|
|
Interakční partneři proteinu eIF4E2 v lidských buňkách
Pospíšilová, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Hálová, Martina (oponent)
Protein eIF4E2 patří do rodiny eukaryotních translačních iniciačních faktorů 4E, za běžných okolností se ale iniciace translace neúčastní. Jeho hlavní úloha spočívá v represi translace specifických mRNA. Přesto se v podmínkách hypoxie eIF4E2 účastní iniciace translace jako podjednotka specific- kého translačního iniciačního komplexu. Přesný mechanismus působení eIF4E2 ani v jednom z procesů není znám. Jedním ze způsobů, jak roli eIF4E2 v buňce prostudovat, je zjistit, s jakými dalšími proteiny eIF4E2 interaguje. Cílem práce bylo vyhledat pomocí imunoprecipitace následované hmotnostní spek- trometrií potenciální interakční partnery eIF4E2 v buňkách linie HEK293. Kromě individuálních pro- teinů bylo cílem také identifikovat proteinové komplexy, jejichž součástí je v buňkách linie HEK293 faktor eIF4E2. Druhým směrem práce byla příprava systému pro hledání inhibitorů interakce eIF4E2 s eIF4G3. Hlavním výsledkem práce je nalezení potenciálních nových interakčních partnerů eIF4E2 v lidských buňkách.
|
|
|
Nekanonické funkce IL-1α
Novák, Josef ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (oponent)
1α (IL 1α) je cytokin s lépe prozkoumaná role IL 1α spouštění prozánětlivé signalizace skrze membránový receptor, ta však není předmětem této práce. terminální oblast IL 1α sice neváže receptor, ale je evolučně konzervovaná uděluje IL 1α řadu nekanonických funkcí, kterým se tato práce věnuje 1α 1α asociovat s membránami. Jaderně lokalizovaný IL 1α je terminální doménu schopný aktivovat expresi prozánětlivých genů řízených transkripčním faktorem NF κB, vázat se na histonac rázové komplexy a v rakovinných buňkách vyvolávat apoptózu. V kvasinkách byla nalezena vazba na katalytický modul histonacetyltransferázových komplexů SAGA a ADA, v lidských buňkách na komponenty homologního komplexu STAGA a Ukotvení I 1α N terminální doménou na membránu buněk slouží k prostorové lokalizaci signalizace tohoto cytokinu pouze na buňky v bezprostředním dotyku. tečně prozkoumán ani mechani mus přesunu IL 1α přes membránu, ani mechani mus kotvení 1α. Tato práce se věnuje oběma zmíněným nekanonickým funkcím. V kvasinkách popisuje 1α částečně zastoupit derepresivní funkci proteinu Snf1 na genech reprimov ných SAGA komplexem, v lidských buňkách popisuje vazbu IL 1α na nádorový supresor p53 podmínkách genotoxického stresu. V podmínkách oxidativního stresu s 1α přesunuje exinem A2, proteinem vázajícím membrány, na buněčné periferie.
|
|
|
Mechanizmy úniku viru SARS-CoV-2 před protivirovou vrozenou obranou hostitele
Rybová, Lucie ; Němečková, Šárka (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent)
SARS-CoV-2 z čeledi Coronaviridae způsobuje u lidí nemoc zvanou Covid-19. Disponuje řadou strukturních, nestrukturních a pomocných proteinů, které interferují s imunitní odpovědí hostitele a napomáhají viru unikat této odpovědi a přežívat v hostiteli. Nejvýznamnějším únikovým mechanismem je potlačení funkce interferonů hostitele. Molekuly způsobující inhibici vrozené imunity hostitele jsou kódovány z oblasti genomu viru ORF1a a ORF1ab. Tato práce poskytuje souhrn o charakteristice, morfologii, genomu, replikačním cyklu, mechanismech vrozené imunity uplatňující se při obraně hostitele před infekcí a únikových mechanismech SARS-CoV-2. Klíčová slova: SARS-CoV-2, virus, morfologie SARS-CoV-2, genom SARS-CoV-2, strukturní proteiny, nestrukturní proteiny, únik před vrozeným imunitním systémem, dysregulace IFN odpovědi, TLRs, varianty SARS-CoV-2, Covid-19
|
|
|
Noncanonical human eIF4Es in and out of the RNA granules
Frydrýšková, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Eukaryontní translační iniciační faktor eIF4E1 řídí iniciaci translace závislou na čepičce, vyskytuje se v P-tělíscích a je důležitý pro vznik stresových granulí (SG). V lidských buňkách jsou obsaženy také dva další nekanonické translační iniciační faktory, eIF4E2 a eIF4E3. Oba váží čepičku, ačkoliv slaběji než eIF4E1. V rámci této práce jsem se zabývala schopností jednotlivých členů z rodiny proteinů eIF4E a jejich variant lokalizovat do stresových granulí a P-tělísek za klidových podmínek a za podmínek tepelného a arsenitanového stresu. Za všech testovaných podmínek lokalizovaly proteiny eIF4E1 a eIF4E2 a všechny jejich testované varianty do P-tělísek na rozdíl od variant proteinu eIF4E3. Za obou stresových podmínek všechny varianty proteinu eIF4E1 a varianta eIF4E3-A lokalizovaly do SG, avšak schopnost jednotlivých proteinů lokalizovat do SG se lišila. Protein eIF4E2 lokalizoval ve zvýšené míře pouze do SG vyvolaných tepelným stresem. Při detailnějším studiu jsme ukázali, že za tepelného stresu vznikají dva typy SG ve vztahu k eIF4E proteinům. Přibližně 75 % SG indukovaných tepelným stresem obsahuje všechny tři eIF4E proteiny, zatímco ve 25 % z nich protein eIF4E2 chybí. Dále jsme ukázali, že protein velké ribosomální podjednotky L22 je specificky nabohacen v SG vyvolaných arsenitanovým stresem....
|
|
|
Studium struktury a funkce IRES elementů v kvasinkových buňkách
Černý, Jiří ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Iniciace translace je důležitý krok v regulaci buněčné exprese. Translace většiny buněčných mRNA je zahajována klasickým mechanizmem závislým na přítomnosti 7mG čepičky. Existují však mRNA, které jsou překládány alternativním mechanizmem využívajícím přítomnost IRES elementů v 5'UTR takovýchto mRNA. V první části své diplomové práce jsem se pokusil potvrdit přítomnost IRES elementů v 5'UTR z kvasinkových genů BAS1 a RRN3. Tyto 5'UTR jsem vložil do intercistronické oblasti na plazmidu pFGAL4h a změřil jsem aktivitu reportérových proteinů v systému s a bez promotoru. Data ukázala přítomnost kryptického promotoru v testovaných sekvencích. Abych tato data potvrdil, vložil jsem 5'UTR z genu RRN3 do intercisronické oblasti na plazmidu pRFh a změřil expresi druhého cistronu. Výsledky získané tímto měřením se podobaly výsledkům, které jsem získal za využití plazmidu pFGAL4h. Přítomnost kratších RNA přepisovaných z kryptického promotoru, který se nachází v intercistronické oblasti, jsem dokázal pomocí real time PCR. Mým úkolem v druhé části této práce bylo připravit sadu RNA vhodných ke studiu iniciace translace zahajované na lasovité čepičce, která vzniká činností autokatalytického ribozymu GIR1 v hlence Didymium iridis. Za tímto účelem jsem připravil širokou sadu rekombinantních molekul DNA, které nesly různé...
|
|
| |
|
|
Regulace transkripce mikroRNA klastru miR-17-92 v průběhu diferenciace makrofágů.
Rybářová, Jana ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent)
miR-17-92 klastr (Oncomir1) kóduje sedm mikroRNA (miRNA, miR) regulujících řadu biologických procesů jako je proliferace, diferenciace nebo apoptóza. Zvýšená exprese mikroRNA kódovaných tímto klastrem byla zjištěna u řady nádorových onemocnění včetně akutní a chronické myeloidní leukémie (Dixon-McIver et al., 2008; Li et al., 2008; Venturini et al., 2007). Myeloidní progenitory významně exprimují miR-17-92 klastr, zatímco makrofágová diferenciace je doprovázena výrazným snížením jeho exprese. V naší laboratoři bylo prokázáno, že miR-17-92 klastr je během diferenciace primárních PUER myeloidních progenitorů indukovaných transkripčním faktorem PU.1 (SPI1) reprimován transkripčním faktorem Early growth response 2 (Egr2). Cílem této diplomové práce bylo vytvořit sérii reportérových vektorů nesoucích fragmenty miR-17-92 putativního promotoru, které by umožnily studium regulace transkripce miR-17-92 klastru. Výsledně se podařilo připravit 8 fragmentů obsahujících různé úseky regulační oblasti miR-17-92 klastru v rozsahu -3.3 až 0 kb vzhledem ke kódující oblasti miR-17-5p, a to i přes vysoký CG obsah (~80%), které byly následně vklonovány do pGL3 reporterového vektoru. Transfekce a následná funkční esej pGL3 reporterového vektoru nesoucího -3.3;-0kb fragment putativního promotoru miR-17-92 v buňkách...
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.