|
|
Fylogenetická analýza a molekulární detekce koronavirů
MARHOUNOVÁ, Lucie
Cílem této bakalářské práce bylo seznámení se s tvorbou fylogenetických stromů, které popisují vztahy mezi koronaviry, porovnání a posouzení vhodnosti používaných a navrhnutých primerů pro detekci nového typu koronaviru SARS-CoV-2. Dle fylogenetických stromů lze určit evoluční vztah zkoumaných organismů, které v průběhu evoluce podléhají změnám ve svých sekvencích tzv. mutacím. Tyto změny určují jejich vývoj. Teoretická část bakalářské práce byla zaměřena na obecné seznámení se s viry a následně koronaviry, kam se nově řadí SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 představoval a pořád představuje velkou hrozbu pro celý svět. Dále byla probraná problematika fylogenetiky a na závěr detekční metoda PCR. V praktické části byly vytvořeny fylogenetické stromy pomocí počítačového programu MEGA-X za využití metody Neighbor-Joining, které zkoumaly fylogenetické vztahy mezi koronaviry zaměřené hlavně na SARS-CoV-2. Nejbližší koronaviry tohoto nového typu koronaviru SARS-CoV-2 byly dále porovnávány pomocí speciálního softwaru BLAST, který uváděl procentuální shodu studovaných sekvencí. Během těchto analýz se zjistilo, že SARS-CoV-2 je nejvíce podobný netopýřímu koronaviru RaTG13. Primery, které se běžně používají při detekci SARS-CoV-2 nejsou zveřejňovány, proto byly použity primery z webové aplikace CoVrimer, kde jsou dostupné primery, které byly použity pro vědecké výzkumy. Ty byly porovnány s návrhem primerů. Návrh byl proveden v rámci řešení bakalářské práce pomocí speciální aplikace Pirmer-BLAST. Primery, které byly získány z aplikace CoVrimer, nebyly navrženy pro komplexní rozlišení všech studovaných variant SARS-CoV-2.
|
|
|
Testování schopnosti "object permanence" u sýkor a vliv neofobie a individuálních exploračních strategií na úspěšnost sýkor v kognitivních úlohách
Marhounová, Lucie ; Landová, Eva (vedoucí práce) ; Sedláček, František (oponent)
Kognitivní schopnost object permanence (OP) je fenomén, který živočichům umožňuje vnímat existenci dočasně skrytých objektů, a to na základě mentální reprezentace těchto objektů v mysli, tedy i v situacích, kdy je nelze vnímat bezprostředně pomocí smyslů. U lidí se tato schopnost vyvíjí v šesti kvalitativních stádiích v průběhu rané ontogeneze, během nichž dochází ke změnám ve způsobu vnímání časoprostorových vztahů mezi hmotnými objekty. Současný výzkum na poli kognitivní etologie prokázal, že nejen lidé, ale také primáti, šelmy a několik druhů ptáků také dosahují různých stádií této schopnosti v závislosti na různých faktorech, např. komplexitě jejich sociálního uspořádání či na způsobech získávání potravy. Schopnost OP byla předmětem zájmu několika studií u ptáků, kteří ukládají potravu (food-storing), nicméně dosud byli testováni pouze ptáci v rámci čeledi krkavcovitých (Corvidae), kteří všichni do jisté míry potravu ukládají. V této práci je analyzován možný vztah mezi food-storingem a schopností object permanence u druhů sýkora uhelníček (Periparus ater, N=23) a sýkora koňadra (Parus major, N=24), z nichž první jmenovaný druh je food-storující a druhý nikoliv. Cílem bylo zjistit, jakého stupně schopnosti OP dosahují a zda existuje rozdíl mezi těmito druhy v závislosti na jejich potravní...
|
|
|
Testování schopnosti "object permanence" u sýkor a vliv neofobie a individuálních exploračních strategií na úspěšnost sýkor v kognitivních úlohách
Marhounová, Lucie ; Landová, Eva (vedoucí práce) ; Sedláček, František (oponent)
Kognitivní schopnost object permanence (OP) je fenomén, který živočichům umožňuje vnímat existenci dočasně skrytých objektů, a to na základě mentální reprezentace těchto objektů v mysli, tedy i v situacích, kdy je nelze vnímat bezprostředně pomocí smyslů. U lidí se tato schopnost vyvíjí v šesti kvalitativních stádiích v průběhu rané ontogeneze, během nichž dochází ke změnám ve způsobu vnímání časoprostorových vztahů mezi hmotnými objekty. Současný výzkum na poli kognitivní etologie prokázal, že nejen lidé, ale také primáti, šelmy a několik druhů ptáků také dosahují různých stádií této schopnosti v závislosti na různých faktorech, např. komplexitě jejich sociálního uspořádání či na způsobech získávání potravy. Schopnost OP byla předmětem zájmu několika studií u ptáků, kteří ukládají potravu (food-storing), nicméně dosud byli testováni pouze ptáci v rámci čeledi krkavcovitých (Corvidae), kteří všichni do jisté míry potravu ukládají. V této práci je analyzován možný vztah mezi food-storingem a schopností object permanence u druhů sýkora uhelníček (Periparus ater, N=23) a sýkora koňadra (Parus major, N=24), z nichž první jmenovaný druh je food-storující a druhý nikoliv. Cílem bylo zjistit, jakého stupně schopnosti OP dosahují a zda existuje rozdíl mezi těmito druhy v závislosti na jejich potravní...
|
|
|
Kognitivní test pro hledání skrytých objekt u ptáků a primátů
Marhounová, Lucie ; Landová, Eva (vedoucí práce) ; Veselý, Petr (oponent)
Object permanence je kognitivní schopnost mentálně reprezentovat existenci a pohyb skrytých objektů. Tento fenomén se vyvíjí od narození v šesti stadiích, která následují vývoj senzomotorické inteligence. Nejen člověk, ale i další živočichové mají určitou představu o skrytých objektech a dosahují různých stupňů této schopnosti v závislosti na jejich životních strategiích. Tato práce shrnuje dosavadní výzkum fenoménu object permanence v dětské vývojové psychologii, ale zejména v živočišné říši, s důrazem na taxony, u kterých je tato schopnost nejlépe prozkoumána, a to u primátů a ptáků. Tato práce také rekapituluje typy kognitivních úloh využívaných ve výzkumu object permanence a srovnává metodiku experimentu u lidí, primátů a ptáků. Součástí práce je také odhad fylogenetické rekonstrukce ancestrálního stavu znaku pro object permanence a testování závislosti vývoje tohoto znaku s vybranými ekologickými faktory u primátů.
|
host ::
RSS.