|
|
Diferenciace kvasinkových kolonií: Role vybraných transkripčních faktorů a metabolických proteinů
Plocek, Vítězslav
4 Abstrakt Kvasinky, ač se jedná o jednobuněčné mikroorganismy, v přirozených podmínkách vytvářejí složité mnohobuněčné útvary, jako jsou například biofilmy a kolonie. V rámci těchto útvarů následně probíhají děje, jako buněčná diferenciace, specializace jednotlivých buněčných populací a buněčná signalizace, typické pro mnohobuněčné organismy. V literárním úvodu této práce je shrnut přehled současných znalostí o vývoji biofilmů a kolonií, a to především druhu Saccharomyces cerevisiae, jako modelovém organismu, a některých vybraných regulací, které jsou důležité pro tvorbu mnohobuněčných struktur. Ve výsledkové části se zaměřuji na dva směry výzkumu. První z nich je směřován na mechanizmy podílející se na tvorbě mnohobuněčných struktur. Při studiu formování SLI biofilmů (biofilmů na rozhraní pevný povrch/kapalina) jsme zdokumentovali antagonistickou roli regulátorů CYC8 a TUP1 na jejich utváření a také jsme popsali vliv přítomnosti glukózy na vývoj a stabilitu SLI biofilmů kmene BR-F. Při této příležitosti jsme vyvinuli zobrazovací metodu, díky které jsme schopni za fyziologických podmínek připravit a pomocí mikroskopie pozorovat vnitřní strukturu (svislý průřez) SLI biofilmů i nárůstů neadherovaných buněk. Dále jsme popsali principy distribuce buněk při růstu obřích kolonií a zavedli model distribuce...
|
|
|
Role PDZ-vazebné domény E6 onkoproteinu v patogenezi vysoce onkogenních papillomavirů
Faflíková, Tereza ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Infekce některými lidskými papillomaviry (HPV) je spojena s vysokým rizikem karcinomů. U E6 proteinu tzv. vysoce rizikových α-HPV se na úplném C'-konci nachází PDZ-vazebná doména. Touto doménou se E6 váže na buněčné proteiny obsahující PDZ doménu, které se podílejí na udržování buněčné polarity, stabilizaci mezibuněčných spojů nebo regulaci buněčných signálních drah. Mezi tyto interagující buněčné proteiny patří hDlg (lidský homolog Discs large proteinu), hScrib (lidský homolog tumor supresoru Scribble), MAGI-1 (membránově asociovaná guanylát cykláza 1) a několik další proteinů. Spojení E6 a buněčných proteinů přes PDZ-vazebnou zabraňuje indukci apoptózy a má také vliv na urychlení tempa růstu infikovaných buněk, degradaci buněčných těsných spojů, regulaci buněčné polarity a vezikulárního transportu. Zároveň se zvyšuje i stabilita samotného E6 proteinu, který je prostřednictvím PDZ-vazebné domény chráněn před proteazomální degradací. Působením PDZ-vazebné domény se vysoce rizikové HPV podílejí na rozvoji maligních nádorů.
|
|
|
Povrchové buněčné markery u nádorů kolorekta
Červená, Klára ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Kolorektální karcinom neboli rakovina tlustého střeva je nejčastější nádorové onemocnění v České republice. Retrospektivní analýzy pacientů s kolorektálním karcinomem vedly a stále vedou k objevu nových biomarkerů, které mohou mít význam v léčbě, predikci či prognóze karcinomu. Cílem této bakalářské práce bylo popsat dosud objevené povrchové proteiny (biomarkery) u nádorů kolorekta, které korelují s progresí nádorů, metastatickým potenciálem, prognózou pro pacienta a možnosti jejich využití jako cílových molekul na nádorových buňkách pro teranostické účely. Klíčová slova: nádory kolorekta, biomarkery, cílení, teranostika, predikce, prognóza
|
|
|
Vesikulární transport z kyselých endosomálních kompartmentů do endoplasmatického retikula
Polidarová, Markéta ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Retrográdní transport z endozomů do Golgiho aparátu a dál do endoplasmatického retikula slouží buňkám pro opětovné využití receptorů a dalších proteinů. Existuje řada drah začínající na různých typech endozomů cílená do trans-Golgi síťoviny a z ní dál do endoplasmatického retikula. Z časných a maturujících endozomů jsou proteiny transportovány pomocí retromeru, pro pohyb z pozdních endozomů je zásadní GTPáza Rab9 a v transportu z recyklujících endozomů se uplatňují Rab6 a Rab11. V rámci Golgiho aparátu jsou známé dvě dráhy. Jedna pomocí COPI váčků regulovaná GTPázou Arf1, která je citlivá k brefeldinu A. Druhá dráha je regulována GTPázou Rab6. Retrográdní transport využívají kromě endogenních proteinů také proteinové toxiny a malé neobalené DNA viry. Pro Shiga toxin je charakteristické využívání Rab6 dráhy z recyklujících endozomů i přes Golgiho aparát. Retrográdní transport ricinu začíná na časných endozomech a je méně jasný. Transport malých neobalených DNA virů začínají vědci teprve poodkrývat.
|
|
| |
|
|
Syntéza proteinů obsahujících nekanonické aminokyseliny
Knetl, Adam ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
0 Abstrakt: Nekanonické aminokyseliny umožňují vkládat nové chemické vlastnosti do proteinů, což je užitečné jak pro zkoumání stávajících proteinů, tak i pro design proteinů nových. Syntéza proteinů obsahujících nekanonické aminokyseliny se setkává s problémy efektivity translace. Tato práce se zabývá rolí genetického kódu pro kódování nekanonických aminokyselin, proteosyntézou a aminoacylací tRNA a konečně samotnými nekanonickými aminokyselinami a jejich využitím v proteinech včetně příkladů.
|
|
|
Diferenciace kvasinkových kolonií: Role vybraných transkripčních faktorů a metabolických proteinů
Plocek, Vítězslav ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Sychrová, Hana (oponent)
4 Abstrakt Kvasinky, ač se jedná o jednobuněčné mikroorganismy, v přirozených podmínkách vytvářejí složité mnohobuněčné útvary, jako jsou například biofilmy a kolonie. V rámci těchto útvarů následně probíhají děje, jako buněčná diferenciace, specializace jednotlivých buněčných populací a buněčná signalizace, typické pro mnohobuněčné organismy. V literárním úvodu této práce je shrnut přehled současných znalostí o vývoji biofilmů a kolonií, a to především druhu Saccharomyces cerevisiae, jako modelovém organismu, a některých vybraných regulací, které jsou důležité pro tvorbu mnohobuněčných struktur. Ve výsledkové části se zaměřuji na dva směry výzkumu. První z nich je směřován na mechanizmy podílející se na tvorbě mnohobuněčných struktur. Při studiu formování SLI biofilmů (biofilmů na rozhraní pevný povrch/kapalina) jsme zdokumentovali antagonistickou roli regulátorů CYC8 a TUP1 na jejich utváření a také jsme popsali vliv přítomnosti glukózy na vývoj a stabilitu SLI biofilmů kmene BR-F. Při této příležitosti jsme vyvinuli zobrazovací metodu, díky které jsme schopni za fyziologických podmínek připravit a pomocí mikroskopie pozorovat vnitřní strukturu (svislý průřez) SLI biofilmů i nárůstů neadherovaných buněk. Dále jsme popsali principy distribuce buněk při růstu obřích kolonií a zavedli model distribuce...
|
|
|
Biologické membrány a metody jejich charakterizace - aktuální stav.
Skotnicová, Marie ; Konopásek, Ivo (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Buněčná membrána prokaryotních organismů je bezprostředně vystavena změnám prostředí. Aby organismus přežil, musí na tyto změny dostatečně reagovat a přizpůsobit se. Na úrovni lipidové dvojvrstvy to znamená změny membránové fluidity za pomoci alterace lipidové kompozice. I malá změna acylových řetězců nebo polárních hlaviček fosfolipidů může změnit uspořádání lipidové dvojvrstvy. Ke sledování změn membránové fluidity a kompozice lipidů těchto změn se používá široká škála biofyzikálních technik. Cílem této práce je shrnout adaptační mechanismy spuštěné během chladového, teplotního a osmotického šoku a dále principy běžně používaných metod sledování membrán. Sledované organismy zde za Gram- negativní bakterie reprezentuje Escherichia coli a Gram-pozitivní bakterie Bacillus subtilis. Klíčová slova biologické membrány, membránová fluidita, adaptace prokaryotických organismů na změny prostředí, metody charakterizace biologických membrán, membránová spektroskopie
|
|
|
Ab initio predikce struktury membránových proteinů
Sokol, Albert ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Znalost trojrozměrné struktury proteinu je extrémně důležitá pro plné pochopení jeho funkce a molekulárních interakcí. Struktura je typicky určována experimentálně pomocí X-ray krystalografie a NMR spektroskopie, bohužel membránové proteiny často znamenají pro tyto metody vážný problém. Východiskem je výpočetní predikce na základě již zjištěných dat. Ab initio predikce trojrozměrných modelů membránových proteinů je komplexní proces, který nevyužívá žádnou dostupnou strukturu proteinu jako celkovou šablonu. Existuje pár softwarů, které se tímto procesem zabývají a vybrané čtyři jsou detailně popsány v této práci. Jedná se o dva programy pro predikci transmembránových helikálních proteinů (Rosetta, EVfold_membrane) a dva pro predikci transmembránových beta barelů (EVfold_bb, 3D-SPOT). Hlavní přístupy, které jsou využívány v predikci trojrozměrné struktury proteinu, jsou vkládání krátkých úseků sekvence aminokyselin, které jsou odvozené ze zjištěných proteinových struktur (Rosetta), využívání evoluční informace z mnoha jiných sekvencí proteinů (EVfold) a tvorba beta barelové domény na základě kombinování sousedních antiparalelních beta řetězců (3D-SPOT). Každý software používá různé externí programy na řešení specifických problémů, jako například predikce transmembránových úseků z pouhé sekvence nebo...
|
|
|
Povrchové buněčné markery u nádorů kolorekta
Červená, Klára ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Kolorektální karcinom neboli rakovina tlustého střeva je nejčastější nádorové onemocnění v České republice. Retrospektivní analýzy pacientů s kolorektálním karcinomem vedly a stále vedou k objevu nových biomarkerů, které mohou mít význam v léčbě, predikci či prognóze karcinomu. Cílem této bakalářské práce bylo popsat dosud objevené povrchové proteiny (biomarkery) u nádorů kolorekta, které korelují s progresí nádorů, metastatickým potenciálem, prognózou pro pacienta a možnosti jejich využití jako cílových molekul na nádorových buňkách pro teranostické účely. Klíčová slova: nádory kolorekta, biomarkery, cílení, teranostika, predikce, prognóza
|
host ::
RSS.