|
|
Centrifugační analýza mikrobiálních buněk
Beránková, Barbora ; Müllerová, Lucie (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem centrifugačního potenciálu mikroorganismů v závislosti na kultivačních podmínkách. V experimentální části byla sledována především rychlost sedimentace a index nestability studovaných mikroorganismů během růstu, při působení teplotního a solného stresu, vliv složení média na centrifugaci a působení vody na halofilní bakterii Haloferax mediterranei. S klesající osmotickou sílou v bakteriální kultuře Haloferax mediterranei roste rychlost sedimentace a index nestability. Při sledování růstu bakterií Cupriavidus necator H16, Cupriavidus necator PHB-4, Haloferax mediterranei, Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari hraje roli při rychlosti sedimentace a indexu nestability přítomnost a typ polyhydroxyalkanoátu (PHA) v bakteriální biomase. Bakterie Cupriavidu necator H16 s nejvyšším přítomným obsahem poly(3-hydroxyburyrátu) byla nejrychleji sedimentující a nejvíce nestabilní ze sledovaných bakterií. Bakterie Cupriavidus necator H16 a její PHA neprodukující mutant Cupriavidus necator PHB-4, vystavené teplotnímu a solnému stresu, vykazovaly při teplotním stresu pouze nepatrný vliv na rychlost sedimentace a nestabilitu. U solného stresu s rostoucí koncentrací roztoku NaCl v kultuře klesala rychlost sedimentace a index nestability. Při porovnávání vlivu složení média na polyhydroxyalkanoáty (PHA) produkující bakterie, Cupriavidus necator H16 kultivovaná v minerálním (produkčním) médiu vykazovala nejnižší rychlost sedimentace a index nestability, přičemž Cupriavidus necator PHB-4 dosahovala nejnižší rychlosti sedimentace a indexu nestability při kultivaci v Nutrient Broth médiu. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae měla volba média pouze nepatrný vliv na rychlost sedimentace a index nestability.
|
|
|
Analýza bakteriálních buněk pomocí průtokové cytometrie a fluorescenční mikroskopie
Müllerová, Lucie ; Mravec, Filip (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá možnostmi analýzy viability a obsahu polyhydroxyalkanoátů (PHA) bakteriálních buněk, a to pomocí průtokové cytometrie a fluorescenční mikroskopie. V části věnující se cytometrické analýze bakteriálních buněk byla otestována řada viabilních fluorescenčních sond, ale prakticky se osvědčily pouze dva systémy – propidium iodid a komerční BacLightTM kit, který vykazoval o něco vyšší přesnost stanovení viabilitně bakteriální kultury. Dále byla využita akridinová oranž k analýze fyziologického stavu mikrobiální kultury a dvě hydrofobní sondy, Nilská červeň a BODIPY 493/503, k analýze obsahu PHA v bakteriálních buňkách. Především sonda BODIPY 493/505 se zdá být velmi zajímavá, protože nevyžaduje permeabilizaci buněčných obalů a díky svým spektrálním vlastnostem je plně kompatibilní s propidium iodidem. Tato skutečnost otevírá možnost simultánní analýzy viability bakteriálních kultur a obsahu PHA. V části vyhodnocování mikroskopických výsledků bylo prezentováno několik fluoroforů. Bylo zjištěno, že koncentrace fluoroforů využívaná pro cytometrické analýzy je pro mikroskopii příliš vysoká. SYTO9 svítící převážně v zeleném kanále měla určitý fluorescenční signál i v červeném kanále. Vzorky obarvené BODIPY 493/503 vykazovaly vysoké intenzity fluorescence při koncentraci barviva 10 . Zároveň byly jak u obou kmenů naměřeny záporné amplitudy intenzity fluorescence, výraznější byla u C. necator H16. U tohoto kmene byl překvapivý objev vysoké koncentrace barviva především na povrchu granulí PHB, kde byla zároveň téměř nulová anisotropie barviva (volná otáčivost sondy).
|
|
|
Study on PHA production by selected thermophillic bacteria
Brondová, Zuzana ; Müllerová, Lucie (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
This bachelor thesis deals with the study of thermophilic bacterial strains Tepidiphilus thermophilus and Chelatococcus daeguensis aimed at the production of polyhydroxyalkanoates (PHA). Experiments were developed to determine properties of use of these microorganisms in the biotechnological industry. In the experimental parts, the presence of the phaC gene indicating PHA production was confirmed by both bacteriological strains by polymerase chain reaction (PCR). Subsequently, the conditions for PHA production were optimized. Condition profiling aimed at determining the optimal temperature, optimal carbon source, and the effect of the precursor on cell growth, composition and amount of PHA through GC-FID. The last experiment was to determine the utilization of selected substrates. The optimal conditions for the Tepidiphilus thermophilus strain were temperature above 55 ° C and glycerol as the best carbon source. Precursors inhibited cell growth, but the highest amount of 3HV was determined when valeric acid was added to medium. The Chelatococcus daeguensis strain had an optimal temperature of 45 ° C and glucose was optimal carbon source. The best cell metabolizing precursor was 1,4-butanediol. Both bacterial strains were capable of utilizing many substrates where glucose and valeric acid were best.
|
|
|
Mikrobiální produkce extracelulárních polymerů a jejich zapojení do stresové odpovědi
Müllerová, Lucie ; Sedláček, Petr (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá produkcí extracelulárního polysacharidu pullulanu mikroorganismem Aureobasidium pullulans, purifikací pullulanu a jeho možným využitím jako kryoprotektantu. Jako součást práce byla zpracována literární rešerše charakterizující A. pullulans, samotný pullulan a stresové faktory se zaměřením na teplotní stres. V rámci experimentální části byla stanovena růstová charakteristika mikroorganismu A. pullulans (byl použit kmen CCM 8182) a produkce pullulanu v ideálních podmínkách. Nejvyšší růst biomasy nastal při použití fruktosy jako zdroje uhlíku (3,580 g/l u kmene CCM 8182), nejvyšší produkce pullulanu při použití sacharosy jako zdroje uhlíku (10,300 g/l u F 148). Jako nejlepší precipitační činidlo z trojice ethanol, aceton, isopropylalkohol byl vybrán ethanol v poměru 1:2 (médium:ethanol). Stanovení čistoty pullulanu bylo provedeno pomocí HPLC. Dále byly zkoumány kryoprotektivní vlastnosti pullulanu a to při teplotách – 72° C, -18° C, 4° C a 60°C. Pullulan působil spíše negativně při teplotách – 72° C a 60° C. Naopak při teplotách – 18°C a 4° C byla potvrzena ochranná funkce polysacharidu.
|
|
|
Biotechnologická produkce PHA pomocí extremofilních mikroorganismů
Kurzová, Pavlína ; Müllerová, Lucie (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem produkce polyhydroxyalkanoátů (PHA) bakteriálním kmenem Halomonas salina (CCM 4361T). V teoretické části jsou zpracovány vlastnosti a biosyntéza PHA a charakteristika extremofilních bakterií. Experimentální část je zaměřena na kultivaci bakterie na různých substrátech a koncentracích soli v médiu pro optimální produkci PHA. Množství biomasy a PHA bylo analyzováno pomocí spektrofotometrické metody a plynové chromatografie s FID detekcí. Pro produkci PHA byla nejlepším substrátem vyhodnocena fruktóza, kdy bylo dosaženo 12,55% PHB v biomase. Optimální koncentrace NaCl byla dosažena při 80 g/l. Bakterie byla testována pomoci polymerázové řetězové reakce (PCR) a detekována gelovou elektroforézou. Testování prokázalo obsah phaC genu, který kóduje klíčový enzym biosyntézy PHA - PHA syntázu.
|
|
|
Thermophillic producers of PHA
Hollá, Tereza ; Müllerová, Lucie (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis deals with production of polyhydroxyalkanoates (PHA) by bacterial strain Chelatococcus thermostellatus. Polyhydroxyalkanoates are natural biopolymers produced by microorganisms. Microorganisms use them to store energy and carbon under stress conditions. In experimental part of this work the most appropriate conditions for growth of biomass and polyhydroxyalkanoates accumulation were detected. The capability of copolymer P(3HB-co-3HV) production by bacterial strain was also studied. Glucose was determined as the most appropriate carbon source for biomass growth and P(3HB) production. Content of P(3HB) in biomass was 59,42 % per cell weight. The accumulation of the copolymer by bacterial strain was detected, but at very low concentrations.
|
|
|
Utilisation of fluorescence techniques for analysis of industrially relevant microorganisms
Müllerová, Lucie ; Kráčmar, Stanislav (oponent) ; Krčma, František (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Single-cell analysis techniques are very important when studying relevant biotechnological microorganisms. In biotechnological processes, the optimum is to have fast, efficient and real-time analyses that can be done with minimal preparations. Therefore, we looked at autofluorescence as a possible and natural marker when employing fluorescence microscopy and flow cytometry. First, it has been established, based on the emission spectra, that the green autofluorescence of the bacteria used – Cupriavidus necator H16 and its non polyhydroxyalkanoates (PHA) producing mutant Cupriavidus necator PHB-4, is caused predominantly by flavins. The maxima of emission spectra were 510 – 550 nm for FAD, FMN and riboflavin whose spectra could not be distinguished, and 515 nm for both strains of Cupriavidus necator. Two maxima of excitation spectra of the bacteria were found – one in the range 360 – 370 nm and another around 440 nm, and so a new protocol for fluorescence microscopy has been established - the laser used was 467 nm and the emission filter chosen for the detection was 520/35 nm. Flavins and their autofluorescence can also be used in combination with other fluorophores when the need for multi-parametrical analyses arises, but it’s highly recommended the other dyes emit other than green fluorescence in the band of 500 – 550 nm or/and have an average fluorescence lifetime other than 3.2 – 3.7 and 4.2 - 4.9 ns. These values stayed constant even when the cells were exposed to various cultivation and even stress conditions. That makes them a very stable marker compared to the dynamic marker of fluorescence intensity that changes immediately after a change in the environment. A new staining protocol for C. necator using PHA-specific hydrophobic probe BODIPY 493/503 was optimised. The optimal staining concentration of the lipophilic dye BODIPY 493/503 was determined to be 2.5 µg ml-1 and it can be used in combination with propidium iodide. The BODIPY 493/503 staining protocol has been used when analysing the morphology of the PHA-synthesising bacteria Halomonas halophila. Further, to study the UV-protective properties of PHA in Cupriavidus necator, another staining essay has been optimised. It has been established that the ROS sensitive dye CM-H2DCFDA gives better performance than its non-methylated form. Also, the UV-protective characteristics of the PHA-synthesising strain Cupriavidus necator H16 were confirmed when compared to its non-PHA synthesising strain C. necator PHB-4.
|
|
|
Způsoby hodnocení rodiči a jejich vliv na vnímanou osobní účinnost předškolního dítěte
Müllerová, Lucie ; Horáková Hoskovcová, Simona (vedoucí práce) ; Mertin, Václav (oponent)
Teoretická část diplomové práce se nejprve zabývá teoretickými základy vnímané osobní účinnosti. Následující část pojednává o vývojových charakteristikách předškolního období se zaměřením na souvislost s hodnocením rodičů. Poslední část je zaměřena na hodnocení z hlediska celkového přístupu k dítěti, z hlediska odměn a trestů a z hlediska hodnocení jako formujícího činitele při utváření základů vnímané osobní účinnosti. Empirická část představuje výzkum způsobů hodnocení matek vůči úspěchům a neúspěchům dětí při plnění specifického úkolu. Kvantitativní analýza zjišťuje výskyt způsobů hodnocení a jejich vliv na vnímanou osobní účinnost dítěte. Kvalitativní část se zaměřovala především na nehodnotící reakce matek vůči dítěti při plnění specifického úkolu.
|
|
|
Pojem evoluce a jeho vnímání u žáků základních a středních škol
Müllerová, Lucie ; Teodoridis, Vasilis (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Diplomová magisterská práce se zabývá pojetím evoluční tématiky ve školách a v učebnicích. Představuje školské systémy a kurikulární dokumenty Anglie, Skotska a České republiky, na základě kterých byla v těchto státech provedena analýza učebnic biologie, jež byla zaměřena na evoluční tématiku. Celkem bylo ve výzkumu zahrnuto 62 učebnic od 27 různých nakladatelů. Komparativní SWOT analýza těchto učebnic ukázala, že v Anglii, Skotsku a v České republice se zásadně odlišuje podání celého předmětu biologie, což se samozřejmě odráží i při interpretaci studované evoluční problematiky. V důsledku toho byl v České republice proveden dotazníkový průzkum, který mapuje vědomosti a osobní názory žáků druhého stupně základních škol, víceletých gymnázií a čtyřletých gymnázií. Výzkumu se zúčastnilo celkem 586 žáků. Bylo zjištěno, že v kontextu s evolučními procesy žákům dělají problémy i běžně používané biologické, resp. evoluční pojmy (tj. např. přizpůsobení organismů, vývoj organismů) a na druhou stranu někteří z nich dokáží bez problému definovat i složitější evoluční témata (např. neodarwinismus). Osobní názory žáku na problematiku evoluce jsou poměrně rozmanité. Někteří se o danou oblast vůbec nezajímají, jiní mají k evoluční tématice mnoho otázek. Některé dotazy jsou oprávněné, jiné vyplývají v podstatě z...
|
|
| |
host ::
RSS.