Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 38 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Characterization of Cbf11 and Mga2 interactions in the fission yeast
Grulyová, Michaela ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Transkripční faktor Cbf11 patří do CSL proteinové rodiny. CSL proteinová rodina je známá pro svou funkci v Notch signální dráze, avšak zástupci CSL proteinové rodiny byli objeveni i v poltivé kvasince postrádající dráhu Notch. Protein Mga2 je transkripční regulátor metabolismu triacylglycerolů a glycerofosfolipidů. Bylo nalezeno propojení mezi Cbf11 a Mga2. Cbf11 a Mga2 sdílejí cílové geny a jsou potřební pro přesnost mitózy. Tato diplomová práce se snaží validovat a charakterizovat vztah mezi těmito transkripčními regulátory. Ukazujeme zde, že hladina proteinů Cbf11 a Mga2 se mění v závislosti na přítomnosti toho druhého proteinu a také v závislosti na zdroji dusíku. Také zde uvádíme fylogenetickou distribuci Cbf11 a Mga2 v rámci říše Fungi a ukazujeme, že je zde propojení. Za použití proteomické analýzy mga2 a cbf11 delečních kmenů jsme našli překryv mezi proteiny up a downregulovanými. Dohromady tyto výsledky potvrzují crosstalk mezi proteiny Cbf11 a Mga2 a přinášejí nové spojení mezi CSL proteinovou rodinou a funkčním analogem savčího SREBP1, proteinem Mga2.
New interconnections between lipid metabolism and chromatin regulation
Princová, Jarmila ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Bágeľová Poláková, Silvia (oponent) ; Malínský, Jan (oponent)
Metabolismus lipidů je úzce spjat s modifikacemi chromatinu, které ovlivňují genovou expresi. Tato regulace je důležitá pro buněčnou diferenciaci nebo růst rakovinných buněk, nicméně mechanismus, jakým změny v buněčném metabolismu ovlivňují chromatinové modifikace, které následně regulují genovou transkripci nebo udržování heterochromatinu, nebyl dodnes objasněn. Popsali jsme, že buňky kvasinek Schizosaccharomyces pombe defektní v syntéze mastných kyselin vykazují zvýšenou expresi genů stresové odpovědi, která závisí na aktivitě histonacetyltransferáz SAGA a NuA4 a je spojena se zvýšenou acetylací histonu H3 na lysinu 9 v odpovídajících genových promotorech. Navíc snížená syntéza mastných kyselin vede ke zvýšené buněčné rezistenci vůči oxidativnímu stresu. Kromě toho mutanty metabolismu lipidů vykazují změny konstitutivního heterochromatinu na centromerách a subtelomerách. Navrhli jsme proto, že změny v metabolismu lipidů mohou regulovat acetylaci histonů a transkripci specifických genů stresové odpovědi, ale také vést ke globálním změnám v heterochromatinu. Zatímco zvýšená exprese stresových genů podporuje redoxní homeostázu, důsledky změn heterochromatinu vlivem snížené syntézy mastných kyselin zatím nedokážeme spolehlivě interpretovat. Ukázali jsme také, že signální dráhy reagující na dostupnost...
Analýza transkriptomu tasemnice Mesocestoides corti
Korená, Lucie ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Některé druhy parazitů včetně helmintů mohou v hostiteli inhibovat karcinogenezi. Protinádorový efekt byl v minulosti prokázán u tasemnic Taenia crassiceps a Echinococcus granulosus, u kterých byly identifikovány geny související s regresí rakoviny. V rámci výzkumu Helmintologické laboratoře katedry Parazitologie Přf UK byl zjištěn efekt suprese melanomu u tasemnicí Mesocestoides corti, avšak mechanismus účinku zatím zůstává neznámý. Pro navazující výzkum bylo důležité získat komplexní molekulární data v podobě transkriptomu vývojových stadií M. corti. Tato práce se zabývá studiem transkriptomického profilu tasemnice M. corti a rozdílem v genové expresi u tasemnic kultivovaných in vitro a v myších hostitelích (inbrední a outbrední kmen) pomocí metody RNA-seq. Cílem bylo nalézt upregulované transkripty tasemnic v myších hostitelích, které by mohly mít potenciální vliv na regresi rakoviny. Byla provedena analýza diferenciální genové exprese, ze které vyplývá, že tasemnice v myších hostitelích (bez ohledu na kmen) mají více upregulovaných transkriptů než tasemnice kultivované in vitro. Analýzou vysoce upregulovaných transkriptů tasemnic v myších hostitelích bylo identifikováno několik transkriptů, které byly zmíněny ve vědeckých článcích jako možné supresory rakoviny. Mezi ně patří například KATNA1,...
Characterization of closed mitosis in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe with perturbed lipid metabolism
Hohoš, Patrik ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Cebecauer, Marek (oponent)
[SK] Delenie eukaryotických buniek spočíva v procese mitózy. Ide o komplexný bunkový proces, ktorý je potrebné správne regulovať. Na rozdiel od cicavčieho otvoreného typu mitózy, kedy sa jadrový obal rozpadá, mitóza kvasinky Schizosaccharomyces pombe prebieha vo vnútri neporušeného jadrového obalu. Takýto typ mitózy sa nazýva uzavretá mitóza. Bunkové jadro však prechádza morfologickými zmenami. Vplyvom aktivity mitotického vretienka sa bunkové jadro počas delenia sa naťahuje a vytvára typickú činkovitú štruktúru. Zvyšovanie pnutia vplyvom mitotického vretienka má za následok rozdelenie dvoch dcérskych jadier. Takéto rozsiahle zmeny povrchu jadrového obalu vyžadujú dostatočný prísun membránových fosfolipidov. Bunky s narušeným metabolizmom lipidov nie sú schopné vytvoriť dostatočnú zásobu lipidov a mitotické delenie v týchto bunkách zvyčajne vedie ku katastrofickej mitotickej udalosti inak nazývanej CUT (Cell Untimely Torn) fenotyp. Nedávne štúdie zároveň popisujú genetické interakcie medzi deléciami cbf11 a faktormi zodpovednými za údržbu štruktúry chromatínu prítomného v oblastiach centromér. Bolo dokonca ukázané vymiznutie fenotypu CUT po delécii niektorých faktorov prispievajúcich k centromerickým epigenetickým modifikáciám H3K9 v bunkách s deléciou transkripčného faktoru Cbf11. Táto diplomová...
Peak identification from ChIP-nexus data.
Drahoňovská, Lucie ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Gahurová, Lenka (oponent)
Proteiny hrají v živých organismech velice důležitou roli. Zastávají například funkce strukturní, transportní, regulační či katalytické. To, které geny se budou exprimovat a kterým proteinům to dá vzniknout a v jakém množství může mít zásadní vliv na funkci, či dokonce zdraví celého organismu. Regulaci genové exprese mají mimo jiné na starosti transkripční faktory, které tedy svou aktivitou způsobit řadu nemocí, či poruch (Latchman 1997). Jejich studium je tedy velice důležité. K tomuto účelu bylo vyvinuto několik technologií, jako je ChIP-chip, ChIP-seq, ChIP-exo a ChIP-nexus, které nám umožňují s větší či menší přesností zkoumat vazebná místa transkripčních faktorů a dalších DNA vazebných proteinů. V této práci se budu věnovat výše zmíněným technologiím a peak callerům, tedy softwarům využívaným k analýze dat získaných těmito metodami. Také se na nich pokusím provést peak calling ChIP-nexus dat proteinu Cbf11 a porovnat jejich výsledky.
Molekulární mechanismy adaptace živočišných buněk na hyperosmotický stres
Novotná, Jana ; Vávra, Jiří (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Nejrůznější buněčné typy, které tvoří živočišné tkáně, se musí vyrovnávat a extracelulárními změnami osmolarity, aby si udržely svou homeostázu. Hypertonicita (zvýšená osmolarita) je jedním z faktorů, který v buňkách spouští komplexní odpověď. Aby byla buňka schopna se s tímto stresem vyrovnat, musí zapojit regulační kaskády, které buď prostřednictvím WNK kináz regulují transportéry iontů anebo je prostřednictvím transkripčního faktoru TonEBP/NFAT5 spuštěna exprese genů pro transportéry kompatibilních osmolytů. Fyziologicky jsou hypertonickým podmínkám vystaveny buňky dřeně ledvin, chrupavek, buňky tkání vnitřního ucha, ve specializovaných neuronech anebo buňkách bukálního epitelu. Práce shrnuje základní a aktuální poznatky o adaptaci buněk na zvýšenou osmolaritu okolního prostředí. Klíčová slova: Hyperosmolarita, osmotický stres, TonEBP, WNK kinázy , NF-κB, HSP70
Vliv deadenylázy Ccr4 na regulaci buněčného cyklu v kvasinkových koloniích
Daumová, Lenka ; Čáp, Michal (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Regulace buněčných procesů je pro přežívání kvasinkových buněk naprosto klíčová. Na mnohých regulacích se účastní CCR4-Not komplex, což je vysoce konzervovaný proteinový komplex nacházející se v eukaryotických buňkách od kvasinek až po savce. V této práci se zabývám především vlivem podjednotky Ccr4 na přežívání buněk ve stárnoucí kolonii kvasinek Saccharomyces cerevisiae zejména v souvislosti s regulací buněčného cyklu. Ccr4 je deadenyláza, jejíž funkcí je štěpení poly(A) konce mRNA, a tím zkracování životnosti mRNA. To je důležité během přísně regulovaných buněčných procesů, kdy je nutné, aby k expresi určitých genů docházelo jen v určitém čase. Kvasinka Saccharomyces cerevisiae BY 4742 je haploidní kmen, na němž je možné jednoduše vytvořit delece vybraných genů. V této diplomové práci jsem se zaměřila na výzkum kmene s delecí CCR4 a zároveň delecemi dalších genů ovlivňujících buněčný cyklus. Porovnáním fenotypu těchto klonů s rodičovským kmenem je možné určit změny ve fenotypu způsobené těmito delecemi a jejich vliv na přežívání buněk. Klíčová slova: regulace buněčných procesů, CCR4-Not komplex, Ccr4 podjednotka, buněčný cyklus, kvasinka, Saccharomyces cerevisiae, delece genů
Role AGO-hook domény histonového chaperonu SPT6L v regulaci genové exprese
Kašpar, Tomáš ; Čermák, Vojtěch (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
AGO-hook domény přítomné u některých eukaryotických proteinů slouží k vazbě proteinů z rodiny ARGONAUTE (AGO). Proteiny AGO fungují v mnoha procesech regulujících expresi genů za pomoci jimi navázané malé RNA (sRNA). sRNA slouží k rozpoznání cílového komplementárního transkriptu. Tato práce si klade za cíl zjistit roli předpokládané AGO-hook domény proteinu SPT6L. SPT6L je transkripční elongační faktor z komplexu RNA polymerázy II (Pol II), kde slouží jako histonový chaperon a účastní se epigenetického značení histonů. SPT6L je u Arabidopsis thaliana jedním ze dvou paralogů proteinu SPT6, který je charakterizován právě přítomností AGO-hook domény, což je ryze rostlinné specifikum. Funkce této domény není u rostliny A. thaliana známá. Přesto by se dalo předpokládat, že tato doména bude zajišťovat navádění proteinů AGO do komplexu Pol II, čímž poté může umožnit regulaci modifikací chromatinu, či kotranskripčně ovlivňovat transkripty Pol II cílené sRNA. Tato práce nastiňuje funkci AGO-hook domény proteinu SPT6L u rostliny A. thaliana. Získané výsledky ukazují interakci AGO-hook domény proteinu SPT6L s AGO a její vliv na expresi a na zpracování transkriptů. Klíčová slova SPT6L, AGO-hook, transkripce, chromatin, Arabidopsis thaliana
Vliv Vps34p na růst a vývoj kvasinkových kolonií
Červenka, Jakub ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Fosfatidylinositol-3-kinázová (PI3K) signální dráha je evolučně konzervována u všech eukaryotických organizmů a její hlavní funkcí je regulace autofágie a cílení proteinů do vakuoly/lyzozomu. Pro patogenní kvasinky druhů Candida albicans a Cryptococcus neoformans je PI3K signální dráha nezbytná pro jejich virulenci. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae je PI3K signální dráha tvořena dvěma proteiny - Vps34p, který je fosfatidylinositol-3-kinázou, a jeho regulátorem Vps15p. V rámci této diplomové práce jsem se zabýval vlivem PI3K signální dráhy na růst a vývoj kolonií přírodních i laboratorních kmenů S. cerevisiae. Ověřil jsem, že delece VPS34 či VPS15 má u laboratorních haploidních kmenů významný vliv na velikost kolonií a na invazivní růst (u kmene ΣSh vps15Δ). Delece VPS34 nebo VPS15 také zvyšuje citlivost buněk k oxidativnímu stresu a detergentům. Kmeny bez VPS34 odvozené od přírodních kmenů se nepodařilo připravit, pravděpodobně pro jeho esencialitu u těchto kmenů. Konstitutivní exprese VPS34 neovlivňuje rezistenci buněk při inhibitorových testech, velikost a diferenciaci kolonií ani amoniakovou signalizaci, rozdíly však lze pozorovat v morfologii makrokolonií a způsobu jejich zarůstání do média. Značení Vps34p na C-konci pomocí GFP negativně ovlivňuje funkci Vps34p a u haploidních kmenů vede k...
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD ovlivňuje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita proteinu TEAD1 je řízena prostřednictvím signální dráhy Hippo. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze signální dráhu Hippo zůstává nejasný. Geny MYC a GLUT1, které kódují dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako potenciální cíle signální dráhy Hippo. V této diplomové práci jsem se pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách snažila experimentálně potvrdit předpokládanou vazbu transkripčního faktoru TEAD1 k regulačním sekvencím genů MYC a GLUT1. I přes veškerou snahu se mi nepovedlo provést chromatinovou imunoprecipitaci transkripčního faktoru TEAD1. V rámci diplomové práce jsem navrhla několik možných důvodů, které mohly vést k získaným negativním výsledkům. Klíčová slova: transkripční regulace, TEAD transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, leukemie

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 38 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.