|
|
Analýza genů SH3TC2 a LMNA a klinická studie u českých pacientů a rodin s autozomálně recesívními typy dědičné neuropatie - Charcot-Marie-Tooth typ 1 a 2
Laššuthová, Petra ; Seeman, Pavel (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Hlavními tematickými oblastmi této disertace jsou: 1. Dědičné neuropatie Charcot-Marie-Tooth 2. Vybraná svalová onemocnění Největší rozsah práce a výsledků je z první oblasti - tedy dědičných periferních neuropatií. V každé z výše uvedených oblastí byly získány původní a do té doby v našich podmínkách neznámé a nepublikované výsledky. Jako prioritní v Česku byla autorkou provedena a zavedena následující vyšetření a metody: 1. Sekvenování a první průkazy mutací v genu pro SH3TC2 u pacientů s dědičnými neuropatiemi. 2. Určení prevalentní mutace v genu SH3TC2 u českých pacientů s dědičnou neuropatií CMT typ 4C. 3. Zavedení vyšetření na přítomnost prevalentní mutace p.Agr954Stop v genu SH3TC2 metodou real-time PCR. 4. Zavedení vyšetření genu SH3TC2 do běžného vyšetřovacího schématu pro pacienty s dědičnou neuropatií. 5. Upřesnění fenotypu pacientů s CMT typ 4C. 6. Sekvenování genu pro lamin A/C (LMNA) u pacientů s dědičnými neuropatiemi. 7. Sekvenování a průkaz prvních mutací v genu pro lamin A/C (LMNA) u pacientů s dědičnou svalovou dystrofii typu Emery-Dreifuss. 8. Testování genu pro lamin A/C (LMNA) pomocí metody MLPA na přítomnost duplikací a delecí, které nejsou zachytitelné sekvenováním. 9. Sekvenování a první průkaz mutace v genu myotubularin 1 (MTM-1) u pacientů s X-vázanou myotubulární svalovou...
|
|
|
Vyšetření genů DNM2, GARS, MORC2, TRPV4 a SOD1 u českých pacientů s dědičnou neuropatií axonálního typu
Neupauerová, Jana ; Laššuthová, Petra (vedoucí práce) ; Vlčková, Eva (oponent) ; Vasovčák, Peter (oponent)
Vyšetření genů DNM2, GARS, MORC2, TRPV4 a SOD1 u českých pacientů s dědičnou neuropatií axonálního typu V dizertační práci jsem se zaměřila na diagnostiku axonální formy dědičné neuropatie, protože v té době byla u pacientů s axonální formou CMT výrazně nižší objasnitelnost metodami klasické molekulární genetiky než u pacientů s demyelinizačními typy CMT. Pro další vyšetření u pacientů bez objasněné příčiny axonální formy CMT byly zvoleny geny DNM2, GARS a TRPV4. Cílem bylo zjistit spektrum a frekvenci mutací v těchto genech jako příčiny CMT2 u českých pacientů. Dále jsme v průběhu řešení projektu přidali vyšetření genů MORC2 a SOD1. Kauzální varianty v těchto dvou genech byly prokázány u našich pacientů pomocí celoexomového sekvenování. Proto jsme následně vyšetřili i větší skupinu pacientů na přítomnost variant v těchto dvou genech, s cílem zjistit, jak časté jsou tyto varianty v české populaci. Klasickým Sangerovým sekvenováním jsem vyšetřila reprezentativní soubor pacientů s CMT2 na přítomnost variant v genech: DNM2 (37 pacientů), GARS (10 pacientů), TRPV4 (24 pacientů) a SOD1 (43 pacientů). Metodou RFLP jsem vyšetřila 161 pacientů na přítomnost varianty p.Arg190Trp v genu MORC2. Soubor pacientů s CMT2 (50 pacientů) jsme podrobili také analýze metodou MLPA pomocí kitu na detekci duplikací a delecí pro...
|
|
|
Genetické a molekulární příčiny neurodegenerativních a neuropsychiatrických onemocnění
Jedličková, Ivana ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Fajkusová, Lenka (oponent) ; Laššuthová, Petra (oponent)
Metody sekvenování DNA druhé (NGS) a třetí generace (TGS) zásadním způsobem ovlivnily strategii identifikace genetických příčin nemocí. Především použití exomového sekvenování zvýšilo účinnost identifikace kauzálních variant ve studovaných souborech pacientů z jednotek na desítky procent. Vzácné neurodegenerativní nemoci jsou unikátní svou klinickou i genetickou heterogenitou a širokou diferenciální diagnostikou. NGS a TGS technologie sehrály klíčovou roli v porozumění patomechanismu vzácných neurodegenerativních nemocí. Použití těchto technologií cestou výzkumu je u mnoha pacientů jedinou možností pro stanovení správné diagnózy, poskytnutí genetického poradenství a pro indikaci adekvátní léčby. Tato dizertační práce se zaměřuje na studium molekulární příčiny vybraných vzácných neurodegenerativních nemocí - adultní neuronální ceroidní lipofuscinózy (ANCL), spinální svalové atrofie (SMA) a neuronální intranukleární inkluzní nemoci (NIID). Studium molekulární příčiny těchto klinických jednotek s využitím moderních metod sekvenování a analýzy DNA vedlo k identifikaci kauzálních variant v souboru ANCL pacientů, vytvoření metodického postupu pro genetické testování SMA pacientů s negativním SMN1 nálezem a navržení metody pro vyšetření expanze tandemových repetic u NIID. Klíčová slova: adultní neuronální...
|
|
|
Objasňování příčin neurogenetických onemocnění analýzou dat z MPS pomocí moderních algoritmů
Staněk, David ; Laššuthová, Petra (vedoucí práce) ; Halbhuber, Zbyněk (oponent) ; Kemlink, David (oponent)
7 Souhrn V rámci disertační práce "Objasňování příčin neurogenetických onemocnění ana- lýzou dat z MPS pomocí moderních algoritmů" jsme zpracovávali MPS data sek- venovaná pomocí panelu genů, celoexomového (WES) a celogenomového (WGS) sekvenování. Sekvenování panelem genů Při sekvenování pomocí panelu genů jsme využívali na našem pracovišti navržený panel genů, které jsou asociovány s onemocněním. Obecnou podmínkou pro zařazení genu do panelu jsou minimálně dvě nezávislé publikace asociující gen s onemocněním a nebo alespoň jedna publikace popisu- jící kauzální varianty v genu ve dvou nebo více nepříbuzných pacientech. Těmto kritériím v případě panelu pro epileptickou encefalopatii (EE) vyhovovalo t.č. 112 genů. Sekvenování pomocí panelu genů bylo provedeno u 257 pacientů s epileptickou encefalopatií. Patogenní či pravděpodobně patogenní variantu jsme nalezli u 28 % případů (72 z 257 pacientů). U patogenních a pravděpodobně patogenních 76 variant jsme provedli další ana- lýzu variant - rozdělili jsme varianty dle genů do skupin dle dědičnosti a dle původu varianty na de novo, zděděné a s neznámým původem. Ze 112 genů v panelu jsme nalezli patogenní nebo pravděpodobně patogenní variantu ve 33 genech, z nich se nejčastěji jednalo o geny s autozomálně dominantní dědičností (50 variant ve 22 genech). Dle...
|
|
|
Vyšetření genů DNM2, GARS, MORC2, TRPV4 a SOD1 u českých pacientů s dědičnou neuropatií axonálního typu
Neupauerová, Jana ; Laššuthová, Petra (vedoucí práce) ; Vlčková, Eva (oponent) ; Vasovčák, Peter (oponent)
Vyšetření genů DNM2, GARS, MORC2, TRPV4 a SOD1 u českých pacientů s dědičnou neuropatií axonálního typu V dizertační práci jsem se zaměřila na diagnostiku axonální formy dědičné neuropatie, protože v té době byla u pacientů s axonální formou CMT výrazně nižší objasnitelnost metodami klasické molekulární genetiky než u pacientů s demyelinizačními typy CMT. Pro další vyšetření u pacientů bez objasněné příčiny axonální formy CMT byly zvoleny geny DNM2, GARS a TRPV4. Cílem bylo zjistit spektrum a frekvenci mutací v těchto genech jako příčiny CMT2 u českých pacientů. Dále jsme v průběhu řešení projektu přidali vyšetření genů MORC2 a SOD1. Kauzální varianty v těchto dvou genech byly prokázány u našich pacientů pomocí celoexomového sekvenování. Proto jsme následně vyšetřili i větší skupinu pacientů na přítomnost variant v těchto dvou genech, s cílem zjistit, jak časté jsou tyto varianty v české populaci. Klasickým Sangerovým sekvenováním jsem vyšetřila reprezentativní soubor pacientů s CMT2 na přítomnost variant v genech: DNM2 (37 pacientů), GARS (10 pacientů), TRPV4 (24 pacientů) a SOD1 (43 pacientů). Metodou RFLP jsem vyšetřila 161 pacientů na přítomnost varianty p.Arg190Trp v genu MORC2. Soubor pacientů s CMT2 (50 pacientů) jsme podrobili také analýze metodou MLPA pomocí kitu na detekci duplikací a delecí pro...
|
|
|
Analýza genů SH3TC2 a LMNA a klinická studie u českých pacientů a rodin s autozomálně recesívními typy dědičné neuropatie - Charcot-Marie-Tooth typ 1 a 2
Laššuthová, Petra ; Seeman, Pavel (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Hlavními tematickými oblastmi této disertace jsou: 1. Dědičné neuropatie Charcot-Marie-Tooth 2. Vybraná svalová onemocnění Největší rozsah práce a výsledků je z první oblasti - tedy dědičných periferních neuropatií. V každé z výše uvedených oblastí byly získány původní a do té doby v našich podmínkách neznámé a nepublikované výsledky. Jako prioritní v Česku byla autorkou provedena a zavedena následující vyšetření a metody: 1. Sekvenování a první průkazy mutací v genu pro SH3TC2 u pacientů s dědičnými neuropatiemi. 2. Určení prevalentní mutace v genu SH3TC2 u českých pacientů s dědičnou neuropatií CMT typ 4C. 3. Zavedení vyšetření na přítomnost prevalentní mutace p.Agr954Stop v genu SH3TC2 metodou real-time PCR. 4. Zavedení vyšetření genu SH3TC2 do běžného vyšetřovacího schématu pro pacienty s dědičnou neuropatií. 5. Upřesnění fenotypu pacientů s CMT typ 4C. 6. Sekvenování genu pro lamin A/C (LMNA) u pacientů s dědičnými neuropatiemi. 7. Sekvenování a průkaz prvních mutací v genu pro lamin A/C (LMNA) u pacientů s dědičnou svalovou dystrofii typu Emery-Dreifuss. 8. Testování genu pro lamin A/C (LMNA) pomocí metody MLPA na přítomnost duplikací a delecí, které nejsou zachytitelné sekvenováním. 9. Sekvenování a první průkaz mutace v genu myotubularin 1 (MTM-1) u pacientů s X-vázanou myotubulární svalovou...
|
|
| |
host ::
RSS.