|
|
Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
|
|
| |
|
|
Metody predikce sekundární struktury RNA
Polzerová, Nikola ; Musilová, Jana (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce pojednává o sekundární struktuře RNA a konkrétně se zaměřuje na její predikci. Popisuje nejrůznější elementy sekundární struktury a představuje některé metody predikce. V rámci bakalářské práce byly implementovány tři výpočetní metody predikce v programovacím prostředí MATLAB. Konkrétně se jedná o algoritmus Nussinové, Zukerův algoritmus a metodu Crumple. Implementované algoritmy přistupovaly k predikci buď na základě maximalizace bázových párů, nebo minimalizace volné energie. Jejich funkce byla ověřena na vytvořeném datasetu a výsledky byly srovnány se známou sekundární strukturou.
|
|
|
Signaling Pathway for Butanol Production in Solventogenic Clostridium Bacteria
Musilová, Jana ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The diploma thesis is dedicated to studying signaling pathway for butanol production in Clostridium bacteria. The first part addresses the signaling pathways modeling by means of systems biology. The thesis follows the description of the data acquisition for signaling pathways modeling and modifying with the main focus on techniques for the detection of gene expression, products and phenotype. The third section is to obtain a basic model of a signaling pathway involved in butanol production in solventogenic clostridia. The final point and main goal is to create a dynamic model of butanol production signaling pathway in the Clostridium beijerinckii NRRL B-598 strain, its evaluation by static and dynamic analysis and comparison with biological data.
|
|
|
Interakce léčiv užívaných při léčbě schizofrenie a jejich doprovodných příznaků
Musilová, Jana ; Janoušek, Oto (oponent) ; Cicková, Pavlína (vedoucí práce)
Práce se zabývá studiem interakcí antipsychotických léčiv a jejich doprovodných účinků. Stručně popisuje vědní obor vývoj léčiv (drug discovery) a příbuzné vědní disciplíny, zejména se pak zaměřuje na problematiku analýzy biologických sítí. Součástí práce je i charakterizace nemoci schizofrenie a její léčby. Cílem práce je vytvoření skriptu v jazyce R pro automatické stahování dat z volně dostupných databází a vyhledání nejvýznamnějších interakcí vybraných medikamentů a jejich cílů na základě vizualizace a analýzy sítí pomocí nástroje Cytoscape a jeho pluginů a specifikace obdobných farmakologických vlastností nejvýznamnějších léčiv.
|
|
|
Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů
Pirkl, Petr ; Sedlář, Karel (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Práce se zabývá shrnutím základních laboratorních metod pro stanovování genové exprese, postupy předzpracování dat a nástroji používanými k odvozování genových regulačních sítí. Dále se práce zabývá samotným předzpracováním dat, tedy vytvořením matice počtů a její normalizace s využitím dat nemodelového organismu Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Hlavní částí práce je poté navržení algoritmu pro tvorbu genové regulační sítě s využitím vzájemné informace a jeho implementace v jazyku R, včetně testování na datech nemodelového organismu i zlatého standardu.
|
|
|
Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů
Helešicová, Klára ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME.
|
|
|
Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů
Helešicová, Klára ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME.
|
|
|
Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
|
|
|
Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů
Pirkl, Petr ; Sedlář, Karel (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Práce se zabývá shrnutím základních laboratorních metod pro stanovování genové exprese, postupy předzpracování dat a nástroji používanými k odvozování genových regulačních sítí. Dále se práce zabývá samotným předzpracováním dat, tedy vytvořením matice počtů a její normalizace s využitím dat nemodelového organismu Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Hlavní částí práce je poté navržení algoritmu pro tvorbu genové regulační sítě s využitím vzájemné informace a jeho implementace v jazyku R, včetně testování na datech nemodelového organismu i zlatého standardu.
|
host ::
RSS.