|
|
Molekulární detekce původců cerkáriové dermatitidy
Procházka, Jan ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Baláž, Vojtech (oponent)
Lidská cerkáriová dermatitida je svědivé kožní onemocnění způsobované larválními stádii ptačích motolic, v ČR nejčastěji způsobované rodem Trichobilharzia. Monitoring jejich výskytu je od roku 2021 součástí povinného sledování kvality koupacích vod. Oficiálně používanou metodou detekce je sběr a vyšetřování vodních plžů. Tato metoda má však mnoho nevýhod v podobě vysoké časové náročnosti, nízké citlivosti a obtížné determinace parazitů. Alternativu by mohly poskytnout molekulární metody založené na filtraci environmentální DNA (eDNA) společně s metodami izotermální amplifikace, a to díky jejich nižším časovým nárokům, vysoké citlivosti a přesné determinaci. Cílem této práce bylo vytvořit metodu detekce původců cerkáriové dermatitidy založenou na izotermální amplifikaci cLAMP a filtraci eDNA z vody. Za tímto účelem byla pomocí molekulární analýzy vybrána konzervovaná sekvence pro rod Trichobilharzia, na jejímž základě byla navržena sada primerů pro cLAMP. Bylo potvrzeno, že navržená esej specificky amplifikuje DNA minimálně čtyř druhů rodu Trichobilharzia. Na základě laboratorních pokusů byla potvrzena dostatečná senzitivita eseje pro použití při detekci eDNA, a to jak na ředících řadách DNA, tak v kombinaci s filtrací eDNA živých cerkárií z vody. Po pokusech v laboratorních podmínkách byla esej...
|
|
|
Metody molekulární diagnostiky parazitických helmintů
Dejmková, Tereza ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Škorpíková, Lucie (oponent)
Helmintózy představují významné zdravotní riziko, proto je nezbytné k diagnostice těchto onemocnění využívat efektivní a rapidní diagnostické metody, mezi které patří i molekulární metody, jež jsou shrnuty v této bakalářské práci. Úvodní kapitola rozebírá biologii významných lidských helmintóz. Následující kapitoly popisují metody izolace, vizualizace DNA a molekulární metody, které jsou využívány v testech pro diagnostiku helmintóz. V rámci této práce jsou kapitoly zabývající se molekulárními metodami rozděleny do dvou částí. První část je věnována PCR a jeho modifikacím, druhá se zaměřuje na metody izotermální amplifikace DNA, které představují praktičtější a efektivnější alternativu k PCR. U všech metod jsou diskutovány jejich výhody, nevýhody a příklady helmintóz, u kterých byly aplikovány. Závěrečná kapitola se věnuje vlivu pandemie COVID-19 na vývoj molekulárních diagnostických metod, během které byly upraveny stávající protokoly či aplikovány nové molekulární metody za účelem zvýšení efektivity. Tato bakalářská práce přináší přehled dodnes využitých molekulárních metod na diagnostiku helmintóz. Zároveň diskutuje vliv pandemie COVID-19 na rozvoj molekulární diagnostiky a tím nastiňuje možný budoucí vývoj molekulárních diagnostických metod v oblasti helmintologie.
|
|
|
Analýza transkriptomu tasemnice Mesocestoides corti
Korená, Lucie ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Některé druhy parazitů včetně helmintů mohou v hostiteli inhibovat karcinogenezi. Protinádorový efekt byl v minulosti prokázán u tasemnic Taenia crassiceps a Echinococcus granulosus, u kterých byly identifikovány geny související s regresí rakoviny. V rámci výzkumu Helmintologické laboratoře katedry Parazitologie Přf UK byl zjištěn efekt suprese melanomu u tasemnicí Mesocestoides corti, avšak mechanismus účinku zatím zůstává neznámý. Pro navazující výzkum bylo důležité získat komplexní molekulární data v podobě transkriptomu vývojových stadií M. corti. Tato práce se zabývá studiem transkriptomického profilu tasemnice M. corti a rozdílem v genové expresi u tasemnic kultivovaných in vitro a v myších hostitelích (inbrední a outbrední kmen) pomocí metody RNA-seq. Cílem bylo nalézt upregulované transkripty tasemnic v myších hostitelích, které by mohly mít potenciální vliv na regresi rakoviny. Byla provedena analýza diferenciální genové exprese, ze které vyplývá, že tasemnice v myších hostitelích (bez ohledu na kmen) mají více upregulovaných transkriptů než tasemnice kultivované in vitro. Analýzou vysoce upregulovaných transkriptů tasemnic v myších hostitelích bylo identifikováno několik transkriptů, které byly zmíněny ve vědeckých článcích jako možné supresory rakoviny. Mezi ně patří například KATNA1,...
|
|
|
Tvorba a hodnocení kvality genomových assembly
Korená, Lucie ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Vorel, Jiří (oponent)
Detailní znalost genetické informace studovaného organismu je stěžejní pro mnohá odvětví moderního výzkumu. Současné sekvenační technologie neumožňují přečíst celou molekulu DNA vcelku, proto jsou získávány pouze úseky genomové sekvence, které samotné nejsou dostatečně informativní. Cílem genomicko-bioinformatického přístupu je složit tyto úseky do původní genomové sekvence - genomové assembly. Jedná se o náročný proces, ke kterému je potřeba výkonná počítačová infrastruktura, specializované softwary a expertní personál. Existuje celá řada softwarů (assemblerů), jejichž cílem je zrekonstruovat původní genetickou informaci daného organismu, které se liší ve velikosti skládaného genomu a druhu organismu. Výsledná kvalita genomové assembly je závislá na typu assembleru a nastavení jeho parametrů. Je tedy vhodné vytvořit několik assembly a jejich kvalitu následně vyhodnotit na základě technických a biologických metrik. Tato práce popisuje základní metody masivně paralelního sekvenování, dále se zabývá algoritmy skládání genomových assembly a popisuje metriky, pomocí kterých se vyhodnocuje kvalita výsledných genomových assembly. Praktická část je zaměřena na tvorbu assembly ptačí motolice Trichobilharzia szidati pomocí dvou programů a následné zhodnocení kvality obou assembly.
|
|
|
Molecular adaptations of neurotropic and visceral bird schistosomes during the infection of the avian definitive host
Leontovyč, Roman ; Kašný, Martin (vedoucí práce) ; Grevelding, Christoph G. (oponent) ; Franta, Zdeněk (oponent)
Rod schistosoma je jednou z nejvíce studovaných skupin helmintů vzhledem k významu některých zástupců z hlediska humánní a veterinární medicíny. Rozvoj moderních sekvenačních technologií a se stále se zdokonalující výpočetní technika umožnily globální pohled na molekulární biologii schistosom za použití genomiky a transkriptomiky. Dosud byla pozornost předních vědeckých týmů zabývajících se schistosomózou zaměřena na významné lidské patogeny Schistosoma mansoni, Schistosoma japonicum a Schistosoma haematobium. Ostatní zástupci čeledi Schistosomatidae byli z hlediska molekulární biologie/biochemie většinou opomíjeni a výzkum byl zaměřen především na jednotlivé geny/molekuly, bez celkového přehledu. Předkládaná práce prezentuje komplexní transkriptomickou analýzu ptačích schistosom - neurotropní Trichobilharzia regenti a viscerální Trichobilharzia szidati během nákazy kachny jakožto definitivního hostitele. Zatímco T. szidati využívá běžnou viscerální migraci (stejně jako lidské schistosomy), T. regenti využívá k migraci periferní nervy a centrální nervovou soustavu. Způsob neurotropní migrace je mezi schistosomami unikátní a také velmi vzácný v rámci všech helmintů. Práce se zaměřuje na molekulární mechanismy spojené s viscerální a neurotropní životní strategií obou druhů pomocí transkriptomické...
|
|
|
Fasciolidní motolice: od genů k diagnostice
Ježková, Monika ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Sojka, Daniel (oponent)
Motolice z čeledi Fasciolidae jsou parazité savců včetně člověka. Veterinárně a medicínsky významné druhy, vyskytující se i na území České Republiky, jsou Fasciola hepatica a Fascioloides magna. Fascioloides magna a F. hepatica infikují široké spektrum divokých i domácích přežvýkavců, v případě F. hepatica může být infikován i člověk. Obě motolice jsou zodpovědné za závažná poškození jaterního parenchymu či žlučovodů u jejich definitivního hostitele, což je příčinou ztráty hmotnosti, anémie, snížené produkce mléka a v některých případech i smrti hostitele. Klíčovou roli při kontrole infekce F. hepatica a F. magna hraje účinná a včasná diagnostika. Nejrosšířenější diagnostické metody jsou založené převážně na sérodiagnostických metodách využívajících specifické antigeny např. exkrečně-sekreční produkty (ESP). Diagnostické markery založené na ESP mohou být díky jejich heterogenitě nespecifické, a také reprodukovatelnost takové metody je značně omezená. Při diagnostice fasciolidních motolic se používají také konkrétní proteiny obsažené v ESP. Tento přístup však vyžaduje biologický materiál a laboratorní postupy, spojené s identifikací, purifikací a testováním antigenicity vybraných proteinů. Aktuální rozvoj paralelních sekvenačních technologií generuje obrovské množství genomových, transkriptomových a...
|
|
|
Druhové spektrum plžů rodu Radix a jejich význam v přenosu motolic v ČR
Leontovyč, Roman ; Horák, Petr (vedoucí práce) ; Hlaváč, Jaroslav (oponent)
Plži rodu Radix hrají významnou roli v přenosu mnoha druhů motolic, mezi kterými jsou velmi závažní parazité zvířat i člověka. Taxonomická situace rodu Radix je nejasná z důvodu velké tvarové variability ulity v rámci jednotlivých druhů. Právě tvar ulity byl hlavním znakem, na základě kterého byly popisovány nové druhy. Po nástupu molekulární taxonomie byla validita některých druhů zpochybněna. Tato práce využívá při určování plžů rodu Radix jak metody moderní - fylogenetická analýza založená na genových sekvencích, tak přístupy tradiční - determinace dle konchologických znaků a anatomie pohlavní soustavy. Pro fylogenetickou analýzu byly použity dva geny. Mitochondriální pro 16S rDNA a jaderný pro ITS2 rDNA. Výsledkem molekulárně fylogenetické analýzy bylo rozdělení sledovaných plžů rodu Radix na 5 oddělených druhů (R. auricularia, R. labiata, R. lagotis, R. peregra a R. ampla). V rámci determinace dle morfometrie ulity bylo sledováno 11 poměrových parametrů, dle kterých bylo možné správně určit všechny sledované plže a zařadit je do druhu, předem určeného dle molekulárních metod. Při determinaci dle morfologie pohlavní soustavy byl sledován tvar a uložení kopulační burzy, a tvar a délka jejího duktu. Dle těchto kritérií byl spolehlivě odlišitelný R. auricularia od druhů R. labiata, R. lagotis, R....
|
host ::
RSS.