|
|
Srovnání evolučních rychlostí gonozomálních a autozomálních genů u plazů
Kuldanová, Kateřina ; Johnson Pokorná, Martina (vedoucí práce) ; Reifová, Radka (oponent)
Teorie efektu rychlejšího X říká, že geny lokalizované na gonozomech X a Z se vyvíjejí rychleji něž autozomální geny, a je jedním ze současných, intenzivně studovaných témat evolučního výzkumu. Provést kvalitní test je ale náročné, protože výsledky ovlivňuje několik faktorů - efektivní velikost populace gonozomu, pohlavní výběr, závislost mutační rychlosti a selekce na pohlaví a mechanizmus kompenzace genové dávky. Roli hraje i konzervativnost genů a možné rozdíly mezi evoluční rychlostí jednotlivých autozomů, což ne všechny studie zohledňují. Tato práce ukazuje problémy párových srovnání poměrů dN/dS tradičně užívaných pro test efektu rychlejšího X či Z a přináší základy nové metody srovnávání evolučních rychlostí (CREC) založené na relativních genetických vzdálenostech mezi třemi druhy. Metoda CREC omezuje vliv konzervativnosti genů na výsledky a je vhodná pro testování efektu rychlejšího X či Z u druhů, ke kterým lze do srovnání vybrat dva druhy, s nimiž nemá testovaný druh homologické gonozomy. Za účelem vývoje této metody byl testován efekt rychlejšího Z na souboru 9 autozomálních genů a 13 genů vázaných na gonozom Z u bičochvosta šestipruhého (Takydromus sexlineatus). Výsledky testu sice neukazují na přítomnost efektu rychlejšího Z u studovaného druhu, ale metoda CREC se ukázala jako...
|
|
|
Design siRNA a vliv modifikací na jejich stabilitu a účinnost
Kuldanová, Kateřina ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Návrh krátkých interferujících RNA (siRNA) je základním krokem k úspěšné RNA interferenci (RNAi). Navrhnout vhodný siRNA duplex ale není zcela triviální, neboť existuje několik problematických oblastí, jako jsou například stabilita siRNA duplexů v přítomnosti nukleáz, účinnost eliminace cílové mRNA, sekvenčně specifická eliminace necílových mRNA, cytotoxicita a imunogenicita, ovlivňujících funkčnost siRNA duplexů a tedy i jejich využitelnost v medicíně a dalších oborech. Porozumění principům fungování siRNA duplexů při RNAi je nezbytným krokem k vyřešení výše uvedených překážek na cestě k účinným léčivům. Prostředkem optimalizace popsaných vlastností je úprava návrhu siRNA duplexů pomocí různých modifikací. Modifikovat lze fosfodiesterovou kostru, báze i ribózu. V každé z těchto skupin jsou známy modifikace, které mají na siRNA duplexy a následnou RNA interferenci pozitivní vliv. Tato práce předkládá dosavadní poznatky o několika nejznámějších modifikacích, jako jsou thiofosfátová substituce, 2′-deoxy-2′-fluoronukleotidy, 2′-O-methyl ribonukleotidy a LNA nukleotidy, a o větším počtu méně známých modifikací, jako jsou boranofosfátová substituce, 4′-thioribonukleotidy, 2′-O-methyl-dithiofosfátová modifikace a mnoho dalších, které ovlivňují vlastnosti siRNA duplexu.
|
host ::
RSS.