|
|
Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Anoxické sedimenty slouží jako životní prostředí mnohým nálevníkům. Přestože je známo, že anaerobióza vznikla nezávisle v několika liniích z 11 hlavních linií Ciliophora, a anaerobové byli nalezeni v nejméně osmi liniích nálevníků, diverzita anaerobních nálevníků třídy Armophorea je podstatně přehlížena. Podobně, jen velmi málo je známo o jejich hydrogenosomech. Abychom prohloubili vědomosti o diverzitě volně žijících zástupců třídy Armophorea, kultivovali jsme více než 100 armophoridních kmenů ze sladkovodních, brakických, i mořských anoxických sedimentů z celého světa. Stanovili jsme jejich SSU rDNA sekvence, provedli barvení protargolovou technikou, a studovali jejich morfologii ve světelné mikroskopii. Kromě toho jsme použili transmisní elektronovou mikroskopii pro posouzení ultrastruktury některých kmenů. Identifikovali jsme několik nových linií, které pravděpodobně představují nové druhy. Významnou součástí práce je objevení nové hluboké linie mořských anaerobních nálevníků - Muránů. Podle analýzy SSU rDNA se větví mezi třídami skupiny SAL (Spirotrichea, Armophorea a Litostomatea), ale tvoří samostatnou hlubokou linii, případně novou třídu. Došli jsme k závěru, že anoxické sedimenty ukrývají velkou diverzitu dosud nepopsaných anaerobních nálevníků. Klíčová slova: Anerobióza, Armophorea,...
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates
Rotterová, Johana
5 ABSTRAKT Anoxické sedimenty slouží jako životní prostředí mnohým nálevníkům. Přestože je známo, že anaerobióza vznikla nezávisle v několika liniích z 11 hlavních linií Ciliophora, a anaerobové byli nalezeni v nejméně osmi liniích nálevníků, diverzita anaerobních nálevníků třídy Armophorea je podstatně přehlížena. Podobně, jen velmi málo je známo o jejich hydrogenosomech. Abychom prohloubili vědomosti o diverzitě volně žijících zástupců třídy Armophorea, kultivovali jsme více než 100 armophoridních kmenů ze sladkovodních, brakických, i mořských anoxických sedimentů z celého světa. Stanovili jsme jejich SSU rDNA sekvence, provedli barvení protargolovou technikou, a studovali jejich morfologii ve světelné mikroskopii. Kromě toho jsme použili transmisní elektronovou mikroskopii pro posouzení ultrastruktury některých kmenů. Identifikovali jsme několik nových linií, které pravděpodobně představují nové druhy. Významnou součástí práce je objevení nové hluboké linie mořských anaerobních nálevníků - Muránů. Podle analýzy SSU rDNA se větví mezi třídami skupiny SAL (Spirotrichea, Armophorea a Litostomatea), ale tvoří samostatnou hlubokou linii, případně novou třídu. Došli jsme k závěru, že anoxické sedimenty ukrývají velkou diverzitu dosud nepopsaných anaerobních nálevníků. Klíčová slova: Anerobióza, Armophorea,...
|
|
|
Anaerobic ciliates as a model group for studying the biodiversity and symbioses in anoxic environments
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Gentekaki, Eleni (oponent) ; Silberman, Jeffrey David (oponent)
6 ABSTRAKT Nálevníci patří k nejrozsáhlejším a nejrozmanitějším skupinám jednobuněčných eukaryot, avšak jejich anaerobní zástupci byli do značné míry zanedbáváni; částečně kvůli kultivačním obtížím. Přestože všechny hlavní linie nálevníků obsahují anaeroby, jejich diverzita a evoluce anaerobiózy jsou zvláště málo studovány a teprve začínají získávat pozornost. Ve skutečnosti je kmen Ciliophora vynikající modelovou skupinou pro studium adaptací na život v anoxii, protože kromě aerobní většiny zahrnuje volně žijící a endobiotické obligátně anaerobní linie, fakultativní anaeroby, mikroaerofily i mikroaerotolerantní druhy. Diverzita řádu Metopida, volně žijících nálevníků ze striktně anaerobní třídy Armophorea, byla v posledních letech částečně revidována a výrazně rozšířena, včetně četných redeskripcí pomocí moderních metod, jakož i popisu nových čeledí Tropidoatractidae a Apometopidae, několika rodů a druhů. Kyslík hraje klíčovou roli při produkci ATP oxidační fosforylací, která se vyskytuje v mitochondrii ve většině známých eukaryot. Nicméně anaerobní nálevníci, mezi mnoha dalšími eukaryoty, kteří se přizpůsobili nízkým koncentracím kyslíku nebo dokonce jeho nepřítomnosti, modifikovali své mitochondrie a energetický metabolismus tak, aby byli schopní produkovat energii i při anoxii. Objev dvou nových tříd...
|
|
|
Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates
Rotterová, Johana
5 ABSTRAKT Anoxické sedimenty slouží jako životní prostředí mnohým nálevníkům. Přestože je známo, že anaerobióza vznikla nezávisle v několika liniích z 11 hlavních linií Ciliophora, a anaerobové byli nalezeni v nejméně osmi liniích nálevníků, diverzita anaerobních nálevníků třídy Armophorea je podstatně přehlížena. Podobně, jen velmi málo je známo o jejich hydrogenosomech. Abychom prohloubili vědomosti o diverzitě volně žijících zástupců třídy Armophorea, kultivovali jsme více než 100 armophoridních kmenů ze sladkovodních, brakických, i mořských anoxických sedimentů z celého světa. Stanovili jsme jejich SSU rDNA sekvence, provedli barvení protargolovou technikou, a studovali jejich morfologii ve světelné mikroskopii. Kromě toho jsme použili transmisní elektronovou mikroskopii pro posouzení ultrastruktury některých kmenů. Identifikovali jsme několik nových linií, které pravděpodobně představují nové druhy. Významnou součástí práce je objevení nové hluboké linie mořských anaerobních nálevníků - Muránů. Podle analýzy SSU rDNA se větví mezi třídami skupiny SAL (Spirotrichea, Armophorea a Litostomatea), ale tvoří samostatnou hlubokou linii, případně novou třídu. Došli jsme k závěru, že anoxické sedimenty ukrývají velkou diverzitu dosud nepopsaných anaerobních nálevníků. Klíčová slova: Anerobióza, Armophorea,...
|
|
|
Prokaryotičtí symbionti prvoků ze střev dřevokazných švábů a termitů
Kubánková, Aneta ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Rotterová, Johana (oponent)
Termiti a dřevokazní švábi jsou celosvětově úspěšnými skupinami hmyzu především díky jejich schopnosti efektivně trávit lignocelulózu. V jejich střevě se v průběhu dlouhé evoluce utvořil komplexní ekosystém, ve kterém je zapojena široká škála mikroorganizmů. Mnohé skupiny prvoků i prokaryot nalézáme výhradně v tomto unikátním prostředí a v laboratorních podmínkách je není možné kultivovat. Stejně tak, jako nižší termiti nemohou přežívat bez svých eukaryotických endosymbiontů, úzké vazby panují i mezi jednobuněčnými eukaryoty a prokaryotickými buňkami kolonizujícími jejich cytoplazmu i plazmatickou membránu. Početné kmeny bakterií se podílejí na fixaci a maximálním zužitkování dusíku, syntéze mnohých aminokyselin, kofaktorů a vitamínů i na degradaci lignocelulózy. Prokaryota z domény Archea sehrávají klíčovou roli při závěrečných fázích fermentace lignocelulózy zužitkováním koncových produktů při metanogenezi. K pochopení těchto dějů výrazně přispívají metagenomické studie.
|
|
|
Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Anoxické sedimenty slouží jako životní prostředí mnohým nálevníkům. Přestože je známo, že anaerobióza vznikla nezávisle v několika liniích z 11 hlavních linií Ciliophora, a anaerobové byli nalezeni v nejméně osmi liniích nálevníků, diverzita anaerobních nálevníků třídy Armophorea je podstatně přehlížena. Podobně, jen velmi málo je známo o jejich hydrogenosomech. Abychom prohloubili vědomosti o diverzitě volně žijících zástupců třídy Armophorea, kultivovali jsme více než 100 armophoridních kmenů ze sladkovodních, brakických, i mořských anoxických sedimentů z celého světa. Stanovili jsme jejich SSU rDNA sekvence, provedli barvení protargolovou technikou, a studovali jejich morfologii ve světelné mikroskopii. Kromě toho jsme použili transmisní elektronovou mikroskopii pro posouzení ultrastruktury některých kmenů. Identifikovali jsme několik nových linií, které pravděpodobně představují nové druhy. Významnou součástí práce je objevení nové hluboké linie mořských anaerobních nálevníků - Muránů. Podle analýzy SSU rDNA se větví mezi třídami skupiny SAL (Spirotrichea, Armophorea a Litostomatea), ale tvoří samostatnou hlubokou linii, případně novou třídu. Došli jsme k závěru, že anoxické sedimenty ukrývají velkou diverzitu dosud nepopsaných anaerobních nálevníků. Klíčová slova: Anerobióza, Armophorea,...
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
host ::
RSS.