|
|
FeS cluster assembly in cytosol of Trichomonas vaginalis
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Šuťák, Róbert (oponent)
Železo-sirné klastry jsou kofaktory celé řady významných proteinů. Pro studium syntézy těchto klastrů se využívají především modelové organismy typu Saccharomyces cerevisiae, Homo sapiens a v poslední době také Trypanosoma brucei. U Trichomonas vaginalis, anaerobního prvoka, který parazituje v urogenitálním traktu lidí, však nebylo toto téma studováno více do hloubky. T. vaginalis patří mezi anaeroby, jejichž mitochondrie byla redukována na hydrogenosom. V této organele již byly identifikované některé komponenty ISC dráhy pro syntézu klastrů, zatímco proteiny, které se účastní CIA dráhy v cytosolu, nebyly u T. vaginalis doposud charakterizovány. Tato práce se zabývá především TvIscU, jedním z hlavních proteinů ISC dráhy, a dále také komponenty CIA dráhy. Oba dva typy syntézy klastrů, jak v hydrogenosomech tak i v cytosolu, se zásadně liší od typického modelu založeném na studiu S. cerevisce. V této práci jsme studovali hypotetické funkční propojení ISC-CIA systému. Dále jsme identifikovali homology k charakterizovaným proteinům účastnících se CIA dráhy. Konkrétně jsme identifikovali Nbp35, Cfd1, Nar1, Cia1 Cia2, avšak nenalezli jsme proteiny homologní pro Tah18, Dre2 a Mms19. Nalezené proteiny jsme v T. vaginalis exprimovali značené Ha-tagem a lokalizovali je v buněčných frakcích a pomocí...
|
|
|
Metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Tato práce je primárně zaměřená na metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků. Jelikož se jedná o široké téma, metody popisované v této práci jsou vybrané s přihlédnutím konkrétně k parazitům člověka T. vaginalis, G. intestinalis a E. histolytica. Jako metody reverzní genetiky se označují postupy umožňující manipulaci s geny na úrovni DNA a RNA za účelem porozumět jejich vlastnostem a funkci. Získané znalosti umožňují v laboratořích zabývajících se parazitickými prvoky odhalovat příčiny jejich patogenity a usnadňovat tak například hledání nových léčiv. V neposlední řadě umožňují tyto znalosti porozumět metabolismu a buněčným funkcím, které jsou u prvoků často velmi specifické nebo naopak redukované. Mezi metody reverzní genetiky na úrovni DNA, které působí trvalou změnu cílové sekvence, patří homologní rekombinace nebo integrace cizorodé DNA do genomu. Dočasné nebo trvalé změny v expresi genů mohou být realizovány pomocí transkripčního umlčování genů, kde sekvence DNA zůstává beze změny, avšak dochází k represi exprese. Transkripční umlčování genů může být navozeno řadou mechanismů, například je v některých případech funkčně propojené s dráhou RNA interference, která se běžně uplatňuje u posttranskripčního umlčování genů na úrovni mRNA. Další techniky umlčování exprese genů rozebírané v této...
|
|
|
Metody RNAi a CRISPR a jejich využití pro genetické manipulace parazitických protist
Kaiserová, Veronika ; Votýpka, Jan (vedoucí práce) ; Stojanovová, Darja (oponent)
RNA interference slouží jako obranný mechanismus, pomocí něhož se organismy brání proti cizorodým nukleovým kyselinám. RNAi negativně ovlivňuje translaci vazbou malých nekódujících molekul RNA ke komplementárnímu úseku mRNA, která je následně degradována. Novinkou v oblasti genového inženýrství je metoda CRISPR, která spočívá v modulaci genové exprese tvorbou dvouvláknových zlomů v cílové sekvenci DNA pomocí ribonukleoproteinového komplexu složeného z prokaryotické endonukleázy Cas9 a sgRNA. Obě zmíněné metody jsou použitelné pro funkční analýzu proteinů a charakterizaci metabolických drah u studovaných organismů. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o metodách RNAi a CRISPR a o jejich využití k editaci genomů parazitických protist.
|
|
|
FeS cluster assembly in cytosol of Trichomonas vaginalis
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Šuťák, Róbert (oponent)
Železo-sirné klastry jsou kofaktory celé řady významných proteinů. Pro studium syntézy těchto klastrů se využívají především modelové organismy typu Saccharomyces cerevisiae, Homo sapiens a v poslední době také Trypanosoma brucei. U Trichomonas vaginalis, anaerobního prvoka, který parazituje v urogenitálním traktu lidí, však nebylo toto téma studováno více do hloubky. T. vaginalis patří mezi anaeroby, jejichž mitochondrie byla redukována na hydrogenosom. V této organele již byly identifikované některé komponenty ISC dráhy pro syntézu klastrů, zatímco proteiny, které se účastní CIA dráhy v cytosolu, nebyly u T. vaginalis doposud charakterizovány. Tato práce se zabývá především TvIscU, jedním z hlavních proteinů ISC dráhy, a dále také komponenty CIA dráhy. Oba dva typy syntézy klastrů, jak v hydrogenosomech tak i v cytosolu, se zásadně liší od typického modelu založeném na studiu S. cerevisce. V této práci jsme studovali hypotetické funkční propojení ISC-CIA systému. Dále jsme identifikovali homology k charakterizovaným proteinům účastnících se CIA dráhy. Konkrétně jsme identifikovali Nbp35, Cfd1, Nar1, Cia1 Cia2, avšak nenalezli jsme proteiny homologní pro Tah18, Dre2 a Mms19. Nalezené proteiny jsme v T. vaginalis exprimovali značené Ha-tagem a lokalizovali je v buněčných frakcích a pomocí...
|
|
|
Metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Tato práce je primárně zaměřená na metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků. Jelikož se jedná o široké téma, metody popisované v této práci jsou vybrané s přihlédnutím konkrétně k parazitům člověka T. vaginalis, G. intestinalis a E. histolytica. Jako metody reverzní genetiky se označují postupy umožňující manipulaci s geny na úrovni DNA a RNA za účelem porozumět jejich vlastnostem a funkci. Získané znalosti umožňují v laboratořích zabývajících se parazitickými prvoky odhalovat příčiny jejich patogenity a usnadňovat tak například hledání nových léčiv. V neposlední řadě umožňují tyto znalosti porozumět metabolismu a buněčným funkcím, které jsou u prvoků často velmi specifické nebo naopak redukované. Mezi metody reverzní genetiky na úrovni DNA, které působí trvalou změnu cílové sekvence, patří homologní rekombinace nebo integrace cizorodé DNA do genomu. Dočasné nebo trvalé změny v expresi genů mohou být realizovány pomocí transkripčního umlčování genů, kde sekvence DNA zůstává beze změny, avšak dochází k represi exprese. Transkripční umlčování genů může být navozeno řadou mechanismů, například je v některých případech funkčně propojené s dráhou RNA interference, která se běžně uplatňuje u posttranskripčního umlčování genů na úrovni mRNA. Další techniky umlčování exprese genů rozebírané v této...
|
host ::
RSS.