|
|
Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
Matula, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454.
|
|
|
Studie řízení rozvoje podnikání v obchodní organizaci
Matula, Jan ; Ing. Jan Pagáč. (oponent) ; Jurová, Marie (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na sestavení návrhu pro společnost AAA COLOR s.r.o., který má za cíl zajistit rozvoj činností podnikání se zaměřením na obchod a služby ke spokojenosti zákazníků. Je zde popis možného řešení z teoretického pohledu, kde jsou poznatky zachyceny z odborné literatury na toto téma. V rámci další části práce jsou použity získané teoretické poznatky na vybraný podnik.
|
|
|
Segmentace chrupavčité tkáně ve 3D mikro CT snímcích myších embryí
Matula, Jan ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
Manuální segmentace chrupavčité tkáně v mikro CT snímcích myších embryí je velice časově náročná a značně zvyšuje čas potřebný pro výzkum vývoje obličejové části lebky savců. Jako řešení tohoto problému se jeví využití automatických segmentačních algoritmů. V této práci navržena plně automatická segmentační metoda využívající konvoluční neuronovou síť naučenou na manuálně segmentovaných obrazech. Architektura této konvoluční neuronové sítě vychází z architektury U-Net, jejíž enkóderová část je nahrazena za enkóderovou část klasifikační neuronové sítě VGG16 s váhami byly předučenými na databázi označených obrazů ImageNet. Bylo dokázáno, že navržený postup segmentace dosahuje při porovnání s obrazy manuálně segmentovanými expertem v průměru Dice koeficientu 0,8731 ± 0,0326.
|
|
|
MHC And KIR Genotyping Of Macaques In HIV Infection Research
Matula, Jan
Modern research of viral diseases relies on genomic data processing. Not only is the sequence of a virus important, genomic sequence of specific receptors in affected organisms also plays an important role. In this paper, a novel package for processing of next generation sequencing data in infectious disease written using R/Bioconductor language is proposed. Functionality of the package, including implementation of advanced SSAHA algorithm for fast database searches, in demonstrated using genotyping of genes for MHC and KIR receptors of HIV positive macaques.
|
|
|
Segmentation Of Cartilage Tissue In Micro Ct Images Of Mouse Embryos With Modified U-Net Convolutional Neural Network
Matula, Jan
Manual segmentation of cartilage tissue in micro CT images of mouse embryos is a very time-consuming process and significantly increases the time required for the research of mammal facial structure development. It is possible to solve this problem by using a fully-automatic segmentation algorithm. In this paper, a fully-automatic segmentation method is proposed using a convolutional neural network trained on manually segmented data. The architecture of the proposed convolutional network is based on the U-Net architecture with its encoding part substituted for the encoding part of the VGG16 classification convolutional neural network pre-trained on the ImageNet database of labelled images. The proposed network achieves average Dice coefficient 0.88 in comparison to manually segmented images.
|
|
|
Segmentace chrupavčité tkáně ve 3D mikro CT snímcích myších embryí
Matula, Jan ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
Manuální segmentace chrupavčité tkáně v mikro CT snímcích myších embryí je velice časově náročná a značně zvyšuje čas potřebný pro výzkum vývoje obličejové části lebky savců. Jako řešení tohoto problému se jeví využití automatických segmentačních algoritmů. V této práci navržena plně automatická segmentační metoda využívající konvoluční neuronovou síť naučenou na manuálně segmentovaných obrazech. Architektura této konvoluční neuronové sítě vychází z architektury U-Net, jejíž enkóderová část je nahrazena za enkóderovou část klasifikační neuronové sítě VGG16 s váhami byly předučenými na databázi označených obrazů ImageNet. Bylo dokázáno, že navržený postup segmentace dosahuje při porovnání s obrazy manuálně segmentovanými expertem v průměru Dice koeficientu 0,8731 ± 0,0326.
|
|
|
Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
Matula, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454.
|
|
|
Studie řízení rozvoje podnikání v obchodní organizaci
Matula, Jan ; Ing. Jan Pagáč. (oponent) ; Jurová, Marie (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na sestavení návrhu pro společnost AAA COLOR s.r.o., který má za cíl zajistit rozvoj činností podnikání se zaměřením na obchod a služby ke spokojenosti zákazníků. Je zde popis možného řešení z teoretického pohledu, kde jsou poznatky zachyceny z odborné literatury na toto téma. V rámci další části práce jsou použity získané teoretické poznatky na vybraný podnik.
|
host ::
RSS.