|
|
Analýza technologií pro distribuci výpočtu při lámání hesel
Mráz, Patrik ; Veselý, Vladimír (oponent) ; Hranický, Radek (vedoucí práce)
Cieľom tejto práce je analýza technológií pre distribúciu výpočtu pri lámaní hesiel. Distribúcia je nevyhnutná s ohľadom na celkovú dobu lámania, ktorá môže byť v niektorých prípadoch aj desiatky rokov. V úvodnej časti je priblížená problematika obecného lámania hesiel vrátane typov útokov a najpopulárnejších nástrojov. Následne sa venujeme paralelizácií na GPU a tiež nutnosti distribúcie výpočtu na viacero počítačov. Venujeme sa rôznym technológiam ako VirtualCL, BOINC, MPI a analyzujeme ich využiteľnosť v prípade lámania hesiel. Skúmame ich z hľadiska výkonnosti, efektivity, škálovateľnosti a prispôsobivosti pri vopred definovaných podmienkach. Súčasťou práce je tiež návrh a implementácia distribúcie lámania pomocou technológie MPI s nástrojom hashcat, ktorý sa prehlasuje za najrýchlejší lámač hesiel.
|
|
|
Nástoj pro abstraktní regulární stromový model checking
Mráz, Patrik ; Rogalewicz, Adam (oponent) ; Hruška, Martin (vedoucí práce)
Formálna verifikácia sa zaoberá dokazovaním korektnosti systému podľa daných špecifikácií.Jej potrebu znásobuje stále väčšia rozšírenosť počítačov a neustály rast zložitosti aj rozsiahlosti vyvíjaných systémov. Cieľom tejto práce je implementácia nástroja formálnejverifikácie abstraktný regulárny stromový model checking (ARTMC) nad knižnicou VATA. Pre dosiahnutie tohto cieľa bolo potrebné rozšíriť knižnicu VATA o konečné stromové prevodníky,abstrakcie stromových automatov a integrovať ich spolu s nástrojom ARTMC doknižnice VATA.
|
|
|
Reproductive isolation between diploid and tetraploid cytotype of Vicia cracca and possibilities of evolution of this aggregate
Vlčková, Zuzana ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Mráz, Patrik (oponent)
Diplomová práca sa zaoberá reprodukčnými bariérami v diploidno-polyploidnom komplexe Vicia cracca. Komplex so základným chromozómovým číslom x=7 zahŕňa diploidy (2x=14), tetraploidy (4x=28) a vzácne triploidy (3x=21). Skúmala som prereprodukčné bariéry medzidiploidmi a tetraploidmi: fenológiu, správanie opeľovačov (preferencia druhov voči jednotlivým ploidiám, poradie navštevovaných ploidií), premenné, ktoré by správanie opeľovačov mohli vysvetliť (množstvo nektáru ako hlavnej odmeny a veľkosť a počet peľových zŕn ako potenciálnej odmeny). V zmiešaných populáciach som analyzovala ploidiu semien a semenáčikov, aby sa zistilo aký silný je triploidný blok. Ako najsilnejšia reprodukčná bariéra sa ukázala priestorová izolácia. Veľmi význámne prispieva aj správanie opeľovačov, fenológia kvitnutia iba minimálne. Koeficient vyjadrujúci mieru všetkých prereprodukčných bariér, je 0,956. Na jednej lokalite Bombus pascuorum preferoval tetraploidy a Andrena sp. diploidy, iné testy neukázali preferenciu opeľovačov voči tetraploidom aj napriek tomu, že tetraploidy produkujú viac nektáru. Metódou in situ hybridizácie som pripravila jeden roztlak diploidnej V. cracca. Metóda vyžaduje ďalšiu optimalizáciu pre študovaný taxón.
|
|
|
Vznik, přenos a ekologický význam apomixie v rodě Hieracium s.str.: role genetických a epigenetických mechanismů.
Pinc, Jan ; Mráz, Patrik (vedoucí práce) ; Hojsgaard, Diego (oponent) ; Mandák, Bohumil (oponent)
Apomixie (nepohlavní rozmnožování pomocí semen) má velký potenciál v zemědělství a šlechtění zemědělských plodin, zejména díky schopnosti produkovat geneticky identické potomky ve formě semen. I přes početné pokusy, procesy stojící za vznikem apomixie jsou stále neznámé. Apomiktické druhy jsou navíc často rozšířenější než jejich sexuálně se množící příbuzní, a to i přes to, že apomiktické druhy jsou často považovány za slepou evoluční větev. Tento fenomén je v literatuře označován jako geografická partenogeneze (GP), a i přes desítky let výzkumu, nejsou jeho příčiny stále zcela známé. Kromě toho, několik studií z posledních let poukázalo na to, že klonální rostliny (včetně apomiktů) disponující omezenou genetickou variabilitou mohou reagovat na měnící se prostředí pomocí změn genové exprese způsobených epigenetickými modifikacemi. Předpokládá se, že hybridizace a polyploidizace hrají klíčovou roli při vzniku apomixie. Z tohoto důvodu tato práce testuje původ vybraných polyploidních apomiktů a zda mezidruhová hybridizace mezi vybranými diploidními, sexuálně se rozmnožujícími taxony spouští polyploidizaci. K tomuto experimentu byly vybrány druhy z převážně polyploidního a apomiktického rodu Hieracium s. str.. Výsledky prvního experimentu překvapivě ukazují hybridní původ téměř všech studovaných...
|
|
|
Analýza technologií pro distribuci výpočtu při lámání hesel
Mráz, Patrik ; Veselý, Vladimír (oponent) ; Hranický, Radek (vedoucí práce)
Cieľom tejto práce je analýza technológií pre distribúciu výpočtu pri lámaní hesiel. Distribúcia je nevyhnutná s ohľadom na celkovú dobu lámania, ktorá môže byť v niektorých prípadoch aj desiatky rokov. V úvodnej časti je priblížená problematika obecného lámania hesiel vrátane typov útokov a najpopulárnejších nástrojov. Následne sa venujeme paralelizácií na GPU a tiež nutnosti distribúcie výpočtu na viacero počítačov. Venujeme sa rôznym technológiam ako VirtualCL, BOINC, MPI a analyzujeme ich využiteľnosť v prípade lámania hesiel. Skúmame ich z hľadiska výkonnosti, efektivity, škálovateľnosti a prispôsobivosti pri vopred definovaných podmienkach. Súčasťou práce je tiež návrh a implementácia distribúcie lámania pomocou technológie MPI s nástrojom hashcat, ktorý sa prehlasuje za najrýchlejší lámač hesiel.
|
|
|
Geographical parthenogenesis: evolutionary and ecological significance of apomictic reproduction in vascular plants
Hartmann, Matthias ; Mráz, Patrik (vedoucí práce) ; Dobeš, Christoph (oponent) ; Krahulec, František (oponent)
It has been suggested that polyploidization affects the ecological niche of a species, possibly ultimately leading to a shift in the distribution of the species, such as in geographical parthenogenesis. The phenomenon describes the wider distribution and shift of asexuals towards higher altitudes, northern latitudes and more extreme habitats when compared with their closely related sexual relatives. Several hypotheses have been proposed to explain such patterns with lacking empirical evidence because investigations rather focused on single hypotheses, which were rather tested several times independently on multiple organisms than vice versa. Therefore, the present study aimed to tackle the phenomenon of geographical parthenogenesis from multiple angles, i.e. testing several hypotheses simultaneously using Hieracium alpinum as a model system. In the arcto-alpine Asteraceae H. alpinum sexually reproducing diploid individuals occur in a small isolated area in the Eastern and Southern Carpathians, while apomictically reproducing, i.e. asexual reproduction via seeds, triploid plants occupy the remaining and much larger part of the range from the Balkans to the arctic parts of Europe. This implies that asexual triploids have had some fitness / colonization advantage(s), leading to a replacement of sexual diploids...
|
|
|
Způsob rozmnožování a reprodukční zabezpečení diploidních a polyploidních jestřábníků (Hieracium s. str.)
Zdvořák, Pavel ; Mráz, Patrik (vedoucí práce) ; Krahulcová, Anna (oponent)
Způsob reprodukce může výraznou mírou ovlivnit demografii a evoluční úspěch druhu. V případě autonomní nepohlavní tvorby semen jsou apomiktické taxony plně nezávislé od opylovačů a kompatibilních partnerů. U sexuálních taxonů se striktní autoinkompatibilitou je tomu naopak, tzn. potřebují opylovače a kompatibilní partnery pro vznik potomstva. Proto v okrajových populacích a za extrémnějších podmínek s nižší aktivitou opylovačů budou mít apomiktické taxony vyšší úroveň reprodukčního zabezpečení než sexuální taxony. Tato hypotéza byla jen málokdy testována u přírodních populací apomiktických a sexuálních taxonů cévnatých rostlin. V diplomové práci zkoumáme způsob rozmnožování a reprodukční zabezpečení u 52 taxonů rodu Hieracium s. str. (čeleď Asteraceae) v Evropě. Z nich bylo 12 diploidních sexuálně se rozmnožujících taxonů a 42 polyploidních apomikticky se rozmnožujících taxonů. Z těchto taxonů jsme sbírali semena z plně vyvinutých úborů a stanovili jsme potenciální (celkový počet semen v úboru) a realizovaný (procento dobře vyvinutých semen na úbor) seed set. Ploidii potomstva (embrya a semenáčku) a způsob vzniku semen jsme zkoumali za pomoci průtokové cytometrie. Z výsledků vyplývá, že rostliny z diploidních druhů produkovaly semena pouze sexuální cestou. Rostliny triploidních a tetraploidních...
|
|
|
Nástoj pro abstraktní regulární stromový model checking
Mráz, Patrik ; Rogalewicz, Adam (oponent) ; Hruška, Martin (vedoucí práce)
Formálna verifikácia sa zaoberá dokazovaním korektnosti systému podľa daných špecifikácií.Jej potrebu znásobuje stále väčšia rozšírenosť počítačov a neustály rast zložitosti aj rozsiahlosti vyvíjaných systémov. Cieľom tejto práce je implementácia nástroja formálnejverifikácie abstraktný regulárny stromový model checking (ARTMC) nad knižnicou VATA. Pre dosiahnutie tohto cieľa bolo potrebné rozšíriť knižnicu VATA o konečné stromové prevodníky,abstrakcie stromových automatov a integrovať ich spolu s nástrojom ARTMC doknižnice VATA.
|
|
|
Transgenerační účinek výživy na potomstvo apomiktických rostlin
Vlk, Lukáš ; Mráz, Patrik (vedoucí práce) ; Skálová, Hana (oponent)
Environmentální podmínky mohou ovlivňovat epigenetickou variabilitu klonálních organismů. Tyto prostředím indukované změny se mohou potenciálně přenášet do dalších generací. Tato transgenerační paměť by teoreticky mohla umožnit klonálním (a zvláště apomiktickým) rostlinám částečně kompenzovat redukovanou genetickou variabilitu a mohla by tak přispívat k zvyšování adaptační schopnosti apomiktických populací. Podle modelu Millerovy rohatky asexuální organismy postupně hromadí nevýhodné mutace, což nakonec může vést až k jejich zániku. Případný transgenerační přenos by mohl tento jev částečně kompenzovat. Mohl by zároveň přispět k vysvětlení dlouhodobého přežívání asexuálních organismů v prostředí. Tato práce se zaměřuje na studium transgenerační paměti triploidních apomiktických populací druhu Hieracium alpinum se zcela absentující sexualitou, a tedy geneticky uniformním potomstvem. Transgenerační paměť u Hieracium alpinum jsme studovali na klonálních liniích, pocházejících z pěti populací (Norsko, Rakousko, Bosna a Hercegovina a Slovensko). Několik vegetativních a generativních znaků bylo měřeno v kultivačním experimentu I ve 3 ošetřeních (kontrola, kyselina salicylová a přidané živiny). Rostliny signifikantně reagovaly na ošetření přidanými živinami, ale ne kyselinou salicylovou (proto byla dále...
|
|
|
Má ekologický gradient vliv na introgresi a jeji evoluční důsledky v rodu Arabidopsis?
Hojka, Jakub ; Marhold, Karol (vedoucí práce) ; Mráz, Patrik (oponent)
Hybridizace, introgrese a polyploidizace, zejména ve vzájemných kombinacích, patří k nejdůležitějším speciačním procesům u vyšších rostlin. I když jsou základní rysy těchto procesů dobře známy, jejich konkrétní projevy se u jednotlivých skupin rostlin (nebo dokonce v konkrétních jednotlivých případech) do značné míry liší a jejich detailní studium přináší zajímavé výsledky. U rodu Arabidopsis je známo několik případů, kdy se speciace ubírala komplikovanou cestou hybridizace a polyploidizace (např. A. kamchatica, A. suecica) ale jsou známy i příklady, kde usuzujeme na introgresivní hybridizaci (např. mezi A. arenosa a A. petraea). Cílem bakalářské práce je zhodnotit známé případy homo- a heteroploidní introgresivní hybridizace a hybridní speciace u rodu Arabidopsis v kontextu podobných případů z čeledi Brassicaceae, případně i jiných čeledí vyšších rostlin. Dalším cílem je navrhnout postup detailního studia introgresní zóny druhů A. arenosa a A. petraea (= A. lyrata subsp. petraea) ve střední Evropě s využitím morfologických, cytometrických a molekulárních metod, včetně zhodnocení ekologických parametrů studovaných lokalit. Soubor morfologických znaků bude otestován na dostupném materiálu z okruhu A. arenosa, který je v současnosti experimentálně kultivován v prostorách CEITEC v Brně v rámci končícího...
|
host ::
RSS.