|
|
On-line monitorování expirace podpisů DNSSEC
Mrázek, Jakub ; Polčák, Libor (oponent) ; Matoušek, Petr (vedoucí práce)
V bakalářské práci je popsáno vytvoření programu, který kontroluje podpisy záznamů DNS (Domain Name System) a upozorňuje na jejich neplatnost nebo blížící se vypršení platnosti aby bylo možné včas zabránit vypršení platnosti. V práci je popsána technologie DNSSEC (Domain Name System Security), nové záznamy DNS pro DNSSEC a detaily podepisování záznamů DNS. Dále je zde popsán návrh programu, možnosti nastavení programu, způsoby čtení dat a způsoby výstupu upozornění. Práce vzniká z důvodu potřeby rychlé kontroly podpisů a upozornění na blížící se konec platnosti podpisů, protože žádný podobný program neexistuje.
|
|
|
Modelování link-state směrovacího protokolu OSPFv3
Mrázek, Jakub ; Grégr, Matěj (oponent) ; Veselý, Vladimír (vedoucí práce)
OMNeT++ je diskrétní modulární simulátor, často využívaný pro simulaci počítačových sítí. Univerzální simulátor lze doplnit různými rozšiřujícími balíky např. INET Framework, který slouží pro simulaci zařízení a protokolů síťového zásobníku TCP/IP. V této práci, zkoumáme možnosti balíku INET v oblasti směrování, tedy dynamické směrovací protokoly. Konkrétně se práce zaměřuje na protokol OSPF pro IPv6 sítě (OSPFv3). Protokol je v této práci představen a jsou zde vysvětleny principy jeho fungování. V práci je navrhnut modul OSPFv3 pro simulování protokolu a je z části implementován.
|
|
|
Změny střevního mikrobiomu u pacietů s idiotypickými střevními záněty léčenými pomocí anti-TNF-α
Damašková, Dagmar ; Mrázek, Jakub (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
česky Crohnova choroba spadá společně s ulcerózní kolitidou do skupiny idiopatických střevních zánětů označovaných jako IBD (inflammatory bowel disease). Vyskytuje se především ve vyspělých zemích, kde pacientů s touto nemocí neustále přibývá. IBD je imunologicky podmíněné multifaktoriální onemocnění, jehož mechanismus vzniku stále není znám. Zavedeným léčebným postupem je léčba zánětu pomocí kortikosteriodů a imunosupresiv. Kromě střevního zánětu, který je primárním cílem léčby, je u pacientů prokázaná i střevní dysbióza. Právě mikrobiota může být jedním z možných terapeutických cílů a léčebným postupem adjuvantní nebo biologická terapie. Adjuvantní terapie přímo cílí střevní mikrobiotu za pomoci probiotik, kdežto cílem biologické léčby je TNF-α, prozánětlivý cytokin, produkovaný ve velké míře makrofágy. Cílem této diplomové práce je zhodnotit změny střevní mikrobioty u IBD pacientů ve vztahu k adjuvantní a biologickou terapii. Pro analýzu bakteriální diverzity byly vyzkoušeny tři možné metody izolace DNA. Rapid beat beating + column (RBB+C) byla vybraná pro analýzu vzorků pacientů, protože vykazovala jak největší výtěžek DNA, tak nejvyšší čistotu DNA. Nejprve byla diverzita zkoumána kvalitativně pomocí degradační gradientové gelové elektroforézy (DGGE) s následnou sekvenací zajímavých bandů. Dále...
|
|
|
Ekologické aspekty ovlivňující mikrobiotu trávicího traktu ptáků
Schmiedová, Lucie ; Kreisinger, Jakub (vedoucí práce) ; Mrázek, Jakub (oponent) ; Gvoždíková Javůrková, Veronika (oponent)
Střeva obratlovců jsou obydlena taxonomicky i funkčně různorodým společenstvem bakterií a jiných mikroorganismů. Pokroky v sekvenačních technologiích odhalily vliv střevní ikrobioty (dále jen SM) na fyziologii, imunitu i chování hostitele. Naše současné vědomosti jsou však založené zejména na studiu modelových organismů, jejichž SM se od volně žijících obratlovců významně liší. Předložená práce je proto zaměřena na studium SM pomocí sekvenování druhé generace u volně žijích pěvců a srovnává jejich SM ostatními obratlovci, zejména s nejvíce studovanými savci. Na vnitrodruhové i mezidruhové úrovni se předložená práce věnuje faktorům, které složení SM ovlivňují, mezi něž patří například vnitřní regulační mechanismy hostitele (například genotyp, imunitní systém či fyziologie hostitele), sociální kontakty či environmentální faktory (včetně potravy). Dále se tato práce zabývá stabilitou SM v čase a změnami SM během Z výsledků této práce vyplývá, že u pěvců jsou v SM dominantní bakteriální kmeny Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Tenericutes, Bacteroidetes a Chlamydia, což naznačuje složení SM odlišné od SM savců. Mezidruhová variabilita ve složení SM pěvců je ovlivněna zejména fylogenezí hostitele, efekt geografické vzdálenosti mezi lokalitami sběru vzorků je méně výrazný. Zatímco u savců jsou ekologické...
|
|
|
Změny mikrobiálního osídlení trávicího traktu u pacientů po alogenní transplantaci hematopoetických buněk
Michková, Petra ; Mrázek, Jakub (vedoucí práce) ; Kodešová, Tereza (oponent)
Fyziologická mikroflóra se vyznačuje širokou diverzitou. Mikrobiální komunita se skládá převážně z bakterií, ale zahrnuje také houby, archaea a viry. V tlustém střevě dominují z 90 % především anaerobní komenzální bakterie . Složení a produkty střevní mikrobioty mají významný vliv na imunitní systém jedince, jejich vzájemné interakce mohou ve výsledku podpořit imunitní toleranci nebo zánětlivou imunitní odpověď. Transplantace krvetvorných buněk (HSCT) a s ní související standardní postupy, kterými jsou kondicionování, expozice antibiotikům a dietní profylaxe, představují modifikaci a disrupci střevní mikrobioty, která rozvoji některých závažných posttransplantačních komplikací dopadem na OS (overall survival) a TRM (treatment related mortality) pacientů. Cílem této práce bylo zjistit zastoupení jednotlivých bakteriálních kmenů u pacientů, kteří podstupují alogenní HSCT a dále vliv transplantace na složení a rozmanitost jejich střevní mikrobioty. Vzorky stolice byly získány od 52 pacientů, kteří podstoupili v ických buněk. Termín pro odebrání prvního vzorku byl stanoven na začátek hospitalizace zpravidla v období před zahájením přípravného režimu, druhý vzorek byl odebrán v hospitalizace. Pro analýzu mikrobioty byla použita molekulárně genetická metoda PCR 16S taxonů metodou NGS (sekvenování nové generace)....
|
|
| |
|
|
Kvantifikace bakteriofága 936 v mléčných produktech metodou kvantitativní polymerázové řetězové reakce
Olša Fliegerová, Kateřina ; Mrázek, Jakub ; Štrosová, Lenka ; Němečková, I. ; Kopečný, Jan
Virulentní bakteriofágy stále představují vážnou hrozbu pro průmyslové fermentace mléka, a to i při časté dezinfekci a sterilizaci všech zařízení v mlékárenských provozech. Proto je spolehlivá metoda monitorování přítomnosti bakteriofágů, ale zejména jejich kvantifikace, nutnou součástí boje proti virové infekci. Tato práce popisuje kvantifikaci laktokokového bakteriofága 936 pomocí polymerázové řetězové reakce (qPCR) a aplikaci tohoto postupu na vzorky provozních zákysů a syrovátek. Metoda je založena na amplifikaci a fluorescenční detekci nárůstu počtu kopií úseku genu pro hlavní strukturální protein fága 936 a je tudíž nezávislá na kultivaci bakteriofága. Metoda qPCR je rychlá, citlivá, umožňuje kvantifikaci bakteriofága 936 v malých objemech průmyslových vzorků a v kterékoliv fázi fermentačního procesu.\n
|
|
|
Study of culturable anaerobic bacterial communities living in symbiosis with bark beetles; its isolation, taxonomy and biotechnical potential.
Fabryová, Anna ; Garcia-Fraile, Paula (vedoucí práce) ; Mrázek, Jakub (oponent)
Mikrobiální enzymy, které se uplatňují při rozkladu rostlinné hmoty, mohou mít také další využití, například jako biokatalyzáory rozkladu biomasy či pro výrobu biopaliv. Bylo prokázáno, že kůrovci žijí v symbióze s několika mikrobiálními kmeny, které jim poskytují řadu výhod. Za produkce hydrolytických enzymů rozkládají natrávené dřevo, poskytují kůrovcům ochranu před jejich škůdci či detoxifikují prostředí, v němž kůrovci žijí. Ačkoliv byla doposud nejlépe prostudována symbióza s houbami, v poslední době se ukazuje, že i bakterie mohou být pro kůrovce důležité. V této práci bylo předmětem zkoumání bakteriální společenství, které bylo izolováno ze dvou druhů - z kůrovce Cryphalus piceae, izolovaného z borovice, a kůrovce Pityophthorus pityographus, izolovaného z jedle, oba z lokalit nacházejících se v České republice. Z celkového množství 89 izolátů se jich na základě amplifikace a sekvenování genu pro 16S rRNA podařilo identifikovat 55. Tyto bakterie spadají do rodů Erwinia, Pantoea, Curtobacterium, Yersinia, Pseudomonas a Staphylococcus. Izoláty byly zkoumány pro svůj možný biotechnologický potenciál rozkladu (ligno)celulózových materiálů. Byl proveden screening několika enzymů důležitých pro rozklad rostlinných pletiv - celuláz, xylanáz, amyláz, lakáz - a byl zkoumán potenciál rozkládat...
|
|
|
Změny střevního mikrobiomu u pacietů s idiotypickými střevními záněty léčenými pomocí anti-TNF-α
Damašková, Dagmar ; Mrázek, Jakub (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
česky Crohnova choroba spadá společně s ulcerózní kolitidou do skupiny idiopatických střevních zánětů označovaných jako IBD (inflammatory bowel disease). Vyskytuje se především ve vyspělých zemích, kde pacientů s touto nemocí neustále přibývá. IBD je imunologicky podmíněné multifaktoriální onemocnění, jehož mechanismus vzniku stále není znám. Zavedeným léčebným postupem je léčba zánětu pomocí kortikosteriodů a imunosupresiv. Kromě střevního zánětu, který je primárním cílem léčby, je u pacientů prokázaná i střevní dysbióza. Právě mikrobiota může být jedním z možných terapeutických cílů a léčebným postupem adjuvantní nebo biologická terapie. Adjuvantní terapie přímo cílí střevní mikrobiotu za pomoci probiotik, kdežto cílem biologické léčby je TNF-α, prozánětlivý cytokin, produkovaný ve velké míře makrofágy. Cílem této diplomové práce je zhodnotit změny střevní mikrobioty u IBD pacientů ve vztahu k adjuvantní a biologickou terapii. Pro analýzu bakteriální diverzity byly vyzkoušeny tři možné metody izolace DNA. Rapid beat beating + column (RBB+C) byla vybraná pro analýzu vzorků pacientů, protože vykazovala jak největší výtěžek DNA, tak nejvyšší čistotu DNA. Nejprve byla diverzita zkoumána kvalitativně pomocí degradační gradientové gelové elektroforézy (DGGE) s následnou sekvenací zajímavých bandů. Dále...
|
|
|
On-line monitorování expirace podpisů DNSSEC
Mrázek, Jakub ; Polčák, Libor (oponent) ; Matoušek, Petr (vedoucí práce)
V bakalářské práci je popsáno vytvoření programu, který kontroluje podpisy záznamů DNS (Domain Name System) a upozorňuje na jejich neplatnost nebo blížící se vypršení platnosti aby bylo možné včas zabránit vypršení platnosti. V práci je popsána technologie DNSSEC (Domain Name System Security), nové záznamy DNS pro DNSSEC a detaily podepisování záznamů DNS. Dále je zde popsán návrh programu, možnosti nastavení programu, způsoby čtení dat a způsoby výstupu upozornění. Práce vzniká z důvodu potřeby rychlé kontroly podpisů a upozornění na blížící se konec platnosti podpisů, protože žádný podobný program neexistuje.
|
host ::
RSS.