|
|
Structure-assisted development of a continuous carboxypeptidase assay
Rakhimbekova, Anastasia ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Bouřa, Evžen (oponent)
Glutamát karboxypeptidasa II (GCPII) je zinek-dependentní karboxypeptidasa s vysokou hladinou exprese u karcinomu prostaty. Vzhledem k tomu, že daný enzym představuje ověřený cíl pro terapii a zobrazování rakoviny, je vývoj nových ligandů specifických pro GCPII stále předmětem aktivního akademického a průmyslového výzkumu. Stávající analýzy pro screening knihoven inhibitorů a stanovení účinnosti inhibitorů nejsou však optimální. Tato diplomová práce je zaměřena na vývoj malých interně zhášených sond, které by mohly být použity pro kontinuální měření enzymatické aktivity GCPII. Tyto sondy jsou odvozeny z přirozených substrátů GCPII a sestávají z páru fluorofor/zhášeč spojeného GCPII- hydrolyzovatelným linkerem. Nejprve jsem charakterizovala biofyzikální vlastnosti sond a poté stanovila kinetické parametry jejich hydrolýzy GCPII. Optimalizovaná metoda pro stanovení karboxypeptidasové aktivity byla použita pro určení IC50 u několika GCPII-specifických inhibitorů. Nakonec komplexy mezi neaktivním enzymem a uvedenými sondami byly kokrystalizovány, a pro jeden z komplexů byly provedeny upřesnění a analýza struktury. Naše data naznačují, že sondy jsou zapojeny do nekovalentních interakcí se stejnými aminokyselinovými zbytky aktivního místa enzymu jako přirozené substráty. Vyvinutá analýza může být...
|
|
|
Regulation of LAT trafficking to the plasma membrane
Rakhimbekova, Anastasia ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Linker pro aktivaci T buněk je palmitoylovaný transmembránový adaptorový protein, který je exprimován ve většině imunitních buněk, ale ne v nematurovaných a maturovaných B buňkách. Tento protein hraje důležitou roli v aktivaci a maturaci T buněk. LAT je syntetizován v endoplazmatickém retikulu. Cílení linkeru pro aktivaci T buněk do plazmatické membrány je kontrolováno různými determinanty - vlastnostmi transmembránové domény a strukturními motivy v intracelulární části proteinu. Některé z těchto determinantů jsou důležité pro posttranslační modifikaci, export z Golgiho aparátu a je možné cílení do membránových mikrodomén, zatímco jiné interagují s COPII mašinérií a zprostředkují proteinový export z endoplazmatického retikula nebo cílení do endozomů. Klíčová slova: LAT, funkční motivy proteinu, rozřazování proteinů v buněčných membránách, plazmatická membrána, Golgiho aparát
|
host ::
RSS.