Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 35 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
The role of pre-mRNA splicing in human hereditary diseases
Malinová, Anna ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Ježková Vaňáčová, Štěpánka (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Malá jaderná ribonukleoproteinová částice U5 (U5 snRNP) je jednou z hlavních komponent spliceozomu, komplexu který katalyzuje sestřih pre-mRNA. U5 snRNP je tvořena molekulou RNA a několika proteiny, nicméně o tom jak jsou jednotlivé díly postupně skládány v maturovanou částici, se mnoho neví. Ukázali jsme, že po depleci proteinu PRPF8, jedné z klíčových složek U5 snRNP, se částice správně neskládají a akumulují se v jaderných strukturách zvaných Cajalova tělíska. K objasnění role PRPF8 v biogenezi U5 snRNP jsme se dále rozhodli využít mutace tohoto proteinu, které byly identifikovány u pacientů s degenerativním onemocněním oční sítnice, retinitis pigmentosa (RP). Vytvořili jsme stabilní buněčné linie exprimující mutantní varianty proteinu PRPF8 a ukázali jsme, že RP mutace narušují skládání U5 snRNP, což následně vede ke snížení efektivity sestřihu pre-mRNA v buňkách. Mutantní PRPF8 se spolu s proteinem EFTUD2 hromadí v cytoplazmě a vytvoření tohoto komplexu je zdá se prvním krokem skládání U5 snRNP. Dále jsme s využitím proteomických metod identifikovali řadu nových faktorů včetně komlexu HSP90/R2TP a proteinu ZNHIT2, které se váží na U5 snRNP. Naše výsledky ukazují, že tyto faktory preferenčně interagují...
Doménová struktura a funkce primárních faktorů sigma u bakterií
Kálalová, Debora ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Iniciace transkripce patří ke stěžejním krokům genové exprese. Přepis genetické informace z DNA do RNA zajišťuje vícepodjednotkový enzym RNA polymeráza (RNAP). Avšak samotná RNAP není schopná rozpoznat specifický promotor a iniciovat transkripci. K tomuto účelu slouží bakteriím protein zvaný faktor σ, který se na RNAP váže a spolu tvoří holoenzym RNAP. V této práci popisuji mechanismus bakteriální transkripce a dále stavbu, funkci a regulaci faktorů σ. Zaměřuji se hlavně na primární faktory σ u dvou významných modelových druhů, a to u gramnegativní Escherichia coli a grampozitivního Bacillus subtilis. Popisuji je v kontextu s alternativními faktory σ a poukazuji na jejich vzájemné odlišnosti ve struktuře, funkci a regulaci. Klíčová slova: RNA polymeráza, primární faktory σ, transkripce, bakterie, Bacillus subtilis, Escherichia coli
Metagenomické profilování mikrobiálních společenstev
Rídl, Jakub ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Novák, Petr (oponent)
Metody molekulární biologie umožňují studium mikrobiální diverzity a analýzu genů kódujících procesy a biochemické dráhy jednotlivých mikroorganismů a celých mikrobiálních společenstev. K tomu zásadně přispěl vývoj technologií masivně paralelního sekvenování DNA. Tyto metody rozšířily možnosti zkoumání diverzity od studia jednotlivých genomů modelových a v laboratoři kultivovatelných mikroorganismů přes jednoduché komunity v extrémním prostředí až k výzkumům komplexních mikrobiálních konsorcií. Tento experimentální přístup je založen na analýze celého metagenomu. Pozornost je věnována ekosystémům negativně ovlivněným lidskou aktivitou, kde mikroorganismy dokáží nejen přežít, ale také adaptovat metabolismus k využívání a odbourávání látek toxických pro vyšší organismy. Příkladem je bakterie Achromobacter xylosoxidans A8 izolovaná z půdy kontaminované toxickými chlorbenzoáty. Sekvenace a analýza genomu Achromobacter xylosoxidans A8 umožnila studium genů kódujících enzymy zapojené do degradace chlorbenzoátů v kontextu kompletní genetické informace. V extrémně kyselém prostředí bývalého dolu ve Zlatých Horách (Česká republika) vznikají zajímavé útvary bakteriálního biofilmu, želatinové stalaktity. Ty jsou tvořené jednou z taxonomicky nejjednodušších komunit s majoritním zastoupením dvou bakterií rodu Ferrovum a...
Regulace transkripce faktory sigma u Bacillus subtilis
Benda, Martin ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Seydlová, Gabriela (oponent)
Pro regulaci genové exprese u bakterií je klíčovým enzymem RNA polymeráza (RNAP). RNAP je více-podjednotkový enzym, který pro rozpoznání DNA využívá podjednotky (faktory) σ. Regulace RNAP s hlavním faktorem σ již byla důkladně studována, oproti tomu regulační mechanismy pro RNAP s alternativními faktory σ dosud nebyly systematicky zkoumány. Tato práce se zabývá převážně modelovým organizmem Bacillus subtilis a jeho alternativními faktory σF , σG , σI a σK . Byla studována transkripční iniciace s těmito faktory z hlediska schopnosti transkribovat z různých promotorů, požadavku RNAP na koncentraci iniciačního nukleosidtrifosfátu (iNTP) a interakce RNAP s vybranými proteiny. Pro faktor σF zde byl pomocí transkripcí in vitro objeven promotor regulovaný koncentrací iNTP, u faktoru σI naopak tento regulační mechanismus nalezen nebyl. V případě σG závislé transkripce se nepodařilo regulaci pomocí koncentrace iNTP otestovat, nicméně byl potvrzen v literatuře popsaný pozitivní vliv proteinu YlyA na transkripční aktivitu RNAP obsahující faktor σG ; tento vliv byl nově objeven také pro RNAP s faktorem σF . Dále byla zkoumána možná funkční interakce proteinu HelD s faktorem σK , která však nebyla potvrzena. Konečně pak tato práce přispěla k objasnění vlivu umělých modifikací nukleových bází na transkripci.
Regulation of expression of Ms1, a sRNA from Mycobacterium smegmatis
Páleníková, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
V průběhu růstu musí bakterie čelit různým vlivům prostředí, jako jsou změna teploty, nedostatek živin a jiné. Při adaptaci na nepříznivé podmínky dochází u bakterií k přizpůsobení genové exprese. Jedním typem regulace genové exprese je regulace pomocí malých nekódujících RNA (sRNA). Dobře studovanou bakteriální sRNA je 6S RNA, která se váže na holoenzym RNA polymerázy. Avšak tato RNA byla nalezena jen u některých druhů baterií. Jedním z druhů, které pravděpodobně nemají 6S RNA jsou mykobakterie. Místo toho byla u Mycobacterium smegmatis nalezena jiná malá RNA - Ms1. Ms1 má strukturu podobnou 6S RNA a skutečně byla původně nalezena jako strukturní homolog 6S RNA. Ukázalo se však, že Ms1 se neváže na holoenzym RNA polymerázy, ale váže se na jádro RNA polymerázy. Jedná se proto o malou RNA významně odlišnou od 6S RNA. Tato práce popisuje regulaci exprese Ms1. Z regulační oblasti před genem pro Ms1 byli připraveny promotorové fragmenty různé délky. Tyto fragmenty byly vloženy před reportérový gen lacZ. Aktivita těchto promotorů byla testována v exponenciální, časné a pozdní stacionární fázi růstu a v průběhu stresu. Na základě provedených experimentů byla určena sekvence promotorového jádra a regulační oblasti, do kterých by se mohl vázat transkripční faktor. Aktivita promotoru pro Ms1 se zvýšila při...
Modifikace 5' konce RNA bakterií
Pinkas, Daniel ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Regulace genové exprese je klíčovou vlastností všech organismů a může probíhat na několika úrovních počínaje iniciací transkripce až po degradaci proteinů. Jednou z možností je úprava stability mRNA pomocí nejrůznějších modifikací. Asi nejznámější modifikací je 7mG čepička eukaryot, která chrání RNA před RNázami. V nedávné době bylo díky kombinaci metod kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie objeveno několik nových modifikací také u prokaryot. Jednou z nich je nikotinamidadenindinukleotid na 5' konci některých RNA, který je analogický s 7mG čepičkou. Tato práce popisuje tento fenomén v kontextu bakteriální transkripce. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
The role of translation initiation factor 3 (eIF3) in translation termination.
Beznosková, Petra ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Staněk, David (oponent)
Syntéza proteinů v buňce je velmi regulovaný proces během genové exprese. Každý gen má svůj vlastní začátek a též jeden konec, který je určován přítomností jednoho ze tří stop kodónů. Mnoho součastných článků popisuje ribosomy, které záměrně přechází přes stop signál u některých vybraných mRNA, aby prodloužily vznikající polypeptid a změnily jeho vlastnosti. Tento regulační proces se nazývá programované pročítání stop kodónu. Výzkum této regulace má potenciál se uplatnit i v lékařství, neboť přibližně 15% všech dědičných chorob je způsobeno přítomností takzvaného předčasného terminačního kodónu (PTC), který zastaví translaci a vznikne tak zkrácený nefunkční protein. Mnohé laboratoře již hledají netoxické látky, které by zvyšovaly pročítání předčasného terminačního kodónu. Bohužel k úspěšnému naplnění jejich záměru je třeba identifikovat a porozumět všem faktorům, které tento process ovlivňují. V této disertační práci představujeme jeden takový faktor- eukaryotický iniciační faktor 3 (eIF3). Demonstrujeme jeho schopnost indukovat pročítání terminačních kodónů, které jsou v kontextu nukleotidů nevhodných pro efektivní terminaci. Taktéž jsme vytvořili analýzu "nearcognate" tRNA a ukázali, jak jsou inkorporovány na stop kodón, za kterým následují různé nukleotidy. Díky tomu jsme byli schopni rozšířit...
RNA polymerase: The "meeting point" of regulatory networks
Wiedermannová, Jana ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Bakteriální RNA polymeráza (RNAP) je proteinový komplex nepostradatelný pro přepis DNA do RNA. Jakožto klíčový enzym zodpovědný za regulaci genové exprese shromažďuje signály z buňky a reaguje na ně přesným nastavením úrovně transkripce jednotlivých genů. Tento proces ovlivňují jak vlastní podjednotky RNAP tak i další transkripční faktory (TF), které přímo nebo nepřímo interagují s RNAP. Cílem této disertace bylo prohloubit znalosti o komplexitě transkripční regulační sítě a o provázanosti jejích jednotlivých nitek, které jsou stále objevovány. Hlavním tématem této PhD práce je protein HelD, nově objevený vazebný partner RNAP z bakterie Bacillus subtilis. Ukázali jsme, že HelD se váže mezi sekundární kanál RNA polymerázy a alfa podjednotky tohoto enzymu. HelD se váže na RNAP ve formě jádra (bez přítomnosti sigma faktoru). Dokázali jsme, že HelD stimuluje transkripci v závislosti na ATP tím, že napomáhá jejímu cyklování a elongaci. Stimulační efekt proteinu HelD je násoben působením podjednotky delta, malé podjednotky RNA polymerázy specifické pro gram positivní (G+) bakterie. Tento fakt odhalil nové vztahy v provázanosti komplikované transkripční sítě. Další dvě publikace této práce pojednávají o vlastní delta podjednotce. Pomocí nukleární magnetické rezonance (NMR) jsme vyřešili 3D strukturu a...
Transkripční faktory CSL a jejich role v kvasince Schizosaccharomyces pombe
Oravcová, Martina ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Proteiny rodiny CSL (CBF1/RBP-Jκ/Suppressor of Hairless/LAG-1) působí v organismech říše Metazoa jako efektory signální dráhy Notch. V rámci této signalizace fungují jako represory nebo aktivátory transkripce genů a ovlivňují mnoho vývojových procesů. Metazoální proteiny CSL mohou regulovat expresi genů také nezávisle na Notch. Funkce proteinů CSL nezávislé na Notch by mohly být evolučně původní a pro buňku a organismus mohou být neméně důležité jako funkce dependentní na Notch. Přítomnost proteinů CSL byla zjištěna i u některých organismů říše Fungi, které postrádají komponenty signální dráhy Notch a většinu známých metazoálních interakčních partnerů proteinů CSL. Paralogy CSL poltivé kvasinky Schizosaccharomyces pombe, cbf11 a cbf12, jsou neesenciální geny kódující proteiny lokalizované v jádře buňky. Oba se antagonistickým způsobem zapojují do regulace procesů jako například koordinace jaderného a buněčného dělení a průchodu buněčným cyklem, udržování ploidie, adhezivity buněk a dalších. V této práci jsme prokázali, že oba paralogy CSL mají schopnost sekvenčně specificky vázat kanonický CSL-responzivní element DNA in vitro a Cbf11 také in vivo. Oba proteiny mohou aktivovat genovou expresi in vivo, a vykonávat tak funkci transkripčních faktorů. Pomocí metody ChIP-chip jsme analyzovali vazbu...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 35 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.