|
|
Mikrobiální společenstva v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy
Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce se zabývá mikrobiálními společenstvy, žijícími v půdě dlouhodobě vystavené působení těžkých kovů. Ve dvou lokalitách na Příbramsku s odlišným stupněm kontaminace byly provedeny odběry půdy. U vzorků byla změřena respirace in vitro po přídavku zdrojů uhlíku a za různé míry zátěže kadmiem, jedním z kovů, jimiž je lokalita kontaminována. Z půdy po inkubaci se zdroji uhlíku a z kontroly bez přídavku byly odebrány vzorky a z nich izolována enviromentální DNA. Ze vzorků enviromentální DNA byl amplifikován gen kódující 16S rRNA u aktinobakterií, získaný směsný amplikon byl analyzován stanovením polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu. Získané profily byly použity ke srovnání aktinobakteriálních společenstev v obou skupinách vzorků půd a v jednotlivých ošetřeních. Analýza ukázala jasné odlišení dvou různě kontaminovaných lokalit a různě výrazné posuny ve složení společenstev po přidání substrátu.
|
|
|
Structure and evolution of efflux pump in gramnegative bacteria.
Gálová, Diana ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Rezistencia mikroorganizmov na antibiotiká je významným problémom a neustále pribúda prípadov patogénnych baktérií rezistentných na bežne užívané antibiotiká. K jedným z hlavných mechanizmov rezistencie u gramnegatívnych baktérií patrí aktívny eflux, schopný udržovať intracelulárnu koncentráciu noxy pod toxickou úrovňou. Efluxné pumpy radíme do piatich rodín transportérov, fungujúcich prevažne na princípe transportu drogy voči protónu, v menšom zastúpení na hydrolýze ATP. U patogénov sú hlavnou príčinou rezistencie pumpy so širokou substrátovou špecifitou, tzv. MDR (multidrug resistance) pumpy, zastúpené hlavne RND nadrodinou. Pôvodcom efluxných púmp sú pravdepodobne producenti antibiotík a organizmy vystavené vo svojom prirodzenom prostredí toxickým látkam. K šíreniu do iných baktérií potom dochádza horizontálnym génovým transférom. Usudzuje sa, že efluxné pumpy sa vyvinuli z transportérov pôvodne zaobstarávajúcich fyziologické funkcie ako transport endogénnych substrátov.
|
|
|
Tvorba biofilmu u Streptococcus pneumoniae
Jarošová, Václava ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Biofilm je strukturované společenství buněk adherovaných k povrchu či k sobě navzájem a obklopených extracelulární matrix. Tvorba biofilmu probíhá v několika krocích od jednotlivých buněk adherovaných k povrchu až po mikrokolonie propojené kanály. Přítomnost biofilmu na zdravotnických materiálech a obtíže při léčení bakteriálních infekcí spojených s výskytem biofilmu jsou stále aktuálním problémem, kvůli zvýšené rezistenci těchto bakterií k antimikrobiálním látkám. V centru našeho zájmu je bakterie tvořící biofilm Streptococcus pneumoniae. Jedná se o podmíněně patogenní bakterii, která kolonizuje horní cesty dýchací a způsobuje řadu nemocí. Biofilmy tvořené bakterií S. pneumoniae vykazují zvýšenou rezistenci k antibiotikům, a proto jsou v posledních letech studovány alternativní antimikrobiální látky. Ke studiu biofilmu jsou používané kultivační systémy otevřené i uzavřené. K otevřeným patří "flow cell" a biofilmové reaktory, mezi uzavřené řadíme "Calgary biofilm device" a Christensenovu metodu v mikrotitračních destičkách.
|
|
|
Vztah mezi mikrobiální biodiverzitou a biodegradací organických polutantů v půdním prostředí
Adámek, Michael ; Svobodová, Kateřina (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce shrnuje poznatky o nejčastěji studovaných mikroorganismech schopných degradovat organické látky často kontaminující půdní prostředí a o vztahu biodiverzity a biodegradačního potenciálu mikroorganismů. Podle řady studií lze dosáhnout efektivní bioremediace pomocí směsných konsorcií izolovaných z kontaminovaných půd. Použití těchto kultur pro bioaugmentaci ale vyžaduje podrobnější zkoumání jejich vlivu na biodiverzitu autochtonní půdní mikroflóry. Bioaugmentace prokazatelně ovlivňuje výsledky bioremediace, zatím však nebyl nalezen ideální nosič pro vnášení inokul do půdy, který by zajistil přežití bioaugmentačního agens v kompetitivním prostředí. Samotný výběr vhodného inokula by měl být založen na předchozím zkoumání autochtonních mikrobiálních společenstev ve vzorcích půdy z cílové kontaminované oblasti. Jak dále ukazuje tato práce, přítomnost klíčových druhů se zdá být významnější pro účinnost biodegradace než celková biodiverzita půdní mikroflóry. Biodiverzita jako taková souvisí spíše s funkčností půdního ekosystému, kterou může narušit přítomnost kontaminantu, jež vede k pozitivní selekci taxonů schopných degradace znečištění. Studií zkoumajících souvislost biodiverzity a biodegradace kontaminantů je však pouze několik a pro pochopení zmíněného vztahu je zapotřebí dalšího výzkumu....
|
|
|
Terapeutické postupy při léčbě infekce Ebola virem
Tomanová, Tereza ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Ebola virus je velmi nebezpečný vzhledem k vysoké úmrtnosti a nedostupnosti vakcíny nebo léku schválených pro použití pro veřejnost. Od první epidemie v roce 1976 bylo zaznamenáno více než 31 000 nakažených lidí, z toho téměř 13 000 nákazu nepřežilo (cdc.gov). Ebola virus se obvykle drží v zemích západní Afriky, na ostatní kontinenty se v historii dostal jen ojediněle a pokaždé se jednalo pouze o jedince. Vyjímkou je kmen Reston, který pochází z Filipín a v roce 1989 se při transportu makaků z Filipín dostal do USA. Kmen Reston sice může nakazit lidi, ale zatím není známý případ člověka, který by na nákazu kmenem Reston zemřel (who.int). Tento případ byl však varovným signálem pro to, jak jednoduchý je přenos eboly na další kontinenty a pokud by se jednalo o některý ze smrtících kmenů, následky by byly fatální. Ebola představuje hrozbu, proti které je nutné vyvinout účinnou vakcínu a lék. Tato bakalářská práce se zabývá virem Ebola, jeho genomem, životním cyklem a především možností terapie infekce způsobené tímto virem. Zaměřuje se na v současnosti testované vakcíny i léky proti infekci virem Ebola.
|
|
|
Vztah mezi mikrobiální biodiverzitou a biodegradací organických polutantů v půdním prostředí
Adámek, Michael ; Svobodová, Kateřina (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce shrnuje poznatky o nejčastěji studovaných mikroorganismech schopných degradovat organické látky často kontaminující půdní prostředí a o vztahu biodiverzity a biodegradačního potenciálu mikroorganismů. Podle řady studií lze dosáhnout efektivní bioremediace pomocí směsných konsorcií izolovaných z kontaminovaných půd. Použití těchto kultur pro bioaugmentaci ale vyžaduje podrobnější zkoumání jejich vlivu na biodiverzitu autochtonní půdní mikroflóry. Bioaugmentace prokazatelně ovlivňuje výsledky bioremediace, zatím však nebyl nalezen ideální nosič pro vnášení inokul do půdy, který by zajistil přežití bioaugmentačního agens v kompetitivním prostředí. Samotný výběr vhodného inokula by měl být založen na předchozím zkoumání autochtonních mikrobiálních společenstev ve vzorcích půdy z cílové kontaminované oblasti. Jak dále ukazuje tato práce, přítomnost klíčových druhů se zdá být významnější pro účinnost biodegradace než celková biodiverzita půdní mikroflóry. Biodiverzita jako taková souvisí spíše s funkčností půdního ekosystému, kterou může narušit přítomnost kontaminantu, jež vede k pozitivní selekci taxonů schopných degradace znečištění. Studií zkoumajících souvislost biodiverzity a biodegradace kontaminantů je však pouze několik a pro pochopení zmíněného vztahu je zapotřebí dalšího výzkumu....
|
|
|
Tvorba biofilmu u Streptococcus pneumoniae
Jarošová, Václava ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Biofilm je strukturované společenství buněk adherovaných k povrchu či k sobě navzájem a obklopených extracelulární matrix. Tvorba biofilmu probíhá v několika krocích od jednotlivých buněk adherovaných k povrchu až po mikrokolonie propojené kanály. Přítomnost biofilmu na zdravotnických materiálech a obtíže při léčení bakteriálních infekcí spojených s výskytem biofilmu jsou stále aktuálním problémem, kvůli zvýšené rezistenci těchto bakterií k antimikrobiálním látkám. V centru našeho zájmu je bakterie tvořící biofilm Streptococcus pneumoniae. Jedná se o podmíněně patogenní bakterii, která kolonizuje horní cesty dýchací a způsobuje řadu nemocí. Biofilmy tvořené bakterií S. pneumoniae vykazují zvýšenou rezistenci k antibiotikům, a proto jsou v posledních letech studovány alternativní antimikrobiální látky. Ke studiu biofilmu jsou používané kultivační systémy otevřené i uzavřené. K otevřeným patří "flow cell" a biofilmové reaktory, mezi uzavřené řadíme "Calgary biofilm device" a Christensenovu metodu v mikrotitračních destičkách.
|
|
|
Role faktorů regulujících interferon při virových infekcích
Suchý, Tomáš ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Viry jsou intracelulární paraziti, kteří při interakci s buňkou vystavují své proteiny a nukleové kyseliny. Imunitní systém hostitele se díky koevoluci s viry naučil rozeznávat tyto komponenty a následně aktivovat obranné mechanismy. Tato práce shrnuje poznatky o vybraných transkripčních faktorech s funkcí interferonových regulátorů. Navození antivirového stavu je komplikovaný a striktně regulovaný proces. Primární funkcí vybraných transkripčních faktorů je propojit detekci viru a syntézu molekul s antivirovým potenciálem. Do práce jsou zahrnuty poznatky o přímé interakci virových proteinů s faktory regulujícími interferon. Tyto znalosti umožňují náhled do molekulárního boje mezi hostitelem a virem. Jak název faktorů napovídá, jejich nejpodstatnější funkcí je vliv na produkci interferonu. Shromažďování informací o koordinaci imunitního systému je prospěšné pro humánní medicínu a budoucí terapeutické účely. Klíčová slova: faktory regulující interferon; virová infekce; regulace vrozené imunity; interferon; rozeznávání patogenů
|
|
|
Fotosystém I: od baktérií k zeleným rostlinám
Palovská, Markéta ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Fotosystémy (PS) typu I jsou charakterizovány tím, že jako koncový akceptor elektronů u nich slouží Fe-S centrum. Tyto komplexy se vyskytují u zástupců 4 skupin prokaryot a všech fotosyntetizujících eukaryot. V práci jsou popsány současné znalosti o struktuře a funkci jejich proteinových podjednotek. U Heliobacteria se nachází nejjednodušší známý PS, který je homodimerní a sestává ze 2 proteinů. U zelených sirných bakterií je PS také homodimerní a sestává ze 4 proteinů včetně membránově vázaného cytochromu. U nově objeveného Candidatus Chloracidobacterium thermophilum je homodimerní PS fungující v aerobních podmínkách. Reakční centrum dobře prozkoumaného PS I u sinic je stejně jako v případě eukaryotického PS I heterodimerní. Tento PS je složen z 12 proteinů a za nízkého ozáření se seskupuje do trimerů. U zelených rostlin je tvorba trimeru zcela potlačena a PS I (alespoň 15 proteinů) je adaptován na vazbu mnoha membránových proteinů sloužících jako vnější světlosběrné antény. Určité odlišnosti ve stavbě PS I se vyskytují u skupin Rhodophyta a Glaukophyta. O evolučním původu PS I existuje mnoho hypotéz. Poslední společný předek všech PS sdílel pravděpodobně vlastnosti typů I i II. V práci je diskutován účel a způsob vzniku heterodimeru PS I. Detailní objasnění struktury PS I u prokaryotických organismů a...
|
|
|
Mechanismy rezistence Staphylococcus aureus k MLSB antibiotikům u pacientů s cystickou fibrózou
Bukáčková, Eva ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Cílem této práce je shrnout mechanismy rezistence Staphylococcus aureus k MLSB antibiotikům (makrolidům, linkosamidům a streptograminům typu B), které se uplatňují při respiračních infekcích u pacientů s cystickou fibrózou. Tento podmíněný patogen si postupně vyvinul mnoho rozličných strategií, jak těmto antimikrobním látkám blokujícím proteosyntézu vzdorovat. Mezi nejčastější mechanismy rezistence patří modifikace cílového místa působení MLSB antibiotik, modifikace struktury samotného antibiotika či jeho eflux z bakteriální buňky. Vedle těchto mechanismů determinovaných přítomností genů rezistence mohou mít podobný účinek také mutace v některých specifických genech. V plicích pacientů s cystickou fibrózou vzniká kvůli defektům jejich imunitní obrany a dlouhodobé antibiotické léčbě unikátní nika. Tu kolonizuje mimo jiné také S. aureus, který se na toto prostředí dobře adaptoval a využívá navíc jiných mechanismů rezistence, jako je hypermutace či konverze k trpasličímu fenotypu umožňujícímu intracelulární perzistenci. MLSB antibiotika jsou vedle beta-laktamů lékem volby při respiračních infekcích u pacientů s cystickou fibrózou, a proto má studium této rezistence mimořádný význam.
|
host ::
RSS.