|
|
Analýza vibračních spekter vybraných environmentálních kontaminantů
Valášková, Martina ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Procházka, Marek (oponent)
Práce se zabývá studiem vibračních spekter molekul melaminu a thiramu metodami Ramanovy spektrosko- pie, k detailní interpretaci naměřených spekter jsou využity kvantově chemické simulace. Melamin bývá používán jako průmyslová chemikálie v plastech a lepidlech. Jeho požití ale může vést k močovým nebo ledvinovým ka- menům a v krajních případech způsobit i smrt. Thiram je používán jako fungicid a zvířecí repelent, je však toxický. Zkoumána byla proměnlivost Ramanových spekter obou kontaminantů v polykrystalické a kapalné fázi a spekter získaných s využitím metody kapkově nanášených povlaků při různých koncentracích. 1
|
|
| |
|
|
Charakterizace sekundární struktury polyproline I pomocí metod vibrační a chiroptické spektroskopie a kvantově mechanických simulací
Vančura, Martin ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Hudecová, Jana (oponent)
Předmětem našeho studia byla sekundární struktura proteinů nazývaná polyprolin I. Tato helikální struktura je sice již dlouho známá, ale její výskyt a význam v přírodě dosud nejsou úplně známy. V této práci využíváme Ramanovu spektroskopii a chirální Ramanovu optickou aktivitu. Tyto metody jsou citlivé k sekundární struktuře proteinů, ale narozdíl od běžně užívaných ECD a UV absorpce vypovídají spíše o lokálním uspořádání. Podařilo se nám získat Ramanova a ROA spektra polyprolinu I, která dosud nebyla publikována. Popsali jsme důležité rozdíly mezi spektry polyprolinu I a II a pozorovali proces mutarotace. Experimentální část práce je doplněna výpočty spekter s využitím přenosu tenzoru molekulových vlastností. Shoda takto vypočtených spekter se spektry experimentálními byla velice dobrá.
|
|
|
Termodynamika tvorby DNA vlásenek
Sgallová, Ráchel ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Serum response factor (SRF) je transkripèní faktor vá¾ící se na vysoce konzer- vovanou sekvenci DNA, tzv. CArG box. Vzhledem k sekvenci nukleotidù CArG boxu by mohlo docházet k tvorbì vlásenek, resp. kruciformy. V rámci této di- plomové práce byla pomocí jaderné magnetické rezonance studována struktura CArG boxu v lidském genu c-fos. Byla zmìøena 1 H spektra v teplotním rozsahu 274{356 K a dvourozmìrná spektra 1 H{1 H NOESY a 1 H{13 C HMBC sekvencí DNA o délce 12, 14 a 16 nukleotidù. Z namìøených teplotních závislostí byly zís- kány termodynamické parametry tvorby sekundárních struktur ve zkoumaných vzorcích. Na základì spekter NOESY a nezávislosti teploty tání na koncentraci byla potvrzena tvorba vlásenek ve zkoumaných vzorcích. Odli¹nost sekundární struktury od B{DNA by mohla být vysvìtlením vysoké a nity SRF k CArG boxu. 1
|
|
|
Konformační přechody a stabilita kvadruplexů nukleových kyselin
Johanovská, Zuzana ; Mojzeš, Peter (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Práce se zabývá studiem guaninových kvadruplexů, tj. nekanonickými čtyřvláknovými strukturami nukleových kyselin bohatých na repetitivně guaninové sekvence s potenciálně biologickým a nanotechnologickým významem. První část shrnuje základní informace o struktuře a topologii kvadruplexů, ve druhé části jsou pak uvedené poznatky o kvadruplexech in vivo. Třetí část je věnována metodám, užitým při vlastním měření, konkrétně Ramanově spektroskopii, cirkulárnímu dichroismu a absorpční spektroskopii. Následující části se věnují měření a zpracování vlastních experimentálních výsledků. V rámci práce bylo zkoumáno pět sekvenčně blízkých oligonukleotidů odlišujícími se pouze bázemi v jednočlenných smyčkách. Byl zkoumán vliv koncentrace oligonukleotidu a draselných iontů K+ na stabilitu těchto kvadruplexů pomocí Ramanovy spektroskopie, přičemž byla pozorována neobvykle vysoká termální stabilita. Další experimenty zahrnovaly měření CD a absorpčních spekter za nižších koncentrací oligonukleotidů, dvou různých koncentrací draselných iontů a porovnání stability jednotlivých modifikací s publikovanými výsledky. Dále byla studována možná interakce s kationickým porfyrinem CuTMPyP4, podobná interakci s antiparalelním kvadruplexem TBA. Interakce s paralelnímu kvadruplexy však prokázána nebyla, potvrzen byl naopak vliv...
|
|
|
Studium volných klastrů a nanočástic v molekulových paprscích
Profant, Václav ; Dian, Juraj (vedoucí práce) ; Kužel, Petr (oponent)
V předložené práci studujeme vlastnosti malých heteroatomových biologicky významných molekul prostřednictvím několika experimentů, které jsou založené na metodě molekulových paprsků. V prvním experimentu je pomocí rozptylu molekulárních paprsků studována struktura a dynamika velikostně selektovaných nabitých klastrů pyrrolu. Malé neutrální klastry P yn jsou připraveny v Py/He expanzi a větší smíšené P ynArm klastry v expanzi Py/Ar. Výběr neutrálních klastrů různé velikosti se uskutečňuje pomocí rozptylu se sekundárním paprskem He atomů. Na základě měření úhlových a rychlostních rozdělení pro různé hmoty fragmentů byla určena fragmentace pro dimery až tetramery pyrrolu po ionizaci nárazem elektronu o energii 70 eV. V druhém experimentu je studována fotolýza klastrů pyrrolu, imidazolu a pyrrazolu v závislosti na jejich velikosti. Výsledky byly porovnány s fotolýzou izolovaných molekul a pro studované systémy mezi sebou. Klastry byly fotolyzovány laserovým zářením o vlnové délce 243 a 193 nm a byla měřena rozdělení kinetické energie vznikajících vodíkových fotofragmentů. Kromě toho byla měřena i hmotnostní spektra fragmentů po vícefotonové ionizaci na uvedených vlnových délkách. Pozorovali jsme významný vliv klastrového prostředí na fotolytické chování molekul a provedli jeho diskusi.
|
|
|
Investigation of photodissociation dynamics implementing the velocity map imaging technique
Moriová, Kamila ; Fárník, Michal (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Cílem této práce je pomocí metody zobrazování rychlostních map (VMI) zk- oumat, jaké účinky má změna v délce řetězce nebo v poloze atomu chloru u chloralkanů na fotodisociační dynamiku podél C-Cl vazby. Práce se zaměřuje na tři různé chloroalkany (1-chlorpropan, 2-chlorpropan, 1-chlorpentan) a jejich porovnání s dříve zkoumaným chlormethanem. Naměřené distribuce kinetické energie (KED) fotofragmentů chloru vykazují jediný pík při energii okolo 0,8 eV, a to bez ohledu na původní mateřskou molekulu chloralkanu. Během fotodisoci- ace vyšších chloralkanů se od atomu chloru odtrhuje polotuhý alkylový fragment, jehož vnitřní energie pohltí 40-60 % celkové dostupné energie po fotodisociaci. Alkylový fragment pocházející z fotodisociace chlormethanu pohltí méně než 10 % dostupné energie. Naměřené výsledky jsou porovnány s výpočty založenými na klasických modelech ze 70. let. Experiment VMI v kombinaci s teorií poskytuje také informaci o povaze elektronického přechodu a pravděpodobnosti mezisysté- mového křížení. Analýza dat ukazuje, že přímá absorpce do tripletního stavu je pravděpodobnější pro chloralkany s delším řetězcem, zejména pro rozvětvený 2-chlorpropan. 1
|
|
|
Vibrační optická aktivita nukleotidů a kratších segmentů nukleových kyselin
Jílek, Štěpán ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Kaminský, Jakub (oponent)
1 Nukleotidy jsou organické molekuly, které mají široké spektrum funkcí v živých organismech. Účastní se buněčné signalizace, slouží jako kofaktory enzymatických reakcí, hrají ústřední roli v buněčném metabolismu a jsou základními monomerními jednotkami polymerů nukleových kyselin. Nukleotidy se skládají ze tří podjednotek - dusíkaté nukleobáze, pětiuhlíkatého cukru (ribosy či 2'-deoxyribosy) a fosfátové skupiny obsahující jeden až tři fosfáty. Předmětem této diplomové práce je studium různých nukleotidů a jejich samouspořádání ve vodním roztoku prostřednictvím metod vibrační spektroskopie - Ramanova rozptylu a jeho chirálně citlivé varianty, Ramanovy optické aktivity. Ta má potenciál přinést nové zajímavé informace o strukturním uspořádání, dynamice a interakcích těchto molekul, neboť je oproti Ramanovu rozptylu mnohem citlivější k vibracím cukerné části nukleotidů, na které jsou tři až čtyři chirální uhlíky. Studovali jsme spektrální projevy spojené s chemickými modifikacemi (rozdíl mezi ribo- a deoxyribonukleotidy, vliv různé polohy fosfátu) i se změnou fyzikálních podmínek (různé nábojové stavy vyvolané změnou pH, vliv koncentrace, vliv iontů). Značná část práce je věnována studiu samoasociace purinových nukleotidů - adenosin-5'-monofosfátu, který při vyšších koncentracích stohuje, a také...
|
|
|
Studium volných klastrů a nanočástic v molekulových paprscích
Profant, Václav ; Dian, Juraj (vedoucí práce)
V předložené práci studujeme vlastnosti malých heteroatomových biologicky významných molekul prostřednictvím několika experimentů, které jsou založené na metodě molekulových paprsků. V prvním experimentu je pomocí rozptylu molekulárních paprsků studována struktura a dynamika velikostně selektovaných nabitých klastrů pyrrolu. Malé neutrální klastry Pyn jsou připraveny v Py/He expanzi a větší smíšené PynArm klastry v expanzi Py/Ar. Výběr neutrálních klastrů různé velikosti se uskutečňuje pomocí rozptylu se sekundárním paprskem He atomů. Na základě měření úhlových a rychlostních rozdělení pro různé hmoty fragmentů byla určena fragmentace pro dimery až tetramery pyrrolu po ionizaci nárazem elektronu o energii 70 eV. V druhém experimentu je studována fotolýza klastrů pyrrolu, imidazolu a pyrrazolu v závislosti na jejich velikosti. Výsledky byly porovnány s fotolýzou izolovaných molekul a pro studované systémy mezi sebou. Klastry byly fotolyzovány laserovým zářením o vlnové délce 243 a 193 nm a byla měřena rozdělení kinetické energie vznikajících vodíkových fotofragmentů. Kromě toho byla měřena i hmotnostní spektra fragmentů po vícefotonové ionizaci na uvedených vlnových délkách. Pozorovali jsme významný vliv klastrového prostředí na fotolytické chování molekul a provedli jeho diskusi.
|
|
|
Charakterizace sekundární struktury polyproline I pomocí metod vibrační a chiroptické spektroskopie a kvantově mechanických simulací
Vančura, Martin ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Hudecová, Jana (oponent)
Předmětem našeho studia byla sekundární struktura proteinů nazývaná polyprolin I. Tato helikální struktura je sice již dlouho známá, ale její výskyt a význam v přírodě dosud nejsou úplně známy. V této práci využíváme Ramanovu spektroskopii a chirální Ramanovu optickou aktivitu. Tyto metody jsou citlivé k sekundární struktuře proteinů, ale narozdíl od běžně užívaných ECD a UV absorpce vypovídají spíše o lokálním uspořádání. Podařilo se nám získat Ramanova a ROA spektra polyprolinu I, která dosud nebyla publikována. Popsali jsme důležité rozdíly mezi spektry polyprolinu I a II a pozorovali proces mutarotace. Experimentální část práce je doplněna výpočty spekter s využitím přenosu tenzoru molekulových vlastností. Shoda takto vypočtených spekter se spektry experimentálními byla velice dobrá.
|
host ::
RSS.