svých schránek tvoří rozsivky propracované křemičité 3D struktury nesoucí hierarchicky uspořádané póry různé velikosti (na úrovni mikro- a nanoměřítka). Rozsivky se v přírodě vyskytují téměř ve všech vodních a aeroterestrických prostředích. Podílejí se na globálním cyklu Si a představují významné primární producenty. Jejich schránky (frustuly) mají druhově specifickou morfologii. Frustula má unikátní optické, fotonické a mechanické vlastnosti. Na Zemi je více než 12 000 druhů rozsivek, což představuje poměrně obrovskou diverzitu tvarů křemičitých schránek, které lze využít v nanotechnologích, přesto se zatím experimentálně pracuje jen s několika málo druhy. Silifikující chrysofyta mají buňky pokryté šupinami stejného chemického složení, jako frustuly rozsivek. Využití křemičitých šupin těchto organismů v nanotechnologiích je zatím zcela na počátku. Cílem bakalářské práce je shrnout znalosti o využití rozsivek a chrysomonád ve vznikajících technologiích, a sumarizovat dosud publikované informace o využití frustul pro biosensing. Perspektivní je využití frustul pro dopravu a selektivní uvolnění terapeutických látek, což by mohlo otevřít rozsivkám široké pole...
|
|
|
Diverzita rodu Frustulia v severní Evropě
Scharfen, Vojtěch ; Urbánková, Pavla (vedoucí práce) ; Veselá, Jana (oponent)
Rod Frustulia byl pro tuto práci vybrán kvůli návaznosti na předchozí výzkum naší algologické skupiny (Veselá 2007; Urbánková 2009; Urbánková 2011; Veselá 2011; Fialová 2013). Pomocí molekulárních metod bylo zjištěno, že řada morfologicky vymezených druhů rozsivek je komplexem kryptických druhů, které mohou mít omezené rozšíření. Cílem této práce bylo: 1) zhodnotit diverzitu rodu Frustulia v severní Evropě. pomocí molekulárních metod a zařadit nalezené druhy do fylogenetického kontextu příbuzných druhů; 2) zjistit jestli lze určit izolované druhy i v přírodních vzorcích pomocí morfologických znaků. Molekulárními metodami bylo analyzováno 234 kmenů. Izolované kmeny spadaly do čtyř kladů. 86% kmenů patřilo k druhovému komplexu F. crassinervia-saxonica. Dva kmeny byly určeny jako druhy F. gaertnerae a F. septentrionalis. Poslední nalezená linie nebyla zatím popsána a byla proto označena F. sp. Tato linie je blízce příbuzná druhu F. maoriana, který se považuje za endemita Nového Zélandu. Fylogeneze rodu byla vytvořena na základě datasetu ze čtyř molekulárních markerů. a s publikovanými morfometrickými údaji pak bylo porovnáno 264 fotografií buněk pořízených skenovacím elektronovým mikroskopem. Kontrolním srovnáním výsledků analýzy kvantitativních a kvalitativních znaků s morfologickými daty uvedenými v...
|
|
|
Reprodukční izolace kryptických druhů protist
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Systematická a evoluční biologie se už od počátku své existence snaží definovat druhovou kategorii či taxon. Určité taxony jsou shledávány druhy na základě nejrůznějších kritérii, tedy na základě různých druhových konceptů. Nejvíce takovýchto konceptů vzniklo v minulém století. Biologický druhový koncept byl desetiletí považován za nejzásadnější. Byl založen na přítomnosti reprodukční isolace dvou druhů. Jeho aplikovatelnost byla ovšem zpochybněna zjištěním, že existuje velké množství i starobylých asexuálních linií a také linií sexuálních s vysokou mírou hybridizace mezi uznávanými druhy. Tato práce se pokouší popsat biologický druhový koncept a jeho změny v průběhu času. A taktéž se pokouší vyřešit otázku jeho současné požitelnosti pro protista.
|
host ::
RSS.