|
|
Role proteinů SNW/SKIP v sestřihu
Hollá, Sandra ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
SNW proteiny se řadí mezi jaderné esenciální faktory, jejichž název byl odvozen od konzervovaného motivu SNW, který nalezneme u jednotlivých zástupců napříč celou eukaryotní nadříší. SNW proteiny se podílí na regulaci mnoha buněčných procesů - např. regulace genové exprese a buněčného cyklu. Zdaleka nejvíce informací o funkci poskytuje lidský homolog SKIP/NCoA-62, který byl nalezen v řadě signalizačních drah. Přesto však není zcela objasněna funkce SNW proteinů. V této bakalářské práci bych se tak chtěla zaměřit na úlohu SNW proteinů v sestřihu pre-mRNA a to především u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, kde máme zatím nejvíce poznatků. Klíčová slova: SNW protein, Prp45, sestřih pre-mRNA, SKIP/NCoA-62, Prp22
|
|
|
Self-attribution in Schizophrenia
Kozáková, Eva ; Kulišťák, Petr (vedoucí práce) ; Michalec, Jiří (oponent) ; Drozdová, Kristýna (oponent)
Východiska: Schizofrenie je duševní onemocnění s velmi různorodým klinickým obrazem. Za jednotící charkteristiku napříč různými projevy schizofrenie je často považováno narušení hranic a rozlišování mezi já/ne-já. Porozumění tomu, jakým způsobem k němu dochází se stále formuje. Prezentovaná disertační práce se soustředí na centrální charakteristiku narušení self - schopnost rozpoznat autorství vlastního jednání (self-agency; SA). Cíle: Experimentální část sestává ze tří samostatných studií. První studie ověřuje, zda behaviorální narušení SA u schizofrenie reportované v předchozích studiích není zkresleno narušením obecnějších senzomotorických procesů. Dále se zaměřuje na vztah mezi intenzitou symptomů a narušením SA u schizofrenie a jeho změnu v čase. Druhá studie zkoumá rozdíly v mozkové aktivitě mezi pacienty a zdravými dobrovolníky během řešení SA úlohy. Třetí studie dále ověřuje, zda se klidová aktivita mozku promítá do schopnosti správně rozlišit SA. Metody: Studie kombinují data na úrovni symptomů, výkonu v behaviorálních úlohách a mozkové aktivity. Celkem se do studií zapojilo více než 300 participantů. Využity byly nově vytvořené úlohy na SA a senzomotoriku; škála PANSS pro zachycení intenzity psychotických symptomů a data z magnetické rezonance naměřená jak během řešení SA úlohy, tak v...
|
|
|
Je sestřih pre-mRNA v kvasince S. cerevisiae procesem ko- nebo posttranskripčním?
Cihlářová, Zuzana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
Donedávna se pohlíželo na sestřih a transkripci jako na téměř nezávislé procesy. Dnes však řada studií přináší mnoho důkazů o jejich propojení, a to i u kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Propojení těchto procesů je zprostředkováno zejména C-terminální doménou RNA polymerázy II, kterou tvoří tandemově se opakující heptapeptidové sekvence - YSPTSPS. Aminokyselinové zbytky heptapeptidové sekvence jsou v průběhu transkripce specificky fosforylovány, což reguluje samotný průběh transkripce a vazbu faktorů, mj. nezbytných pro úpravu vznikajícího transkriptu. Úpravy primárního transkriptu tak probíhají u vyšších eukaryot zejména kotranskripčně, tzn. před ukončením transkripce a uvolněním funkční mRNA. Názor na problematiku kotranskripčního sestřihu se u S. cerevisiae v posledních letech značně měnil. Nicméně dnes se pohlíží na sestřih pre-mRNA většiny genů S. cerevisiae jako na kotranskripční proces. RNA polymeráza II zpomaluje v oblasti terminálního exonu, což poskytuje jednotlivým komponentám spliceosomu dostatek času pro jejich sestavení na pre-mRNA a pro katalýzu sestřihu ještě před dokončením transkripce. Klíčová slova: kotranskripční sestřih, RNA polymeráza II, Saccharomyces cerevisiae, U snRNP, spliceosom, pre-mRNA
|
|
|
Role of promoter in the regulation of alternative splicing
Kozáková, Eva ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
Bylo ukázáno, že až 95 % genů obsahujích více než dva exony, podstupuje alternativní sestřih. Regulace alternativního sestřihu je velmi složitý proces. Většina intronů je odstraněna z pre- mRNA během transkripce a přibývá důkazů, které poukazují na důležitost chromatinových modifikací v regulaci alternativního sestřihu. V této práci ukazujeme, že inhibice histonových deacetyláz (HDACs), která způsobuje zvýšení acetylace histonů a zrychlení elongace Pol II, ovlivňuje alternativní sestřih přibližně 700 genů. Identifikovali jsme HDAC1, jejíž enzymatická aktivita je zodpovědná za změny v alternativním sestřihu. Poté jsme se zaměřili na Brd2 protein, který váže acetylované histony a ovlivňuje alternativní setřih ~ 300 genů. Dále jsme ukázali, že se Brd2 protein váže na promotory genů, které ovlivňuje. Dále jsme zjistili, že deplece histonacetyltransferázy p300 podporuje zahrnutí alternativního EDB exonu fibronektinového genu (FN1) v mRNA. Asociace p300 proteinu s CRE místy v promotoru je zprostředkována interakcí s CREB transkripčním faktorem. Vytvořili jsme sestřihové reportéry pod kontrolou arteficiálních promotorů obsahující CRE místa. Delece i mutace CRE míst v promotoru ovlivnila alternativní sestřih EDB exonu stejně jako deplece p300 proteinu. Poté jsme ukázali, že deplece p300 snižuje acetylaci...
|
|
|
Efektivita kognitivního tréninku u osob po traumatickém poranění mozku nebo cévní mozkové příhodě
Kozáková, Eva ; Kulišťák, Petr (vedoucí práce) ; Stehlík, Luděk (oponent)
Téma kognitivního tréninku a jeho efektivity je v posledních letech živě diskutováno. Navzdory velkému množství literatury věnující se této oblasti výzkumu stále není zřejmé, jak široký je dosah kognitivního tréninku a jaké jsou možnosti uplatnění transferového efektu. Cílem této práce bylo ověřit efektivitu počítačového tréninku N-back (n=11) ve srovnání se skupinovým tréninkem v rehabilitačním zařízení (n=9) a aktivní kontrolní skupinou (n=5), která trénovala v jednoduché počítačové hře. Výzkumný design sestává z kombinace meziskupinového srovnání těchto tří intervencí a vnitroskupinového srovnání kontrolní skupiny, která později absolvovala také trénink N-back. Předpokládali jsme, že se po třítýdenním tréninkovém plánu projeví signifikantně větší zlepšení u kognitivního tréninku oproti kontrolní intervenci. Dále jsme očekávali výraznější zlepšení výkonu v úlohách vyžadujících exekutivní kontrolu u N-back tréninku oproti obecněji zaměřenému skupinovému tréninku. Z kognitivních funkcí byly výkonovými testy zkoumány pozornost, exekutivní kontrola, fluidní inteligence, krátkodobá a pracovní paměť. Sledovali jsme také psychické rozpoložení pomocí sebeposuzovacího dotazníku. Nenašli jsme statisticky signifikantní rozdíl v účinnosti N-back a skupinové terapie. N-back se ve srovnání s kontrolním...
|
|
|
Role proteinů SNW/SKIP v sestřihu
Hollá, Sandra ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
SNW proteiny se řadí mezi jaderné esenciální faktory, jejichž název byl odvozen od konzervovaného motivu SNW, který nalezneme u jednotlivých zástupců napříč celou eukaryotní nadříší. SNW proteiny se podílí na regulaci mnoha buněčných procesů - např. regulace genové exprese a buněčného cyklu. Zdaleka nejvíce informací o funkci poskytuje lidský homolog SKIP/NCoA-62, který byl nalezen v řadě signalizačních drah. Přesto však není zcela objasněna funkce SNW proteinů. V této bakalářské práci bych se tak chtěla zaměřit na úlohu SNW proteinů v sestřihu pre-mRNA a to především u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, kde máme zatím nejvíce poznatků. Klíčová slova: SNW protein, Prp45, sestřih pre-mRNA, SKIP/NCoA-62, Prp22
|
|
|
Úloha tyrosinové fosforylace v sestřihu hnRNA
Koudelková, Lenka ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
Kódující sekvence eukaryotických genů jsou přerušovány dlouhými úseky nekódující intronické DNA, která musí být po přepisu do heterogenní jaderné RNA z transkriptu vystřižena. Eukaryotní organismy se vzrůstajícím tlakem na komplexitu proteomu vyvinuly systém alternativního sestřihu, jež je schopen, prostřednictvím oslabených konsensus sekvencí sestřihových míst obklopených přídatnými regulačními RNA elementy a s nimi asociujícími sestřihovými faktory, vytvořit proteinové produkty podle aktuálních potřeb daných vnějšími a vnitřními vlivy. Síť kooperativně či antagonisticky působících faktorů, jež rozhoduje o rozeznání sestřihových míst, je regulována enzymatickými modifikacemi na základě aktivit odpovídajících signálních kaskád. Vyjma mnohých jiných enzymů zajišťuje tyto modulace i rodina protein tyrosin kináz. Připojení fosfátu na tyrosiny proteinů metabolismu RNA za katalýzy kinázové domény tak ovlivňuje jejich afinitu k RNA a dalším interakčním partnerům, lokalizaci, enzymatickou aktivitu či jiné vlastnosti, což vyústí v ustanovení nové interakční sítě a využití odlišných sestřihových míst. Vzniklé produkty potom mohou rozdílnou měrou inhibovat či spouštět nejrůznější buněčné procesy nebo jinak regulovat fyziologii organismů.
|
|
| |
host ::
RSS.