|
|
The Role of selected exocyst subunits in response of plants to pathogen
Sabol, Peter ; Kulich, Ivan (vedoucí práce) ; Burketová, Lenka (oponent) ; Dagdas, Yasin (oponent)
V posledních létech se objevuje narůstající počet publikací naznačujících zapojení rostlinné sekretorické dráhy do obrany vůči fytopatogenům. Konkrétně, v rámci současného výzkumu byly detailněji objevovány úlohy rostlinného komplexu exocyst. Přesto, jak přesně exocystem zprostředkovaná exocytóza přispívá k sekreci antimikrobiálních látek a obraně založené na buněčné stěně zůstává neobjasněno. V předkládané práci poskytuji experimentální důkazy a navrhuji další hypotézy o vybraných podjednotkách exocystu v imunitní reakci rostlin. Zvláště ukazuji, že EXO70B1 podjednotka exocystu interaguje s proteinem souvisejícím s imunitou, RIN4. Štěpení RIN4 pomocí AvrRpt2 Pseudomonas syringae efektorové proteázy uvolňuje jak RIN4 fragmenty, tak EXO70B1 z plazmatické membrány, když je tranzientně exprimován v listech Nicotiana benthamiana. Spekuluji o tom, jak by to mohlo mít vliv na regulaci polarizované depozice kalózy. Ve společně vypracovaném článku jsme také navrhli hypotézu, že EXO70B1- zprostředkovaná autofagická degradace TN2 rezistenčního proteinu zabraňuje jeho hyperaktivaci a vývoji fenotypů mimikujících léze. Kromě toho ve spolupráci s kolegy uvádím údaje o účasti EXO70H4 v sekreci kalózasyntázy PMR4, potřebnou pro depozici křemíku. Představujíc možný konvergentní mechanismus navrhujeme, že EXO70H4...
|
|
|
Secretory pathway of plants in pathogene defence
Sabol, Peter ; Kulich, Ivan (vedoucí práce) ; Burketová, Lenka (oponent)
Rastliny sú sesilné organizmy a preto sa musia vysporiadať so zmenami v ich bezprostrednom okolí. Medzi takéto zmeny patria rôzne abiotické stresy a disturbancie, ale aj biotické interakcie s inými organizmami. Mnohé biotické interakcie zahrňujú poškodzovanie rastlinných buniek hubovým alebo bakteriálnym patogénom. Rastliny navyše nemajú mobilné bunky imunitného systému. Napriek tomu si vyvinuli iné mechanizmy na potlačenie infekcie. Aktivovanie komponentov sekretorickej dráhy pri napadnutí patogénom predstavuje kľúčový krok obrannej odpovede. Hubové patogény, ako napr. skupina powdery mildews, obvykle penetrujú bunkovú stenu rastlinnej bunky a tak získavajú prístup k živinám poskytovaným protoplastom a zároveň dodávajú virulentné faktory. Patogénne baktérie sa naopak množia v extracelulárnych priestoroch. V obidvoch prípadoch však bola pozorovaná spoločná odpoveď, a to tvorba obrannej papily. V nedávnej dobe boli opísané SNARE proteíny zúčastňujúce sa na obrannej odpovedi súvisiacej s tvorbou papily. Konkrétny záujem je venovaný PEN1 a SNAP33 syntaxínom cytoplazmatickej membrány. Akumulácia týchto proteínov v papile bola potvrdená na základe pozorovaní pomocou transmisnej elektrónovej a fluorescenčnej mikroskopie. Zároveň bol navrhnutý mechanizmus akumulácie PEN1 a SNAP33 syntaxínov v papile...
|
|
|
The Effect of Asymmetrical Inclusion Arrangement on Concrete Specimens Subjected to Uniaxial Compression
Kováč, Maroš ; Sabol, Peter
Concrete is characterized by the diversity of its composition - heterogeneity. It is considered that the heterogeneous nature of concrete, in which coarse aggregate grains dominate, controls the process of crack propagation in concrete. In the case of normal concrete, coarse aggregate grains act as the significant stress concentrators, which determine the course of the force flow and thus influence the mechanical properties of the concrete. The aim of the research was to analyse the effect of the number of coarse aggregate grains (inclusions) in their asymmetrical arrangement on a series of test specimens of three different sizes. Attention was paid to the level of the ultimate stress value achieved by the specimens' failure under uniaxial compression.
|
|
|
Role podjednotky exocystu AtEXO70E2 v autofagii a sekreci
Moulík, Michal ; Sabol, Peter (vedoucí práce) ; Janda, Martin (oponent)
Exocyst je proteinový komplex složený z osmi podjednotek, evolučně konzervovaný u kvasinek, živočichů i rostlin. Jeho hlavní funkcí je poutání sekretorických váčků k plazmatické membráně, nicméně v poslední době bylo objeveno zapojení exocystu i do dalších procesů, především do autofagie. Rostlinný exocyst je specifický tím, že většina jeho podjednotek má více paralogů. Nejvíce diverzifikovanou podjednotkou je EXO70, která je v Arabidopsis thaliana kódována 23 paralogními geny. V této práci jsem se zabýval podjednotkou AtEXO70E2 (AT5G61010), která byla lokalizována do dvoumembránových útvarů značně podobných autofagozomům. Tyto útvary byly nazvány EXPOs (exocyst-positive organelles) a popsány jako součást drah nekonvenční sekrece proteinů. Objevily se rovněž náznaky, že protein EXO70E2 může hrát roli i v autofagických procesech. Detaily tohoto vztahu však zůstaly neprozkoumané. Na své experimenty jsem využíval stabilně transformované linie A. thaliana a transientně transformované listy Nicotiana benthamiana. Prováděl jsem četné kolokalizační experimenty, na studované linie jsem aplikoval různá farmakologická ošetření a zabýval jsem se linií mutantní v genu EXO70E2. Podle mých pozorování je protein EXO70E2 exprimovaný zejména v kořenových špičkách, naopak velmi slabou expresi jsem zaznamenal v...
|
|
|
Use of transgenic plants in functional analysis of plant genes
Klincová, Martina ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Sabol, Peter (oponent)
Využitie transgénnych rastlín pri štúdiu funkcie rastlinných génov Funkčná genomika umožňuje odhaľovať funkcie dosiaľ necharakterizovaných génov. Umožňuje pochopiť nielen funkcie jednotlivých génov, ale aj vzťahy medzi nimi. Získane poznatky je možné využiť aj vo vylepšovaní vlastností rôznych kultúrnych rastlín. Pri znižujúcej sa cene a zvyšujúcej sa účinnosti sekvenovania, sú mnohé rastlinné genómy osekvenované, ale bez priradenej funkcie jednotlivých génov. K charakterizácii týchto génov sa používajú prístupy reverznej genetiky. V prvom rade sú medzi nimi prístupy, medzi ktoré patrí analýza inzerčných mutantov, či použitie RNA interferencie, ktoré inaktivujú alebo znižujú expresiu jednotlivých študovaných génov. Inaktivovať, či cielene upraviť funkciu určitého vybraného génu môžeme aj pomocou miestne špecifických endonukleáz, medzi ktoré patria meganukleázy, nukleázy zinkových prstov, TALEN (transcription activator-like effector nucleases) a CRISPR (clustered regularly interspaced short paindromic repeats). Oproti inaktivačným prístupom sú prístupy ako aktivačná mutagenéza a ektopická expresia, prostredníctvom ktorých naopak expresiu zvýšime. Okrem toho je možné analyzovať expresiu génu a lokalizáciu proteínu pomocou reportérových génov v translačnej a transkripčnej fúzii. V tejto práci zhŕňam...
|
|
|
Charakterizace funkce genu AHL28 a jeho vliv na vývoj kořenového systému
Škrabálková, Eliška ; Širl, Marek (vedoucí práce) ; Sabol, Peter (oponent)
Architektura kořenového systému vzniká na základě interakce mnoha faktorů. Jedním z nich je i specifická exprese genů, jež se na vývoji kořene podílejí. Nedávno objevená genová rodina AHL, jež se svými vlastnostmi řadí mezi transkripční modulátory, prokazatelně obsahuje členy, kteří se podílejí na regulaci struktury a vývoje kořenového systému. Dosud funkčně necharakterizovaný gen AHL28 je jedním členem této rodiny, který se regulace účastní. Tomu odpovídá exprese AHL28 a to jak na úrovni aktivity promotoru, tak i samotného jaderně lokalizovaného proteinu. Jeho přítomnost jsme pozorovali v buňkách primární kůry přechodové zóny primárního i postranního kořene. Fenotypové analýzy kořenového systému rostlin s rozdílnou hladinou transkriptu AHL28 ukazují vliv tohoto genu na růst primárního kořene, velikost apikálního meristému a tvorbu bočních kořenů. Dále se AHL28 účastní regulace vzniku a vývoje vodivých pletiv. Klíčová slova: AHL, jaderný protein, kořenový systém, apikální meristém, postranní kořeny, xylém, Arabidopsis thaliana
|
|
|
The Role of selected exocyst subunits in response of plants to pathogen
Sabol, Peter ; Kulich, Ivan (vedoucí práce) ; Burketová, Lenka (oponent) ; Dagdas, Yasin (oponent)
V posledních létech se objevuje narůstající počet publikací naznačujících zapojení rostlinné sekretorické dráhy do obrany vůči fytopatogenům. Konkrétně, v rámci současného výzkumu byly detailněji objevovány úlohy rostlinného komplexu exocyst. Přesto, jak přesně exocystem zprostředkovaná exocytóza přispívá k sekreci antimikrobiálních látek a obraně založené na buněčné stěně zůstává neobjasněno. V předkládané práci poskytuji experimentální důkazy a navrhuji další hypotézy o vybraných podjednotkách exocystu v imunitní reakci rostlin. Zvláště ukazuji, že EXO70B1 podjednotka exocystu interaguje s proteinem souvisejícím s imunitou, RIN4. Štěpení RIN4 pomocí AvrRpt2 Pseudomonas syringae efektorové proteázy uvolňuje jak RIN4 fragmenty, tak EXO70B1 z plazmatické membrány, když je tranzientně exprimován v listech Nicotiana benthamiana. Spekuluji o tom, jak by to mohlo mít vliv na regulaci polarizované depozice kalózy. Ve společně vypracovaném článku jsme také navrhli hypotézu, že EXO70B1- zprostředkovaná autofagická degradace TN2 rezistenčního proteinu zabraňuje jeho hyperaktivaci a vývoji fenotypů mimikujících léze. Kromě toho ve spolupráci s kolegy uvádím údaje o účasti EXO70H4 v sekreci kalózasyntázy PMR4, potřebnou pro depozici křemíku. Představujíc možný konvergentní mechanismus navrhujeme, že EXO70H4...
|
|
|
Role of exocyst at plant pathogen defense
Sabol, Peter ; Kulich, Ivan (vedoucí práce) ; Šašek, Vladimír Matěj (oponent)
Exocyst je proteínový komplex konzervovaný v kvasinkách, živočíchoch a rastlinách. Sprostredkuje tethering (pútanie) sekretorického vezikulu k plazmatickej membráne v predposlednom kroku exocytózy. Boli naznačené viaceré úlohy exocystu v procesoch bunkovej polarizácie, vrátane polarizovaného rastu peľových vrecúšok a koreňových vláskov, cytokinézy, depozícii pektínu semenného obalu a pravdepodobne autofágie. Jedna z najnovších úloh exocystu zahrňuje tiež odpoveď na bakteriálne a hubové patogény. V tomto ohľade bola ukázaná hlavná úloha pre Exo70B2 a Exo70H1 podjednotky, pričom Exo70H1 je zodpovedný za sprostredkovanie obrany proti bakteriálnym (Pseudomonas syringae) a Exo70B2 za obranu proti bakteriálnym aj hubovým (Blumeria graminis) patogénom. Nedávno sa objavili nové dáta naznačujúce interakciu medzi Exo70B1 a RIN4 a resp. Exo70A1 a NOI6. RPM1 interagujúci proteín 4 (RIN4) je dobre známym negatívnym regulátorom bazálnej aj efektorom spustenej odolnosti. Táto práca ukazuje interakciu medzi NOI6 a viacerými podjednotkami exocystu, potvrdzujúc predchádzajúce dáta. Ukazujem tu, že podjednotky exocystu špecificky interagujú s N koncom NOI6 proteínu a že táto interakcia chýba v kratšej verzii NOI6 mimikujúcej AvrRpt2 štiepenie. Pretože AvrRpt2 je efektorový proteín z bakteriálneho patogéna Pseudomonas...
|
|
|
Secretory pathway of plants in pathogene defence
Sabol, Peter ; Burketová, Lenka (oponent) ; Kulich, Ivan (vedoucí práce)
Rastliny sú sesilné organizmy a preto sa musia vysporiadať so zmenami v ich bezprostrednom okolí. Medzi takéto zmeny patria rôzne abiotické stresy a disturbancie, ale aj biotické interakcie s inými organizmami. Mnohé biotické interakcie zahrňujú poškodzovanie rastlinných buniek hubovým alebo bakteriálnym patogénom. Rastliny navyše nemajú mobilné bunky imunitného systému. Napriek tomu si vyvinuli iné mechanizmy na potlačenie infekcie. Aktivovanie komponentov sekretorickej dráhy pri napadnutí patogénom predstavuje kľúčový krok obrannej odpovede. Hubové patogény, ako napr. skupina powdery mildews, obvykle penetrujú bunkovú stenu rastlinnej bunky a tak získavajú prístup k živinám poskytovaným protoplastom a zároveň dodávajú virulentné faktory. Patogénne baktérie sa naopak množia v extracelulárnych priestoroch. V obidvoch prípadoch však bola pozorovaná spoločná odpoveď, a to tvorba obrannej papily. V nedávnej dobe boli opísané SNARE proteíny zúčastňujúce sa na obrannej odpovedi súvisiacej s tvorbou papily. Konkrétny záujem je venovaný PEN1 a SNAP33 syntaxínom cytoplazmatickej membrány. Akumulácia týchto proteínov v papile bola potvrdená na základe pozorovaní pomocou transmisnej elektrónovej a fluorescenčnej mikroskopie. Zároveň bol navrhnutý mechanizmus akumulácie PEN1 a SNAP33 syntaxínov v papile...
|
host ::
RSS.