|
|
Kyjankovité houby: vývoj systematiky a diverzita v České republice
Matouš, Jan ; Holec, Jan (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V první části bakalářské práce je čeleď Clavariaceae charakterizována z historického, morfologického a ekologického pohledu a jsou blíže představeny tři hlavní rody Clavaria, Clavulinopsis a Ramariopsis s klavarioidní (kyjankovitou) a ramarioidní (kuřátkovitou) morfologií plodnice. Druhá část práce popisuje vývoj systematiky a nejdůležitější rody, které se v určitých fázích vývoje systému v čeledi Clavariaceae objevily. Je také kladen důraz na znaky, které vedly autory k jejich závěrům, a na vývoj rodového pojetí zmíněných tří kyjankovitých rodů. Třetí část shrnuje starší i recentní znalosti o diverzitě zmíněných tří rodů v České republice na základě údajů v literatuře. Jsou zde představeny druhy, které byly na našem území nalezeny a jsou stručně charakterizovány z ekologického hlediska. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Diversity and taxonomy of fungi inhabiting extremely acidic and saline soils of natural and anthropogenic origin in the Czech Republic
Hujslová, Martina ; Kubátová, Alena (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent) ; Gunde-Cimerman, Nina (oponent)
Silně kyselé substráty (pH < 3) představují pro život mikroorganismů jedno z nejextrémnějších prostředí. Dlouhou dobu panoval názor, že tento typ habitatu osidlují výhradně prokaryotní organismy. Nicméně výsledky recentních studií ukázaly, že mikrobiální společenstvo silně kyselých substrátů je tvořeno z velké části rovněž eukaryotickou složkou zahrnující vedle řas a protist také houby. O diverzitě acidofilních/tolerantních hub, je prozatím k dispozici jen málo informací, které ukazují, že zdejší houbové společenstvo je druhově chudé, specifické s převahou demáciových druhů. Předkládaná práce se zabývá studiem diverzity a taxonomie kultivovatelných druhů hub osidlujících silně kyselé a zároveň zasolené (sulfátové) půdy, a to na několika geograficky izolovaných lokalitách v rámci České republiky. Porovnání našich dat s dalšími dostupnými informacemi o houbách izolovaných z podobných silně kyselých míst ve světě umožní odhalit druhy tvořící základ zdejšího společenstva a jejich případnou podobnost, a zároveň pomohou objasnit otázku rozšíření acidofilních/tolerantních hub. S cílem rozšířit detekované houbové spektrum byla pro izolaci úspěšně použita kombinace standardně užívaných a speciálních metod. Naše výsledky ukázaly, že silně kyselé substráty po celém světě skrývají velmi podobné houbové...
|
|
|
Výskyt RNA elementů u rodu Armillaria
Dvořák, Jiří ; Gabriel, Jiří (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Mycoviruses are widespread among the fungi. Most mycoviruses reported have dsRNA genomes. The first mycovirus was found in the edible mushroom Agaricus bisporus. Mycoviruses do not have an extracellular phase of their life cycle and are transmitted only by intracellular routes. Many mycoviruses reveal no apparent effect on their hosts. The genus Armillaria represents economically important edible fungal pathogens causing root rot in conifers and broadleaves trees. From this viewpoint, genus Armillaria presents an important subject of research studies. In this study we tried to find evidence for the presence of RNA elements in the respective genus. Total amount of collected strains was 52. CF-11 method for nuclei acids extraction was applied to 40 strains. The method is based on the affinity of cellulose powder for nuclei acids and specifically, the adsorption of dsRNA at ethanol concentrations of 15%. According to our results, there is no evidence for dsRNA elements occurence in the tested strains. The study was also focused on basic characterization of physiology of isolates, esp. to optimum growth conditions on agar plates and milled straw as well as on rhizomorph formation and fructification. No effect of pH changes and addition of various alcohols on rhizomorph formation was found, while primordia...
|
|
|
Physiology and ecology of saprotrophic basidiomycetes degrading dead plant biomass
Valášková, Vendula ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent) ; Koukol, Ondřej (oponent)
Souhrn Práce se zabýví saprotrofními basidiomycety rozklrádajícímiodumřelou rostlinou biomasu, ktere se qýraznou měrou podílí na rozkladu orgarricke hmoty v půdě a tím i na koloběhu uh]ftu a minerráJníchlátek v prostředí. Pozornost je věnována jejich roli při degradaci opadu a dřeva a jejich vlivu na mikrobirí.lníspolďenstvo. V experimentech byly pouŽity tři basiďomycete izolovarréz opadu dubového |esa: Hypholomo fascicularc, Rhodocolly- bi'a butyracca a Gwnoplls sp. Ačkoli všechny tři kmeny degradovaly duboqý opad za sterilních i nesterilních podmínek, rychlost degradace a produkce extracelulárních enzymů zodpovědných za degradaci se mezi jednotliqimi izoláty qý'razně lšila. Všeobecně však bylo možno rozklad způsobenýtěmito houbami přirovnat k typu rozkladu způsobeného houbami bíléhniloby. Všechny izoláty produkovaly lakáau, ma.nganovou perofdázu, en. doglukarrázu, endoxylanáa, y'.glukozidrízu a B-rylozidrázu' Díky lokráJnímuvýskytu mohly tyto houby způsobit prostorovou variabilitu širokéhospektra produkovaných enzymových aktivit. Prostorovi{ variabilita enzymových aktivit byla v ruzných hloubkrích horizontu pozorována současněs mlrožstvímhoubové biomasy a rovněž se složenímmikrobiálního společenstva. Gradient těchto veličin byl pozorovatelný v měřítku menšímnežjsou jed. notlivé půdníhorizonty' Houby během...
|
|
|
Diverzita a taxonomie zástupců rodu Geastrum ve Střední Americe
Zehnálek, Petr ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V temperátním pásu, zejména pak v Evropě a Severní Americe, představuje rod Geastrum velmi dobře prozkoumanou skupinu břichatkovitých hub s dlouhodobou a obsáhlou historií studia. Naše znalost diverzity zástupců z jiných oblastí rozšíření, především tropů, je však dosti omezená. Cílem předkládané diplomové práce je přispět k poznání diverzity tohoto rodu v Panamě, Kostarice a Kolumbii. Během tří výjezdů do Panamy (provincie Chiriquí) jsem v letech 2015, 2016 a 2017 získal celkem 86 vlastních sběrů náležejících do rodu Geastrum. Tyto jsem charakterizoval na základě morfologických i molekulárních dat. Morfologickému studiu jsem rovněž podrobil 40 zapůjčených herbářových položek z Kostariky, Kolumbie i Panamy. Úspěšně jsem u vlastních sběrů osekvenoval čtyři lokusy DNA (ITS, LSU, RPB1 a ATP6). U herbářových položek byla úspěšnost metody nízká kvůli časté kontaminaci, stáří položky či pravděpodobně špatnému uchovávání položek. Molekulárně fylogenetická analýza byla provedena Bayesovskou metodou a v souladu s morfologickými znaky ukázala řadu linií nových pro Panamu a nejméně čtyři nové druhy pro vědu. Variabilita v druhových komplexech (např. G. lageniforme, G. saccatum, G. velutinum) je podrobněji rozebrána s důrazem na linie zaznamené ve vymezené oblasti. Pro Panamu jsem na základě morfologických...
|
|
|
Diversity and taxonomy of fungi inhabiting extremely acidic and saline soils of natural and anthropogenic origin in the Czech Republic
Hujslová, Martina ; Kubátová, Alena (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent) ; Gunde-Cimerman, Nina (oponent)
Silně kyselé substráty (pH < 3) představují pro život mikroorganismů jedno z nejextrémnějších prostředí. Dlouhou dobu panoval názor, že tento typ habitatu osidlují výhradně prokaryotní organismy. Nicméně výsledky recentních studií ukázaly, že mikrobiální společenstvo silně kyselých substrátů je tvořeno z velké části rovněž eukaryotickou složkou zahrnující vedle řas a protist také houby. O diverzitě acidofilních/tolerantních hub, je prozatím k dispozici jen málo informací, které ukazují, že zdejší houbové společenstvo je druhově chudé, specifické s převahou demáciových druhů. Předkládaná práce se zabývá studiem diverzity a taxonomie kultivovatelných druhů hub osidlujících silně kyselé a zároveň zasolené (sulfátové) půdy, a to na několika geograficky izolovaných lokalitách v rámci České republiky. Porovnání našich dat s dalšími dostupnými informacemi o houbách izolovaných z podobných silně kyselých míst ve světě umožní odhalit druhy tvořící základ zdejšího společenstva a jejich případnou podobnost, a zároveň pomohou objasnit otázku rozšíření acidofilních/tolerantních hub. S cílem rozšířit detekované houbové spektrum byla pro izolaci úspěšně použita kombinace standardně užívaných a speciálních metod. Naše výsledky ukázaly, že silně kyselé substráty po celém světě skrývají velmi podobné houbové...
|
|
|
Combination of biochemical and high-throughput-sequencing approaches to study the role of Antinobacteria and fungi in the decomposition of plant biomass
Větrovský, Tomáš ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Odumřelá rostlinná biomasa je klíčovým zdrojem uhlíku v pevninských ekosystémech, a proto je její rozklad významný pro koloběh tohoto prvku na zemi. Mezi nejvýznamnější rozkladače jsou řazeny především houby, a to zejména díky schopnosti produkovat vysoce účinné oxidativní a hydrolytické enzymy. Mnoho současných prací dále ukazuje, že kromě hub mohou být dalšími důležitými rozkladači celulózy a lignocelulózy také bakterie, zejména zástupci kmene Actinobacteria. Tato disertační práce je zaměřena na zhodnocení role hub a aktinobakterií při rozkladu odumřelé rostlinné biomasy. V rámci jejího řešení byly nejdříve zkoumány mechanismy tohoto rozkladu, týkající se především rozkladu hlavních komponent lignocelulózy: celulózy, hemicelulóz a ligninu, pomocí extracelulárních enzymů. U saprotrofní houby Fomes fomentarius byl důkladně popsán enzymový aparát a to jak in vitro, tak in vivo. Schopnost produkce hydrolytických enzymů byla dále testována u aktinobakterií izolovaných z půdy a u vybraných kmenů byly provedeny experimenty sledující osud polysacharidů a ligninu v průběhu jejich dekompozice. Aby bylo možno objasnit úlohu rozkladačů lignocelulózy v komplexních prostředích, jako je půda, bylo zkoumáno jejich zastoupení ve společenstvech hub a bakterií se speciálním zaměřením na aktinobakterie. K dosažení...
|
|
|
Kyjankovité houby: vývoj systematiky a diverzita v České republice
Matouš, Jan ; Holec, Jan (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V první části bakalářské práce je čeleď Clavariaceae charakterizována z historického, morfologického a ekologického pohledu a jsou blíže představeny tři hlavní rody Clavaria, Clavulinopsis a Ramariopsis s klavarioidní (kyjankovitou) a ramarioidní (kuřátkovitou) morfologií plodnice. Druhá část práce popisuje vývoj systematiky a nejdůležitější rody, které se v určitých fázích vývoje systému v čeledi Clavariaceae objevily. Je také kladen důraz na znaky, které vedly autory k jejich závěrům, a na vývoj rodového pojetí zmíněných tří kyjankovitých rodů. Třetí část shrnuje starší i recentní znalosti o diverzitě zmíněných tří rodů v České republice na základě údajů v literatuře. Jsou zde představeny druhy, které byly na našem území nalezeny a jsou stručně charakterizovány z ekologického hlediska. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Molekulární fylogeneze rodu Geosmithia
Korittová, Celie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Rod Geosmithia zahrnuje 11 popsaných a několik desítek dosud nepopsaných druhů hub, které se vyskytují téměř výhradně v požercích podkorního hmyzu (zejména kůrovců). V rámci předkládané diplomové práce byla provedena fylogenetická analýza na základě sekvencí čtyř genů kódujících proteiny, konkrétně TEF-1, RPB2, Mcm7 a Tsr1. Tato analýza potvrdila, že ekologické strategie geosmithií (tzn. vazba na listnáče či jehličnany a adaptace na symbiózu s ambrosiovými brouky) se vyvinuly několikrát opakovaně. Na základě získaného fylogenetického stromu jsem rozlišila 51 druhů (ve smyslu "Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition"). Dále jsem testovala schopnost těchto genů sloužit jako "barcode" pro identifikaci blízce příbuzných druhů geosmithií.
|
|
|
Výskyt RNA elementů u rodu Armillaria
Dvořák, Jiří ; Gabriel, Jiří (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Mycoviruses are widespread among the fungi. Most mycoviruses reported have dsRNA genomes. The first mycovirus was found in the edible mushroom Agaricus bisporus. Mycoviruses do not have an extracellular phase of their life cycle and are transmitted only by intracellular routes. Many mycoviruses reveal no apparent effect on their hosts. The genus Armillaria represents economically important edible fungal pathogens causing root rot in conifers and broadleaves trees. From this viewpoint, genus Armillaria presents an important subject of research studies. In this study we tried to find evidence for the presence of RNA elements in the respective genus. Total amount of collected strains was 52. CF-11 method for nuclei acids extraction was applied to 40 strains. The method is based on the affinity of cellulose powder for nuclei acids and specifically, the adsorption of dsRNA at ethanol concentrations of 15%. According to our results, there is no evidence for dsRNA elements occurence in the tested strains. The study was also focused on basic characterization of physiology of isolates, esp. to optimum growth conditions on agar plates and milled straw as well as on rhizomorph formation and fructification. No effect of pH changes and addition of various alcohols on rhizomorph formation was found, while primordia...
|
host ::
RSS.