|
|
Characterization of the protein import into Giardia Intestinalis mitosomes
Pyrihová, Eva ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Tsaousis, Anastasios (oponent) ; Stairs, Courtney (oponent)
Pohlcení eubakterie a její přeměna v mitochondrii je klíčovým okamžikem v evoluci eukaryot. Jejich proteom se postupně vyvinul v jedinečnou kombinaci původních bakteriálních komponent s eukaryotickými evolučními novinkami. Dnes můžeme u eukaryot najít obrovskou variabilitu mitochondriálních forem - od klasických mitochondrií s kristy a složitým proteinovým systémem pro údržbu vlastního genomu přes hydrogenosomy se schopností produkovat molekulární vodík a konečně mitosomy, které zcela ztratily jak genom, tak většinu původních mitochondriálních funkcí a proteinů. Srovnávání různých podob dnešních mitochondrií můžeme použít pro studium jejich evoluce. Jejich jedinými společnými znaky jsou dvojitá membrána, syntéza železo-sirných center pomocí ISC dráhy a centrální komponenty dráhy pro import proteinů. Proto předpokládáme, že právě tyto znaky představují původní a nezbytné vlastnosti mitochondrií. Mitosomy parasitických protist byly objeveny u zcela nepříbuzných druhů, vznikly tedy nezávisle a přesto byly u všech zachovány podobné proteiny mitochondriálního importu. Tyto komponenty jsou proto považovány za esenciální a nenahraditelné. Import proteinů do mitosomů byl dlouhou dobu považován za zcela minimalistický. Nicméně nejnovější studie ukazují, že mitosomální proteomy obsahují druhově-specifické...
|
|
|
Iron-Sulfur cluster assembly in Monocercomonoides exilis
Vacek, Vojtěch ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Balk, Janneke (oponent) ; Tsaousis, Anastasios (oponent)
Při hledání mitochondrií u oxymonád jsme osekvenovali genom Monocercomonoides exilis - oxymonády izolované ze střeva činčily. Sekvenování poskytlo relativně kompletní genom, který byl důkladně prohledán na geny proteinů asociovaých s mitochondriální organelou, ale ani po intenzivním hledání se nám nepodařilo odhalit žádné věrohodné mitochondriální geny. Nepodařilo se nalézt ani geny pro ISC dráhu, která je zodpovědná za syntézu Fe-S center a je považována za esenciální funkci organel mitochondriálního původu (MRO). Namísto ní se nám podařilo najít geny pro SUF dráhu, která ji zřejmě funkčně nahradila. Bližší zkoumání SUF dráhy pomocí heterologních lokalizací naznačilo, že tato dráha je pravděpodobně lokalizována v cytosolu. In silico analýza prokázala, že proteiny SUF dráhy jsou konzervovány na úrovni sekundární a terciální struktury a že většina katalyticky významných aminokyselin a motivů je v nich přítomna. Funkčnost těchto proteinů byla nepřímo prokázána pomocí komplementací v Escherichia coli s mutovanou SUF a ISC drahou. SUF dráhu se podařilo nalézt také v transkriptomech a genomech dalších devíti zástupců skupiny Preaxostyla (anaerobních protist patřících do skupiny Metamonada). U většiny preaxostyl se nám podařilo nalézt alespoň částečnou fúzi genů pro SufD, SufS a SufU. Tato fúze je...
|
|
|
Iron-Sulfur cluster assembly in Monocercomonoides exilis
Vacek, Vojtěch ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Balk, Janneke (oponent) ; Tsaousis, Anastasios (oponent)
Při hledání mitochondrií u oxymonád jsme osekvenovali genom Monocercomonoides exilis - oxymonády izolované ze střeva činčily. Sekvenování poskytlo relativně kompletní genom, který byl důkladně prohledán na geny proteinů asociovaých s mitochondriální organelou, ale ani po intenzivním hledání se nám nepodařilo odhalit žádné věrohodné mitochondriální geny. Nepodařilo se nalézt ani geny pro ISC dráhu, která je zodpovědná za syntézu Fe-S center a je považována za esenciální funkci organel mitochondriálního původu (MRO). Namísto ní se nám podařilo najít geny pro SUF dráhu, která ji zřejmě funkčně nahradila. Bližší zkoumání SUF dráhy pomocí heterologních lokalizací naznačilo, že tato dráha je pravděpodobně lokalizována v cytosolu. In silico analýza prokázala, že proteiny SUF dráhy jsou konzervovány na úrovni sekundární a terciální struktury a že většina katalyticky významných aminokyselin a motivů je v nich přítomna. Funkčnost těchto proteinů byla nepřímo prokázána pomocí komplementací v Escherichia coli s mutovanou SUF a ISC drahou. SUF dráhu se podařilo nalézt také v transkriptomech a genomech dalších devíti zástupců skupiny Preaxostyla (anaerobních protist patřících do skupiny Metamonada). U většiny preaxostyl se nám podařilo nalézt alespoň částečnou fúzi genů pro SufD, SufS a SufU. Tato fúze je...
|
|
|
Characterization of the protein import into Giardia Intestinalis mitosomes
Pyrihová, Eva ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Tsaousis, Anastasios (oponent) ; Stairs, Courtney (oponent)
Pohlcení eubakterie a její přeměna v mitochondrii je klíčovým okamžikem v evoluci eukaryot. Jejich proteom se postupně vyvinul v jedinečnou kombinaci původních bakteriálních komponent s eukaryotickými evolučními novinkami. Dnes můžeme u eukaryot najít obrovskou variabilitu mitochondriálních forem - od klasických mitochondrií s kristy a složitým proteinovým systémem pro údržbu vlastního genomu přes hydrogenosomy se schopností produkovat molekulární vodík a konečně mitosomy, které zcela ztratily jak genom, tak většinu původních mitochondriálních funkcí a proteinů. Srovnávání různých podob dnešních mitochondrií můžeme použít pro studium jejich evoluce. Jejich jedinými společnými znaky jsou dvojitá membrána, syntéza železo-sirných center pomocí ISC dráhy a centrální komponenty dráhy pro import proteinů. Proto předpokládáme, že právě tyto znaky představují původní a nezbytné vlastnosti mitochondrií. Mitosomy parasitických protist byly objeveny u zcela nepříbuzných druhů, vznikly tedy nezávisle a přesto byly u všech zachovány podobné proteiny mitochondriálního importu. Tyto komponenty jsou proto považovány za esenciální a nenahraditelné. Import proteinů do mitosomů byl dlouhou dobu považován za zcela minimalistický. Nicméně nejnovější studie ukazují, že mitosomální proteomy obsahují druhově-specifické...
|
host ::
RSS.