National Repository of Grey Literature 42 records found  1 - 10nextend  jump to record: Search took 0.00 seconds. 
Splicing Factors in the Regulation of Gene Expression - the Relationship Between Splicing and Transcription in Saccharomyces cerevisiae
Hálová, Martina ; Folk, Petr (advisor) ; Pospíšek, Martin (referee) ; Staněk, David (referee)
Transcription and pre-mRNA processing, e.g., splicing, occur at the same place and time in the context of chromatin. A growing amount of evidence supports the hypothesis that these processes are interconnected. Prp45/SKIP is one of the factors which are believed to mediate the interconnection. The human ortholog, SKIP, is known for affecting mRNA formation on the levels of transcription initiation and elongation. Moreover, it interacts with chromatin modifiers and it is a splicing factor, too. The function of the Saccharomyces cerevisiae ortholog, Prp45, has been so far connected only to pre-mRNA splicing. In this work, we characterized the role of Prp45 in splicing and elaborated the results connecting Prp45 to transcription and chromatin modifications. RNA-seq results showed that pre-mRNA is accumulated in prp45(1-169) cells. This accumulation is not caused by the reduced activity of pathways responsible for RNA degradation. The extent of the splicing inefficiency in prp45(1-169) cells did not depend on either the canonicity of the 5' splice site and branch site or the distance between the branch site and the 3' splice site. Using chromatin immunoprecipitation, we found that prp45(1-169) mutation causes delay in U2 snRNP recruitment to assembling spliceosome. This delay transfers to the later...
Regulation of translation iniitiation in yeast saccharomyces cerevisiae
Mašek, Tomáš ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Krásný, Libor (referee) ; Hašek, Jiří (referee)
IV. Shrnutí výsledků 63 64 Denaturační RNA elektroforéza v TAE agarózových gelech 60% koncentrace formamidu postačuje k dostatečné denaturaci RNA pro elektroforetickou separaci. Denaturační RNA elektroforéza v TAE pufru vykazuje stejné separační rozlišení RNA molekul jako nejčastěji používaná RNA elektroforéza v MOPSovém pufru a navíc je rychlejší. Denaturační RNA elektroforéza v TAE pufru je použitelná nejen k separaci čisté směsi RNA molekul, ale i směsných vzorků obsahujících také DNA a proteiny (např. buněčných lyzátů). Denaturační RNA elektroforézu v TAE pufru lze kombinovat s kapilárním přenosem a následnou hybridizací (pro blotování lze použít jak konveční 10xSSC pufr, tak levnější 8 mM NaOH). Tento elektroforetický protokol poskytuje levnější a rychlejší alternativu k RNA elektroforéze v MOPSovém pufru, snižuje expozici laboratorních pracovníků toxickým látkám a je vhodný i pro laboratoře, které s RNA běžně nepracují. Rck2 se zapojuje do reprogramování ribozómů během oxidativního stresu Oxidativní stres inhibuje translaci stejnou měrou jako stres osmotický. Lze pozorovat pokles množství aktivně translatujících ribozómů. Tento pokles je proporcionální ke zvětšení ploch 40S, 60S a 80S "vrcholů" v polyzomálním profilu. Aplikace t-BOOH vede k vyšší disociaci polyzomálních komplexů u rck2Δ...
The role of HOG MAPK signaling pathway during osmotic stress in Saccharomyces cerevisiae
Vrbová, Michaela ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Janderová, Blanka (referee)
THE ROLE OF HOG MAPK SIGNALING PATHWAY DURING OSMOTIC STRESS IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE Budding yeast (Saccharomyces cerevisiae) cells utilize a conserved mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling cascade (the high- osmolarity glycerol or HOG pathway) during conditions of increased external osmolarity. It evokes cellular responses necessary to permit continued growth. Activation of HOG pathway with Hog1 MAP kinase results in production of glycerol to prevent dehydration and up regulation of other Hog1 dependent genes because of cell adaptation. We were trying to find difference in translation between wild-type cells and two mutants of hog1 gene before and after 0,4 M NaCl osmotic stress (2, 6, 30 min). We used deletion mutant hog1Δ and hog1-as mutant with point mutation which allows inhibition of Hog1 MAPK during presence of specific AS inhibitor. We tested AS inhibitor by plate test and have found optimal concentration of 5 μM for blocking Hog1 MAPK in hog1-as mutant. Translation profiling proves that osmotic stress decreases translation in general. Hog1Δ mutant and hog1-as AS inhibited mutant behave similarly and their translation recovers slower than the wild-type's. That confirms that HOG1 gene is important for cell recovery from the osmotic stress. Microarray analysis shows that Hog1 dependent...
Interactome of the translation initiation factor eIF4E2
Lettrich, Patrik ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Zeman, Jakub (referee)
Regulation of gene expression at the level of translation is one of the most prominent processes when it comes to maintaining cellular vital functions in physiolgical norm. Initiation phase plays an especially important role in translational regulation. Majority of eukaryotic mRNAs possess methylguanosine cap on its 5' end. Binding of initiation factor eIF4E1 to cap is substantial part of canonical mechanism of translational initiation. eIF4E1 is component of bigger complex termed eIF4F, whose association with cap mRNA is essential for initiation of translation. Due to cap-binding ability of noncanonical initiation factors and their interaction partners, that are distinct from those of eIF4E1, there can occur specific regulation of translational initiation. One of these noncanonical factors is eIF4E2. In regulatory processes it mostly acts as a translational repressor. Binding of eIF4E2 to cap impedes association of eIF4F complex with mRNA, and therefore inhibits translation. However, eIF4E2 is also able to promote cap-dependent initiation of translation using an alternative mechanism in hypoxic conditions. This thesis represents the first complex analysis of protein-protein interactions and physiological functions of factor eIF4E2 and its homologs in several model organisms. Key words:...
Inhibitors of the eukaryotic translation initiation factor eIF4E1
Pospíšilová, Klára ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Roithová, Adriana (referee)
Protein synthesis is one of the most important processes that take place in a cell. Thus there are various mechanisms in a cell that regulate it. If that regulation fails it may lead to serious pathologies. An example of this is an abnormal increase in the production of eukaryotic translation initiation factor 4E1 which occurs in some types of cancer including head and neck squamous cell carcinoma, colorectal cancer, cervical cancer or lung cancer. Enhanced availability of factor 4E1 enables transformed cells to undertake a more intense translation. The expression of individual proteins is not increased to the same extent though. The enhancement in the level of factor 4E1 has a more significant effect on oncogenic proteins. Malignant transformation caused by an incorrect regulation of factor 4E1 can be precluded by an application of compounds that impair the activity of factor 4E1. A summarization of 4E1 inhibitors is the subject of this work.
Importance of 5'-end structures of eukaryotic mRNA molecules
Vopálenský, Václav ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Lukeš, Julius (referee) ; Staněk, David (referee)
73 V. SHRNUTÍ VÝSLEDKŮ IRESITE: THE DATABASE OF EXPERIMENTALLY VERIFIED IRES STRUCTURES (WWW.IRESITE.ORG)  IRESite je kurátorovaná relační databáze typu MySQL-4.1 využívající InnoDB tabulky.  Do databáze je možné vložit položky dvojího typu: o natural položky obsahují veškerá experimentální data týkající se určité IRES struktury (kompletní sekvence mRNA s vymezením pozic IRES sekvence a kódovaného proteinu, veškeré proteiny interagující s IRES, případná sekundární struktura) o engineered položky popisují uměle vytvořené plazmidy. Většinou se jedná o bicistronní plazmidy sloužící k testování funkčnosti sekvence, o níž se předpokládá, že obsahuje IRES element, a případné mutantní deriváty této sekvence. Do IRESite se v tomto případě vkládají údaje o sekvenci mRNA s vymezením IRES oblasti, informace o reportérových proteinech, informace o translačních experimentech včetně použitého promotoru a informace o pozitivních a negativních kontrolách.  V databázi je nyní uloženo 288 položek; 67 natural (20 virových a 47 buněčných) a 221 engineered.  IRESite slouží nejen k ukládání experimentálních dat, ale umožňuje také jejich prohledávání podle klíčových slov, případně následné porovnávání vybraných experimentů. A BIOINFORMATICAL APPROACH TO THE ANALYSIS OF VIRAL AND CELLULAR INTERNAL RIBOSOME ENTRY  Publikace...
Restrikčně-modifikační enzymy Typu I - identifikace pomocí dvourozměrné elektroforesy a studium fosforylace podjednotek Hsd.
Cajthamlová, Kamila ; Weiserová, Marie (advisor) ; Janeček, Jiří (referee) ; Pospíšek, Martin (referee)
107 7. Závěr 1. Vytvořili jsme podmínky pro dělení a identifikaci všech tří podjednotek Hsd R-M enzymů Typu I EcoKI a EcoR124I na dvourozměrném gelu. Optimalizovali jsme podmínky dělení těchto enzymů v nerovnovážném gradientu pH (NEPHGE) v prvním rozměru 2D-PAGE na pozadí celkových proteinů buněčného extraktu. Tento systém nám v budoucnu umožní provést detailnější studie exprese a postranslační modifikace R-M enzymů Typu I v závislosti na různých fyziologických podmínkách a v souvislosti celkové buněčné proteinové exprese. 2. Využití tohoto systému v primárních pokusech odhalilo existenci dvou isoforem podjednotky HsdR systému EcoKI lišících se velikostí náboje. Usoudili jsme, že jedna z těchto isoforem by mohla být posttranslačně modifikována. 3. Sledování fosforylace zástupců tří skupin R-M enzymů Typu I EcoKI (skupina IA), EcoAI (skupina IB) a EcoR124I (skupina IC), na základě imunoprecipitačních analys kmenů E. coli produkujících tyto enzymy, prokázalo fosforylaci enzymu EcoKI na podjednotce HsdR. Podjednotky HsdM ani HsdS enzymu EcoKI fosforylovány nejsou. Žádná z podjednotek Hsd systémů EcoAI a EcoR124I také fosforylována nebyla. 4. Podjednotka HsdR enzymu EcoKI je fosforylována in vivo pokud je součástí komplexní REasy EcoKI. Samotná HsdR, bez současné exprese HsdM a HsdS, kdy se netvoří funkční...

National Repository of Grey Literature : 42 records found   1 - 10nextend  jump to record:
See also: similar author names
2 Pospíšek, Marek
Interested in being notified about new results for this query?
Subscribe to the RSS feed.