Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 12 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Metagenomické profilování mikrobiálních společenstev
Rídl, Jakub ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Novák, Petr (oponent)
Metody molekulární biologie umožňují studium mikrobiální diverzity a analýzu genů kódujících procesy a biochemické dráhy jednotlivých mikroorganismů a celých mikrobiálních společenstev. K tomu zásadně přispěl vývoj technologií masivně paralelního sekvenování DNA. Tyto metody rozšířily možnosti zkoumání diverzity od studia jednotlivých genomů modelových a v laboratoři kultivovatelných mikroorganismů přes jednoduché komunity v extrémním prostředí až k výzkumům komplexních mikrobiálních konsorcií. Tento experimentální přístup je založen na analýze celého metagenomu. Pozornost je věnována ekosystémům negativně ovlivněným lidskou aktivitou, kde mikroorganismy dokáží nejen přežít, ale také adaptovat metabolismus k využívání a odbourávání látek toxických pro vyšší organismy. Příkladem je bakterie Achromobacter xylosoxidans A8 izolovaná z půdy kontaminované toxickými chlorbenzoáty. Sekvenace a analýza genomu Achromobacter xylosoxidans A8 umožnila studium genů kódujících enzymy zapojené do degradace chlorbenzoátů v kontextu kompletní genetické informace. V extrémně kyselém prostředí bývalého dolu ve Zlatých Horách (Česká republika) vznikají zajímavé útvary bakteriálního biofilmu, želatinové stalaktity. Ty jsou tvořené jednou z taxonomicky nejjednodušších komunit s majoritním zastoupením dvou bakterií rodu Ferrovum a...
Charakterizace distribuce a dynamiky antigen-prezentujících buněk na modelu MHC II-EGFP knock-in myši
Pačes, Jan ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Tlaskalová - Hogenová, Helena (oponent)
Výsledky nedávno publikovaných studií naznačují, že dendritické buňky mají schopnost do mléčné žlázy transportovat komenzální střevní bakterie, které se odtud dostávají do mléka. Proto jsme se rozhodli provézt fenotypizaci imunologicky relevantních populací antigen prezentujících buněk (APC) v mléčné žláze a srovnat je s populacemi v tenkém střevě. Dále jsme se zaměřili na jejich změny během kojení. Fenotyp jsme určovali imunodetekcí in situ a průtokovou cytometrií. Podařilo se nám optimalizovat přípravu materiálu pro průtokovou cytometrii a mikroskopické metody. Prověřili jsme možnosti 3D vizualizace populací APC v celé tkáni a kvantitativní analýzy obrazových dat pro jejich korelaci s průtokovou cytometrií, zavedení těchto metod si ještě vyžádá další optimalizaci. Zjistili jsme, že se během kojení velké množství MHC II+ buněk shlukuje okolo alveolů a kanálků mléčné žlázy. Tyto buňky mají výrazně dendritický tvar a fenotypicky se liší od APC v okolní tkáni. Byl prokázán výrazný nárůst zastoupení APC v mléčné žláze mezi 4. a 6. dnem kojení, přičemž většina těchto buněk exprimuje molekulu CD103, která je typická pro populace buněk imunitního systému lokalizované ve střevě. Výrazné je též zastoupení CD64+ buněk. B- lymfocyty se naopak vyskytují prakticky jen v lymfatické uzlině mléčné žlázy a jejím...
Endogenní retrovirové elementy a jejich funkce v lidském genomu
Famfulíková, Mirka ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Lidský genom obsahuje kromě kódujících oblastí také nekódující, ke kterým řadíme transponovatelné elementy, které jsou schopny se v genomu přemisťovat. Pozůstatky dávných retrovirových infekcí - endogenní retroviry (human endogenous retroviruses = HERVs) patří mezi transponovatelné elementy obsahující LTR sekvence na 5' i 3' konci. Lidské endogenní retroviry tvoří až 8% lidského genomu. Nejsou jen nečinnými relikty, ale zastávají i klíčové funkce. Zvětšují plasticitu lidského genomu a v některých případech se v LTR mohou nacházet vazebná místa pro určité proteiny (např. p53). Geny env rodin HERV-W a HERV-FRD byly lidským genomem kooptovány a nyní jsou exprimovány jako proteiny Syncytin-1 a Syncytin-2, nezbytné při formování lidské placenty. Bohužel HERV elementy mohou mít na člověka také negativní dopad. V posledních dekádách jsou často diskutovány v souvislosti s některými onemocněními, jako je např. roztroušená skleróza, schizofrenie, proliferace HIV a různé druhy rakovinného bujení. Role elementů HERV v lidském genomu není stále ještě jednoznačně známá a jejich výzkum se zintenzivňuje. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
Současné metody analýzy genomu a jejich využití v hledání genetických příčin nemocí
Stránecký, Viktor ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Kleibl, Zdeněk (oponent) ; Pačes, Jan (oponent)
Studium vzácných onemocnění je vhodným přístupem pro nalezení genetické a molekulární podstaty lidských znaků a výrazně napomohlo k identifikaci genů, objasnění jejich funkce a přispělo k charakterizaci funkce metabolických drah a buněčných procesů. V průběhu posledních 30-ti let byla vazebná analýza nejúspěšnějším přístupem k hledání genů podmiňujících Mendelovská onemocnění a přispěla k identifikaci řady genů, přesto podstata mnohých onemocnění zůstává stále neznámá. Nové metody studia lidského genomu, zejména technologie DNA čipů, masivně paralelní sekvenování (next generation sequencing) a metody analýzy takto získaných dat, představují způsob jak efektivně identifikovat příčinu geneticky podmíněných onemocnění na základě přímého pozorování mutací v celém genomu postižených jedinců. Tyto metody nahrazují tradiční způsob identifikace genů reprezentovaný vazebnou analýzou a sekvenovaním kandidátních genů a stávající se standardním přístupem pro objasnění molekulární podstaty onemocnění. V této práci popisuji možnosti studia vzácných genetických podmíněných onemocnění a výsledky dosažené s využitím těchto postupů - identifikaci genů podmiňujících mukopolysacharidózu typ IIIC (TMEM76), izolovaný defekt ATP syntázy (TMEM70), Rotorův syndrom (SLCO1B3 a SLCO1B1), autozomálně dominantní ANCL (DNAJC5) a...
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
Návrh Real-Time PCR testu pro detekci Aphibiocystidium ranae jako modelového druhu pro studium rhinosporidiózy
Přistoupilová, Anna ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Vopálenský, Pavel (oponent)
Cílem této diplomové práce je návrh testu na druhově specifické Real-Time PCR pro detekci parazita Ampbibiocystidium ranae u žab, který slouží jako modelový druh pro studium rhinosporidiozy u člověka, způsobené Rhinosporidiem seeberi. Společné vlastnosti těchto parazitů umožňuji zkoumat rhinosporidiozu pomocí vzajemné analogie. Sekvence genu pro 18S rRNA Amphibiocystidium ranae byly porovnány se sekvencemi nejbližších příbuzných organismů nalezených v GenBank databázi nukleotidových sekvenci pomoci mnohočetného přiřazeni. Byly vyhledány úseky specifické pro Amphibiocystidium ranae a v těchto úsecích byly navrženy tři sady příměrů, z toho dvě spolu se sondou pro zvýšení specificity. Navržena assay byla ověřena oproti GenBank databázi nukleotidových sekvenci a oproti databázi SILVA, která obsahuje sekvence kódující rRNA. Primery byly otestovány na vzorcích odebraných z žab. Výsledné produkty byly ověřeny analýzou křivky tání. Výsledkem je Real-Time PCR assay, kterou lze použit ke specifické detekci přítomnosti Amphibiocystidium ranae.
Mechanismy kontroly endogenních retrovirů v hostitelské buňce.
Matoušková, Magda ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Mělková, Zora (oponent) ; Pačes, Jan (oponent)
Ve své práci se zabývám lidskými endogenními retroviry (HERV), které se účastní vývoje placenty a prasečími endogenními retroviry (PERV) v souvislosti s nebezpečím jejich přenosu na člověka při transplantaci prasečích orgánů. Ukázali jsme, že methylace DNA je důležitý umlčující mechanismus regulující expresi HERV i PERV. (1) V placentě je demethylace dvou HERV, ERVWE1 a ERVFRDE1, nezbytná pro její správný vývoj, zatímco ve varlatech je spojená se vznikem seminomů. (2) Methylace PERV je zřejmě zodpovědná za jejich nízkou expresi v tkáních, čímž značně snižuje nebezpečí zoonotického přenosu při xenotransplantacích. (3) Určité riziko však zůstává, protože na rozdíl od myších a potkaních buněk jsou lidské buňky in vitro vysoce permisivní vůči PERV, a to především díky funkčnímu receptoru a neschopnosti umlčet integrovaný PERV.
SiRNA design
Sarnová, Lenka ; Pačes, Jan (oponent) ; Svoboda, Petr (vedoucí práce)
Sekvenční analýza SIX homeodoménové rodiny u Craspedacusta sowerbyi
Vojta, Petr ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Homeobox genes are generally known as key factors directing processes during the morphogenesis of organ systems. Recently, research of homeobox genes evolution has focused on evolutionary old groups of species, such as Cnidarians. ln Cnidarians, there are more homeobox genes compared with more complex organism, such as fruit flies. Several homeobox genes have also been described in plants and fungi. General opinion is that homeobox genes are a very old group of genes, originating even before the main kingdoms of multicellular organisms. Six homeobox genes that have been identified as homologues of Drosophila sine oculis, an important factor for compound-eye formation, take part in numerous developmental processes directed by the PAX-SIX-EYA signal pathway. ln Vertebratae, as representatives of Deuterostomes, there are six genes in three sub groups, whereas in Drosophila melanogaster, as a representative of Protostomes, three homologues have been described, always one for each subgroup. The ancestral six genes diverged even before the divergence of groups Bilateralia and Cnidaria. ln freshwater jellyfish Craspedacusta sowerbyi we distinguished both HD and SD regions for five SIX proteins. Four of these six genes of Craspedacusta sowerbyi belong to the established Six groups (Sixl/2, Six3/6 a Six4/5), where...
Syntaktická analýza založená na programovaných gramatikách
Pačes, Jan ; Solár, Peter (oponent) ; Meduna, Alexandr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá syntaktickou analýzou na programovaných gramatikách. Modifikuje postupy prediktivní syntaktické analýzy známé pro bezkontextové gramatiky a aplikuje je na gramatiky programované. Studuje síly této metody a zamuje se především na některé jazyky, které nejsou bezkontextové.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 12 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
4 PAČES, Jan
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.