|
| |
|
|
Uspořádání genů v genomech eukaryot: analýza s využitím sekvenačních genových expresních dat
Divina, Petr ; Forejt, Jiří (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Mokrejš, Martin (oponent)
ZÁVĚRY 61 6. ZÁVĚRY 6.1. Analýza genů exprimovaných v myším varleti a jejich uspořádání v genomu Pomocí expresního profilování metodou SAGE (sériová analýza genové exprese) byl vytvořen katalog genů exprimovaných ve varleti dospělých myší. Byly identifikovány poziční klastry genů na chromosomech obsahující geny s preferenční expresí ve varleti. Tyto klastry obsahovaly signifikantně vyšší počet genů než v náhodně vygenerovaných genomech. Geny specificky exprimované v somatických buňkách myšího varlete byly signifikantně obohacené na chromosomu X, což podporuje teorii o hromadění genů preferenčně exprimovaných v samčích tkáních na chromosomu X. Geny exprimované z chromosomu X byly ochuzené v transkriptomu celého myšího varlete, což je v souladu s představou o inaktivaci chromosomu X během prvního meiotického dělení. Byla vytvořena veřejně přístupná internetová databáze Mouse SAGE Site, která shromažďuje expresní data z myších tkání a buněčných liniích vytvořená pomocí metody SAGE. 6.2. Genový obsah chromosomu Z kura domácího Chromosom Z kura domácího byl signifikantně obohacený o geny preferenčně exprimované v samčím mozku. ZÁVĚRY 62 Geny s preferenční expresí v samičím mozku vykazovaly náznak ochuzení na chromosomu Z. Podobně, geny specificky exprimované ve vaječnících byly na chromosomu Z...
|
|
|
The evolution of SARS-CoV-2 virus during the pandemic of COVID-19
Karban, Šimon ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent)
Koronaviry jsou lidské a zvířecí viry, které u lidí způsobují respirační onemocnění. Jejich genom je nesegmentovaný a kóduje několik strukturních a nestrukturních proteinů. Vzhledem k tomu, že je genom koronavirů tvořen jednovlákennou RNA v pozitivním smyslu, kódují si vlastní RNA dependentní RNA polymerázu. Existuje několik hypotéz o původu viru SARS-CoV-2, žádná však zatím není definitivní. Následná pandemie nemoci COVID-19 způsobena virem SARS-CoV-2, měla zásadní efekt na zdraví a život lidí po celém světě. Doba trvání a závažnost této pandemie byly ovlivněny několika vlastnostmi viru SARS-CoV-2 - přenosnost, možnost asymptomatického průběhu, vážné symptomatické onemocnění u starších a chronicky nemocných pacientů a rychlá evoluce viru po jeho vstupu do lidské populace. Tato práce shrnuje dosavadní a aktuální poznání včetně argumentů pro předpokládané teorie vzniku tohoto viru, hlavní charakteristiky a varianty viru SARS-CoV-2 včetně selekčních výhod, které představily. Závěrem jsou diskutovány trendy v evoluci viru SARS-CoV-2. Klíčová slova: SARS-CoV-2, koronaviry, varianty, fylogeneze, původ, evoluce
|
|
|
Gamma-delta T lymfocyty v tukové tkáni
Sztoláriková, Adéla ; Krulová, Magdaléna (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent)
T lymfocyty jsou unikátním typem T lymfocytů, které se díky svým vlastnostem podobným buňkám vrozené imunity řadí mezi takzvané vrozené lymfocyty. Přestože jde o minoritní typ T lymfocytů v periferní krvi, vyskytují se s vyšším zastoupením v mnoha periferních tkáních, kde se podílí na imunitních reakcích na napadení infekčními patogeny a na transformaci buněk. Mimo to mají roli i v rozvoji některých autoimunitních onemocnění. V posledních letech začíná být oceňována i role T lymfocytů v opravě poškození a udržování homeostáze tkání. Tato práce se zabývá charakterizací T lymfocytů, konkrétně T lymfocytů rezidentních v tukové tkáni. T lymfocyty mají vliv na homeostázu tukové tkáně a na celkový energetický metabolismus organismu. Popsány jsou funkce T lymfocytů za fyziologických i nefyziologických podmínek, včetně vlivu na rozvoj obezity a metabolického syndromu. Krátce jsou zmíněny i možné aplikace těchto lymfocytů v léčbě těchto onemocnění.
|
|
|
Charakterizace distribuce a dynamiky antigen-prezentujících buněk na modelu MHC II-EGFP knock-in myši
Pačes, Jan ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Tlaskalová - Hogenová, Helena (oponent)
Výsledky nedávno publikovaných studií naznačují, že dendritické buňky mají schopnost do mléčné žlázy transportovat komenzální střevní bakterie, které se odtud dostávají do mléka. Proto jsme se rozhodli provézt fenotypizaci imunologicky relevantních populací antigen prezentujících buněk (APC) v mléčné žláze a srovnat je s populacemi v tenkém střevě. Dále jsme se zaměřili na jejich změny během kojení. Fenotyp jsme určovali imunodetekcí in situ a průtokovou cytometrií. Podařilo se nám optimalizovat přípravu materiálu pro průtokovou cytometrii a mikroskopické metody. Prověřili jsme možnosti 3D vizualizace populací APC v celé tkáni a kvantitativní analýzy obrazových dat pro jejich korelaci s průtokovou cytometrií, zavedení těchto metod si ještě vyžádá další optimalizaci. Zjistili jsme, že se během kojení velké množství MHC II+ buněk shlukuje okolo alveolů a kanálků mléčné žlázy. Tyto buňky mají výrazně dendritický tvar a fenotypicky se liší od APC v okolní tkáni. Byl prokázán výrazný nárůst zastoupení APC v mléčné žláze mezi 4. a 6. dnem kojení, přičemž většina těchto buněk exprimuje molekulu CD103, která je typická pro populace buněk imunitního systému lokalizované ve střevě. Výrazné je též zastoupení CD64+ buněk. B- lymfocyty se naopak vyskytují prakticky jen v lymfatické uzlině mléčné žlázy a jejím...
|
|
|
Sekvenční analýza SIX homeodoménové rodiny u Craspedacusta sowerbyi
Vojta, Petr ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Homeobox genes are generally known as key factors directing processes during the morphogenesis of organ systems. Recently, research of homeobox genes evolution has focused on evolutionary old groups of species, such as Cnidarians. ln Cnidarians, there are more homeobox genes compared with more complex organism, such as fruit flies. Several homeobox genes have also been described in plants and fungi. General opinion is that homeobox genes are a very old group of genes, originating even before the main kingdoms of multicellular organisms. Six homeobox genes that have been identified as homologues of Drosophila sine oculis, an important factor for compound-eye formation, take part in numerous developmental processes directed by the PAX-SIX-EYA signal pathway. ln Vertebratae, as representatives of Deuterostomes, there are six genes in three sub groups, whereas in Drosophila melanogaster, as a representative of Protostomes, three homologues have been described, always one for each subgroup. The ancestral six genes diverged even before the divergence of groups Bilateralia and Cnidaria. ln freshwater jellyfish Craspedacusta sowerbyi we distinguished both HD and SD regions for five SIX proteins. Four of these six genes of Craspedacusta sowerbyi belong to the established Six groups (Sixl/2, Six3/6 a Six4/5), where...
|
|
|
Endogenní retrovirové elementy a jejich funkce v lidském genomu
Famfulíková, Mirka ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Lidský genom obsahuje kromě kódujících oblastí také nekódující, ke kterým řadíme transponovatelné elementy, které jsou schopny se v genomu přemisťovat. Pozůstatky dávných retrovirových infekcí - endogenní retroviry (human endogenous retroviruses = HERVs) patří mezi transponovatelné elementy obsahující LTR sekvence na 5' i 3' konci. Lidské endogenní retroviry tvoří až 8% lidského genomu. Nejsou jen nečinnými relikty, ale zastávají i klíčové funkce. Zvětšují plasticitu lidského genomu a v některých případech se v LTR mohou nacházet vazebná místa pro určité proteiny (např. p53). Geny env rodin HERV-W a HERV-FRD byly lidským genomem kooptovány a nyní jsou exprimovány jako proteiny Syncytin-1 a Syncytin-2, nezbytné při formování lidské placenty. Bohužel HERV elementy mohou mít na člověka také negativní dopad. V posledních dekádách jsou často diskutovány v souvislosti s některými onemocněními, jako je např. roztroušená skleróza, schizofrenie, proliferace HIV a různé druhy rakovinného bujení. Role elementů HERV v lidském genomu není stále ještě jednoznačně známá a jejich výzkum se zintenzivňuje. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
The effect of amino acid repertoire on protein structure and function
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Pačes, Jan (oponent)
Porozumění původu prvotních proteinů je pochopením přechodu komplexních chemických směsí k prvním biologickým systémům. Prvotní proteiny byly pravěpodobně strukturně flexibilní, s promiskuitní aktivitou a se sekvencemi představujícími spíše fyzikálně chemické vlastnosti než definované sekvenční motivy. Rané proteiny byly rovněž pravděpodobně složeny pouze z prebioticky dostupných aminokyselin z endogenních a exogenních zdrojů. V této práci jsme se zaměřili jak na studium vlivu nejpozdějších přírůstků aminokyselinového repertoáru na strukturu a funkci proteinů tak na charakterizaci nahodných sekvencí jakožto prekurzorů pro vznik nejranějších tak i současných proteinů generovaných z původně transkripčně/translačně neaktivních oblasti genomu. Výzkum náhodných proteinů je obzvlášt zajimavý z pohledu neprobádáné strany světa proteinových sekvencí. V této práci jsme charakterizovali in silico soubor náhodných proteinových sekvencí s přirozenými výskyty aminokyselin pomocí predikce sekundárních struktur/proteinové nesupořádánosti/agregace a rovněž jsme vybrali 45 sekvencí pro následující in vitro charakterizaci. Pomocí analýzy in silico knihovny jsme mohli konstatovat, že výskyt sekundárních struktur v náhodném sekvenčním prostoru není výrazně odlišný od toho v přírodních proteinech. Na druhou stranu,...
|
|
| |
host ::
RSS.