Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 15 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD reguluje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita TEAD1 je regulována prostřednictvím Hippo signální dráhy. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze Hippo signální dráhu zůstává nejasný. C-MYC a GLUT1, dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako cíle Hippo signální dráhy. V této diplomové práci byla pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách experimentálně potvrzena vazba TEAD1 k prvnímu exonu genu C-MYC a dále objevena nová interakce TEAD1 s enhancerem genu C-MYC a s enhancerem genu GLUT1. Regulace glukózového metabolismu Hippo signální dráhou může představovat nový mechanismus suprese nádorových buněk. Klíčová slova: genová regulace, transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, bioinformatika
CSL proteins of Schizosaccharomyces pombe
Převorovský, Martin
Souhrn Transkripčnífaktory rodiny cSL jsou esenciální pro ontogenetickývyvoj mnohobuněěnýchživočichů,zejména díkysvéúlozev signálnídrázeNotch' Nalezli jsme dvě nové třídy genůCSL u několika druhůhub (Fungi), což jsou organizny, kterédráúruNotch nemají.Abychom objasnili funkci rodiny CSL u houbovýchorganizmů,experimenúí|ně jsme charakterizovalicbfll* a cbfl2*, geny CSL zkvasinky Schizosaccharomycespombe. Naše rnýsledkyukazuji, že se jedná o skutečnéčleny rodiny CsL. oba geny jsou neesenciální;nají odlišnéexpresníprofily a kódujíjademé proteinyseschopnostíaktivovattranskripci.Prokazalijsme,že cbfl l specifickyrozeznáváin vitro kanonickýcíloý element zněmý pro metazoá|níhomology (GTGryGGAA)' Delece cbfll- rnáza následekrůstovédefektya změnyv morfologii kvasinkoých kolonií.Dále jsme zjistili, žeCbfl | a Cbf12 hrajíopaěnérole v buněčnéadhezia v jadernéma buněčném dělení a jejich vzájemnékoordinaci. Narušenírovnováhy těchto dvou proteinůvede k defektůmv separacibuněk po dělení,k fenoýpu ,,c|It,,a abnormálnídiploidizaci.Našedata dokládají,Že proteiny CSL fungujív organimru, kteý je evolučněstaršínež dráha Notch, coŽ by mělo přispět k pochopenífunkcerodinyCSL v metazoích. 4
Gene regulation in four dimensions
Vaňková Hausnerová, Viola ; Lanctôt, Christian (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Zobrazování transkripce na úrovni jednotlivých buněk prokázalo, že se jedná o proces, který neprobíhá souvisle, ale přerušovaně. K tomuto pozorování, které bylo zaznamenáno u celé řady organizmů sahající od bakterií k savčím buňkám, se vztahuje nyní hojně využívaný termín transkripční pulzování. Dynamika transkripčního pulzování je ovlivněna jak rysy vlastními samotnému procesu transkripce, tak nadřazenými faktory jako je prostředí chromatinu, signální molekuly nebo fáze buněčného cyklu. V první části této práce jsme se zaměřili na regulaci transkripčního pulzování v jadérku. Pomocí mikroskopického sledování živých buněk jsme ukázali, že transkripce transgenu vloženého do jadérka a přepisovaného RNA polymerázou II probíhá v pulzech. Ve druhé části práce jsme se zabývali vztahem mezi dekondenzací chromatinu a dynamikou transkripce. Pomocí hyperosmotického média jsme indukovali globální kondenzaci chromatinu a objevili jsme, že během dekondenzace chromatinu dochází v jednotlivých živých buňkách k časově omezenému nárůstu intenzity transkripce. Dále jsme analyzovali expresi genů TFRC a POLR2A s použitím metody single molecule RNA FISH. Během omezeného období, které kolidovalo s dekondenzací chromatinu v telofázi/časné G1 fázi buněčného cyklu, jsme zaznamenali nárůst ve frekvenci i velikosti...
CSL proteins of Schizosaccharomyces pombe
Převorovský, Martin ; Půta, František (vedoucí práce) ; Dvořák, Michal (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Souhrn Transkripčnífaktory rodiny cSL jsou esenciální pro ontogenetickývyvoj mnohobuněěnýchživočichů,zejména díkysvéúlozev signálnídrázeNotch' Nalezli jsme dvě nové třídy genůCSL u několika druhůhub (Fungi), což jsou organizny, kterédráúruNotch nemají.Abychom objasnili funkci rodiny CSL u houbovýchorganizmů,experimenúí|ně jsme charakterizovalicbfll* a cbfl2*, geny CSL zkvasinky Schizosaccharomycespombe. Naše rnýsledkyukazuji, že se jedná o skutečnéčleny rodiny CsL. oba geny jsou neesenciální;nají odlišnéexpresníprofily a kódujíjademé proteinyseschopnostíaktivovattranskripci.Prokazalijsme,že cbfl l specifickyrozeznáváin vitro kanonickýcíloý element zněmý pro metazoá|níhomology (GTGryGGAA)' Delece cbfll- rnáza následekrůstovédefektya změnyv morfologii kvasinkoých kolonií.Dále jsme zjistili, žeCbfl | a Cbf12 hrajíopaěnérole v buněčnéadhezia v jadernéma buněčném dělení a jejich vzájemnékoordinaci. Narušenírovnováhy těchto dvou proteinůvede k defektůmv separacibuněk po dělení,k fenoýpu ,,c|It,,a abnormálnídiploidizaci.Našedata dokládají,Že proteiny CSL fungujív organimru, kteý je evolučněstaršínež dráha Notch, coŽ by mělo přispět k pochopenífunkcerodinyCSL v metazoích. 4
Charakterizace vazby transkripčních faktorů CSL na DNA v kvasince Schizosaccharomyces pombe
Jordáková, Anna ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Proteiny Cbf11 a Cbf12, patřící do rodiny transkripčních faktorů CSL, jsou u poltivé kvasinky Schizosaccharomyces pombe zapojeny v široké škále buněčných procesů - mj. regulují buněčnou adhezi a podílejí se na udržování integrity genomu. V rámci celého genomu jsme již dříve identifikovali cílové lokusy, kam se proteiny CSL váží in vivo. Mnoho z cílových míst neobsahuje konsenzuální CSL-vazebný element. Patrně existují různé režimy vazby proteinů Cbf11/12 na DNA a doposud nebylo známo, s jakou biologickou funkcí je způsob vazby na DNA spojen. Pro účely studia DNA-vazebných módů proteinů CSL jsme v rámci tohoto projektu pracovali na zavedení DNA-vazebné mutace (DBM), která způsobuje ztrátu schopnosti proteinů CSL se vázat na kanonický motiv in vitro, do chromozomálního lokusu genů cbf11 a cbf12. S použitím "ura4 selekčního systému" jsme úspěšně zkonstruovali kmeny Cbf12-TAP a Cbf12DBM-TAP, tj. kmeny bez/s DBM v otevřeném čtecím rámci Cbf12, ve kterých je navíc protein Cbf12 C-terminálně značen TAP-tagem a obsahuje intaktní oblast 3'UTR. Nově jsme v naší laboratoři zavedli CRISPR/Cas9 systém, s využitím kterého se nám podařilo připravit kmen Cbf11-TAP. S konstrukcí kmene Cbf11DBM-TAP jsme prozatím neuspěli, nicméně v rámci práce diskutujeme možné optimalizace konstrukčního postupu, které by mohly vést...
Experimental verification of in silico predicted protein binder to FOXO4 transcription factor and transcriptome analysis of bladder cancer
Tauš, Petr ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Tato diplomová práce je rozdělená na experimentální a bioinformatickou část, které jsou spolu provázány přes transkripční faktory z rodiny 'forkhead box O' (FOXO). FOXO mají klíčovou roli v mnoha buněčných procesech, jako například v regulaci buněčného cyklu, apoptózy a metabolismu. Dlouhou dobu byly považovány pouze za nádorové supresory, ale vzrůstající počet studií poukazuje i na jejich pronádorovou roli. Z tohoto důvodu jsou intenzivně studovány jako potenciální terapeutické cíle v nádorových onemocněních. In silico predikce protein-protein interakcí se v poslední dekádě těší vzrůstající oblibě jak v základním výzkumu, tak při vývoji nových léčiv. Nicméně výsledky v mnoha případech stále nejsou dostatečně přesné při srovnání s očekávanými vlastnostmi predikovaných biomolekul. V této práci jsem pomocí termoforézy v malém měřítku ověřil vazbu čtyř in silico predikovaných vazebných proteinů, založených na přirozeně se vyskytující PDZ doméně k transkripčnímu faktoru FOXO4. Neinvazivní nádory močového měchýře představují heterogenní onemocnění, u kterého se i přes veškeré snahy stále nedaří přesně predikovat agresivita daného nádoru. V bioinformatické části této práce jsem na základě transkriptomických dat z pacientských vzorků nádorů močového měchýře popsal složení nádorového mikroprostředí a určil...
The phenomenon of mitotic catastrophe in Δcbf11 mutant
Zach, Róbert ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Rodríguez-López, María (oponent)
[SK] Kvasinka, Schizosaccharomyces pombe, predstavuje kľúčový modelový organizmus pre výskum regulácie bunkového cyklu. Aj keď je biológia S. Pombe popísaná do veľkých detailov, určité kriticky dôležité aspekty týkajúce sa regulačných okruhov riadiacich bunkový cyklus sú stále nejasné. V rámci tejto štúdie, skúmame S. pombe CSL-homologický transckripčný faktor, Cbf11, ktorého funkcia je dôležitá pre úspešnú mitózu. Mutant Δcbf11 je charakteristický spomaleným rastom a širokou škálou defektov, z ktorých sa zameriavame na katastrofickú mitózu, taktiež známu ako cut (cell untimely torn) fenotyp. Ukazujeme, že rastové defekty a výskyt cut fenotypu sú podmienené, vykazujúc veľkú závažnosť v populáciách Δcbf11 buniek pestovaných v bohatom YES médiu a významné potlačenie v minimálnom EMM médiu. Naše dáta nasvedčujú, že EMM médiom indukované potlačenie cut fenotypu, je spôsobené nadbytkom zdroja dusíku (v prípade EMM, chlorid amónny), avšak neprichádzame so žiadnym molekulárnym vysvetlením. Podľa našich výsledkov, mitotické defekty pozorované u mutanta Δcbf11 vyplývajú z transkripčnej deregulácie génov anabolismu lipidov, cut6 a vht1, kódujúcich acetyl koenzým A karboxylásu a biotínový transportér. Keďže funkcia Cut6 je závislá na biotíne, tvrdíme, že znížená hladina Cut6 v kombinácii s nedostatočným...
Transkripční faktory CSL a jejich role v kvasince Schizosaccharomyces pombe
Oravcová, Martina ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Proteiny rodiny CSL (CBF1/RBP-Jκ/Suppressor of Hairless/LAG-1) působí v organismech říše Metazoa jako efektory signální dráhy Notch. V rámci této signalizace fungují jako represory nebo aktivátory transkripce genů a ovlivňují mnoho vývojových procesů. Metazoální proteiny CSL mohou regulovat expresi genů také nezávisle na Notch. Funkce proteinů CSL nezávislé na Notch by mohly být evolučně původní a pro buňku a organismus mohou být neméně důležité jako funkce dependentní na Notch. Přítomnost proteinů CSL byla zjištěna i u některých organismů říše Fungi, které postrádají komponenty signální dráhy Notch a většinu známých metazoálních interakčních partnerů proteinů CSL. Paralogy CSL poltivé kvasinky Schizosaccharomyces pombe, cbf11 a cbf12, jsou neesenciální geny kódující proteiny lokalizované v jádře buňky. Oba se antagonistickým způsobem zapojují do regulace procesů jako například koordinace jaderného a buněčného dělení a průchodu buněčným cyklem, udržování ploidie, adhezivity buněk a dalších. V této práci jsme prokázali, že oba paralogy CSL mají schopnost sekvenčně specificky vázat kanonický CSL-responzivní element DNA in vitro a Cbf11 také in vivo. Oba proteiny mohou aktivovat genovou expresi in vivo, a vykonávat tak funkci transkripčních faktorů. Pomocí metody ChIP-chip jsme analyzovali vazbu...
Transkripční faktory řídící periodickou genovou expresi v buněčném cyklu Schizosaccharomyces pombe
Jordáková, Anna ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Paleček, Jan (oponent)
Poltivá kvasinka Schizosaccharomyces pombe hraje důležitou úlohu při objasňování mechanismů regulace buněčného cyklu a při charakterizaci příslušných efektorových molekul. Buněčný cyklus S. pombe sestává z dlouhé růstové G2 fáze, která je následována jaderným dělením (M fáze), velmi krátkou G1 fází a replikací DNA (S fáze). Již během S fáze dochází k tvorbě buněčné přepážky. Postup fázemi buněčného cyklu je regulován na mnoha úrovních. Ačkoli je kvasinka S. pombe velmi studovaný modelový organismus, znalost transkripční sítě regulující průchod buněčným cyklem je zatím neúplná. Transkripční faktory jsou velmi důležité regulátory genové exprese, a proto je jejich charakterizace předmětem výzkumu. Doposud bylo identifikováno jen několik transkripčních faktorů, které v průběhu buněčného cyklu regulují oscilující a vzájemně na sobě závislé vlny genové exprese. Tato práce shrnuje současný stav poznání na poli transkripční regulace periodické genové exprese v buněčném cyklu S. pombe.
Connections between intermediary metabolism and acetylation of histones
Zach, Róbert ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Bieberstein, Nicole (oponent)
Acetylácia histonov ovplyvňuje štruktúru chromatínu a pôsobí ako koaktivačný signál pre transkripciu. Acetylácia lyzínových zvyškov na histonoch je zprostredkovaná histon acetyltransferásami, ktoré využívajú molekulu Ac-CoA ako donor acetylovej skupiny. Ac- CoA sa nachádza v strede intermediárneho metabolizmu, kde zásobuje cyklus kyseliny citrónovej a syntézu mastných kyselín. Hladina intracelulárneho Ac-CoA fluktuuje v dôsledku zmien v dostupnosti spracovateľných zdrojov uhlíku a metabolickej aktivity bunky. Keďže zmeny v intracelulárnej koncentrácii pozitívne korelujú so stupňom acetylácie histonov, Ac-CoA by mohol prispievať k modulácii transkripcie vyvolanej nutričným stresom. Ac-CoA sa navyše účastní procesu diferenciácie a zdá sa byť dôležitý v regulácii bunkového cyklu. Kľúčové slová: Ac-CoA, acetylácia histonov, výživa, intermediárny metabolizmus, regulácia transkripcie, bunkový cyklus, glukóza

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 15 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.