|
|
Vývoj vybraných CD znaků a jejich role ve fylogenezi imunitního systému člověka
Podolská, Tereza ; Růžičková, Šárka (vedoucí práce) ; Vinkler, Michal (oponent)
V první části práce byl zjišťován původ vybraných povrchových CD znaků člověka, konkrétně molekul CD19, CD20, CD21, CD24, CD27 a CD38. Dále byly v práci mezidruhově porovnávány sekvence nukleotidů a aminokyselin těchto molekul pomocí in silico přístupu. Využity byly bioinformatické databáze sekvencí vybraných molekul na úrovni DNA, mRNA a proteinu, například GeneBank, NCBI BLAST, Homologene a OrthoDB. Záměrem bylo na doménové úrovni identifikovat nejpůvodnější organismy, u nichž lze sledovaný protein poprvé nalézt. V N-koncové doméně molekuly CD38 ptáků byla nalezena sekvence vykazující významnou podobnost s archebakteriální flagelinovou doménou. Tato flagelinová sekvence se u ptačí molekuly CD38 nachází v oblasti transmembránové domény, což naznačuje, že výskyt této sekvence mohl se vznikem tramsmembránové domény souviset. Použitý postup by bylo možné zařadit do komparativních hybridizačních studií jako nástroj v přípravné nelaboratorní fázi výzkumu existence paralogů a ortologů u fylogeneticky starých druhů. Klíčová slova: CD znak, imunocyt, B lymfocyt, vrozená a adaptivní imunita, databáze sekvencí, aminokyselina, nukleotid
|
|
|
Leukaemia associated immunophenotype in childhood acute leukaemias and its development during the course of disease
Podolská, Tereza ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastější dětskou malignitou. K jednomu z nedávných zlepšení v léčbě ALL došlo zavedením monitoringu minimální reziduální nemoci (MRD), který umožňuje přizpůsobit léčbu na základě stratifikace rizika. Monitoring MRD rovněž umožňuje zvolit vhodnou léčbu při relapsu onemocnění, indikovat transplantaci kmenových buněk (SCT) a umožňuje personalizovaný přístup k pacientům podstupujícím SCT. Jedním ze základních způsobů detekce hladiny MRD je charakterizace leukemických blastů pomocí průtokové cytometrie. Hlavním limitem průtokové cytometrie je však to, že analýza dat je manuální a závislá na vysoce expertních znalostech. Tento postup je subjektivní a ne zcela dostatečný pro analýzu komplexních datových souborů užívaných v současnosti. Přestože jsou dostupné nové výpočetní nástroje pro zpracování multidimenzionálních dat z průtokové cytometrie, je zároveň potřeba tyto metody otestovat a přizpůsobit je klinickému prostředí. Cílem této práce je detekovat imunofenotypy asociované s leukémiemi a jejich vývojem pomocí počítačem asistované analýzy u sady diagnostických souborů vybraných na základě informací o více než třech stech tisíců datasetů z víceparametrové průtokové cytometrie. Pokročilé bioinformatické nástroje pomohou detekovat blastické a zdravé...
|
|
|
Vývoj vybraných CD znaků a jejich role ve fylogenezi imunitního systému člověka
Podolská, Tereza ; Růžičková, Šárka (vedoucí práce) ; Vinkler, Michal (oponent)
V první části práce byl zjišťován původ vybraných povrchových CD znaků člověka, konkrétně molekul CD19, CD20, CD21, CD24, CD27 a CD38. Dále byly v práci mezidruhově porovnávány sekvence nukleotidů a aminokyselin těchto molekul pomocí in silico přístupu. Využity byly bioinformatické databáze sekvencí vybraných molekul na úrovni DNA, mRNA a proteinu, například GeneBank, NCBI BLAST, Homologene a OrthoDB. Záměrem bylo na doménové úrovni identifikovat nejpůvodnější organismy, u nichž lze sledovaný protein poprvé nalézt. V N-koncové doméně molekuly CD38 ptáků byla nalezena sekvence vykazující významnou podobnost s archebakteriální flagelinovou doménou. Tato flagelinová sekvence se u ptačí molekuly CD38 nachází v oblasti transmembránové domény, což naznačuje, že výskyt této sekvence mohl se vznikem tramsmembránové domény souviset. Použitý postup by bylo možné zařadit do komparativních hybridizačních studií jako nástroj v přípravné nelaboratorní fázi výzkumu existence paralogů a ortologů u fylogeneticky starých druhů. Klíčová slova: CD znak, imunocyt, B lymfocyt, vrozená a adaptivní imunita, databáze sekvencí, aminokyselina, nukleotid
|
host ::
RSS.