|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
Segmentace ultrazvukových sekvencí
Schwarzerová, Jana ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá základním popisem ultrasonografie, principem kontrastního zobrazení a aplikací segmentačních metod v ultrasonografické problematice. Z uvedených segmentačních metod byly některé metody vybrány a implementovány v programu Matlab verze R2015b. Algoritmy byly testovány na uměle vytvořených datech, na ultrazvukových fantómech i na reálných ultrazvukových obrázcích. Následně byla práce rozšířena na segmentaci ultrazvukových sekvencí.
|
|
|
Koncept drift v metabolomické analýze
Koštoval, Aleš ; Provazník, Ivo (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou strojového učení, konkrétně analýzou drift konceptu. Jedná se o nechtěný jev, který lze detekovat v predikčních modelech. Pomocí detekce s následnou korekcí drift konceptu se predikční modely stávají spolehlivějšími a jsou schopny adekvátně reagovat na vstupní data reprezentující dynamickou informaci. Za vhodného reprezentanta těchto dat lze považovat metabolomická data. Metabolomická data a jejich analýza může pomoc k včasné detekci nemocí jako je diabetes mellitus, či rakovina. V první části práce jsou popsány teoretické poznatky z oblasti analýzy drift konceptu a metabolomické analýzy. Druhá část pojednává o postupu modelování predikčních klasifikátorů a implementaci algoritmů pro detekci drift konceptu. Praktická část práce byla realizována v programovacím jazyce Python. Na závěr jsou v rámci druhé časti popsány dosažené výsledky a jejich diskuze.
|
|
|
Gene regulation in Clostridium beijerinckii NRRL B-598
Schwarzerová, Jana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The master’s thesis deals with the study of gene regulatory in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for inference gene regulatory network for C. beijerinckii NRRL B-598. The theoretic part describes basic nomenclature gene regulatory with the main focus on gene regulatory networks nomenclature. Laboratory methods which serve to obtain suitable gene describing express data are described there. These data are based on the study of gene regulatory and inference gene regulatory networks. The thesis is mainly focused on the RNA-Seq technology and brief description of laboratory data which were gathered using the strain C. beijerinckii NRRL B-598. In the practical part of the thesis pre-processing of these raw laboratory data and following gene regulatory research is performed which focuses on inference operons and creating first gene regulatory networks for C. beijerinckii NRRL B-598 using different approaches.
|
|
|
Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
|
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Comprehensive analysis of putrescine metabolism in A thaliana using GWAS, genetic risk score, metabolic modelling and data mining
Schwarzerová, Jana ; Bartoň, Vojtěch ; Walther, Dirk ; Weckwerth, Wolfram
Polyamines are known to be functionally involvedin plant responses to stress conditions. Despite a large amount ofphysiological and genetic data, the mode of action of polyamines,especially putrescine, at the molecular level still remains unclear.An increasing number of studies point to a role of putrescine instress defense of plants due to influencing the formation of reactiveoxygen species (ROS) in cellular stress conditions. Moreover,putrescine has been found to modulate abscisic acid (ABA)biosynthesis at the transcriptional level in response to lowtemperature, revealing a novel mode of action of polyamines asregulators of hormone biosynthesis. This study presents a newholistic approach towards the analysis of putrescine metabolismusing genome-wide association studies and the calculation ofgenetic risk scores extended by Boolean analysis in metabolitesnetwork as well as data mining from available databases andliterature. It can lead to a better understanding of biologicalprocesses involved in adaptation of plants to environmentalchanges.
|
|
|
Korekce koncept driftu v predikčních modelech
Michálková, Eva ; Provazník, Valentine (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou analýzy koncepčního driftu. Koncepční drift je nežádoucí jev objevující se vlivem dynamického charakteru světa. Tento jev může negativně ovlivňovat přesnost a spolehlivost predikčních modelů. Lze ho korigovat pomocí detekce a následné korekce. Jednou z oblastí, kde se tato problematika v poslední době nově objevuje, je lékařská diagnostika z metabolomických dat. Analýza metabolomických dat může vést ke včasnému odhalení některých závažných onemocnění, což může hrát velkou roli při následné léčbě. Při diagnostice onemocnění představují predikční modely její vylepšení, urychlení a personalizaci. První část práce představuje problematiku koncepčního driftu, metody jeho detekce a korekce, význam metabolomiky a predikčních modelů. Druhá část práce pojednává o implementaci dostupných algoritmů pro detekci a korekci koncepčního driftu a implementaci vlastní automatické korekce koncepčního driftu. Na závěr jsou popsány dosažené výsledky a jejich diskuze.
|
|
|
Analýza horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy
Labanava, Anastasiya ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice horizontálního přenosu genetických elementů mezi bakteriemi různých kmenů a implementaci softwarové analýzy, která umožní identifikaci genů, přenesených horizontálně. Použité balíčky a nástroje byly testovány na datasetu genomů bakterií několika kmenů. Teoretická část práce je věnována detailnímu popisu přenosu genetických elementů mezi bakteriemi a také jsou v ní popsány některé moderní laboratorní techniky umožňující sekvenaci genomů různými způsoby. V praktické části se práce zabývá předzpracováním genomických souborů za účelem získání vhodného formátu dat pro následnou anotaci. Pro detekci horizontálního přenosu genetických komponent mezi jednotlivými bakteriemi je představen vlastní skript, který anotované baktérie seřazuje do tabulek a hledá v jejích genomech stejné geny, které dle teoretických předpokladů byli přeneseny horizontálním způsobem. Dále je detekovaný přenos genů vizualizován pomocí nástrojů, které graficky znázorňují fylogenetické vztahy mezi bakteriemi. V posledním kroku jsou mobilní genetické elementy vizualizovány pomocí sítí a na základě jejich statické analýzy je provedena diskuse k výsledkům přesnosti a úspěšnosti navrhnuté analýzy.
|
host ::
RSS.