|
|
Termochemické vlastnosti vysokodusíkatých energetických materiálů
Bartošková, Monika ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Potáček, Milan (oponent) ; Jalový,, Zdeněk (oponent) ; Vávrová, Milada (vedoucí práce)
Tématem práce je teoretické studium slučovacích entalpií vysokodusíkatých energetických materiálů metodou isodesmických reakcí. Klasický přístup k isodesmickým reakcím je modifikován v tom smyslu, že molekuly na obou stranách příslušné rovnice mají nejen stejný počet atomů, ale i přibližně stejnou velikost a skeletální podobnost. Tento přístup je označen jako metoda -„alternativní isodesmické reakce (AIR metoda)“. Na její bázi, s použitím DFT metod B3LYP/cc-pVTZ a B3PW91/cc-pVTZ jsou pro vybrané vysokodusíkaté heterocykly ze skupin triazolů, triazinů, tetrazinů získané hodnoty slučovacích entalpií v plynné fázi f H°(298,g), blízké publikovaným hodnotám. I jejich aplikace ve výpočtu příslušných detonačních charakteristik dala reálné hodnoty.
|
|
|
Development of new methodology for accurate determination of molecular geometry
Socha, Ondřej ; Dračínský, Martin (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
Práce využívá kombinaci přístupů jaderné magnetické rezonance (NMR) a výpočet- ních metod ke zkoumání chemických jevů, které ovlivňují strukturu molekul v pevném, kapalném a plynném stavu. V pevné fázi se výzkum zaměřuje na kvadrupólové kaplingy chlóru a jejich využití při strukturní analýze, přičemž se opírá o metody NMR v kom- binaci s teorií funkcionálu hustoty (DFT) pro interpretaci dat. V kapalné fázi je analy- zována tautomerní přeměna isocytosinu, kde NMR nachází uplatnění při analýze složitých chemických výměn. Studie v plynné fázi zkoumá dimerizaci kyseliny octové, objasňuje dříve publikované nesrovnalosti a zhodnocuje výpočetní přístupy z hlediska predikce molekulárních struktur a vlastností molekul. Kombinace NMR a výpočetních technik byla klíčová pro vyřešení stávajících rozporů a pro hlubší pochopení chemických systémů. Výsledky vyzdvihují význam pečlivé interpretace dat a zdůrazňují silné stránky, ale i omezení kombinovaných technik. 1
|
|
|
Structural Interpretation of NMR Spectroscopic Parameters in Nucleic Acids
Fukal, Jiří ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Munzarová, Markéta (oponent)
Název: Strukturní interpretace NMR spektroskopických parametrů v nukleových kyselinách Autor: Mgr. Jiří Fukal Vedoucí: Dr. Vladimír Sychrovský Instituce: Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta a Akademie věd České republiky, Ústav organické chemie a biochemie Abstrakt: Nukleární magnetická rezonance (NMR) je spektroskopická technika široce používaná v mnoha oblastech moderního výzkumu. NMR spektroskopie je nepostradatelná při určování chemické a 3D struktury molekul. Zejména 1 H a 13 C NMR měření se staly základním nástrojem pro charakterizaci peptidů, proteinů a nukleových kyselin. 15 N a 17 O NMR experimenty většinou vyžadují zavedení těchto atomů/izotopů na příslušná místa v molekulách z důvodu jejich nízkého přirozeného zastoupení a tedy i nižší citlivosti měření. Měření 31 P NMR spekter se tedy nabízí jako velmi vhodná vzhledem ke 100 % přirozeného zastoupení tohoto izotopu. 31 P NMR studie nukleových kyselin se přirozeně zaměřují na fosfátovou skupinu páteře. Příslušné spektrální parametry zahrnují zejména δ31P NMR chemický posun a J spin-spin konstantu související s chemickou vazbou zahrnující atom fosforu (např. 3 JP,H3'). Pro teoretické výpočty 31 P NMR parametrů je nutné použít adekvátní kvantově mechanickou metodu (QM metodu) a zahrnout efekty v důsledku molekulové dynamiky (MD)....
|
|
|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
|
|
|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
|
|
|
Termochemické vlastnosti vysokodusíkatých energetických materiálů
Bartošková, Monika ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Potáček, Milan (oponent) ; Jalový,, Zdeněk (oponent) ; Vávrová, Milada (vedoucí práce)
Tématem práce je teoretické studium slučovacích entalpií vysokodusíkatých energetických materiálů metodou isodesmických reakcí. Klasický přístup k isodesmickým reakcím je modifikován v tom smyslu, že molekuly na obou stranách příslušné rovnice mají nejen stejný počet atomů, ale i přibližně stejnou velikost a skeletální podobnost. Tento přístup je označen jako metoda -„alternativní isodesmické reakce (AIR metoda)“. Na její bázi, s použitím DFT metod B3LYP/cc-pVTZ a B3PW91/cc-pVTZ jsou pro vybrané vysokodusíkaté heterocykly ze skupin triazolů, triazinů, tetrazinů získané hodnoty slučovacích entalpií v plynné fázi f H°(298,g), blízké publikovaným hodnotám. I jejich aplikace ve výpočtu příslušných detonačních charakteristik dala reálné hodnoty.
|
host ::
RSS.