|
|
Rough Sets on State Spaces of Automata
Staněk, David
This paper discussed a subclass of finite automata, which have ordering on the state sets created by a transition (or next-state) function. Hence, there do not exist cycles of more than one element. We discuss a relation of equality of upper closure on the systems of all subsets of state systems of quasi-automata, which creates an equivalence.
|
|
|
A role of the 5' cap in Sm-class snRNA biogenesis
Petržílková, Hana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Abrhámová, Kateřina (oponent)
Malé jaderné RNA (snRNA) jsou hlavní složkou sestřihového komplexu - spliceozomu, který katalyzuje sestřih pre-mRNA. snRNA jsou produkovány složitým biogenním procesem, který zahrnuje modifikace snRNA a skládání snRNA do ribonukleoproteinových snRNP částic. Biogeneze snRNA také zahrnuje několik kroků kontroly kvality, které zaručují, že chybné snRNP částice nejsou využity ve spliceozomu. 5' trimetylguanosinová čepička (TMG) je jedna z důležitých struktur využívaná v kontrole kvality snRNA typu Sm. Tvorbu 5' čepičky na snRNA doprovází modifikace prvního přepisovaného nukleotidu, adenosinu, konkrétně jeho 2'-O-metylace a N6- methylace během transkripce. N6-metylace čepičky je později opět odstraněna demetylázou FTO. V této práci přináším nové poznatky o funkci modifikací 5' čepičky na snRNA. Ukazuji, že N6- demetylace je důležitým krokem pro správnou biogenezi snRNA, především pro biogenezi U2 snRNA. Dále prezentuji důkazy, že 5' čepička hraje roli v kontrole kvality snRNA, které jsou zkrácené na 5' konci. Naše data naznačují, že zkrácené snRNA nesou ve zvýšené míře nezralé monometylované čepičky a jsou vázány proteinovým komplexem IFIT1/2/3, který čepičky rozpoznává. Na základě našich dat odhadujeme, že biogeneze zkrácených snRNA je částečně pozastavena v jejích brzkých fázích a snRNA jsou odkloněny...
|
|
|
Non-coding RNAs in oocyte and early embryo
Aleshkina, Daria ; Šušor, Andrej (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent) ; Krylov, Vladimír (oponent)
(česky) Nekódující RNA (ncRNA), které byly dříve považovány za ‚transkripční šum', jsou dnes známé jako klíčové molekuly v hlavních buněčných procesech. NcRNA jsou exprimovány ve vysokých hladinách - pouze 2 % transkribovaného genomu u vyšších eukaryot odpovídá proteinům kódujícím RNA. Je známo, že řada různých ncRNA má strukturní, funkční či regulační role, ale vliv většiny nekódujících transkriptů zůstává nejasný. Mezi ncRNA jsou obzvláště zajímavé dlouhé ncRNA (lncRNAs, delší než 200 bp). LncRNA nemají jednotnou funkci, ale v mnoha studiích byly pozorovány regulace na transkripční a translační úrovni, které jsou založené na regulaci lncRNA. Proto by nové lncRNA mohly pomoct vylepšit syntézu proteinů ve vysoce diferencovaných buněčných typech. Zejména plně dorostlý savčí oocyt a rané embryo vyžadují přesně kontrolovanou translaci maternálních transkriptů k tomu, aby mohla být koordinována meiotická progrese a časný vývoj embrya, zatímco je transkripce umlčena. Zaměřili jsme se tedy na studium zapojení ncRNA do syntézy proteinů a následného vlivu na fyziologii oocytu a raného embrya. Nejdříve jsme analyzovali expresi a distribuci několika ncRNA během meiotického zrání a časného vývoje embrya - jmenovitě BC1 (Brain cytoplasmic RNA 1), Rose (lncRNA in Oocyte Specific Expressed), Rn7sk (RNA Component...
|
|
|
Odvolání v trestním řízení
Staněk, David ; Vokoun, Rudolf (vedoucí práce) ; Bohuslav, Lukáš (oponent)
ODVOLÁNÍ V TRESTNÍM ŘÍZENÍ Cílem předkládané diplomové práce je zanalyzovat právní úpravu odvolaní trestním řízení a obecně problematiku tohoto řádného opravného prostředku. Autor si dává za úkol podat čtenáři informaci o historické genezi institutu odvolání od ranného až do přijetí současného trestního řádu s přihlédnutím k nejvýznamnějším novelám tohoto zákona. Zasadit vnitrostátní úpravu do kontextu mezinárodního práva zakotvení práva na odvolání v trestním řízení v mezinárodních smlouvách. Vyložit odvolání jakožto řádného opravného prostředku z teoretického tedy opravný prostředek charakterizovat, porovnat s ostatními opravnými prostředky trestním řádu a přiblížit základní a specifické principy, které na právní úpravu odvolání dopadají. Ve stěžejní kapitole je kriticky rozebrána recentní úprava odvolání v trestním řádu. Autor se postupně zabývá přípustností a účinky odvolání, všemi osobami, jež jsou oprávněné k podání odvolání, lhůtou, místem a způsobem jeho podání uvedením praktických příkladů, vzdáním se práva na odvolání a zpětvzetím odvolání, obsahovými náležitostmi odvolání a možnými úskalími v praxi, činností soudu prvního stupně po podání odvolání a v neposlední řadě řízením u odvolacího soudu a zákonnými mantinely jeho rozhodování, a to vše s kritickými názory autora, odborníků trestněprávní...
|
|
|
Functional analysis of the TSSC4 chaperone during snRNP formation
Vojáčková, Jitka ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Vaňková Hausnerová, Viola (oponent)
Sestřih je proces, během kterého jsou nekódující sekvence (introny) vystřiženy z pre-mRNA a exony spojeny. Celý tento proces je katalyzován multi-megadaltonovým sestřihovým komplexem, který se skládá z pěti malých jaderných ribonukleoproteinových částic (zkráceně snRNP částice), jenž každá obsahuje svoji vlastní malou jadernou RNA a sadu proteinů specifických pro každou částici. Během biogeneze snRNP částic jsou U4 a U6 snRNP částice spojeny za vzniku di-snRNP částice, která je dále asociována s U5 snRNP částicí a tím dává vzniku tri-snRNP. S pomocí hmotnostní spektrometrie jsme nalezly dříve necharakterizovaný protein interagující s U5 snRNP částicí, zvaný TSSC4. S použitím imunoprecipitace jsem potvrdila specificitu TSSC4 pro U5 snRNP a nalezla oblast TSSC4 zodpovědnou za interakci s U5 snRNP. Nezávisle na U5 snRNP částici, TSSC4 interaguje s PRPF19, komponentem komplexu, který se účastní katalytické aktivace sestřihového komplexu. Snížení koncentrace TSSC4 v HeLa buňkách způsobuje akumulaci di-snRNP specifických RNA a U5 snRNP částice v Cajalových tělískách, jaderných organelách důležitých pro biogenezi snRNP částic. Podobný fenotyp byl dříve pozorován po zastavení tvorby tri-snRNP částice. Abych otestovala důležitost TSSC4 pro vznik tri-snRNP, pomocí gradientové ultracentrifugace jsem rozdělila...
|
|
|
Faktory důležité pro formování Cajalova tělíska
Roithová, Adriana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Valentová, Anna (oponent)
Tato re er e popisuje strukturu a funkci jaderných domén nazývajících se Cajalova t líska (CB). CB obsahují proteiny a faktory, které se ú astní uspo ádání a modifikace snRNP. Tyto t líska se nachází u obratlovc i bezobratlých a nejdeme je i v rostlinách. Ne v echny typy bun k v ak obsahují CB. Jejich po et a velikost se odvíjí od transkrip ní aktivity bu ky a fázi bun ného cyklu. Tato práce pojednává o faktorech, které mají vliv na formaci CB. Jeden z nejd le it j ích faktor je hladina snRNP a transkrip ní aktivita. V poslední dob se v ak ukazuje, e významnou roli ve formaci CB má i fosforylace coilinu a jiných komponent. Jiné studie ukazují na vliv okolního prost edí. Také se zde diskutuje regulace biogeneze CB, která není je t zcela objasn na. Klí ová slova: Cajalovo t lísko, coilin, bun né jádro, snRNP, pre-mRNA sest ih, transkripce
|
|
|
Spliceosome assembly
Hausnerová, Viola ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Chalupníková, Kateřina (oponent)
Introny jsou vystřiženy z eukaryotických transkriptů a exony jsou spojeny dohromady během procesu zvaného sestřih pre-mRNA. Sestřih je katalyzován sestřihovým komplexem. Jedná se o velký ribonukleoproteinový komplex složený z pěti malých jaderných RNA a více než stovky proteinů. Tento komplex rozpoznává 5' sestřihové místo, místo větvení a 3' sestřihové místo a následně provádí dvě transesterifikační reakce, jejichž výsledkem je zralá molekula mRNA. V rámci časného sestřihového komplexu je 5' sestřihové místo definováno pomocí U1 snRNP a na rozpoznání místa větvení a 3' sestřihového místa se podílí U2 pomocný faktor (U2 auxiliary factor, U2AF). Spolupráce sestřihových míst byla částečně popsána in vitro, ale situace in vivo není dosud zcela objasněna. V této studii jsme použili fluorescenční rezonanční energetický transfer (Fluorescence resonance energy transfer, FRET) a RNA imunoprecipitaci (RIP) k popsání časných kroků skládání sestřihového komplexu. Abychom detekovali interakce proteinů na RNA molekule přímo v buněčném jádře, uplatnili jsme sestřihové reportéry kódující -globinový gen a vlásenky z fága MS2. Výsledky FRETu ukazují, že intaktní 5' sestřihové místo je vyžadováno pro vazbu U2AF35 na 3' sestřihové místo a že vazba U1C je částečně omezena v přítomnosti mutace 3' sestřihového místa. Dále jsme...
|
|
| |
|
| |
|
|
Molecular principles of translation reinitiation in mammals
Hronová, Vladislava ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Staněk, David (oponent)
Iniciace translace představuje mnohastupňový proces, který zajišťuje sestavení 80S ribosomu na AUG start kodonu molekuly mRNA, jež má být přeložena do polypeptidového řetězce. Správný průběh tohoto procesu je řízen mnoha eukaryotickými iniciačními faktory (eIFs), z nichž nejdůležitějším je eukaryotický iniciační faktor 3 (eIF3). Hlavním cílem naší laboratoře je co nejpodrobněji popsat proteinový komplex eIF3 a také způsoby, jakými tento faktor přispívá k jednotlivým krokům procesu iniciace translace. Kromě toho též zkoumáme jeden z genově specifických kontrolních mechanismů translace zvaný reiniciace, který je, alespoň u kvasinek, umožňován právě faktorem eIF3. V této práci popisuji, že N-terminální doména (NTD) jedné z největších podjednotek kvasinkového eIF3, označované jako a/Tif32, hraje důležitou úlohu nejen ve vazbě eIF3 k 40S ribozomální podjednotce, ale taktéž významně přispívá k nasedání mRNA na 43S preiniciační komplexy in vivo. Stabilizační role N-terminální domény podjednotky a/Tif32 byla ověřena též v naší následující studii, a to biofyzikálními experimenty. Pomocí dalších in vivo přístupů jsme v této práci též dokázali, že pro mRNA s delšími 5'nepřekládanými oblastmi je stabilizační role a/Tif32-NTD důležitější než pro mRNA s krátkými 5'nepřekládanými oblastmi. V následujících...
|
host ::
RSS.