|
|
Optimalizace IT infrastruktury za pomocí virtualizace serverů
Stančík, Michal ; Otáhal, Petr (oponent) ; Ondrák, Viktor (vedoucí práce)
Diplomová práce popisuje návrh a optimalizaci serverové infrastruktury organizace s využitím virtuálního prostředí. Východiskem je analýza současného stavu IT infrastruktury společnosti a následný návrh nasazení vhodného řešení v oblasti konsolidace serverů, od konfigurace serverů až po samotnou migraci na virtuální prostředí. V závěru práce je také uvedena cenová kalkulace a shrnuty přínosy cílového prostředí.
|
|
|
Vývoj nových postupů léčby B buněčných malignit pomocí imunoterapie založené na geneticky modifikovaných T lymfocytech
Novotná, Natálie ; Otáhal, Pavel (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
CAR T buněčná terapie představuje slibnou metodu v léčbě hematologických malignit. Genová imunoterapie využívá speciálně upravené T buňky, které na svém povrchu exprimují chimerní antigenní receptor (CAR). Modifikované T lymfocyty jsou schopny na základě specifických povrchových markerů rozpoznat a zničit cílové buňky. Ačkoli se CAR T buněčná terapie využívá v klinické praxi, existuje řada omezení, která snižují její účinnost. Cílem diplomové práce je prozkoumání nových možností zefektivnění celé terapie prostřednictvím endogenní sekrece interleukinů (IL 21) pod kontrolou inducibilních promotorů, a tím posílit perzistenci a expanzi CAR T buněk tímto účelem byly zkonstruovány inducibilní expresní systémy obsahující gen pro CAR19 receptor specificky rozpoznávající molekulu CD19 a gen pro interleukin umístěný pod inducibilními promotory NFAT nebo NR4A. Sestavené vektory byly elektroporovány do PBMC buněk s využitím PiggyBac transpozonového systému pro dosažení stabilní exprese buněčnou linií RAMOS byla získána data měřením na průtokovém cytometru a metodou ELISA. Na základě výsledků je patrné, že stimulované CAR T buňky jsou schopny generovat vyšší koncentrace interleukinů, kde klíčovým faktorem pro jejich produkci je mimo jiné i vhodně zvolený promotor. V další fázi výzkumu byla potvrzena důležitost pozice...
|
|
| |
|
|
Buněčná signalizace leukemických buněk a nemaligních B-lymfocytů
Kanderová, Veronika ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Klener, Pavel (oponent) ; Otáhal, Pavel (oponent)
Akutní leukemie (AL) je nejčastější malignitou dětského věku. V Česku AL onemocní 90 až 100 dětí za rok. AL je komplexní onemocnění, které se patologicky projevuje na úrovni DNA, mRNA, proteinů i buněk. Leukemické buňky často aberantně exprimují molekuly, které se za fyziologických podmínek vyskytují u jiných buněčných typů a jejichž funkční zapojení není probádáno. Zjistili jsme, že molekula CEACAM6 se aberantně vyskytuje na lymfoblastech B-prekurzorové akutní lymfoblastické leukemie, kde zvyšuje expresi a afinitu integrinů, mediuje signalizaci přes intracelulární proteinkinázy Akt, p38MAPK a p44/42 MAPK a spouští apoptózu leukemických buněk. Adaptorová molekula NTAL, aberantně exprimovaná v buňkách T-buněčné akutní lymfoblastické leukemie, mediuje signalizaci přes intracelulární proteinkinázu p44/42 MAPK a zvyšuje senzitivitu leukemických buněk ke glukokortikoidům. Současný výzkum biologie leukemií je zaměřen převážně na sledování mutací na úrovni DNA, funkční důsledky těchto změn na buněčné úrovni však objasněny nejsou. Spojníkem mezi genovou expresí a buněčnou fyziologií jsou proteiny, analýza proteomu tedy pomůže prohloubit znalosti o mechanismu nemoci, prognóze a odpovědi na léčbu. Technologie proteinových microarrays se stávají centrem zájmu základního výzkumu i diagnostických aplikací. Mohou být...
|
|
|
Differentiation plasticity of hematopoietic cells
Polgárová, Kamila ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Otáhal, Pavel (oponent) ; Šálek, Cyril (oponent)
Hematopoéza byla mnoho let považována za nezvratný přímočarý proces, který postupným omezováním liniové plasticity vedl k vzniku zralých krevních elementů. V posledních letech se však objevily práce, které poukazují na nečekaně široký potenciál hematopoetických buněk, kdy i z lymfoidních prekurzorů můžou vzniknout zralé myeloidní buňky a naopak. Za fyziologických okolností je krvetvorba striktně regulována a definitivní osud buněk je ovlivněn mnoha faktory, které vedou ke změnám regulačních sítí zahrnujících transkripční faktory, epigenetické či post-transkripční modulátory. Jakékoli narušení této přísné kontroly, způsobené mutacemi nebo jinými událostmi, ovlivňuje proliferaci a liniovou plasticitu hematopoetických prekurzorů. To může vést ke klonálnímu růstu rozličné signifikance či k leukemogenezi. Změny v jednotlivých dráhách pak mohou ovlivnit i citlivost hematologických malignit na léčbu. Pro lepší pochopení hematopoetické regulace jsme se rozhodli popsat změny genové exprese v průběhu fyziologického vývoje zdravých lymfoidních a myeloidních buněk, jakož i u buněk leukemických a to pomocí vlastní zjednodušené platformy založené na PCR v reálném čase. V sortovaných hematopoetických progenitorech a jejich maligních protějšcích jsme vyšetřili expresi 95 genů spojených s diferenciací vybraných...
|
|
|
Liniová plasticita fyziologických a maligních lymfocytárních prekursorů
Rezková Řezníčková, Leona ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Otáhal, Pavel (oponent)
Klasické schéma vývoje hematopoetických buněk předpokládá časné oddělení lymfoidního a myeloidního prekurzoru. V poslední době jsou navrhovány složitější modely, které předpokládají větší flexibilitu hematopoezy a navrhují existenci progenitorů s lymfoidním i myeloidním potenciálem. Akutní hybridní leukémie jsou malignity, které podle různých kritérií nelze jednoznačně zařadit k lymfoidní nebo k myeloidní linii a jejichž chování spíše dává za pravdu novým modelům hematopoezy. Předkládaná práce se zabývala především výzkumem dětských leukémií s přesmykem z lymfoidní do myeloidní linie během indukční léčby. Jedná se o rozsáhlý projekt, v jehož rámci si diplomová práce si kladla za úkol určit liniové zařazení leukemických blastů pomocí detekce přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory (TCR). Potvrdili jsme, že myeloidní buňky derivované v průběhu léčby pochází u všech pacientů z původního lymfoidního klonu. Dále jsme u těchto případů zkoumali expresi vytipovaných genů ve srovnání s běžnými druhy leukémií. Třetí částí práce byl výzkum prognostického významu přítomnosti přestaveb TCR (a tedy příslušnosti k lymfoidní linii) u leukémií z T-lymfoidní řady.
|
|
|
Imunoterapie nádorů vyvolaných viry HPV16 a SV40
Otáhal, Pavel ; Němečková, Šárka (vedoucí práce) ; Tučková, Ludmila (oponent) ; Bubeník, Jan (oponent)
Aplikace poznatků imunologie na prevenci, léčbu a diagnostiku nádorovývch onemocnění je výsledkem řady fundamentálních objevů učiněných před relativně nedávnou dobou. Od identifikace prvního skutečného nádorového antigenu přítomného na lidských nádorových buňkách Boonem a spolupracovníky na počátku 90. let [van der Bruggen et al., 1991] došlo k explozívnímu vývoji celého oboru. Všeobecně akceptované dogma předpokládá, že imunitní reakce navozená specificky na tyto nádorové antigeny bude schopná zničit vyvinuté nádory, bohužel dekáda klinických pokusů ukazuje, že současné vakcinační postupy jsou neúčinné pro navození dostatečně silně protinádorové imunitní odpovědi [Rosenberg, 2001]. Současné poznatky naznačují, že zásadní překážkou v indukci léčebné protinádorové imunity je rozvoj imunologické tolerance na nádorové buňky [Staveley-O'Carroll et al., 1998; Sotomayor et al., 2001]. Studium nádorové imunologie má v současnosti význam nejen pro klinickou terapii nádorů, ale zásadním způsobem přispívá k definování základních imunologických principů jako je například mechanismus rozlišení mezi vlastními a cizími antigeny, nebo mechanismy suprese imunitní opovědi. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Signaling pathways of leukocyte membrane receptors, their regulation and deficiencies
Fabišik, Matej ; Brdička, Tomáš (vedoucí práce) ; Dobeš, Jan (oponent) ; Otáhal, Pavel (oponent)
Buněčná signalizace má zásadní vliv na chování a funkci buněk, a proto musí být činnost signálních drah pečlivě regulována. Porucha regulace signalizace může poškodit organismus tím, že nezareaguje na nebezpečí nebo na něj zareaguje příliš silně. Proto se různé regulační mechanismy staly nezbytnou součástí signálních drah. Tyto mechanismy se uplatňují na všech úrovních, včetně ligandů, receptorů, signálních enzymů, adaptorových proteinů a dalších signálních mediátorů, jakož i transkripčních faktorů. V této práci předkládám výsledky výzkumu funkcí transmembránových a membránově asociovaných adaptorových proteinů LST1, SCIMP, PSTPIP2 a WBP1L při regulaci signalizace a homeostázy leukocytů. Transmembránový adaptorový protein LST1 je krátký protein exprimovaný v buňkách myeloidní linie. Pozorování myší LST1-/- odhalilo, že tato zvířata jsou zdravá, bez viditelného fenotypu, s výjimkou mírného snížení populací myeloidních buněk, NK a NKT buněk v normálním stavu. Nedostatek LST1 měl naopak významný ochranný účinek při akutní kolitidě vyvolané dextran-sodium-sulfátem, což naznačuje úlohu LST1 v regulaci zánětu střev. Studie PSTPIP2 a SCIMP prezentované v této práci se také zaměřují na zánět. Ukazují roli PSTPIP2 v regulaci produkce reaktivních forem kyslíku a souvisejícího zánětlivého poškození kostí a...
|
|
|
Optimalizace CAR T lymfocytů pro imunoterapii hematologických malignit
Mucha, Martin ; Otáhal, Pavel (vedoucí práce) ; Zadražil, Zdeněk (oponent)
Imunoterapie založená na T lymfocytech exprimujících chimerické antigenní receptory (CAR) se ukázala být velice úspěšnou v léčbě akutní lymfoblastické leukémie (ALL), což vedlo ke snaze vyvinout imunoterapeutické postupy založené na CAR T lymfocytech i pro další hematologické malignity. V současné době je snaha vylepšit modifikace T lymfocytů tak, aby léčba pacientů byla efektivnější. Pokaždé je pak třeba tuto modifikaci empiricky ověřit v pokusech in vitro. Rozhodli jsme se studovat efekt cytokinu IL-21 na protinádorovou funkci CD19 specifických CAR T lymfocytů pomocí in vitro testů. Do T buněk byl vnesen konstrukt, který koexprimoval IL-21 pod kontrolou inducibilního NFAT promotoru společně s CAR proti CD19. V sérii experimentů byly porovnávány vlastnosti těchto buněk po kokultivaci s nádorovými B buněčnými liniemi a buňkami CLL získané od pacientů. Z výsledků vyplývá, že CAR T buňky, které exprimují IL-21, lépe proliferují a lépe se aktivují, a to i po opakované stimulaci leukemickými buňkami. Kromě CARů specifických proti molekule CD19 jsme se zabývali i CARy specifickýmiproti molekule CLL1, která je v literatuře popisována jako jeden ze slibných targetů pro léčbu AML. Připravili jsme CAR T buňky proti CLL1 produkující IL-21. Pro tento účel bylo třeba připravit plazmid, který kromě sekvence pro...
|
|
|
Příprava a charakterizace chimerických antigenních receptorů
Ptáčková, Pavlína ; Otáhal, Pavel (vedoucí práce) ; Kuželová, Kateřina (oponent) ; Havránek, Ondřej (oponent)
SOUHRN Pozadí problematiky: Adoptivní terapie pomocí T-buněk s chimerickými antigenními receptory (CAR) specifickými na CD19 představuje slibnou léčbu relabujících nebo refrakterních malignit. Celkové odpovědi dosáhlo přes 80% pacientů s B-buněčnou akutní lymfoblastickou leukémií (B-ALL) nebo ne-Hodgkinovými lymfomy (NHL). Přesto je terapie leukémii a solidních nádorů pomocí CAR-T buněk limitována řadou faktorů, jako je únik nádorových klonů způsobený ztrátou cílového antigenu, sníženou proliferací a přežitím CAR-T buněk in vivo, sníženou infiltrací CAR-T buněk do oblasti nádoru, samotným imunosupresivním prostředím nádoru, malou paletou antigenních cílů a vedlejšími účinky spojenými s léčbou CAR-T lymfocyty. Z těchto důvodů jsou testovány nové přístupy pro zvýšení bezpečnosti a účinnosti CAR-T buněk včetně modifikací k překonání imunitní suprese. Předpoklady a cíle: (i) Bispecifické CAR receptory, které exprimují dvě vazebné domény specifické pro dva různé antigeny, zabrání úniku maligních klonů. (ii) CAR receptory s inducibilní expresí cytokinu IL-21, která je pod kontrolou NFAT promotoru, zvýší aktivitu a protinádorový účinek CAR-T buněk. (iii) Začleněním sebevražedného epitopu přímo do CAR receptoru zvýší terapeutickou bezpečnost CAR-T buněk. Metody: Pro přípravu CAR receptorů byly využity molekulárně...
|
host ::
RSS.