|
| |
|
|
Transgenní myši: Experimentální model pro studium akutní lymfoblastické leukemie
Kozáková, Jana ; Semecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Lenčo, Juraj (oponent)
SOUHRN Geny TEL a AML1 se vyskytují v nápadně vysokém počtu různých aberací provázejících hematologické malignity. Tato práce se zaměřuje na studium hybridního genu TEL/AML1 na modelu transgenní myši. Translokace t(12;21)(p13;q22), odpovídající genu TEL/AML1, byla metodou PCR hledána u 76 jedinců. Tyto myši byly dále testovány na přítomnost mRNA fúzního genu TEL/AML1 použitím metody RQ-RT-PCR. Analýzou krevního obrazu byly hledány rozdíly v počtu bílých a červených krvinek, krevních destiček a procentuálním zastoupení lymfocytů v periferní krvi transgenních a netransgenních myší. TEL/AML1 pozitivní Akutní lymfoblastická leukémie vzniká z prekursorů B lymfocytů, proto byly cytofluorometrickou metodou sledovány možné změny v procentuálním zastoupení B lymfocytů v periferní krvi transgenních a netransgenních myší. Dále byl sledován marker pre-B lymfocytů (B220+ /CD43+ ). Přítomnost pre-B lymfocytů v periferní krvi značí nedostatečnou proliferaci a diferenciaci těchto buněk a tudíž leukemogenezi.
|
|
|
Identifikace purifikovaných biotransformačních enzymů pomocí hmotnostní spektrometrie
Křížová, Andrea ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Řehulka, Pavel (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Andrea Křížová Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Název diplomové práce: Identifikace purifikovaných biotransformačních enzymů pomocí hmotnostní spektrometrie Biotransformační enzymy se podílejí na metabolismu řady endogenních látek a xenobiotik. Mnoho těchto enzymů nebylo dodnes ve vztahu k metabolismu xenobiotik charakterizováno vůbec nebo jen velmi okrajově. Pro poznání a pochopení, jak působí na sloučeniny ovlivňující chod organismu jako celku, je důležité biotransformační enzymy purifikovat, identifikovat a podrobně charakterizovat. Klasická elektroforéza má stále nezastupitelné místo v oblasti purifikace a charakterizace proteinů a ve spojení s hmotnostní spektrometrií představuje neodmyslitelný tandem k jejich identifikaci. K získaní nezpochybnitelných výsledků z hmotnostně- spektrometrické (MS) identifikace proteinů je zásadní vyvarovat se kontaminaci vzorku během jeho zpracování. Striktním používáním jednorázových pracovních pomůcek, chemikálií v MS čistotě, filtrací roztoků apod. byly na pracovišti Katedry biochemických věd zavedeny zásady pro přípravu vzorků k MS analýze. Data získaná z MS analýz ukázala, že při dodržování těchto zásad lze připravit vzorky v celém rozsahu bez rizika...
|
|
| |
|
|
Optimalizace složení mobilních fází pro analýzu peptidů vícemodální chromatografií
Tužil, Ondřej ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Řehulka, Pavel (oponent)
Farmaceutická Fakulta v Hradci Králové, Univerzita Karlova Katerdra Analytické chemie Kandidát: Ondřej Tužil Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo Ph.D. Název diplomové práce: Optimalizace složení mobilních fází pro analýzu peptidů vícemodální chromatografií Při bottom-up proteomických analýzách prováděných pomocí kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí se mobilní fáze okyseluje slabými kyselinami, které intenzitu analytů při detekci netlumí v takové míře jako běžně používané kyseliny pro separace bez hmotnostní detekce. Takovým aditivem mobilní fáze je kyselina mravenčí, která je nejběžněji používaná v koncentraci 0,1 % (v/v). Tato práce byla zaměřena na hledání nejnižší možné koncentrace kyseliny mravenčí, která by v kombinaci s vícemodální stacionární fází kolony ACQUITY UPLC CSH C18 od firmy Waters stále zajišťovala účinnou separaci peptidů, přičemž by se zároveň mělo dosáhnout zvýšení odezvy v hmotnostním spektrometru. Nejprve byly provedeny separace standardů peptidů na kapalinové chromatografii s UV detekcí s klesajícím množstvím kyseliny mravenčí v mobilní fázi. Bylo zjištěno, že pro vyhovující parametry separace peptidů je možné použít výrazně nižší koncentrace kyseliny mravenčí. Tři nejnižší koncentrační hladiny byly použity k analýzám s hmotnostní detekcí, kde byl skutečně pozorován...
|
|
|
Top-down, middle-up a bottom-up RPLC analýzy biofarmaceutik pomocí jedné kolony
Hývnar, Ondřej ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Chocholouš, Petr (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra analytické chemie Kandidát: Bc. Ondřej Hývnar Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Název diplomové práce: Top-down, middle-up a bottom-up RPLC analýzy biofarmaceutik pomocí jedné kolony V současné době jsou pro top-down, middle-up i bottom-up analýzy biofarmaceutik pomocí kapalinové chromatografie potřeba různé kolony. Hlavním cílem této práce bylo zjistit, jestli je možné použít na všechny tyto typy analýz novou kolonu BioResolve RP mAb Polyphenyl firmy Waters, určenou primárně k top-down a middle-up analýzám. Analyzovány byly biofarmaceutika trastuzumab, bevacizumab, panitumumab a aflibercept a to jako intaktní pro top-down analýzy, redukované, štěpené proteázou IdeS, štěpené proteázou IdeS a redukované pro middle-up analýzy a štěpené endopeptidázou Lys-C a trypsinem pro bottom-up analýzy. Top-down a middle-up analýzy byly provedeny na kapalinovou chromatografií s UV detekcí. Ověřovali jsme při nich schopnost kolony analyzovat takto připravené biofarmaceutika v našich podmínkách. Zjistili jsme, že přestože si kolona dokáže poradit i s intaktními biofarmaceutiky, tak lepší výsledky podává při middle-up analýzách. Bottom-up analýzy byly provedeny kapalinovou chromatografií ve spojení s hmotnostní spektrometrií a zde byla kolona...
|
|
|
Identification of potential intraamniotic infection and inflammation biomarkers in amniotic fluid from preterm birth patients
Tambor, Vojtěch ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce)
6 Souhrn V předkládané disertační práci jsme využili moderní proteomické technologie k charakterizaci rozdílů způsobených přítomností intraamniální infekce a zánětu v plodové vodě pacientek s předčasným porodem a k nalezení potenciálních biomarkerů tohoto patologického stavu. Vzhledem k velmi vysoké komplexitě a širokému dynamickému rozsahu proteomu plodové vody jsme nejdříve vyvinuli techniku CysTRAQ, která umožňuje snížení komplexity proteomu a současnou relativní kvantifikaci proteinů napříč čtyřmi vzorky. Tato metoda byla následně aplikována při komparativní proteomické analýze plodových vod. V naší studii byly zahrnuty oba hlavní fenotypy spontánního předčasného porodu - spontánní předčasný porod s intaktními membránami a předčasný odtok plodové vody. Zahrnutí obou fenotypů nám umožnilo získat zajímavý pohled na změny v plodové vodě pacientek s předčasným porodem způsobené infekcí a zánětem. S využitím metody CysTRAQ v kombinaci s dalšími frakcionačními a separačními technikami se nám podařilo popsat vysoký počet proteinů plodové vody. Díky kvantifikační složce metody CysTRAQ jsme popsali kvantitativní rozdíly mezi vzorky, u nichž byla potvrzena přítomnost infekce a zánětu a těmi, u nichž byl nález negativní. Naše výsledky ukázaly, že změny v kohortě pacientek s předčasným odtokem plodové vody byly...
|
|
|
Analýza expresse intracelulárního patogena Francisella tularensis kultivovaného za stresových podmínek a v průběhu interakce s hostitelskou buňkou
Lenčo, Juraj ; Stulík, Jiří (vedoucí práce) ; Rychlík, Ivan (oponent) ; Weiser, Jaroslav (oponent)
Studium patogeneze bakteriálních infekcí v současné době patří mezi oblasti biomedicínského výzkumu, kterým je věnována značná pozornost. Tento stav je zapříčiněn zejména stále se rozšiřující rezistencí na antibiotika a antimikrobiální chemoterapeutika, v druhé řadě se tak děje v důsledku reálné hrozby zneužití vysoce patogenních bakteriálních kmenů jako teroristických prostředků. Urychlení výzkumu patogeneze infekčních onemocnění spolu s vývojem účinnějších vakcín a pokrokem v oblasti rychlých detekčních a typizačních technologií jsou logickou odpovědí států západního světa na události z 11. září 2001. Poznatky o molekulární patogenezi infekčních chorob mohou vést k objevu nových farmakologických cílů nebo ke konstrukci účinnějších a bezpečnějších vakcín pro aktivní či pasivní imunizaci. Významným zdrojem informací o molekulární patogenezi bakteriálních infekcí je mimo jiné studium reakcí mikroba na prostředí, se kterým se setkává v průběhu interakce s hostitelským organizmem. Evoluce této interakce se z pohledu hostitelských organizmů nesla ve znamení neustálého zdokonalování strategií, jak se účinně bránit vzniku bakteriální infekce, nebo strategií, které vedou k eliminaci infekce. Na straně mikroorganizmů mezitím docházelo ke zdokonalování nástrojů, jak zmiňované mechanizmy přežít či obejít....
|
|
|
Využití proteomické analýzy pro identifikaci potenciálních biomarkerů u onemocnění kardiovaskulárního systému
Fučíková, Alena ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Hernychová, Lenka (oponent) ; Pudil, Radek (oponent)
SOUHRN Hypertrofická kardiomyopatie se řadí mezi nejčastější geneticky podmíněná onemocnění kardiovaskulárního systému. Ačkoliv je toto onemocnění známé dlouhou dobu, zatím neexistují snadno použitelné diagnostické postupy, které by odhalily chorobu v raných stádiích, což je zásadní zejména u jedinců s negativní nebo neznámou rodinnou anamnézou. Tvorba metody cílené proteomické analýzy spolu s kvantifikací vybraných potenciálních markerů hypertrofické kardiomyopatie pomocí izotopicky značených standardů byla hlavním cílem předkládané dizertační práce. Touto metodou lze odhalit již velmi malá množství hledaných potenciálních markerů v minimálním množství biologického materiálu. V kombinaci s vhodně použitými standardy navíc umožňuje přesnou kvantifikaci velkého počtu analytů v relativně krátkém čase. Pomocí cíleného proteomického přístupu bylo kvantifikováno několik proteinových markerů hypertrofické kardiomyopatie, které byly již dříve uvedeny v literatuře. Zároveň byl v rámci dizertační práce popsán plazmatický fibronektin jako nový potenciální marker tohoto onemocnění. Koncentrace několika vybraných proteinů byly závěrem stanoveny pomocí enzymoimunoanalytické metody a porovnány s výsledky cílené proteomické analýzy. V rámci předkládané dizertační práce byla vytvořena a ověřena metoda cílené proteomické...
|
|
|
Výhody a nevýhody zvýšené teploty při separaci peptidů na obrácených fázích
Šemlej, Tomáš ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Řehulka, Pavel (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra analytické chemie Kandidát: Tomáš Šemlej Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Název diplomové práce: Výhody a nevýhody zvýšené teploty při separaci peptidů na obrácených fázích V současné době jsou pro LC-MS analýzy proteinů dostupné velice výkonné hmotnostní spektrometry, díky kterým lze v rámci jedné tzv. bottom-up analýzy identifikovat až několik tisíc proteinů. Nedávno však bylo zjištěno, že jejich možnosti nemohou být plně využity bez zvýšení účinnosti chromatografické separace peptidů. Účinnost separace peptidů může být zvýšena velmi jednoduchým, ale mnohdy opomíjeným způsobem, a sice pomocí vyšší teploty kolony. Vyšší teplota přispívá k účinnější separaci především lepší difuzí peptidů. Na druhou stranu použití vyšších teplot pro účinnější separace omezuje stabilita jak stacionární fáze, tak separovaných peptidů. V rámci diplomové práce jsme nejprve ověřovali vliv teploty na účinnost separace peptidů na kolonách naplněných buď plně porézními částicemi, nebo povrchově porézními částicemi. Zvýšená teplota kolony s plně porézními částicemi poskytla užší píky, zatímco rozdíly v šířce píků na koloně s povrchově porézními částicemi byly minimální. Dále jsme pomocí modelového proteinu zkoumali tepelnou stabilitu peptidových vazeb...
|
host ::
RSS.