|
|
Modul do prohlížeče přednášek pro opravování výstupu rozpoznávače uživatelem
Srb, Pavel ; Schwarz, Petr (oponent) ; Fapšo, Michal (vedoucí práce)
Jádrem práce je rozšíření prohlížeče o funkci opravy přepisů z rozpoznávače uživatelem, včetně vytvoření serveru, který přepisy skladuje a umožňuje jejich sdílení. V úvodu je zmíněna motivace pro práci s multimédii ve výpočetní technice. Dále jsou vyjmenovány kategorie výzkumu rozpoznávání řeči na Fakultě informačních technologií. Velká pozornost je věnována popisu multimediálního prohlížeče, který slouží pro testování a prezentaci technologií rozpoznávačů a v budoucnu se předpokládá jeho využití i jako studijní pomůcky nebo přehrávače pro běžné uživatele. Jsou zde definovány požadované vlastnosti tohoto přehrávače, návrhy a popis jejich realizace, potažmo celé architektury přehrávače, založené na C++, wxWidgets, XML i HTTP.
|
|
|
Dynamical Behaviour of Matrix Proteins from Mason-Pfizer Monkey Virus
Srb, Pavel ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Žídek, Lukáš (oponent) ; Brus, Jiří (oponent)
Název práce: Dynamické chování matrixových proteinů Mason-Pfizerova opičího viru Autor: Pavel Srb Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí disertační práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D Abstrakt: Studovali jsme oligomerizační vlastnosti betaretrovirového non- myristoylovaného matrixového proteinu a jeho mutantu R55F z Mason- Pfizerova opičího viru metodami NMR spektroskopie v kapalné fázi. Bylo prokázáno, že divoký typ (WT) v roztoku oligomerizuje. Detailní model oligomerizace byl získán pomocí společné analýzy koncentračně závislých chemických posunů a translačních difúzních koeficientů. Bylo zjišťeno, že WT se v roztoku nachází v rovnováze mezi monomerem, dimerem a trimerem. Dále bylo využito kombinace NMR relaxačních měření a molekulové dynamiky k detailnímu studiu lokálních pohybů v proteinu. Výsledky ukazují, že oligomerizace je úzce svázána se zvýšenou pohyblivostí molekuly WT v oblasti smyčky mezi helixy α2 and α3 a v C-terminální části helixu α3. Tyto části molekuly zároveň tvoří oligomerizační rozhraní. Mutantní pro- tein R55F, který nevykazuje specifickou oligomerizaci byl shledán podstatně rigidnějším. Z analýzy vyplývá, že mechanismy konformační selekce, in- dukovaného fitu a strukturní...
|
|
|
Charakterizace strukturních vlastností a stability DNA vlásenek pomocí NMR spektroskopie
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
CArG box je velmi konzervovaná DNA sekvence nacházející se v Serum Response Elementu (SRE) regulujícím expresi genu c-fos. V této práci byly pomocí jaderné magnetické rezonance zkoumány krátké oligodeoxynukleotidy obsahující CArG box, za účelem ověření jeho schopnosti tvořit vlásenku. Byla změřena 1H spektra v rozsahu teplot (274-360) K. Fitováním teplotních závislostí chemických posuvů byly určeny termodynamické parametry popisující tvorbu a rozpad vlásenky. Vlásenková struktura vzorků byla potvrzena na základě anomálií v NOESY spektru a nezávislosti teploty tání na koncentraci. Je tedy pravděpodobné, že CArG box skutečně tvoří neobvyklou konformaci, možná i kruciformy. To může být příčinou vysoké afinity mezi SRE a jeho transkripčním faktorem. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
The presence and stability of DNA mini-hairpins
Bušková, Hana ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
Sekundární struktura DNA je různorodá, a závisí na pořadí bází v řetězci. DNA tvoří dvoušroubovice, ale byly pozorovány také útvary ze tří, čtyř, nebo i jediného řetězce in vivo a in vitro. V této práci je studován efekt malých změn sekvence oligonukleotidu na stabilitu vlásenek tvořených DNA heptamery pomocí jaderné magnetické rezonance (NMR). Vhodné sekvence DNA byly vybrány na základě symetrie a předpovědi sta- bility pomocí modelu nejbližších sousedů (nearest neighbor model). Pro přiřazení re- zonancí aromatických vodíků byla použita 2D H1 -1 H NOESY spektra. Ze sérií 1D spekter se změnou teploty byly získány závislosti chemického posuvu na teplotě, ze kterých byly vypočítány termodynamické vlastnosti vlásenek. Přítomnost vlásenek v roztoku byla potvrzena charakterem NOESY spekter, nezávislostí teploty tání na kon- centraci oligonukleotidu, a srovnáním mezi modely předpokládajícími tvorbu vlásenky nebo dvoušroubovice. Výsledky demonstrují důležitost pořadí bázových párů ve stonku vlásenky a přispívají k popisu mimořádně stabilních minivlásenek DNA. 1
|
|
|
Charakterizace strukturních vlastností a stability DNA vlásenek pomocí NMR spektroskopie
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
CArG box je velmi konzervovaná DNA sekvence nacházející se v Serum Response Elementu (SRE) regulujícím expresi genu c-fos. V této práci byly pomocí jaderné magnetické rezonance zkoumány krátké oligodeoxynukleotidy obsahující CArG box, za účelem ověření jeho schopnosti tvořit vlásenku. Byla změřena 1H spektra v rozsahu teplot (274-360) K. Fitováním teplotních závislostí chemických posuvů byly určeny termodynamické parametry popisující tvorbu a rozpad vlásenky. Vlásenková struktura vzorků byla potvrzena na základě anomálií v NOESY spektru a nezávislosti teploty tání na koncentraci. Je tedy pravděpodobné, že CArG box skutečně tvoří neobvyklou konformaci, možná i kruciformy. To může být příčinou vysoké afinity mezi SRE a jeho transkripčním faktorem. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Studium teplotně citlivých porfyrinů a jejich supramolekulárních komplexů
Hrubovský, Martin ; Kouřilová, Hana (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
Studium teplotně citlivých porfyrinů a jejich supramolekulárních komplexů Abstrakt: Venovali sme sa štúdiu látky mezo-tetrakis{3,4,5-tris[2-(2-(2-metoxyetoxy)etoxy)et- oxy]fenyl}porfyrín umelo pripravenej v NIMS v Japonsku. Využívali sme NMR spektroskopiu vysokého rozlišenia. Pozorovali sme jej fázovú separáciu LCST- typu (dolná kritická teplota roztoku) a aplikovali sme Floryho-Hugginsovu teóriu polymérnych roztokov aby sme skonštruovali jej fázový diagram (binodálu a spin- odálu, krivky fázovej separácie), a tiež sme vyhodnotili jej molárne entropie, enta- plie a kritickú teplotu fázovej separácie; aplikáciou Floryho-Hugginsovej teórie sme zistili, že molekuly skúmanej látky tvoria vo vode diméry. Tiež sme sledovali in- terakcie tejto látky s kyselinou S-gáfor-sulfonovou; dozvedeli sme sa, že študovaný porfyrín viaže katióny z roztoku a porfyrínové diméry sa rozpadajú ak je v roz- toku dostatok dostupných katiónov pre vznik komplexov. V chloroforme nebola pozorovaná žiadna fázová separácia. Porfyrín netvorí viac než diméry. 1
|
|
|
Dynamical Behaviour of Matrix Proteins from Mason-Pfizer Monkey Virus
Srb, Pavel ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Žídek, Lukáš (oponent) ; Brus, Jiří (oponent)
Název práce: Dynamické chování matrixových proteinů Mason-Pfizerova opičího viru Autor: Pavel Srb Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí disertační práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D Abstrakt: Studovali jsme oligomerizační vlastnosti betaretrovirového non- myristoylovaného matrixového proteinu a jeho mutantu R55F z Mason- Pfizerova opičího viru metodami NMR spektroskopie v kapalné fázi. Bylo prokázáno, že divoký typ (WT) v roztoku oligomerizuje. Detailní model oligomerizace byl získán pomocí společné analýzy koncentračně závislých chemických posunů a translačních difúzních koeficientů. Bylo zjišťeno, že WT se v roztoku nachází v rovnováze mezi monomerem, dimerem a trimerem. Dále bylo využito kombinace NMR relaxačních měření a molekulové dynamiky k detailnímu studiu lokálních pohybů v proteinu. Výsledky ukazují, že oligomerizace je úzce svázána se zvýšenou pohyblivostí molekuly WT v oblasti smyčky mezi helixy α2 and α3 a v C-terminální části helixu α3. Tyto části molekuly zároveň tvoří oligomerizační rozhraní. Mutantní pro- tein R55F, který nevykazuje specifickou oligomerizaci byl shledán podstatně rigidnějším. Z analýzy vyplývá, že mechanismy konformační selekce, in- dukovaného fitu a strukturní...
|
|
|
Modul do prohlížeče přednášek pro opravování výstupu rozpoznávače uživatelem
Srb, Pavel ; Schwarz, Petr (oponent) ; Fapšo, Michal (vedoucí práce)
Jádrem práce je rozšíření prohlížeče o funkci opravy přepisů z rozpoznávače uživatelem, včetně vytvoření serveru, který přepisy skladuje a umožňuje jejich sdílení. V úvodu je zmíněna motivace pro práci s multimédii ve výpočetní technice. Dále jsou vyjmenovány kategorie výzkumu rozpoznávání řeči na Fakultě informačních technologií. Velká pozornost je věnována popisu multimediálního prohlížeče, který slouží pro testování a prezentaci technologií rozpoznávačů a v budoucnu se předpokládá jeho využití i jako studijní pomůcky nebo přehrávače pro běžné uživatele. Jsou zde definovány požadované vlastnosti tohoto přehrávače, návrhy a popis jejich realizace, potažmo celé architektury přehrávače, založené na C++, wxWidgets, XML i HTTP.
|
host ::
