Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 7 záznamů.  Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Simulation of processes in cellular membranes
Melcr, Josef ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce) ; Otyepka, Michal (oponent) ; Tarek, Mounir (oponent)
Simulace of procesů v buněčných membránách Abstrakt Mnoho důležitých procesů v buňkách probíhá prostřednictvím iontů. Například fúze synaptických váčků s membránami nervových buněk je kontrolována dvojmocným kationtem Ca2+ , zatímco výměna Na+ a K+ řídí rychlý elek- trický přenos vzruchů neurony. Vyšetřili jsme modelové fosfolipidové membrány a jejich interakce s těmito biologicky relevantními ionty. S použitím molekulárně dynamických simulací jsme přesně určili jejich vzájemé afinity vůči neutrálním a negativně nabitým fosfolipidovým dvojvrstvám. K tomu bylo nutné vyvi- nout nové vylepšené modely fosfolipidů nazvané ECC-lipids, které obsahují polarizaci elektronů pomocí korekce na elektronové kontinuum implemento- vané přeškálováním nábojů. Naše simulace s tímto novým silovým polem poprvé dosahují kvantitativní shody s experimentálně zjištěným konceptem lipidového elektrometru pro POPC a i pro POPS se všemi studovanými ka- tionty. Kromě toho jsme také zkoumali vliv transmembránového napětí na fosfolipidové dvojvrstvy. Elektrické pole indukované napětím se vyskytuje výhradně v hydrofóbní části membrány, kde má téměř konstantní intenzitu. Toto pole ovlivňuje strukturu blízkých molekul...
Studying possibilities of graphene functionalization using AFM and STM techniques
Telychko, Mykola ; Jelínek, Pavel (vedoucí práce) ; Mysliveček, Josef (oponent) ; Otyepka, Michal (oponent)
Tato práce studuje metodou STM všechny fáze růstu, které se vyskytují v průběhu postupného žíhání substrátu SiC(0001), a které vedou ke vzniku hraniční vrstvy a jednovrstevného grafénu. Je zde prokázáno, že růst hraniční vrstvy je způsoben slučováním grafénových nanobublinek, které vznikaji v důsledku odpařování Si ze substrátu a že tento proces účinně soutěží s tvorbou málo probádané fáze 5√3x5√3 pro kterou jsme našli atomární model. Studovali jsme grafén zároveň nc-AFM a STM. Touto technikou se nám podařilo zvlášť určit topografické a elektronické vlastnosti povrchu grafénu na SiC(0001). Analýza odhalila, že drsnost grafénu získaná z map atomární síly je velmi nízká, v souladu s teoretickými předpověďmi. Dále jsme vyvinuli metodu přípravy vysoce kvalitního grafénu na SiC(0001) dopovaného příměsemi B a N. Kombinace experimentálních (STM, nc-AFM, XPS, NEXAFS) a teoretických (DFT a simulace STM) metod umožnila zjistit strukturální, chemické a elektronické vlastnosti jednotlivých substitučních příměsí v grafénu. Ukazujeme, že i pouhým STM lze dosáhnout chemického rozlišení příměsí B a N díky kvantově interferenčnímu jevu, který nastává v důsledku specifické elektronové struktury příměsi N. Chemická reaktivita příměsí B a N byla zkoumána spektroskopií sil pomocí nc-AFM.
Side-chain Side-chain Interactions in Proteins
Berka, Karel ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Rulíšek, Lubomír (oponent) ; Otyepka, Michal (oponent)
Universita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Interakce mezi vedlejšími řetězci aminokyselin v proteinech Souhrn disertační práce RNDr. Karel Berka Školitelé: Prof. Ing. Pavel Hobza, DrSc., FRSC RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. Ústav organické chemie a biochemie AV ČR Centrum biomolekul a komplexních molekulárních systémů Praha 2009 7 Úvod Proteiny jsou univerzální a nejpoužívanější buněčné nástroje. Ve schopnosti katalyzovat chemické reakce se jim v přírodě nic nevyrovná. Mají významnou funkci v metabolismu, v buněčné signalizaci, podílí se na procesu ukládání genetické informace a tvoří i mechanickou oporu buňky. Ohromné množství funkcí proteinů s sebou nese i ohromné množství jejich tvarů a struktur. Přesto je každý protein sestaven z jednoduchých stavebních prvků - aminokyselin. Každá z nich má mnoho možností, jak interagovat se svými sousedy. Proměnlivost struktury proteinů pak jedině závisí na sekvenci řazení aminokyselin. Charakter a relativní síla jednotlivých interakcí mezi aminokyselinami se experimentálně stanovuje obtížně, protože je těchto interakcí v každém proteinu příliš mnoho. Na druhou stranu jsou metody teoretické chemie na takovýto úkol dobře přizpůsobeny a mohou vnést alespoň trochu světla do informací o struktuře, stabilitě a původu těchto...
Interaction of heteroboranes with biomolecules: Accurate quantum chemical study
Fanfrlík, Jindřich ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Fišer, Jiří (oponent) ; Otyepka, Michal (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Charles University in Prague Faculty of Science Department of Physical and Macromolecular Chemistry Interaction of heteroboranes with biomolecules: Accurate quantum chemical study Doctoral Thesis Abstract RNDr. Jindřich Fanfrlík Advisor: Prof. Ing. Pavel Hobza, DrSc. Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, AS CR Center for Biomolecules and Complex Molecular Systems Prague 2008 Univerzita Karlova v Praze Přírodovĕdecká Fakulta Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Interakce heteroboranů s biomolekulami: kvantovĕ chemická studie Autoreferát disertační práce RNDr. Jindřich Fanfrlík Školitel: Prof. Ing. Pavel Hobza, DrSc. Ústav organické chemie and biochemie, AV ČR Centrum biomolekul a komplexních molekulových systémů Praha 2008 Introduction The world wide epidemic of AIDS is caused by two species of the human immunodeficiency virus (HIV-1 and HIV-2). Its 9200-bases-long RNA genome contains three main genes: gag, pol and env. The enzymes located within the pol gene (protease PR and reverse transcriptase RT) have become major targets for drug discovery, e.g. RT inhibitor Tenofovir disoproxil fumarate (DF) discovered by A. Holy at UOCHB in Prague and manufactured by Gilead Sciences and also already ten HIV-1 PR inhibitors (PIs) have been approved for use in the clinics: The evolution of drug...
Quantum-chemical and Molecular-dynamical Study of Noncovalent interactions
Řezáč, Jan ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Havlas, Zdeněk (oponent) ; Otyepka, Michal (oponent)
E á5á ?? Ťá:- c 25 =? A p -ď>F č " Ě.: i,.,j : :.{! ža*E.!.+ o F > i . 4 E i=' ? $ts..ÉĚ:řE'í,É ,'", áE53ť.-= e'H:l. " u€ŤE!9 á.ří-Ť Ěa Ěi.Ťíáa;ia* 3€ r;:EšE ÍíiEo a .8 E.l !.p.i i,e í= > *-^.Y'ř > y,N.í; :ží;1:i;i;a.i +É.íaeE!:i,E? .;9. ip? E EB,' ř5:3 .!E a-s'i.Ěčž{E€,i " i F,rE.;€; ř íĚĚr iá ÉŤEil:ilfŠEáž
Noncovalent interactions of aromatic systems and their role in proteins and organocatalysis
Biedermannová, Lada ; Havlas, Zdeněk (vedoucí práce) ; Fišer, Jiří (oponent) ; Otyepka, Michal (oponent) ; Sklenář, Vladimír (oponent)
7 Závérďnéshrnutí Cílem předkládané práce bylo zkoumat interakce aromatických skupin a jejich význam v procesech chemického a biologického rozpoznáváni. Především byla s pomocí vysoce přesných kvantově chemických v'ýpočtůstudována úloha aromatických residui v hydrofobním jádře proteinu pro stabilitu jeho naivní struktury. Bylo ukízáno, žeinterakce aromatických residuí nejen s ostatnímu aromatickými a s alífatickými řetězci, ale také interakce s peptidovou části hlavního řetězce mohou poskýovat ýmamný příspěvek ke stabilizaci proteinu. Dále byly detai|ně studovány dva specifičtějšípřipady aromatických interakcí, interakce s pro|inem a interakce aromářpeptidová vazba. Kapitola o IEM se věnova|a aromatic|cým interakcím v širšímkontextu interakci všech residui v proteinu. Bylo ukfuáno' že aromatickri residua hraji klíčovouúlohu ve stabilizaci modelového proteinu Trp.cage. Dále by|o ukrázríno, že IEM muže bý použita jako spolehlivá metoda pro identifikaci těchto kličových residuí. Bylo testováno několik výpočetníchmetod, a z výsledků vyplyvá' žemetoda IEM' použitá společně se silorrým polem parm94 a GB modelem rozpouštědla' poskytuje uspokojivé výsledky pfi zanedbatelném výpočetnim časei pro velké proteiny, cožčini tuto metodu užitečnýmnástrojem pro analýzu struktury proteinů s mnoha mohými aplikacemi. Pos|edni...

Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.