|
|
Antimikrobiální rezistence u klinických izolátů Clostridioides difficile od hospitalizovaných pacientů v České a Slovenské republice.
Zíková, Jaroslava ; Krůtová, Marcela (vedoucí práce) ; Najmanová, Lucie (oponent)
Clostridioides difficile je jedním z nejčastějších původců kolitid (CDI) spojených s nemocniční péčí. V posledních letech však dochází k rostoucímu počtu hlášených i případů v komunitě. Typizace vyvolávajících kmenů nám umožňuje sledovat výskyt a šíření určitých typů C. difficile (CDI). S cílem aktualizovat data o současné epidemiologické situaci CDI bylo z 23 českých (n=200) a ze 17 slovenských (n=142) nemocnic v období od října do listopadu roku 2021 zasláno 342 izolátů C. difficile nebo vzorků stolic od pacientů s CDI, které byly následně kultivovány. Všechny izoláty C. difficile byly charakterizovány PCR ribotypizací a detekcí genů pro tvorbu toxinů. Z 342 izolátů bylo identifikováno 52 různých ribotypizačních profilů. Nejčastěji detekovanými ribotypy byly 001, 176, 014, 018 a 020. U všech ribotypů byly nalezeny geny pro produkci toxinů A a B. Geny pro binární toxin byly detekovány u 43 (21,5 %) českých izolátů a u 117 (82,4 %) slovenských izolátů. U vybraných izolátů (n=140, 40,9 %) bylo provedeno celogenomové sekvenování (WGS) a testování antimikrobiální citlivosti k 17 antibiotikům (E-test). Pomocí multilokusové sekvenační typizace (7 konzervovaných genů) bylo určeno 30 různých sekvenčních typů z 39 zahrnutých ribotypů. Všechny izoláty C. difficile byly citlivé k vankomycinu, k tetracyklinu,...
|
|
|
Porovnávací analýza izolátů Clostridioides difficile kultivovaných z různých zdrojů.
Eretová, Veronika ; Krůtová, Marcela (vedoucí práce) ; Ježek, Petr (oponent)
Infekce vyvolané Clostridioides difficile (CDI) jsou obecně vnímány jako infekce spojené s nemocniční péčí. V posledních letech však dochází k narůstání jejich incidence i v komunitě. Výskyt C. difficile byl popsán např. u zvířat, v potravinách či prostředí vody a půdy. Cílem této práce bylo charakterizovat kmeny C. difficile získané z různých zdrojů pomocí molekulárně biologických metod. Výsledky jsou diskutovány s dostupnými údaji o českých humánních izolátech C. difficile. V této práci bylo analyzováno celkem 135 izolátů C. difficile kultivovaných ze vzorků prasat (n = 57), telat (n = 44), koní (n = 18), vody (n = 15) a ježka (n = 1). Pomocí PCR ribotypizace bylo identifikováno 22 různých ribotypizačních profilů, nejčastěji detekovanými ribotypy byly 033, 011, 126, 078. Byly nalezeny jak toxigenní i netoxigenní ribotypy, včetně ribotypů nesoucích geny pro produkci binárního toxinu. Nejčastěji zachycené rezistence k antimikrobiálním látkám byly k ciprofloxacinu, klindamycinu a erythromycinu. Všechny detekované ribotypy a sekvenační typy u izolátů ze zvířat a prostředí byly v předchozích projektech nalezeny i u českých humánních izolátů, což potvrzuje roli zvířat a prostředí jako rezervoáru C. difficile. Nicméně epidemické humánní ribotypy 001 a 176, které dominují současné epidemiologické situaci...
|
|
|
Clostridium difficile: Molekulární typizace klinicky významných izolátů
Krůtová, Marcela ; Nyč, Otakar (vedoucí práce) ; Čermák, Pavel (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Clostridium difficile je významným nozokomiálním patogenem současnosti v souvislosti s rozšířením epidemických kmenů. Molekulární typizace klinických izolátů je nedílnou součástí kontroly výskytu a šíření C. difficile v nemocničním prostředí a v komunitě. Soubor 2201 klinických izolátů C. difficile z 32 nemocničních zařízení z období 2013-2015 byl charakterizován pomocí PCR ribotypizace doplněné o průkaz genů pro tvorbu toxinů. Identifikovali jsme celkem 166 různých ribotypizačních profilů a u 53 profilů byly zachyceny alespoň dva izoláty reprezentující jeden profil. Nejčastěji zachycenými ribotypy byly 176 (n=588; 26,7 %) a 001 (n=456; 20,7 %), následovány ribotypy 014 (n=176; 8 %), 012 (n=127; 5,8 %), 017 (n=85; 3,9 %) a 020 (n=68; 3,1 %). Celkem 2024 (92 %) izolátů bylo toxigenních (neslo geny pro produkci toxinů A, B) a z těchto navíc 677 neslo také geny pro tvorbu binárního toxinu. Zbývajících 177 (8 %) izolátů bylo netoxigenních. Subtypizace izolátů C. difficile pomocí MLVA (multilocus variable number tandem repeats analysis) porovnávající počet repetitivních úseků byla provedená u izolátů ribotypu 176 (n=225, 17 nemocnic) a u izolátů ribotypu 001 (n=184, 14 nemocnic) kultivovaných v roce 2014. Klonální příbuznost izolátů v rámci ribotypu byla zjištěna u 76,6 % izolátů ribotypu 001, které...
|
|
| |
host ::
RSS.