|
| |
|
|
Speciation genomics in nightingales
Mořkovský, Libor ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Piálek, Lubomír (oponent)
Shrnutí Speciacejeobvyklepomalýproces,kdesečasměřívtisícíchažmilionechlet.Todělávýzkum speciaceobtížným,protože"celou"speciacinelzeanipozorovat,anisníexperimentálněma- nipulovat.Nejvíceinformacíospeciacinámposkytnepodrobnápopulačnístrukturaspolečně s rekonstruovanou populační historií vybraných populací, které považujeme za vznikající nebo nedávno vzniklé druhy. Díky nedávnému vzestupu nových sekvenačních metod lze nyní zjistit genotypy mnoha jedinců ve velkém rozlišení za přijatelnou cenu. Výzkum spe- ciace tím získává nové obzory. Speciace totiž není jeden konkrétní proces, který se pokaždé odehraje podle stejného scénáře, ale spíše symfonie různých událostí, jež vedou v konečném důsledku k (trvalé) reprodukční izolaci dvou subpopulací. Proto je k pochopení celého feno- ménudůležitézkoumatpříkladyurůznýchmodelovýchsystémů.Myjsmesizvolilidvadruhy slavíků(LuscinialusciniaaL.megarhynchos),kteréseoddělilypředzhruba1,8 milionemlet, pravděpodobnědíkyposunůmzaledněníběhemstřídánídobledových.Našímhlavnímcílem bylopomocínovýchsekvenačníchmetod(1)detekovatmezidruhovéhybridy,(2)odhadnout úroveň genového toku mezi druhy, (3) najít oblasti v genomu slavíka, které podmiňují reprodukční izolaci mezi druhy a konečně (4) prozkoumat roli chromosomu Z při speciaci....
|
|
|
Speciation genomics in nightingales
Mořkovský, Libor
Shrnutí Speciacejeobvyklepomalýproces,kdesečasměřívtisícíchažmilionechlet.Todělávýzkum speciaceobtížným,protože"celou"speciacinelzeanipozorovat,anisníexperimentálněma- nipulovat.Nejvíceinformacíospeciacinámposkytnepodrobnápopulačnístrukturaspolečně s rekonstruovanou populační historií vybraných populací, které považujeme za vznikající nebo nedávno vzniklé druhy. Díky nedávnému vzestupu nových sekvenačních metod lze nyní zjistit genotypy mnoha jedinců ve velkém rozlišení za přijatelnou cenu. Výzkum spe- ciace tím získává nové obzory. Speciace totiž není jeden konkrétní proces, který se pokaždé odehraje podle stejného scénáře, ale spíše symfonie různých událostí, jež vedou v konečném důsledku k (trvalé) reprodukční izolaci dvou subpopulací. Proto je k pochopení celého feno- ménudůležitézkoumatpříkladyurůznýchmodelovýchsystémů.Myjsmesizvolilidvadruhy slavíků(LuscinialusciniaaL.megarhynchos),kteréseoddělilypředzhruba1,8 milionemlet, pravděpodobnědíkyposunůmzaledněníběhemstřídánídobledových.Našímhlavnímcílem bylopomocínovýchsekvenačníchmetod(1)detekovatmezidruhovéhybridy,(2)odhadnout úroveň genového toku mezi druhy, (3) najít oblasti v genomu slavíka, které podmiňují reprodukční izolaci mezi druhy a konečně (4) prozkoumat roli chromosomu Z při speciaci....
|
|
|
Speciation genomics in nightingales
Mořkovský, Libor ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Piálek, Lubomír (oponent)
Shrnutí Speciacejeobvyklepomalýproces,kdesečasměřívtisícíchažmilionechlet.Todělávýzkum speciaceobtížným,protože"celou"speciacinelzeanipozorovat,anisníexperimentálněma- nipulovat.Nejvíceinformacíospeciacinámposkytnepodrobnápopulačnístrukturaspolečně s rekonstruovanou populační historií vybraných populací, které považujeme za vznikající nebo nedávno vzniklé druhy. Díky nedávnému vzestupu nových sekvenačních metod lze nyní zjistit genotypy mnoha jedinců ve velkém rozlišení za přijatelnou cenu. Výzkum spe- ciace tím získává nové obzory. Speciace totiž není jeden konkrétní proces, který se pokaždé odehraje podle stejného scénáře, ale spíše symfonie různých událostí, jež vedou v konečném důsledku k (trvalé) reprodukční izolaci dvou subpopulací. Proto je k pochopení celého feno- ménudůležitézkoumatpříkladyurůznýchmodelovýchsystémů.Myjsmesizvolilidvadruhy slavíků(LuscinialusciniaaL.megarhynchos),kteréseoddělilypředzhruba1,8 milionemlet, pravděpodobnědíkyposunůmzaledněníběhemstřídánídobledových.Našímhlavnímcílem bylopomocínovýchsekvenačníchmetod(1)detekovatmezidruhovéhybridy,(2)odhadnout úroveň genového toku mezi druhy, (3) najít oblasti v genomu slavíka, které podmiňují reprodukční izolaci mezi druhy a konečně (4) prozkoumat roli chromosomu Z při speciaci....
|
|
|
Sumarizace genových expresních čipů z volně žijících druhů
Tuma, Vojtěch ; Mořkovský, Libor (vedoucí práce) ; Vomlelová, Marta (oponent)
Pro zkoumání exprese exonů a genů v organismech se používají genové expresní čipy. Genové expresní čipy jsou vytvořeny podle genomů laboratorních kmenů modelových organismů. Pro zpracování naměřených dat se používají sumariza- ční algoritmy, nejčastěji gcRMA, PLIER nebo IterPLIER. Při použití expres- ních čipů pro zkoumání volně žijících druhů jsou naměřené hodnoty ovlivněny rozdílností genomů zkoumaných a modelových organismů. Navrhujeme zlepšení výsledků vyřazením částí genomu ovlivněných známými rozdíly mezi druhy ze sumarizace. Odstranění ovlivněných částí může zlepšit sumarizaci, především na exonové úrovni. 1
|
|
|
Charakterizace genového obsahu chromosomu Z u ptáků.
Mořkovský, Libor ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Podle teoretického modelu by měly pohlavně antagonistické mutace být více nebo naopak méně zastoupeny na chromosomech X a Z ve srovnání s autosomy. Zda budou zastoupeny více či méně závisí na průměrné míře dominance těchto mutací. Protože průměrná míra dominance nově vznikajících mutací není známá, je obtížné předpovědět důsledky působení pohlavně antagonistické selekce. Abychom lépe porozuměli vlivu pohlavně antagonistické selekce na genový obsah chromosomu Z u kura domácího, podrobili jsme analýze veřejně dostupná expresní data z několika somatických tkání a z germinálních i somatických buněk vaječníku. Zjistili jsme, že na chromosomu Z jsou ve větší míře zastoupeny geny s preferenční expresí v somatických buňkách vaječníku (kumulární buňky). Geny s preferenční expresí v germinálních buňkách ani geny s preferenční expresí v somatických tkáních nevykazují odlišné rozmístění na chromosomech od rozmístění náhodného. Tyto výsledky napovídají, že na chromosomu Z se hromadí alely výhodné pro samice. Nepřítomnost signálu u germinálních buněk může být vysvětlena buď jako důsledek nižší intenzity pohlavně antagonistické selekce v těchto buňkách, nebo jako důsledek meiotické inaktivace chromosomu Z. Naše výsledky jsou v souladu se závěry podobných výzkumů u savců a naznačijí, že na utváření genového obsahu...
|
|
| |
host ::
RSS.